Cancer: un logiciel gratuit pour prédire la rechute

Le radiologue Gilles Piana, ses assistants et un patient, le 7 novembre 2017 à Marseille,  à l'unité d'oncologie et de radiologie de l'Institut Paoli-Calmette, un centre de traitement du cancer. (Anne-Christine POUJOULAT / AFP)
Le radiologue Gilles Piana, ses assistants et un patient, le 7 novembre 2017 à Marseille, à l'unité d'oncologie et de radiologie de l'Institut Paoli-Calmette, un centre de traitement du cancer. (Anne-Christine POUJOULAT / AFP)
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Publié le Samedi 05 septembre 2020

Cancer: un logiciel gratuit pour prédire la rechute

  • « On voulait faire un outil informatique automatique et gratuit qui permette de savoir qui va récidiver ou pas », explique Valentin Derangère, chercheur au CGFL
  • Fini donc l'administration à l'aveugle de la chimio à tout malade

DIJON : Comment savoir si un traitement lourd préventif est nécessaire? A Dijon, une équipe de chercheurs a mis au point un logiciel, gratuit et fonctionnant sur un simple PC, qui permet de prédire les risques de rechute de cancer.

On le sait, une fois la tumeur enlevée, commence un autre combat: éviter la récidive et tenir cinq ans, délai à partir duquel on peut parler de guérison.

Jusqu'à aujourd'hui, la seule parade consiste à administrer à presque tous les malades une chimiothérapie, un traitement préventif aux effets secondaires très handicapants. Pourtant, pour nombre de patients, ce traitement est superflu car ils n'avaient pas de risque de rechute. Mais encore aurait-il fallu le savoir.

C'est ce que veut permettre aujourd'hui l'aboutissement de recherches menées au Centre de lutte contre le cancer Georges-François Leclerc de Dijon (CGFL).

« On voulait faire un outil informatique automatique et gratuit qui permette de savoir qui va récidiver ou pas », explique Valentin Derangère, chercheur au CGFL.

Pour ce faire, l'équipe de l'Inserm a utilisé le QuPath, un logiciel « open-source » (accessible gratuitement et modifiable par tous) qui sait lire les « plaques », ces lamelles de verre couvrant un échantillon pour une observation au microscope.

Mais encore faut-il dire au logiciel comment interpréter ce qu'il lit, comme on donne à un enfant l'alphabet lui permettant de déchiffrer des mots. 

« On lui a appris à repérer les tissus, sains ou non, puis à chercher des correspondances pour établir un diagnostic », explique M. Derangère. Pour ce faire, les chercheurs ont monté une bibliothèque tissulaire, provenant de 80 malades atteints du cancer du colon. Elle est constituée de 35.000 « tuiles » (ou segments) qui chacune sont colorées selon la nature du tissu: rouge pour la tumeur, violet pour les cellules immunitaires, orange pour les tissus sains...

Ce travail titanesque a permis d'établir un modèle de plaques colorées qui, une fois numérisées, sont autant d'images qu'on « donne à manger au logiciel », ainsi devenu capable d'établir son pronostic, poursuit M. Derangère.

Fiable à 85%

Grâce à cela, « on sait qui va récidiver sur un période de cinq ans », assure le professeur François Ghiringhelli, directeur de l'unité de l'Inserm qui mène les recherches au CGFL.

« Cela permet d'isoler le petit quart de malades qui a une chance sur deux de rechuter. Ainsi, dès la chirurgie, on sait qu'à ceux-là, il faudra une chimio plus lourde. A l'inverse, on détermine les malades, environ 15%, qui ont de très très bons pronostics et qui, donc, ne nécessitent pas de traitement après l'ablation de la tumeur ».

Fini donc l'administration à l'aveugle de la chimio à tout malade. « On sait quels patients en ont besoin et qui non ».

Le logiciel mis au point, entièrement gratuit, s'utilise de plus « sur un PC de bureau ou même un portable standard », souligne Caroline Truntzer, ingénieur de recherche bioinformatique au CGFL.

Quant à la fiabilité, elle a fait l'objet d'une étude à partir de lames établies il y a cinq ans sur 1.200 patients: le logiciel a établi un pronostic sur la base de ces plaques qui a été confronté à la réalité. « Notre taux de réussite est de 85% », se félicite M. Derangère.

L'invention du CGFL ne concerne pour l'instant que le cancer du côlon mais elle pourra être élargie à d'autres cancers, comme celui du sein, moyennant « un logiciel plus lourd ».

Des recherches similaires sont menées en Allemagne, ainsi que par une équipe anglo-britannique. En France, l'équipe de Jérôme Galon d'Inserm Transfert, filiale privée de l'Inserm, a développé Immunoscore, un test qui permet également de prédire les risques de récidive. 

Mais il s'agit d'un produit commercial et qui « ne prend en compte que le système immunitaire », explique le professeur Ghiringhelli. « Nous voulions ajouter le système cellulaire et le tissulaire, pour affiner le pronostic ».

Le logiciel dijonnais devrait demander son autorisation de mise sur le marché « dans un an ou deux », selon le professeur, à l'issue de nouveaux tests.

Mais, d'ores et déjà, il préfigure le bouleversement à venir des soins de santé du fait de l'avènement de l'intelligence artificielle. « L'IA va révolutionner complètement la médecine: c'est l'ordinateur qui validera les pronostics du médecin ».


Macron et von der Leyen inciteront lundi les chercheurs étrangers à choisir l'Europe

Le président français Emmanuel Macron accueille la présidente de la Commission européenne Ursula Von der Leyen à son arrivée au sommet de la « coalition des volontaires » au palais de l'Élysée, à Paris, le 27 mars 2025. (Photo Ludovic MARIN / AFP)
Le président français Emmanuel Macron accueille la présidente de la Commission européenne Ursula Von der Leyen à son arrivée au sommet de la « coalition des volontaires » au palais de l'Élysée, à Paris, le 27 mars 2025. (Photo Ludovic MARIN / AFP)
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  • Le président français clôturera cette conférence dans la prestigieuse université de la Sorbonne, « dédiée à la science, à l'attractivité de l'Union européenne, mais aussi plus largement à l'innovation, à la recherche et aux libertés académiques »
  • « Ici, en France, la recherche est une priorité, l’innovation est une culture et la science est un horizon sans limite », avait-il assuré.

PARIS : À Paris, le président Emmanuel Macron et la présidente de la Commission européenne Ursula von der Leyen participeront lundi à une conférence pour vanter les mérites de l'Europe auprès des chercheurs étrangers, notamment américains, confrontés à « un certain nombre de menaces », a annoncé l'Élysée mercredi.

Le président français clôturera cette conférence dans la prestigieuse université de la Sorbonne, « dédiée à la science, à l'attractivité de l'Union européenne, mais aussi plus largement à l'innovation, à la recherche et aux libertés académiques », ont affirmé ses services à la presse.

Le message de cette rencontre sera « très clair » : « Choose Science, Choose Europe ».

Selon son entourage, il s'agit de dire, « dans un moment où les libertés académiques connaissent un certain nombre de reculs ou de menaces, que l'Europe est un continent attractif et que l'innovation, l'attractivité, la science et la recherche sont des éléments essentiels pour la croissance européenne ».

Le chef de l'État aura à cette occasion un entretien avec la présidente de la Commission européenne, qui participera à la conférence. 

Le 18 avril, Emmanuel Macron avait donné rendez-vous le 5 mai aux chercheurs « du monde entier ». Sur le réseau X, il les avait invités à « choisir la France et l'Europe », dans une tentative d'attirer les chercheurs américains menacés par la politique de Donald Trump.

« Ici, en France, la recherche est une priorité, l’innovation est une culture et la science est un horizon sans limite », avait-il assuré.

Parallèlement, le gouvernement a lancé une plateforme baptisée « Choose France for Science », présentée comme « une première étape pour préparer l'accueil des chercheurs internationaux ».

Depuis le retour de Donald Trump à la Maison Blanche en janvier, chercheurs et universités sont dans le collimateur de son gouvernement et redoutent pour leur avenir, entre libertés académiques et de recherche menacées et financements réduits.

De plus en plus de chercheurs ou d'aspirants chercheurs réfléchissent donc à quitter le pays, considéré jusqu'ici comme le paradis de la recherche dans nombre de domaines.

En France, dès début mars, le ministre chargé de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, Philippe Baptiste, a demandé aux universités de réfléchir à des moyens de les accueillir. 


« La France ne se définit ni par une race, ni par une religion », affirme Macron

Le président français Emmanuel Macron regarde avant d'accueillir le Premier ministre belge pour un déjeuner de travail au palais présidentiel de l'Élysée à Paris, le 29 avril 2025. (Photo Ludovic MARIN / AFP)
Le président français Emmanuel Macron regarde avant d'accueillir le Premier ministre belge pour un déjeuner de travail au palais présidentiel de l'Élysée à Paris, le 29 avril 2025. (Photo Ludovic MARIN / AFP)
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  • « La France est une patrie de volonté et de bravoure qui ne se définit ni par le sang, ni par une race, ni par une religion, ni par une identité figée », a déclaré le président de la République.
  • Près de 150 nationalités se côtoient au sein de la Légion étrangère, où les légionnaires sont commandés par des officiers français.

AUBAGNE, FRANCE : lors d'une cérémonie militaire commémorant la bataille de Camerone, à Aubagne, où est basé le commandement de la Légion étrangère, Emmanuel Macron a affirmé  mercredi que « la France ne se définit ni par une race, ni par une religion, ni par une identité figée ».

« La France est une patrie de volonté et de bravoure qui ne se définit ni par le sang, ni par une race, ni par une religion, ni par une identité figée », a déclaré le président de la République devant plusieurs dizaines de légionnaires réunis pour commémorer la bataille de Camerone, qui s'est déroulée le 30 avril 1863 au Mexique.

« La France se définit par une volonté chaque jour recommencée d'accomplir de grandes choses avec une poignée de notre terre dans la main. Un rêve d'universel, un idéal, cette solidarité, cette fidélité à la patrie », a poursuivi M. Macron, qui s'est déplacé à Aubagne (Bouches-du-Rhône) pour commémorer cet événement fondateur de la Légion étrangère, célébré chaque année par tous les régiments. 

M. Macron a prononcé ce discours après avoir reçu mardi des représentants d'institutions musulmanes qui ont dénoncé le « climat islamophobe ambiant » et demandé au président de la République des « actes concrets » pour protéger les musulmans, après le meurtre d'un fidèle dans une mosquée du Gard.

À Aubagne, le président a passé en revue les troupes de la Légion étrangère, la force combattante de l'armée de terre qui compte plus de 9 500 hommes.

Près de 150 nationalités se côtoient au sein de la Légion étrangère, où les légionnaires sont commandés par des officiers français.

L'hymne national a été joué et deux avions Rafale ont survolé la cérémonie à laquelle ont assisté les élus locaux et plusieurs centaines de spectateurs.

La cérémonie de Camerone, qui est une fête de la Légion, commémore une bataille survenue à Camerone, dans l'État de Veracruz, dans l'est du Mexique, au cours de laquelle 62 légionnaires français ont résisté à 2 000 soldats mexicains lors de l'expédition française au Mexique. 

Le président Macron a décrit la bataille menée par une « poignée de légionnaires assiégés par 2 000 ennemis » qui ont « tenu une position pendant 11 heures », saluant une « histoire de courage insensé ».

Chargés de protéger le passage d'un convoi de ravitaillement pour les troupes françaises assiégeant la ville de Puebla, les légionnaires retranchés dans une hacienda du village de Camaron de Tejeda avaient fait le serment de se battre jusqu'à la mort.

Après une journée d'affrontement, les derniers encore en état de combattre refusèrent de se rendre et chargèrent les Mexicains à la baïonnette. 


Panneaux solaires, spatial, pharmacie : neuf projets d'usines reçoivent des subventions France 2030

Un employé de TotalEnergies devant des panneaux solaires et des éoliennes du parc éolien de La Perrière à Sainte-Suzanne sur l'île de la Réunion, le 22 janvier 2025. (Photo Richard BOUHET / AFP)
Un employé de TotalEnergies devant des panneaux solaires et des éoliennes du parc éolien de La Perrière à Sainte-Suzanne sur l'île de la Réunion, le 22 janvier 2025. (Photo Richard BOUHET / AFP)
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  • Neuf nouveaux projets d'usines au total vont recevoir des subventions à hauteur de 49 millions d'euros, a annoncé le gouvernement mercredi.
  • Ces aides publiques, issues du programme d'investissement France 2030, ont été accordées en réponse au septième appel d'offres lancé dans le cadre du dispositif « Premières usines ».

PARIS : La giga-usine Holosolis de cellules photovoltaïques en Moselle, ainsi qu'un site de chimie verte en Martinique : 9 nouveaux projets d'usines au total vont recevoir des subventions à hauteur de 49 millions d'euros, a annoncé le gouvernement mercredi.

Ces aides publiques, issues du programme d'investissement France 2030, ont été accordées en réponse au septième appel d'offres lancé dans le cadre du dispositif « Premières usines », destiné à soutenir les projets d'ouverture d'usines des start-up et PME industrielles innovantes, indique un communiqué.

À l'exception d'un projet de ferme aquacole écoresponsable « Mangrove » en Bretagne et d'un projet de chimie verte SHB Biotech en Martinique pour la production d'ingrédients naturels à partir de co-produits agricoles, les projets retenus s'inscrivent géographiquement dans la moitié est de la France. 

L'usine de la société française Holosolis, annoncée en grande pompe lors du sommet Choose France de 2023 pour produire des cellules et modules photovoltaïques à Hambach en Moselle, figure sur la liste. Le montant de l'aide n'a pas été divulgué.

Holosolis, dont l'actionnaire principal est InnoEnergy (institut européen d'innovation et de technologie), est un consortium européen de partenaires engagés dans la transition énergétique et la réindustrialisation. Il réunit la société d'investissement immobilier Idec, l'industriel breton Armor Group, le spécialiste français de l'agrivoltaïsme TSE et le groupe allemand Heraeus. Son usine, un investissement de 851 millions d'euros susceptible de générer 1 700 emplois, a obtenu un permis de construire en janvier.

Autre projet soutenu : celui du groupe Bordet en Bourgogne Franche-Comté qui se lance dans la production de carbone végétal pour remplacer les matières fossiles dans l'industrie chimique ou la cimenterie, grâce à un procédé de pyrolyse. 

Un autre projet de chimie est soutenu : Separative (SEP30), une société auvergnate bardée de brevets qui propose des solutions innovantes pour réduire la consommation d'énergie et l'empreinte carbone de l'industrie pharmaceutique.

Dans le secteur de la santé, InBrain Pharma, également aidée, est basée dans les Hauts-de-France et développe une technologie de perfusion cérébrale (Percepar) permettant l'administration ciblée de médicaments pour corriger les troubles des maladies neurologiques. En Île-de-France, Vertikale propose une solution qui miniaturise les bioprocédés et simplifie la production de médicaments biologiques.

Dans le secteur spatial, France 2030 a accordé une subvention à la société Latitude, basée dans le Grand Est, qui développe un micro-lanceur (Zephyr).

Enfin, dans l'agroalimentaire, l'entreprise de biotechnologie Mycophyto, située à Grasse, qui développe des solutions biologiques (biostimulants, bio-intrants) pour tous types de cultures, reçoit également une subvention.