Cancer: un logiciel gratuit pour prédire la rechute

Le radiologue Gilles Piana, ses assistants et un patient, le 7 novembre 2017 à Marseille,  à l'unité d'oncologie et de radiologie de l'Institut Paoli-Calmette, un centre de traitement du cancer. (Anne-Christine POUJOULAT / AFP)
Le radiologue Gilles Piana, ses assistants et un patient, le 7 novembre 2017 à Marseille, à l'unité d'oncologie et de radiologie de l'Institut Paoli-Calmette, un centre de traitement du cancer. (Anne-Christine POUJOULAT / AFP)
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Publié le Samedi 05 septembre 2020

Cancer: un logiciel gratuit pour prédire la rechute

  • « On voulait faire un outil informatique automatique et gratuit qui permette de savoir qui va récidiver ou pas », explique Valentin Derangère, chercheur au CGFL
  • Fini donc l'administration à l'aveugle de la chimio à tout malade

DIJON : Comment savoir si un traitement lourd préventif est nécessaire? A Dijon, une équipe de chercheurs a mis au point un logiciel, gratuit et fonctionnant sur un simple PC, qui permet de prédire les risques de rechute de cancer.

On le sait, une fois la tumeur enlevée, commence un autre combat: éviter la récidive et tenir cinq ans, délai à partir duquel on peut parler de guérison.

Jusqu'à aujourd'hui, la seule parade consiste à administrer à presque tous les malades une chimiothérapie, un traitement préventif aux effets secondaires très handicapants. Pourtant, pour nombre de patients, ce traitement est superflu car ils n'avaient pas de risque de rechute. Mais encore aurait-il fallu le savoir.

C'est ce que veut permettre aujourd'hui l'aboutissement de recherches menées au Centre de lutte contre le cancer Georges-François Leclerc de Dijon (CGFL).

« On voulait faire un outil informatique automatique et gratuit qui permette de savoir qui va récidiver ou pas », explique Valentin Derangère, chercheur au CGFL.

Pour ce faire, l'équipe de l'Inserm a utilisé le QuPath, un logiciel « open-source » (accessible gratuitement et modifiable par tous) qui sait lire les « plaques », ces lamelles de verre couvrant un échantillon pour une observation au microscope.

Mais encore faut-il dire au logiciel comment interpréter ce qu'il lit, comme on donne à un enfant l'alphabet lui permettant de déchiffrer des mots. 

« On lui a appris à repérer les tissus, sains ou non, puis à chercher des correspondances pour établir un diagnostic », explique M. Derangère. Pour ce faire, les chercheurs ont monté une bibliothèque tissulaire, provenant de 80 malades atteints du cancer du colon. Elle est constituée de 35.000 « tuiles » (ou segments) qui chacune sont colorées selon la nature du tissu: rouge pour la tumeur, violet pour les cellules immunitaires, orange pour les tissus sains...

Ce travail titanesque a permis d'établir un modèle de plaques colorées qui, une fois numérisées, sont autant d'images qu'on « donne à manger au logiciel », ainsi devenu capable d'établir son pronostic, poursuit M. Derangère.

Fiable à 85%

Grâce à cela, « on sait qui va récidiver sur un période de cinq ans », assure le professeur François Ghiringhelli, directeur de l'unité de l'Inserm qui mène les recherches au CGFL.

« Cela permet d'isoler le petit quart de malades qui a une chance sur deux de rechuter. Ainsi, dès la chirurgie, on sait qu'à ceux-là, il faudra une chimio plus lourde. A l'inverse, on détermine les malades, environ 15%, qui ont de très très bons pronostics et qui, donc, ne nécessitent pas de traitement après l'ablation de la tumeur ».

Fini donc l'administration à l'aveugle de la chimio à tout malade. « On sait quels patients en ont besoin et qui non ».

Le logiciel mis au point, entièrement gratuit, s'utilise de plus « sur un PC de bureau ou même un portable standard », souligne Caroline Truntzer, ingénieur de recherche bioinformatique au CGFL.

Quant à la fiabilité, elle a fait l'objet d'une étude à partir de lames établies il y a cinq ans sur 1.200 patients: le logiciel a établi un pronostic sur la base de ces plaques qui a été confronté à la réalité. « Notre taux de réussite est de 85% », se félicite M. Derangère.

L'invention du CGFL ne concerne pour l'instant que le cancer du côlon mais elle pourra être élargie à d'autres cancers, comme celui du sein, moyennant « un logiciel plus lourd ».

Des recherches similaires sont menées en Allemagne, ainsi que par une équipe anglo-britannique. En France, l'équipe de Jérôme Galon d'Inserm Transfert, filiale privée de l'Inserm, a développé Immunoscore, un test qui permet également de prédire les risques de récidive. 

Mais il s'agit d'un produit commercial et qui « ne prend en compte que le système immunitaire », explique le professeur Ghiringhelli. « Nous voulions ajouter le système cellulaire et le tissulaire, pour affiner le pronostic ».

Le logiciel dijonnais devrait demander son autorisation de mise sur le marché « dans un an ou deux », selon le professeur, à l'issue de nouveaux tests.

Mais, d'ores et déjà, il préfigure le bouleversement à venir des soins de santé du fait de l'avènement de l'intelligence artificielle. « L'IA va révolutionner complètement la médecine: c'est l'ordinateur qui validera les pronostics du médecin ».


Victimes de cyberattaques attribuées à la Chine, des parlementaires français s'inquiètent

Un homme lit un journal chinois dont la première page couvre la rencontre du président chinois Xi Jinping avec le président français Emmanuel Macron dans une vitrine publique dans un parc de Pékin le 7 avril 2023. (Photo, AFP)
Un homme lit un journal chinois dont la première page couvre la rencontre du président chinois Xi Jinping avec le président français Emmanuel Macron dans une vitrine publique dans un parc de Pékin le 7 avril 2023. (Photo, AFP)
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  • A quelques jours de la venue en France du président chinois Xi Jinping, "nous sommes confrontés à une ingérence étrangère d'envergure manifeste de la part de la Chine", s'inquiète le sénateur centriste Olivier Cadic
  • Lui et six autres parlementaires français affirment avoir fait l'objet, en janvier 2021, d'emails toxiques envoyés par un groupe de hackeurs baptisé APT31

PARIS: Ciblés par une campagne mondiale de cyberespionnage menée par un groupe de hackers aux liens présumés avec l'Etat chinois, plusieurs parlementaires français ont tiré ces derniers jours la sonnette d'alarme devant la "légèreté" de la réponse des autorités face à cet "acte de guerre".

A quelques jours de la venue en France du président chinois Xi Jinping, "nous sommes confrontés à une ingérence étrangère d'envergure manifeste de la part de la Chine", s'inquiète le sénateur centriste Olivier Cadic.

Lui et six autres parlementaires français affirment avoir fait l'objet, en janvier 2021, d'emails toxiques envoyés par un groupe de hackeurs baptisé APT31, que plusieurs pays, dont les Etats-Unis et le Royaume-Uni, considèrent lié au gouvernement chinois.

Le point commun de ces élus ? Tous sont membres de l'alliance interparlementaire sur la Chine (IPAC), une instance crée en 2020 pour agir de manière coordonnée sur différents sujets relatifs à la Chine (Covid, répression des Ouïghours, manifestations à Hong Kong...).

Pour la plupart, ces députés et sénateurs français n'ont pourtant découvert l'existence de cette attaque qu'à la fin du mois de mars 2024, lorsque le ministère de la justice américain a publié un acte d'accusation inculpant sept Chinois pour une "prolifique opération de piratage informatique à l'échelle mondiale". Seraient concernés, notamment, plusieurs centaines de comptes liés à l'IPAC, attaqués en janvier 2021.

Pixels malveillants

Lorsqu'il apprend la nouvelle, l'ex-sénateur André Gattolin, qui coprésidait la branche française de l'IPAC jusqu'en septembre 2023, fait le lien tout de suite: à l'automne 2021, les services informatiques du Sénat avaient trouvé dans son ordinateur professionnel des virus de type "cheval de Troie", à la suite d'une alerte de l'Agence nationale de la sécurité des systèmes d'information (Anssi).

"A l'époque, je rédigeais un rapport très sensible sur les ingérences étatiques dans les universités et la recherche. Déjà, je m'étais demandé si la Chine pouvait être derrière tout ça", affirme l'ancien élu à l'AFP.

En fouillant ses emails, André Gattolin retrouve la "source corrosive": un mail du 6 janvier 2021 lui proposant de soutenir une soi-disant journaliste indépendante chinoise enquêtant sur la pandémie de Covid à Wuhan.

"Je me rends compte que ce mail avait été ouvert", raconte-t-il. "J'appelle l'Anssi, j'ai du mal à me faire entendre. Même son de cloche auprès des services de renseignement intérieur français (DGSI). Je dépose plainte le 4 avril et nous prenons contact à l'IPAC avec le FBI, qui nous assure avoir prévenu les services français dès 2022. Mais personne ne nous a rien dit", ajoute l'ancien sénateur, agacé.

Alertée par son collègue, la députée du parti présidentiel Renaissance Anne Genetet fait la même manipulation sur sa boîte mail et retrouve aussi un courrier suspect du 21 janvier 2021. "Malencontreusement, je l'ouvre. Une image s'affiche immédiatement, je comprends tout de suite qu'un virus malveillant se trouve dans les pixels", raconte la députée, qui porte plainte immédiatement et dont l'ordinateur est sous scellés depuis.

Interrogé par l'AFP, le parquet s'est refusé à tout commentaire sur ce dossier.

" Dysfonctionnements" 

"S'il y avait aussi peu de parlementaires concernés, je serais rassuré", glisse un haut-responsable français familier des questions de défense. Ce dernier note que l'Anssi protège les services informatiques des deux chambres, ce qui permet de "voir passer pas mal de choses". "Mais il est important que toutes les personnalités importantes se disent qu'elles peuvent être interceptées", insiste cette source.

Les mêmes courriers ont été remarqués par des parlementaires du monde entier, en Belgique, au Canada, en Allemagne ou encore au Danemark.

"Il y a au minimum beaucoup de légèreté et de dysfonctionnements. Je m'inquiète de voir cette puissance chinoise qui agit et un silence total en face. Autant faire entrer tout de suite des espions chinois dans les bureaux", reprend André Gattolin.

Interpellé mardi au Sénat, le gouvernement français s'en est tenu à une réponse convenue: "Le mode opératoire d'APT31 fait l'objet d'un suivi particulier", "y compris judiciaire", a assuré la porte-parole du gouvernement Prisca Thevenot, et "le gouvernement n'exclut pas d'attribuer publiquement ces cyberattaques" à l'avenir.

Peu rassurant pour les parlementaires concernés. "C'est une attaque ouverte, officielle, et les autorités le savent", regrette Olivier Cadic. "Ce qu'on nous fait, c'est un acte de guerre".

 


Mort de Nahel: une reconstitution aura lieu dimanche

La diffusion sur les réseaux sociaux d'une vidéo montrant un policier tirant sur l'adolescent de 17 ans à bout portant lors d'un contrôle routier avait engendré plusieurs nuits d'émeutes violentes. (AFP).
La diffusion sur les réseaux sociaux d'une vidéo montrant un policier tirant sur l'adolescent de 17 ans à bout portant lors d'un contrôle routier avait engendré plusieurs nuits d'émeutes violentes. (AFP).
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  • Le policier mis en examen pour homicide volontaire et ses collègues présents, des témoins... "Pour la première fois, toutes les parties seront confrontées à leur déposition sur la scène du crime
  • La diffusion sur les réseaux sociaux d'une vidéo montrant un policier tirant sur l'adolescent de 17 ans à bout portant lors d'un contrôle routier avait engendré plusieurs nuits d'émeutes violentes

NANTERRE: Près d'un an après la mort de Nahel, tué par un tir de policier à Nanterre le 27 juin 2023, la justice réunit dimanche les principaux protagonistes du dossier pour une reconstitution des faits, a appris l'AFP de sources concordantes.

Le policier mis en examen pour homicide volontaire et ses collègues présents, des témoins... "Pour la première fois, toutes les parties seront confrontées à leur déposition sur la scène du crime, c'est un moment fort", souligne Nabil Boudi, avocat de la mère de Nahel.

La diffusion sur les réseaux sociaux d'une vidéo montrant un policier tirant sur l'adolescent de 17 ans à bout portant lors d'un contrôle routier avait engendré plusieurs nuits d'émeutes violentes.

A travers la France, les incendies de bâtiments publics et d'infrastructures ou les pillages de magasins ont causé des dégâts représentant un milliard d'euros, selon le Sénat.

A Nanterre, non loin du rond-point où Nahel a été tué et où aura lieu la reconstitution, certains bâtiments en portent encore les traces.

L'enquête sur la mort de Nahel, devenue un symbole du débat sur les violences policières, doit notamment établir si l'usage de l'arme à feu était légitime.

Une première version policière, selon laquelle l'adolescent aurait foncé sur le motard, a rapidement été infirmée par la vidéo des faits, diffusée sur les réseaux sociaux.

Policier libéré

Pendant cinq mois, le policier auteur du tir, Florian M., âgé de 38 ans au moment des faits, avait été placé en détention provisoire.

Mais en novembre, il a été libéré et placé sous contrôle judiciaire après plusieurs demandes de son conseil.

Les juges qui ont décidé de sa remise en liberté avaient reconnu qu'il existait encore "des divergences entre les différentes versions données", mais que "le risque de concertation" apparaissait désormais, "dans cette configuration, moins prégnant" et "ne saurait justifier la poursuite de la détention provisoire à ce titre".

"L'information judiciaire a progressé", les parties civiles et les deux policiers ayant été auditionnés, ont indiqué les magistrats.

Ils soulignent également que "si le trouble à l'ordre public demeure", "il est moindre qu'à la date du placement en détention provisoire".

Après la libération de Florian M., Mounia, la mère de Nahel qui l'élevait seule, avait appelé à un rassemblement auquel quelques centaines de personnes s'étaient rendues dans le calme.

"Un policier tue un enfant, arabe ou noir, devient millionnaire et sort de prison, retrouve sa famille tranquillement pour les fêtes", avait-elle déploré dans une vidéo, en référence à la cagnotte qui a récolté plus de 1,6 million d'euros en soutien à la famille du policier.

"Elle est très stressée, ça ravive de mauvais souvenirs", estime Me Boudi, son conseil.

L'avocat de Florian M. n'a pas donné suite aux sollicitations de l'AFP.


Mobilisation propalestinienne: Sciences Po Paris évacué, d'autres sites occupés en région

Après une mobilisation émaillée de tensions en fin de semaine dernière à Sciences Po, le mouvement avait été suspendu après l'accord de la direction pour organiser un débat interne -- qualifié de "townhall", terme utilisé aux Etats-Unis pour une grande réunion publique. (AFP).
Après une mobilisation émaillée de tensions en fin de semaine dernière à Sciences Po, le mouvement avait été suspendu après l'accord de la direction pour organiser un débat interne -- qualifié de "townhall", terme utilisé aux Etats-Unis pour une grande réunion publique. (AFP).
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  • "Suite au vote de l'occupation des étudiants, les bâtiments du 25, 27, 30, rue Saint-Guillaume et du 56, rue des Saints-Pères, resteront fermés demain, vendredi 3 mai. Nous invitons à rester en télétravail"
  • Après un débat interne sur le Proche-Orient jeudi matin qu'ils ont jugé "décevant, mais sans surprise", les étudiants du comité Palestine de Sciences Po ont annoncé jeudi après-midi le lancement d'un "sit-in pacifique" dans le hall de l'école

PARIS: Les forces de l'ordre ont évacué vendredi à Sciences Po Paris les militants propalestiniens qui l'occupaient depuis la veille: l'établissement et ses campus restent l'épicentre en France d'une mobilisation étudiante en faveur des Palestiniens, qui enflamme le débat politique.

Une semaine après une mobilisation émaillée déjà de tensions à Sciences Po Paris et une précédente évacuation de locaux, "91 personnes ont été évacuées, sans incident", a précisé la préfecture de police de Paris.

"La fermeté est et restera totale", a fait savoir Matignon.

C'est l'administrateur provisoire, Jean Bassères, qui a requis la force publique pour évacuer ces bâtiments historiques de l'école, rue saint-Guillaume, au coeur d'un quartier huppé de la capitale.

"Je mesure la portée de cette décision difficile et l’émotion qu’elle peut susciter. Je regrette vivement que les multiples tentatives de dialogue n’aient pas permis de l’éviter", a affirmé M. Bassères dans un message envoyé en interne. Il dit être "disposé à poursuivre (le) dialogue dans le respect de nos statuts et des compétences de nos instances".

"Jean Bassères a appelé la police. Il a donné un ultimatum de 20 minutes pour sortir", en raison de "la tenue des examens à partir de lundi et qu'il faut les préparer à partir de demain", a déclaré à la presse Hicham, représentant du Comité Palestine, après sa sortie des locaux occupés.

La mobilisation étudiante en faveur de Gaza et des Palestiniens reste circonscrite à Sciences Po (qui compte entre 5 et 6.000 étudiants dans la capitale), ses campus en régions et aux instituts d'études politiques mais peine à faire tache d'huile dans les universités.

Des députés LFI

Depuis 14H00, un rassemblement en soutien à la cause palestinienne à l'appel de syndicats étudiants réunit entre 250 et 300 personnes place du Panthéon, a constaté l'AFP.

"Ça me touche beaucoup ce qui se passe en Palestine" et "je suis là aussi pour dire qu'il y a encore des jeunes de gauche qui se lèvent pour ce genre de combats", a expliqué Mathis, 18 ans, étudiant en musicologie à Sorbonne Université, qui n''a pas voulu donner son nom de famille.

Des députés LFI étaient présents en soutien.

"Il faut que le gouvernement accepte que les jeunes se mobilisent (...) Ce qui est fait, c'est plutôt de criminaliser, de caricaturer, de calomnier souvent", a critiqué Eric Coquerel, président LFI de la commission des finances à l'Assemblée.

Aux Etats-Unis, les campus d'une quarantaine d'universités connaissent une vague de mobilisation, avec des interventions musclées de la police.

Place de la Sorbonne, à quelques centaines de mètres de Sciences Po Paris, l'Union des étudiants juifs de France (UEJF) tient pendant une bonne partie de la journée une "table du dialogue", avec plusieurs invités, dont le dessinateur Joann Sfar ("Le chat du rabbin").

M. Sfar a estimé auprès de l'AFP "que les étudiants juifs ont leur place aussi dans ce dialogue". "Je comprends la radicalité des étudiants révoltés par ce qui se passe au Proche Orient" et "je suis rassuré dès que je vois des dialogues +humains", a-t-il dit.

Des évacuations ailleurs en France

Ailleurs en France, plusieurs campus de Sciences Po Paris comme au Havre, Dijon, Reims ou Poitiers ont fait l'objet de perturbations, blocages ou occupations partielles, dont certaines ont été levées (Le Havre et Reims).

A Lyon, les forces de l'ordre sont intervenues vendredi pour évacuer dans le calme des manifestants pro-palestiniens de l'institut d'études politiques (qui n'est pas rattaché à Sciences Po Paris).

A Saint-Etienne, la police est également intervenue pour évacuer une quinzaine d'étudiants qui bloquaient l'accès à un site universitaire.

A Menton, Sciences Po Menton a rouvert normalement aujourd'hui, après plusieurs jours de fermeture, selon une étudiante contactée.

A Lille, l'entrée de l'ESJ (l'école de journalisme de Lille) a été débloquée et les examens à Sciences Po Lille ont pu se dérouler après un déploiement de police devant l’entrée de l'établissement, selon une journaliste de l'AFP.

Après un débat interne sur le Proche-Orient organisé jeudi par la direction de Sciences Po Paris, que les étudiants du Comité Palestine ont jugé "décevant", ces derniers avaient effectué un "sit-in pacifique" dans le hall de l'école avant d'occuper le bâtiment. Plusieurs d'entre eux ont déclaré entreprendre une "grève de la faim" en "solidarité avec les victimes palestiniennes".

A l'issue de ce débat, Jean Bassères, a répété qu'il n'était pas question, comme le réclament certains étudiants, d'"investiguer" les relations de Sciences Po avec des universités israéliennes.