Quand l'intelligence artificielle sert à fabriquer des médicaments

Le robot humanoïde Engineered Arts Ameca doté d'une intelligence artificielle est présenté lors du Consumer Electronics Show (CES), le 5 janvier 2022 à Las Vegas, dans le Nevada. (Photo de Patrick T. FALLON / AFP)
Le robot humanoïde Engineered Arts Ameca doté d'une intelligence artificielle est présenté lors du Consumer Electronics Show (CES), le 5 janvier 2022 à Las Vegas, dans le Nevada. (Photo de Patrick T. FALLON / AFP)
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Publié le Lundi 06 juin 2022

Quand l'intelligence artificielle sert à fabriquer des médicaments

  • On pourrait penser que l'IA est désormais mise à toutes les sauces. Mais dans le secteur du médicament, le changement est plus que cosmétique
  • Une visite dans les locaux parisiens de la start-up française Iktos, fondée en 2016, fait comprendre le changement d'ère

PARIS : Trouver un médicament contre la dengue grâce à l'intelligence artificielle (IA)? Ce n'est pas de la science-fiction mais le projet lancé récemment par une ONG européenne, nouveau signe que l'IA a désormais sa place dans le médicament.

L'ONG Drugs for Neglected Diseases Initiative, qui cherche des cures contre des maladies négligées, a lancé en avril un partenariat avec BenevolentAI, une société britannique qui travaille à développer de nouvelles molécules grâce à l'IA. BenevolentAI n'en est pas à son coup d'essai. Elle a notamment mis au jour, durant la pandémie, le rôle que peut jouer dans le traitement des malades du Covid-19 une molécule, baricitinib, développée par le laboratoire Eli Lilly pour une autre maladie.

On pourrait penser que l'IA est désormais mise à toutes les sauces. Mais dans le secteur du médicament, le changement est plus que cosmétique. Début 2020, Exscientia, start-up écossaise, a mis au point avec le laboratoire pharmaceutique japonais Sumitomo Dainippon une première molécule "construite" par l'IA, entrée en essai clinique.

"Ca n'est pas futuriste: l'intelligence artificielle est une approche méthodologique du traitement de la donnée, qui peut servir dans plusieurs étapes du processus de développement de l'industrie du médicament", estime le docteur Thomas Borel, directeur des affaires scientifiques de la fédération des entreprises du médicament (Leem).

Une visite dans les locaux parisiens de la start-up française Iktos, fondée en 2016, fait comprendre le changement d'ère. Ici, on ne trouve aucun microscope ni appareil de biologie, aucun laborantin en blouse blanche. Mais des écrans d'ordinateurs à foison, qui vont croiser des masses de données de santé à une vitesse qu'aucun cerveau humain ne pourrait atteindre.

"L'idée est d'exploiter les données déjà existantes pour obtenir de nouvelles molécules intéressantes, plus rapidement", explique Yann Gaston-Mathé, le dirigeant de la start-up, qu'il a cofondée en 2016.

Son équipe a pour cela utilisé une base mondiale contenant les données de 100 millions de molécules. A partir de celle-ci, "nous avons entraîné un modèle qui va générer automatiquement de nouvelles molécules, et identifier celles qui seront actives sur des cibles biologiques d'intérêt", dépeint Yann Gaston-Mathé.

Iktos a même mis en place une plateforme de recherche de molécules par intelligence artificielle, qu'elle fournit sur abonnement aux sociétés pharmaceutiques.

Intérêt des grands labos

Aqemia, start-up issue de l'École nationale supérieure-PSL, créée en 2019, développe de son côté une plateforme de découverte de médicaments grâce à la physique statistique inspirée du quantique.

"Nous utilisons une intelligence artificielle que l'on dit générative", souligne le fondateur, le chercheur Maximilien Levesque. "On invente des molécules qui vont se coller sur une cible biologique spécifique responsable d'une maladie. L'intelligence artificielle est nourrie par la physique: on a juste besoin de connaître la nature physique de la molécule et de la cible pour calculer leur affinité", décrit-il.

Si les start-up sont à la pointe, les grands laboratoires se penchent de plus en plus sur la question, et y mettent le prix. Le géant américain Bristol-Myers Squibb a ainsi passé un accord avec Exscientia l'an dernier, à qui il pourrait verser plus d'un milliard de dollars. Les Gafam sont aussi de la partie: en 2019, le laboratoire suisse Novartis et le géant Microsoft ont annoncé leur collaboration sur le sujet.

Est-ce pour autant la fin du chimiste dans son laboratoire? Il existe des difficultés majeures, dont l'accès à des données exploitables. Sans oublier la nécessité de trouver les futurs spécialistes des données, experts à la fois en intelligence artificielle et en questions de pharmacologie.

Il y a en outre un aspect réglementaire important, juge Thomas Borel, du Leem. "On utilise par exemple l'IA pour réaliser un bras virtuel de patients lors d'un essai clinique. Mais pour qu'ensuite ce médicament soit accepté, il faut que les systèmes réglementaires reconnaissent la valeur de l'algorithme", dit-il.

"Cela fait des années que les médicaments sont conçus avec l'aide d'ordinateurs", commente de son côté Yann Gaston-Mathé, qui dit vouloir apporter "des outils supplémentaires aux chimistes, sans vouloir remplacer l'homme par la machine".

L'intelligence artificielle en santé, un grand besoin de formation

L'intelligence artificielle dans la santé peut prendre diverses formes: aide au diagnostic, au développement de médicaments... Dans tous les cas, elle nécessite de nouvelles compétences, dit le professeur Xavier Tannier, chercheur au laboratoire d'informatique médicale et d'ingénierie des connaissances en e-Santé à l'université de Paris, la Sorbonne.

De quoi parle-t-on quand on évoque l'intelligence artificielle (IA) en santé?

L'IA, de façon générale, c'est essayer de mettre en œuvre des systèmes qui simulent le raisonnement humain. C'est un terme chapeau, sous lequel il y a différentes disciplines scientifiques, qui ont souvent pour projet d'assister l'intelligence humaine plutôt que de la remplacer par une intelligence artificielle.

Prenons le cas du +machine learning+: c'est un système d'apprentissage, l'une des branches de l'IA. L'idée est de partir de données de santé annotées par des humains. Par exemple, un ensemble d'images avec une indication faite par le médecin: est-ce que telle mammographie indique un cancer, et à quel stade de développement ? Est-ce que le compte rendu médical parle de tumeur métastasée? Il y a donc ce jeu de données annotées par l'humain, qui a donné la bonne réponse. Le système va apprendre à reproduire cette réponse. S'il arrive à généraliser ce qu'il a appris sur ce jeu de données d'entraînement, il va être capable de l'appliquer à un jeu de données qu'il n'a jamais vu.

Cela peut par exemple aider au diagnostic, ou aussi aider au traitement: si des données montrent que des patients avec des profils similaires ont mal réagi à telle ou telle ligne de traitement, cela peut donner des indications sur la thérapie à suivre.

Quelles sont les limites de cette IA?

Il y a des limites techniques assez importantes, spécifiques aux données de santé. Il faut montrer que l'on peut reproduire un modèle appris à partir des données de tel service ou de tel hôpital pour un autre hôpital, voire un autre pays. C'est notamment compliqué car ce sont des données confidentielles, donc pas faciles à partager. Dans d'autres domaines que la santé, il existe de grands jeux de données qui sont partagées dans le monde, cela va donc beaucoup plus vite. Ca n'est pas le cas ici. Nous avons une réglementation qui est peut-être plus restrictive en Europe, en tant que chercheur je m'arrache les cheveux, mais en tant que citoyen je suis satisfait, c'est un environnement plus sain.

Il y a une autre question, celle de l'acceptabilité par les praticiens. Les patients et les médecins n'accepteront telle ou telle aide au diagnostic que s'ils font confiance à cet outil.

Est-ce que la France est bien placée par rapport notamment aux Gafam américains?

La France et plus largement l'Europe ont une recherche de qualité, avec la possibilité de mettre en œuvre les infrastructures qu'il faut. Il y a peut-être un retard du point de vue technique par rapport aux États-Unis, mais nous avons une carte à jouer.

Il faut encourager des parcours multidisciplinaires: il faut former les profils ingénierie et maths informatiques aux enjeux de la santé: pas seulement aux aspects techniques, mais aussi aux questions de données en vie réelle, de réglementation.

C'est déjà le cas, mais par rapport aux besoins, on est loin du compte. Toutefois, les choses sont en train d'évoluer, de grands plans sont mis en place. De nouvelles formations et de nouveaux métiers vont émerger, ce sont des profils précieux.


Iran: Une adolescente dans le coma après une «agression»

«Armita Garawand, une jeune fille de 16 ans, est dans le coma depuis dimanche 1er octobre» ((Photo, X/@abelbalb).
«Armita Garawand, une jeune fille de 16 ans, est dans le coma depuis dimanche 1er octobre» ((Photo, X/@abelbalb).
Capture d'écran d'une vidéo montrant l'incident, dans lequel un groupe de défense des droits affirme qu'Armita Garawand aurait été grièvement blessée lors d'une altercation dans le métro de Téhéran avec des femmes membres de la police des mœurs (Photo, X/@sayajm85).
Capture d'écran d'une vidéo montrant l'incident, dans lequel un groupe de défense des droits affirme qu'Armita Garawand aurait été grièvement blessée lors d'une altercation dans le métro de Téhéran avec des femmes membres de la police des mœurs (Photo, X/@sayajm85).
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  • Armita Garawand a été grièvement blessée lors d'une altercation dans le métro avec des femmes membres de la police des mœurs
  • Le site d'information IranWire, basé hors d'Iran, a cité une source affirmant qu'elle avait été «blessée à la tête» après avoir été poussée par les agents

PARIS: Une adolescente iranienne âgée de 16 ans est tombée dans le coma et est soignée dans un hôpital sous haute surveillance après une "agression" dans le métro de Téhéran, a affirmé mardi un groupe de défense des droits des Kurdes d'Iran.

Selon l'ONG Hengaw, basé en Norvège, l'adolescente, appelée Armita Garawand, a été grièvement blessée lors d'une altercation dans le métro avec des femmes membres de la police des mœurs. Originaire de la ville de Kermanshah, dans l'ouest de l'Iran majoritairement kurde, la jeune fille réside à Téhéran, d'après Hengaw.

Lundi, l'agence de presse officielle iranienne Irna a affirmé qu'une étudiante de 16 ans s'était évanouie dimanche après une "chute de tension" dans le métro. Le directeur général du métro de Téhéran, Masood Dorosti, a nié toute "altercation verbale ou physique" entre l'adolescente "et des passagers ou des cadres du métro".

Les autorités iraniennes restent en alerte, un peu plus d'un an après le décès en détention de Mahsa Amini, une jeune Kurde iranienne arrêtée par des policiers pour avoir prétendument enfreint les règles vestimentaires strictes imposées aux femmes en Iran, dont le port du voile obligatoire en public.

Sa mort a déclenché des protestations qui ont duré plusieurs mois avant de perdre leur élan face à une répression qui a coûté la vie à plus de 550 manifestants, selon le groupe Iran Human Rights (IHR). La famille de Mahsa Amini affirme qu'elle est décédée des suites d'un coup à la tête, ce que les autorités démentent.

«Aucune visite»

D'après Hengaw, "Armita Garawand, une jeune fille de 16 ans, est dans le coma depuis dimanche 1er octobre à la suite de graves blessures provoquées par une agression perpétrée par des agents femmes de la police des mœurs dans le métro Shohada de Téhéran".

La jeune fille est soignée sous haute sécurité à l'hôpital Fajr et "aucune visite n'est actuellement autorisée, pas même de sa famille", a ajouté le groupe, en précisant que les policières ont jugé que l'adolescente ne respectait pas le port du voile.

Maryam Lotfi, journaliste du quotidien Shargh, a cherché au lendemain de l'incident à se rendre à l'hôpital et a été brièvement détenue, selon Hengaw.

L'affaire a alimenté les discussions sur les réseaux sociaux, avec une prétendue vidéo qui, selon certains, montrerait l'adolescente, avec des amis et apparemment sans voile, poussée dans le métro par des policières.

Le site d'information IranWire, basé hors d'Iran, a cité une source affirmant qu'elle avait été "blessée à la tête" après avoir été poussée par les agents.


Accident de bus à Venise: Au moins 21 morts parmi des touristes étrangers

Le site d'un accident de bus à Mestre, Venise, Italie, le 03 octobre 2023 (Photo, AFP).
Le site d'un accident de bus à Mestre, Venise, Italie, le 03 octobre 2023 (Photo, AFP).
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  • «Le bilan, provisoire, fait état d'au moins 21 victimes et de plus de 20 personnes hospitalisées, dont beaucoup sont dans un état très grave», a annoncé Luca Zaia, le gouverneur de la région Vénétie
  • Parmi les victimes se trouvent des «touristes ukrainiens», a indiqué un porte-parole de la mairie, mais aussi des Allemands et des Français

VENISE: Au moins 21 personnes sont mortes et une vingtaine d'autres ont été blessées mardi soir à Venise lorsqu'un bus transportant des touristes, dont des Ukrainiens, des Français et des Allemands, est tombé d'un pont et a pris feu, selon les autorités de cette ville mondialement connue du nord-est de l'Italie.

"Le bilan, provisoire, fait état d'au moins 21 victimes et de plus de 20 personnes hospitalisées, dont beaucoup sont dans un état très grave", a annoncé Luca Zaia, le gouverneur de la région Vénétie, dont Venise est la capitale, déplorant "une tragédie aux proportions énormes".

Parmi les victimes se trouvent des "touristes ukrainiens", a indiqué à l'AFP un porte-parole de la mairie, mais aussi des Allemands et des Français, selon l'agence Ansa. Trois Ukrainiens, un Croate, un Allemand et un Français comptent parmi les blessés, a précisé le porte-parole à l'AFP.

"L'accident a également impliqué quelques mineurs", selon le gouverneur de Vénétie sur Facebook.

L'identification des personnes décédées était toujours en cours dans la nuit de mardi à mercredi et les pompiers s'affairaient auprès de la carcasse du bus carbonisé, renversé sur le toit, a constaté un photographe de l'AFP sur la scène de l'accident, entre Mestre et Marghera, deux localités sur la terre ferme faisant partie de la commune de Venise et donnant sur sa célèbre lagune.

Le bilan pourrait s'aggraver car les sauveteurs attendaient mardi soir le refroidissement des batteries du véhicule hybride - électrique / méthane - pour pouvoir le déplacer et s'assurer qu'aucune autre victime ne se trouvait dans les décombres.

L'accident s'est produit peu après 19H30 locales. Le bus effectuait une navette entre le centre historique de Venise et un camping situé sur la terre ferme pour le compte de la société publique des transports de Venise (ACTV), ce qui explique que "les victimes et blessés sont de plusieurs nationalités, pas seulement italiennes", selon M. Zaia.

La mairie de Venise avait fait état dans un premier bilan de 20 morts dont deux enfants et d'une dizaine de personnes hospitalisées. Le maire Luigi Brugnaro a peu après l'accident décrit "une scène apocalyptique".

Selon Ansa, le patriarche catholique de Venise, Francesso Moraglia, s'est rendu sur place pour bénir les dépouilles des victimes décédées, alignées sous des draps blancs sur quoi avaient été posés des bouquets de fleurs rouges.

Malaise du chauffeur?

La direction des Affaires sanitaires de Venise a immédiatement déclenché le plan d'urgence d'afflux maximum de blessés, rappelant les médecins en service et le personnel des urgences dans les hôpitaux de la région, notamment à Mestre, Padoue et Trévise.

La Première ministre italienne Giorgia Meloni a aussitôt exprimé "ses profondes condoléances". "Je suis en contact avec le maire Luigi Brugnaro et le ministre (des Transports) Matteo Salvini pour suivre les nouvelles de cette tragédie", a-t-elle indiqué dans un communiqué.

A l'étranger, le président français Emmanuel Macron a réagi sur X. "Nos pensées accompagnent ce soir le peuple italien, les familles et les proches des victimes du terrible drame de Venise", a-t-il écrit.

La présidente de la Commission européenne Ursula von der Leyen a fait part, en italien, de ses "sincères condoléances aux familles des victimes et aux blessés", tandis que le président du Conseil européen Charles Michel s'est dit, lui aussi en italien, "profondément affligé par le terrible accident".

Selon les pompiers de Venise, le bus "a pris feu" après être tombé d'un pont enjambant une voie ferrée entre Mestre et Marghera. Selon le quotidien Il Corriere della Sera, le bus de ligne est sortie de sa voie de circulation sur le pont, a défoncé le rail de sécurité et est tombé d'une hauteur d'une dizaine de mètres près des voies ferrées situées en contrebas.

Selon le ministre de l'Intérieur Matteo Piantedosi, "le facteur aggravant a été l'alimentation au méthane (du véhicule), donc le feu s'est propagé rapidement". "Le bilan est tragique et dramatique mais je crains qu'il ne monte", a-t-il déclaré au journal télévisé de la chaîne publique Rai1.

Interrogé sur les causes de l'accident, le vice-Premier ministre Matteo Salvini, également ministre des Transports, a évoqué sur la chaîne Rete4 "l'hypothèse d'un malaise du chauffeur".

Le plus grave accident de ce genre en Italie à ce jour s'était produit le 28 juillet 2013. Un autocar transportant une cinquantaine de passagers, tous originaires de la province de Naples et de retour d'une excursion de trois jours, était tombé d'un viaduc d'une trentaine de mètres près d'Avellino, à une cinquantaine de km à l'est de Naples. Trente-huit personnes étaient mortes sur le coup, deux étaient mortes des suites de leurs blessures.


Donald Trump de retour au tribunal de New York à son procès civil pour fraudes

Le camp Trump rétorque qu'il n'y a aucune irrégularité car les banques ont été remboursées et ne se sont pas déclarées victimes (Reuters).
Le camp Trump rétorque qu'il n'y a aucune irrégularité car les banques ont été remboursées et ne se sont pas déclarées victimes (Reuters).
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  • Le favori dans les sondages du camp républicain pour la présidentielle américaine de 2024 joue gros dans cette affaire, qui menace de lui faire perdre le contrôle de son empire économique
  • Donald Trump, Eric Trump et un autre de ses fils, Donald Trump Jr, sont visés, avec d'autres dirigeants de la Trump Organization

NEW YORK: Donald Trump, jugé avec deux de ses fils pour avoir gonflé de manière frauduleuse la valeur des actifs immobiliers de la Trump Organization, s'est présenté mardi au tribunal de Manhattan au 2e jour de ce procès civil.

Avant d'entrer dans le prétoire, il s'en est de nouveau pris devant la presse à la procureure générale de l'Etat de New York, plaignante dans cette affaire: Letitia James, plus haute magistrate locale et équivalente de ministre new-yorkaise de la Justice, serait "très corrompue" et "extrêmement incompétente", a tonné M. Trump.

Il s'est ensuite assis dans la salle d'audience, en face du juge Arthur Engoron, et en présence d'un de ses fils, Eric Trump, et de Letitia James.

Le favori dans les sondages du camp républicain pour la présidentielle américaine de 2024 joue gros dans cette affaire, qui menace de lui faire perdre le contrôle de son empire économique, en plus de pénalités financières pouvant atteindre 250 millions de dollars.

Lundi, au premier jour des débats, l'ancien président américain a dénoncé à plusieurs reprises à l'extérieur de la salle d'audience un "simulacre" de justice, accusant le juge Engoron, d'être "un voyou", et Mme James, qui est une élue démocrate afro-américaine, d'être "raciste" et "corrompue".

Donald Trump, Eric Trump et un autre de ses fils, Donald Trump Jr, sont visés, avec d'autres dirigeants de la Trump Organization, par une plainte au civil de Letitia James, qui les accuse d'avoir gonflé leurs actifs de manière colossale pour obtenir des prêts plus favorables auprès des banques et de meilleures conditions d'assurance.

Le camp Trump rétorque qu'il n'y a aucune irrégularité car les banques ont été remboursées et ne se sont pas déclarées victimes, et que les évaluations des actifs immobiliers sont forcément subjectives.

Mais avant même le début du procès, le juge Engoron avait estimé la semaine dernière dans une décision accablante pour Donald Trump que des "fraudes répétées" étaient établies, et que le parquet général avait démontré des surévaluations d'actifs entre "812 millions et 2,2 milliards de dollars par an" de 2014 à 2021.

En conséquence, le magistrat a ordonné le retrait des licences commerciales dans l'Etat de New York à Donald Trump et à ses fils dirigeants de la Trump Organization, ainsi que la confiscation des sociétés visées par la plainte, pour qu'elles soient confiées à des liquidateurs.