Quand l'intelligence artificielle sert à fabriquer des médicaments

Le robot humanoïde Engineered Arts Ameca doté d'une intelligence artificielle est présenté lors du Consumer Electronics Show (CES), le 5 janvier 2022 à Las Vegas, dans le Nevada. (Photo de Patrick T. FALLON / AFP)
Le robot humanoïde Engineered Arts Ameca doté d'une intelligence artificielle est présenté lors du Consumer Electronics Show (CES), le 5 janvier 2022 à Las Vegas, dans le Nevada. (Photo de Patrick T. FALLON / AFP)
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Publié le Lundi 06 juin 2022

Quand l'intelligence artificielle sert à fabriquer des médicaments

  • On pourrait penser que l'IA est désormais mise à toutes les sauces. Mais dans le secteur du médicament, le changement est plus que cosmétique
  • Une visite dans les locaux parisiens de la start-up française Iktos, fondée en 2016, fait comprendre le changement d'ère

PARIS : Trouver un médicament contre la dengue grâce à l'intelligence artificielle (IA)? Ce n'est pas de la science-fiction mais le projet lancé récemment par une ONG européenne, nouveau signe que l'IA a désormais sa place dans le médicament.

L'ONG Drugs for Neglected Diseases Initiative, qui cherche des cures contre des maladies négligées, a lancé en avril un partenariat avec BenevolentAI, une société britannique qui travaille à développer de nouvelles molécules grâce à l'IA. BenevolentAI n'en est pas à son coup d'essai. Elle a notamment mis au jour, durant la pandémie, le rôle que peut jouer dans le traitement des malades du Covid-19 une molécule, baricitinib, développée par le laboratoire Eli Lilly pour une autre maladie.

On pourrait penser que l'IA est désormais mise à toutes les sauces. Mais dans le secteur du médicament, le changement est plus que cosmétique. Début 2020, Exscientia, start-up écossaise, a mis au point avec le laboratoire pharmaceutique japonais Sumitomo Dainippon une première molécule "construite" par l'IA, entrée en essai clinique.

"Ca n'est pas futuriste: l'intelligence artificielle est une approche méthodologique du traitement de la donnée, qui peut servir dans plusieurs étapes du processus de développement de l'industrie du médicament", estime le docteur Thomas Borel, directeur des affaires scientifiques de la fédération des entreprises du médicament (Leem).

Une visite dans les locaux parisiens de la start-up française Iktos, fondée en 2016, fait comprendre le changement d'ère. Ici, on ne trouve aucun microscope ni appareil de biologie, aucun laborantin en blouse blanche. Mais des écrans d'ordinateurs à foison, qui vont croiser des masses de données de santé à une vitesse qu'aucun cerveau humain ne pourrait atteindre.

"L'idée est d'exploiter les données déjà existantes pour obtenir de nouvelles molécules intéressantes, plus rapidement", explique Yann Gaston-Mathé, le dirigeant de la start-up, qu'il a cofondée en 2016.

Son équipe a pour cela utilisé une base mondiale contenant les données de 100 millions de molécules. A partir de celle-ci, "nous avons entraîné un modèle qui va générer automatiquement de nouvelles molécules, et identifier celles qui seront actives sur des cibles biologiques d'intérêt", dépeint Yann Gaston-Mathé.

Iktos a même mis en place une plateforme de recherche de molécules par intelligence artificielle, qu'elle fournit sur abonnement aux sociétés pharmaceutiques.

Intérêt des grands labos

Aqemia, start-up issue de l'École nationale supérieure-PSL, créée en 2019, développe de son côté une plateforme de découverte de médicaments grâce à la physique statistique inspirée du quantique.

"Nous utilisons une intelligence artificielle que l'on dit générative", souligne le fondateur, le chercheur Maximilien Levesque. "On invente des molécules qui vont se coller sur une cible biologique spécifique responsable d'une maladie. L'intelligence artificielle est nourrie par la physique: on a juste besoin de connaître la nature physique de la molécule et de la cible pour calculer leur affinité", décrit-il.

Si les start-up sont à la pointe, les grands laboratoires se penchent de plus en plus sur la question, et y mettent le prix. Le géant américain Bristol-Myers Squibb a ainsi passé un accord avec Exscientia l'an dernier, à qui il pourrait verser plus d'un milliard de dollars. Les Gafam sont aussi de la partie: en 2019, le laboratoire suisse Novartis et le géant Microsoft ont annoncé leur collaboration sur le sujet.

Est-ce pour autant la fin du chimiste dans son laboratoire? Il existe des difficultés majeures, dont l'accès à des données exploitables. Sans oublier la nécessité de trouver les futurs spécialistes des données, experts à la fois en intelligence artificielle et en questions de pharmacologie.

Il y a en outre un aspect réglementaire important, juge Thomas Borel, du Leem. "On utilise par exemple l'IA pour réaliser un bras virtuel de patients lors d'un essai clinique. Mais pour qu'ensuite ce médicament soit accepté, il faut que les systèmes réglementaires reconnaissent la valeur de l'algorithme", dit-il.

"Cela fait des années que les médicaments sont conçus avec l'aide d'ordinateurs", commente de son côté Yann Gaston-Mathé, qui dit vouloir apporter "des outils supplémentaires aux chimistes, sans vouloir remplacer l'homme par la machine".

L'intelligence artificielle en santé, un grand besoin de formation

L'intelligence artificielle dans la santé peut prendre diverses formes: aide au diagnostic, au développement de médicaments... Dans tous les cas, elle nécessite de nouvelles compétences, dit le professeur Xavier Tannier, chercheur au laboratoire d'informatique médicale et d'ingénierie des connaissances en e-Santé à l'université de Paris, la Sorbonne.

De quoi parle-t-on quand on évoque l'intelligence artificielle (IA) en santé?

L'IA, de façon générale, c'est essayer de mettre en œuvre des systèmes qui simulent le raisonnement humain. C'est un terme chapeau, sous lequel il y a différentes disciplines scientifiques, qui ont souvent pour projet d'assister l'intelligence humaine plutôt que de la remplacer par une intelligence artificielle.

Prenons le cas du +machine learning+: c'est un système d'apprentissage, l'une des branches de l'IA. L'idée est de partir de données de santé annotées par des humains. Par exemple, un ensemble d'images avec une indication faite par le médecin: est-ce que telle mammographie indique un cancer, et à quel stade de développement ? Est-ce que le compte rendu médical parle de tumeur métastasée? Il y a donc ce jeu de données annotées par l'humain, qui a donné la bonne réponse. Le système va apprendre à reproduire cette réponse. S'il arrive à généraliser ce qu'il a appris sur ce jeu de données d'entraînement, il va être capable de l'appliquer à un jeu de données qu'il n'a jamais vu.

Cela peut par exemple aider au diagnostic, ou aussi aider au traitement: si des données montrent que des patients avec des profils similaires ont mal réagi à telle ou telle ligne de traitement, cela peut donner des indications sur la thérapie à suivre.

Quelles sont les limites de cette IA?

Il y a des limites techniques assez importantes, spécifiques aux données de santé. Il faut montrer que l'on peut reproduire un modèle appris à partir des données de tel service ou de tel hôpital pour un autre hôpital, voire un autre pays. C'est notamment compliqué car ce sont des données confidentielles, donc pas faciles à partager. Dans d'autres domaines que la santé, il existe de grands jeux de données qui sont partagées dans le monde, cela va donc beaucoup plus vite. Ca n'est pas le cas ici. Nous avons une réglementation qui est peut-être plus restrictive en Europe, en tant que chercheur je m'arrache les cheveux, mais en tant que citoyen je suis satisfait, c'est un environnement plus sain.

Il y a une autre question, celle de l'acceptabilité par les praticiens. Les patients et les médecins n'accepteront telle ou telle aide au diagnostic que s'ils font confiance à cet outil.

Est-ce que la France est bien placée par rapport notamment aux Gafam américains?

La France et plus largement l'Europe ont une recherche de qualité, avec la possibilité de mettre en œuvre les infrastructures qu'il faut. Il y a peut-être un retard du point de vue technique par rapport aux États-Unis, mais nous avons une carte à jouer.

Il faut encourager des parcours multidisciplinaires: il faut former les profils ingénierie et maths informatiques aux enjeux de la santé: pas seulement aux aspects techniques, mais aussi aux questions de données en vie réelle, de réglementation.

C'est déjà le cas, mais par rapport aux besoins, on est loin du compte. Toutefois, les choses sont en train d'évoluer, de grands plans sont mis en place. De nouvelles formations et de nouveaux métiers vont émerger, ce sont des profils précieux.


Une vérification nucléaire «très poussée» est nécessaire en Iran après la guerre, selon le chef de l'AIEA

Un système de vérification "très poussé" est nécessaire en Iran après le récent conflit afin de s'assurer que le pays ne développe pas d'armes nucléaires, a déclaré vendredi le directeur général de l'Agence internationale de l'énergie atomique (AIEA).
Un système de vérification "très poussé" est nécessaire en Iran après le récent conflit afin de s'assurer que le pays ne développe pas d'armes nucléaires, a déclaré vendredi le directeur général de l'Agence internationale de l'énergie atomique (AIEA).
  • "L'objectif de cet accord (entre les États-Unis et l'Iran) est de garantir qu'il n'y ait pas de développement d'armes nucléaires en Iran. Le gouvernement iranien a déclaré très clairement que ce n'est pas son intention", a indiqué Rafael Grossi
  • "Mais bien sûr, les intentions ne suffisent pas. Nous devons mettre en place un système de vérification très poussé (...) dès que possible", a ajouté M. Grossi

TOKYO: Un système de vérification "très poussé" est nécessaire en Iran après le récent conflit afin de s'assurer que le pays ne développe pas d'armes nucléaires, a déclaré vendredi le directeur général de l'Agence internationale de l'énergie atomique (AIEA).

"L'objectif de cet accord (entre les États-Unis et l'Iran) est de garantir qu'il n'y ait pas de développement d'armes nucléaires en Iran. Le gouvernement iranien a déclaré très clairement que ce n'est pas son intention", a indiqué Rafael Grossi lors d'une conférence de presse au Japon.

"Mais bien sûr, les intentions ne suffisent pas. Nous devons mettre en place un système de vérification très poussé (...) dès que possible", a ajouté M. Grossi.

Il a également indiqué que l'organisme de surveillance avait "à peine entamé" des discussions avec l'Iran à la suite de son récent accord préliminaire avec les États-Unis sur le devenir du stock d'uranium de Téhéran.

"Des discussions initiales ont eu lieu (...) Nous nous attendons à ce que ce travail s'accélère prochainement", a déclaré M. Grossi.

Téhéran a toujours nié chercher à se doter de la bombe atomique, tout en restant inflexible sur son droit à exploiter une filière nucléaire civile complète.

En vertu d'une loi votée par le Parlement, les autorités iraniennes ont suspendu en juillet 2025 la coopération avec l'AIEA.

Elles avaient toutefois accepté en septembre d'accueillir de nouveau des inspecteurs, après s'être mis d'accord sur un nouveau cadre et des membres de l'agence se sont rendus ces derniers mois sur place, y compris en juin 2026 pour visiter la centrale nucléaire de Bouchehr. Mais ils n'ont pas eu accès aux sites bombardés.

 


Séisme au Venezuela: au moins 235 morts, recherche effrénée des disparus

Les recherches effrénées continuent vendredi au Venezuela dans les décombres d'immeubles effondrés pour tenter de secourir d'éventuels survivants dans les décombres, deux jours après un double séisme dévastateur qui a fait au moins 235 morts, selon le dernier bilan officiel. (AFP)
Les recherches effrénées continuent vendredi au Venezuela dans les décombres d'immeubles effondrés pour tenter de secourir d'éventuels survivants dans les décombres, deux jours après un double séisme dévastateur qui a fait au moins 235 morts, selon le dernier bilan officiel. (AFP)
  • "Malheureusement, nous avons accueilli environ 235 patients qui sont arrivés sans signes vitaux ou qui sont décédés dès leur arrivée dans nos établissements de santé"
  • Deux Espagnols, un Portugais, deux Brésiliens, un Italo-vénézuélien, deux Chinois figurent parmi les morts. Le ministère des Affaires étrangères espagnol a par ailleurs fait état vendredi matin de 80 Espagnols encore non localisés

LA GUAIRA: Les recherches effrénées continuent vendredi au Venezuela dans les décombres d'immeubles effondrés pour tenter de secourir d'éventuels survivants dans les décombres, deux jours après un double séisme dévastateur qui a fait au moins 235 morts, selon le dernier bilan officiel.

"Malheureusement, nous avons accueilli environ 235 patients qui sont arrivés sans signes vitaux ou qui sont décédés dès leur arrivée dans nos établissements de santé", a déclaré le ministre de la Santé Carlos Alvarado à la télévision d'Etat.

Deux Espagnols, un Portugais, deux Brésiliens, un Italo-vénézuélien, deux Chinois figurent parmi les morts. Le ministère des Affaires étrangères espagnol a par ailleurs fait état vendredi matin de 80 Espagnols encore non localisés.

Le séisme a fait également au moins 4.300 blessés à travers le pays, selon le ministre. Mais aussi un Italien, deux Brésiliens et deux Chinois, selon les autorités de leurs pays d'origine.

Bâtiments aplatis, montagnes de gravats où des familles en détresse tentent de retrouver des personnes ensevelies: à l'épicentre du tremblement de terre, les équipes de l'AFP ont constaté d'impressionnantes scènes de destruction qui font craindre un bilan bien plus lourd.

La zone la plus durement touchée est celle de La Guaira, au nord de la capitale Caracas, où se trouvent l'aéroport international de Maiquetia qui, endommagé, a été fermé, et la ville côtière de Catia la Mar, où plusieurs immeubles se sont écroulés.

Voix d'outre-tombe 

Comme celui où habite Antonio Bermudez: "Il y a un endroit d'où une jeune femme appelée Jennifer, du onzième étage, me répond. Mais nous n'avons aucun outil, nous n'avons aucun moyen pour aider" à l'extraire des décombres, explique-t-il.

Sur les réseaux sociaux, des vidéos ont montré des scènes glaçantes de voix comme venues d'outre-tombe, audibles en certains endroits sous les monceaux de gravats, cris désespérés des enterrés vivants appelant au secours.

Lisbeth Vazquez, 37 ans, raconte à l'AFP comment les siens se sont échappés in extremis par les fenêtres de l'appartement familial lorsque l'immeuble était "en train de s'enfoncer complètement" dans le sol. "C'était terrifiant", dit-elle : "Des voisins des étages inférieurs sont ensevelis, on essaie de les sortir".

"Il ne nous reste plus rien. Rien, pas même la force ni le courage d'entrer là-dedans", soupire Larry Rojas, 49 ans, devant un tas de décombres sous lequel sont ensevelis ses proches.

"On a besoin de gens qui viennent aider. Il y a ici une petite fille qui est coincée depuis hier soir, on peut la sortir, on a besoin d'une pelleteuse", s'écrie désespéré Dani Rizo, un autre habitant du bâtiment, âge de 48 ans.

L'assistance internationale s'organise. Les Etats-Unis ont promis une réponse "importante", "rapide et efficace", par la voix de leur secrétaire d'Etat, Marco Rubio. Le département d'Etat a également annoncé l'envoi de secouristes et le déblocage d'une aide de 150 millions de dollars. L'armée américaine a fait savoir qu'elle déploierait des navires militaires, des avions et des hélicoptères en soutien aux secours.

Le Brésil a annoncé l'envoi d'aide à son voisin. De même que la Chine, l'Inde, de nombreux pays européens et latino-américains et même l'Iran, un traditionnel allié de Caracas ravagé par la guerre contre les Etats-Unis et Israël.

"Ca tremble" 

La présidente par intérim, Delcy Rodriguez, a décrété l'état d'urgence peu après la double secousse de magnitude 7,2 et 7,5, qui s'est produite mercredi à 18H04 (22H04 GMT).

D'après les données du Service géologique des Etats-Unis (USGS), le tremblement de terre de 7,5 est le plus fort depuis 1900 à avoir frappé le Venezuela, un pays de près de 30 millions d'habitants à l'économie en crise depuis des années.

La première secousse s'est produite à une profondeur de 21,9 km, à environ 200 km à l'ouest de Caracas. Elle a été suivie d'une seconde à 10 km de profondeur, enregistrée 39 secondes plus tard à 45 km de là, puis d'une vingtaine de répliques, selon l'USGS.

Dans la capitale, où de nombreux immeubles se sont effondrés, des rues sont jonchées de débris de verre et beaucoup de gens ont passé la nuit dehors, souvent dans leur voiture, tremblant à chacune des répliques.

Les lieux sinistrés ont également été victimes de pillages. A Catia la Mar, des hommes et des femmes sortaient les bras chargés de sacs remplis de victuailles d'un commerce d'alimentation en partie incendié, ont constaté des journalistes de l'AFP.

Des coupures d'électricité sont signalées et le ministre de l'Intérieur, Diosdado Cabello, a dit avoir ordonné la coupure de l'alimentation en gaz pour "éviter tout accident".

Jeudi matin, quasiment aucun commerce n'était ouvert et la circulation automobile était dense, de nombreux habitants de Caracas cherchant à se réfugier loin des immeubles en péril.

"Ça tremble, ça tremble en ce moment", se sont mis à crier au moment d'une réplique des personnes rassemblées autour d'un immeuble déjà à terre.

"Avant même ces séismes, près de huit millions de personnes au Venezuela avaient besoin d'une aide humanitaire", a rappelé le secrétaire général adjoint de l'ONU aux Affaires humanitaires, Tom Fletcher.

Si l'aéroport international de Maiquetia a été fermé en raison de "graves dommages dans ses infrastructures" selon Mme Rodriguez, Caracas pourra disposer de l'aéroport militaire de La Carlota, situé en pleine zone métropolitaine, pour l'aide internationale.

 


Rubio met en garde contre le «chaos total» en cas de péage à Ormuz

"Si nous acceptons que l'on puisse faire payer l'utilisation d'une voie navigable internationale parce qu'elle se trouve à proximité de son espace territorial, cela se propagerait alors à travers le monde comme une épidémie", a averti Marco Rubio, lors d'une réunion avec ses homologues du Conseil de coopération du Golfe (CCG) à Manama (Bahreïn). (AFP)
"Si nous acceptons que l'on puisse faire payer l'utilisation d'une voie navigable internationale parce qu'elle se trouve à proximité de son espace territorial, cela se propagerait alors à travers le monde comme une épidémie", a averti Marco Rubio, lors d'une réunion avec ses homologues du Conseil de coopération du Golfe (CCG) à Manama (Bahreïn). (AFP)
  • L'Iran réfléchit à l'imposition de "droits de redevance", qui n'existaient pas avant la guerre, auxquels les Etats-Unis sont radicalement opposés
  • C'est l'un des principaux points d'achoppement entre les deux pays qui ont récemment signé un protocole d'accord pour mettre fin durablement à la guerre au Moyen-Orient

MANAMA: Le secrétaire d'Etat américain Marco Rubio, en tournée dans le Golfe, a mis en garde jeudi contre le "chaos total" que pourrait engendrer la mise en place par l'Iran de frais dont devraient s'acquitter les navires dans le détroit d'Ormuz.

Plus tôt jeudi, Téhéran avait menacé de "mesures appropriées" contre tout bateau s'aventurant à franchir le détroit sans leur autorisation, semblant répondre à l'aonnonce par Oman de l'ouverture d'un "corridor maritime temporaire" présenté comme une intiative concertée avec l'ONU.

Ormuz est une étroite voie navigable d'une trentaine de kilomètres de large qui sépare l'Iran et Oman, mais le seul passage autorisé par l'Iran se fait dans un couloir qui longe ses côtes.

L'Iran réfléchit à l'imposition de "droits de redevance", qui n'existaient pas avant la guerre, auxquels les Etats-Unis sont radicalement opposés - c'est l'un des principaux points d'achoppement entre les deux pays qui ont récemment signé un protocole d'accord pour mettre fin durablement à la guerre au Moyen-Orient.

"Si nous acceptons que l'on puisse faire payer l'utilisation d'une voie navigable internationale parce qu'elle se trouve à proximité de son espace territorial, cela se propagerait alors à travers le monde comme une épidémie", a averti Marco Rubio, lors d'une réunion avec ses homologues du Conseil de coopération du Golfe (CCG) à Manama (Bahreïn).

Le chef de la diplomatie américaine, venu rassurer ses alliés du Golfe largement ciblés par Téhéran pendant la guerre en représailles des frappes israélo-américaines sur l'Iran, a ajouté que les Etats-Unis souhaitaient un accord de paix, mais pas "à n'importe quel prix".

"Nous voulons un accord qui soit bon, nous voulons un accord qui soit réel, nous voulons un accord qui soit vérifiable, et nous voulons un accord qui soit respecté", a poursuivi M. Rubio.

Le responsable, qui s'est rendu aux Emirats arabes unis, au Koweït et à Bahreïn, a également donné l'assurance que les intérêts des pays du Golfe seraient pris en compte.

"Nous voulons nous assurer qu'aucune partie de cet accord ne porte atteinte, de quelque manière que ce soit, à la sécurité, à la stabilité ou à la prospérité de l'un de nos partenaires de la région du Golfe", a-t-il souligné.

Son homologue de Bahreïn, Abdoullatif ben Rachid Al Zayani, a lui mis en avant les "incertitudes" affectant ces pays.

Les monarchies du Golfe ont payé un lourd tribut à l'offensive américano-israélienne lancée le 28 février contre l'Iran. Elles accueillent des bases militaires américaines et ont été visées par des missiles et drones iraniens en représailles.