PARIS : Variants, mutations... A la fois anxiogènes et rattachés à un domaine très technique, ces termes sont une source de crainte pour le grand public, mis à rude épreuve par la pandémie de Covid-19. Le point sur ce qu'on en sait.

Combien de variants?

A ce stade, trois sont considérés comme particulièrement préoccupants, ceux qui ont d'abord été détectés en Angleterre, en Afrique du Sud et au Japon (mais sur des voyageurs venant du Brésil, d'où son nom commun de «variant brésilien»).

Parallèlement, il existe une deuxième catégorie de variants, surveillés par la communauté scientifique internationale à cause de leurs caractéristiques génétiques potentiellement problématiques mais qui ne circulent encore qu'à moindre échelle.

«Les semaines et les mois à venir nous diront s'ils entrent dans la catégorie des variants très inquiétants qui se diffusent très vite, ou s'ils vont rester des variants qui circulent à bas bruit», explique Etienne Simon-Lorière, responsable de l'unité de génomique évolutive des virus à ARN à l'Institut Pasteur (Paris).

Tous ces variants sont classés par famille, ou «lignée»: selon les mutations qu'ils ont acquises, ils occupent une place précise dans l'arbre généalogique du virus SARS-CoV-2 d'origine.

La liste s'est allongée ces dernières semaines.

Par exemple, une lignée baptisée B.1.525 a été repérée en Ecosse, au Nigeria, en France ou en Australie. D'autres variants ont été détectés en Californie, en Zambie, en Ouganda ou encore en Finlande.

 Quelles conséquences?

«En soi, l'apparition de variants est tout sauf une surprise: c'est un processus naturel puisque le virus acquiert des mutations au fil du temps, pour assurer sa survie. Plus de 4 000 variants du SARS-CoV-2 ont été identifiés à travers le monde», expliquent ainsi les services de santé britannique sur leur site internet.

Parmi eux, «seule une petite proportion est une source de préoccupation pour la santé publique», soulignent des spécialistes américains, dont l'expert gouvernemental Anthony Fauci.

En cause, les mutations qu'ils portent.

Ainsi, les variants anglais, sud-africain et brésilien partagent une mutation appelée N501Y, qui pourrait les rendre plus transmissibles. Et les variants sud-africain et brésilien portent une autre mutation, E484K, suspectée d'amoindrir l'immunité acquise soit par une infection passée (avec donc une possibilité accrue de réinfection), soit par les vaccins.

Pour le grand public, difficile de s'y retrouver, d'autant que ces variants ont des noms très techniques, sans harmonisation internationale. Par exemple, le variant anglais s'appelle 501Y.V1 ou VOC202012/01 et appartient à la lignée B.1.1.7.

Les scientifiques mettent en garde contre l'abus de langage que représentent à leurs yeux les termes variants «anglais» ou «sud-africain», jugés stigmatisants pour les pays.

 Plus contagieux?

«Au moins pour le variant anglais, et de plus en plus pour le sud-africain, on est convaincu qu'ils ont une transmissibilité accrue», explique Etienne Simon-Lorière.

Mais ce constat ne s'appuie pour l'instant que sur des données épidémiologiques: les chercheurs observent à quelle vitesse les variants se propagent et en déduisent à quel point ils sont plus contagieux.

Cela ne permet donc pas d'avoir un chiffre catégorique, puisque les résultats peuvent varier selon les mesures de restriction en place dans les régions concernées.

Ainsi, les autorités britanniques ont d'abord annoncé que le variant anglais était 50 à 70% plus transmissible, sur la base des observations faites localement. Mais le fait qu'on n'ait pas assisté à de telles explosions dans d'autres pays tend à nuancer cette affirmation.

Plusieurs équipes de chercheurs dans le monde sont en train d'analyser les caractéristiques biologiques de ces variants, dans l'espoir de savoir pourquoi ils semblent plus contagieux. 

Il y a des hypothèses à étudier: peut-être que la charge virale est plus élevée, que le variant peut entrer plus facilement dans les cellules ou qu'il se multiplie plus vite», déclare Olivier Schwartz, responsable de l'unité Virus et Immunité à l'Institut Pasteur, qui dirige l'une de ces équipes.

Des chercheurs de l'université américaine de Harvard ont émis une autre hypothèse. Selon eux, l'infection provoquée par le variant anglais pourrait durer plus longtemps: un individu infecté resterait donc contagieux pendant une plus grande période qu'avec le coronavirus classique.

Si cela se confirme, «cela pourrait nécessiter une période d'isolement plus longue que les 10 jours actuellement recommandés», écrivent ces chercheurs dans une étude récemment rendue publique.

Mais ce type de recherches prend du temps, et il faudra encore plusieurs semaines, voire mois pour avoir des réponses définitives.

 Quelle efficacité des vaccins?

«Ce qui ressort des tests, c'est que visiblement, le variant anglais n'est pas une source d'inquiétude, mais que le variant sud-africain l'est», explique Etienne Simon-Lorière.

Plusieurs études in vitro convergent en effet pour dire que le variant sud-africain (appelé 501Y.V2 ou du nom de sa lignée B.1.351) semble réduire l'efficacité des vaccins, notamment à cause de la fameuse mutation E484K.

Les deux dernières ont été publiées mercredi dans la revue médicale NEJM et ont été réalisés par des scientifiques de Pfizer/BioNTech et Moderna, les fabricants des deux principaux vaccins.

Elles montrent que la quantité d'anticorps protecteurs produits après l'injection de ces deux vaccins est moins importante quand on est en présence du variant sud-africain (par rapport au variant anglais ou au coronavirus classique). Cela laisse donc supposer que la protection est plus faible.

L'équipe du Pr Schwartz a réalisé une étude du même type, selon laquelle «il est beaucoup plus difficile de protéger contre le variant sud-africain au cours du temps».

Des observations similaires ont été faites pour d'autres vaccins, ceux d'AstraZeneca (abandonné par l'Afrique du Sud pour cette raison), Novavax ou Johnson & Johnson.

Toutefois, les scientifiques mettent en garde contre les conclusions hâtives.

D'abord, même si les vaccins sont moins efficaces face au variant sud-africain, cela ne veut pas dire qu'ils ne seront plus efficaces du tout.

En outre, ces recherches se focalisent uniquement sur une seule réponse de l'organisme après la vaccination, la production d'anticorps: «elles n'évaluent pas d'autres types d'immunité potentielle, telle que l'activité des lymphocytes T et B» (c'est ce qu'on appelle l'immunité cellulaire, ndlr), notent le Pr Fauci et ses collègues dans l'article du Jama.

 Qu'est-ce qui nous attend ? 

«Des variants contre lesquels les vaccins actuels pourraient être moins efficaces (...) vont probablement continuer à émerger», met en garde le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).

Tout en appelant à vacciner le plus vite possible pour prendre les variants de vitesse, les autorités sanitaires mondiales demandent aux fabricants de travailler à des vaccins de nouvelle génération, adaptés à des variants émergents.

En outre, l'Union européenne et les Etats-Unis ont annoncé cette semaine la mise en place de programmes destinés à renforcer les opérations de séquençage génétique, indispensables pour suivre la progression des variants et repérer rapidement l'apparition de nouveaux.

En attendant, les scientifiques insistent sur le respect des mesures barrières, aussi cruciales contre les variants que contre le coronavirus classique.