Mise à disposition de la plus grande base de données de protéines humaines

Les chercheurs de Google DeepMind et du Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL) ont dévoilé jeudi une base de données, libre d'accès, de 20 000 protéines exprimées par le génome humain. (Photo, AFP)
Les chercheurs de Google DeepMind et du Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL) ont dévoilé jeudi une base de données, libre d'accès, de 20 000 protéines exprimées par le génome humain. (Photo, AFP)
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Publié le Vendredi 23 juillet 2021

Mise à disposition de la plus grande base de données de protéines humaines

  • Les applications potentielles de ces données vont de la recherche sur les maladies génétiques à l’ingénierie de récoltes résistant à la sécheresse
  • La capacité à prédire avec un programme informatique la forme d'une protéine à partir de sa séquence d'acides aminés est déjà mise à profit dans certains secteurs de la recherche

PARIS : Des scientifiques ont annoncé jeudi dans la revue Nature la mise à disposition de la plus grande base de données de protéines qui forment les briques de la vie, ce qui va "changer fondamentalement la recherche en biologie", selon des spécialistes. 

Chaque cellule d'un organisme vivant exécute sa fonction à l'aide de protéines qui livrent en permanence des instructions pour maintenir en bonne santé cette cellule et combattre les infections.

A la différence du génome --la séquence des gènes qui encodent la vie cellulaire--, le protéome humain change en permanence en réponse à des instructions génétiques et des stimuli extérieurs.

La compréhension du fonctionnement des protéines, via la forme qu'elles adoptent, au sein des cellules, est un véritable défi. Les scientifiques se sont échinés à déterminer par l'expérimentation leur fonction précise. Mais après 50 ans de recherche, on ne connait que 17% des acides aminés, ou composants, du protéome humain.

Les chercheurs de Google DeepMind et du Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL) ont dévoilé jeudi une base de données, libre d'accès, de 20 000 protéines exprimées par le génome humain. Auxquelles s'ajoutent 350 000 protéines de 20 organismes, comme des bactéries ou des souris, utilisés par la recherche. 

Cette base a été obtenue grâce à un programme d'apprentissage automatique capable de prédire avec précision la forme d'une protéine à partir de sa séquence d'acides aminés. Le programme AlphaFold s'est entraîné sur une base de 170 000 structures connues de protéines et il a ensuite prédit la forme de 58% de toutes les protéines du protéome humain. Ce qui a plus que doublé le nombre de structures de protéines humaines connues avec précision.

Les applications potentielles de ces données vont de la recherche sur les maladies génétiques à l’ingénierie de récoltes résistant à la sécheresse.

Selon Paul Nurse, prix Nobel de médecine et directeur de l'Institut Francis Crick, cette avancée est "un grand pas pour l'innovation en biologie". 

John McGeehan, directeur du Centre for Enzyme Innovation à l'Université de Portsmouth, a remarqué que "ce qui prenait des mois et des années à accomplir a été fait en un week-end par AlphaFold".

La capacité à prédire avec un programme informatique la forme d'une protéine à partir de sa séquence d'acides aminés est déjà mise à profit dans certains secteurs de la recherche.


L'armée américaine tire sur un pétrolier au large d'Oman, trois Indiens portés disparus

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  • "Sur 24 membres d'équipage indiens à bord, 21 ont été secourus jusqu'à présent et trois sont portés disparus", a précisé le ministère indien des Affaires étrangères dans un communiqué
  • L'Inde a convoqué le chargé d'affaires américain à New Delhi et exprimé une "vive protestation" concernant l'attaque, a indiqué à l'AFP un haut responsable du gouvernement indien

DUBAI: Trois membres d'équipage indiens sont portés disparus mercredi, après une attaque revendiquée par l'armée américaine contre un pétrolier au large d'Oman qui tentait, selon Washington, d'exporter du pétrole d'Iran malgré le blocus imposé par les Etats-Unis.

Le Commandement militaire américain pour le Moyen-Orient, le Centcom, a précisé sur X que l'un de ses avions de combat avait tiré sur "la salle des machines" du Settebello, qui bat pavillon des Palaos, "après que l'équipage a refusé d'obtempérer aux ordres des forces américaines"

"Sur 24 membres d'équipage indiens à bord, 21 ont été secourus jusqu'à présent et trois sont portés disparus", a précisé le ministère indien des Affaires étrangères dans un communiqué.

L'Inde a convoqué le chargé d'affaires américain à New Delhi et exprimé une "vive protestation" concernant l'attaque, a indiqué à l'AFP un haut responsable du gouvernement indien.

Il s'agit du huitième navire neutralisé depuis le début du blocus imposé par les Etats-Unis contre les ports iraniens, d'après le décompte de l'armée américaine.

Le sultanat d'Oman est situé à l'entrée du détroit d'Ormuz, où le trafic maritime est quasiment paralysé depuis le début fin février du conflit opposant les Etats-Unis et Israël à l'Iran. Près d'un cinquième des livraisons mondiales de pétrole et de gaz transitent par cette voie.

La compagnie de sécurité maritime britannique Vanguard a indiqué avoir été informée que le Settebello avait "transmis un appel de détresse indiquant que sa salle des machines avait été touchée par un missile" au large de Sohar, dans le golfe d'Oman et qu'un incendie s'était déclaré à bord.

L'agence de sécurité maritime britannique UKMTO a spécifié que les faits s'étaient produits à 20 miles nautiques au nord-est de la ville omanaise de Sohar.

"Les autorités locales ont indiqué qu'un pétrolier avait signalé un feu dans sa salle des machines, et qu'elles se trouvaient sur place pour aider à l'évacuation de l'équipage", selon le communiqué de l'UKMTO.

"Le navire a fait état d'une victime et de deux membres d'équipage portés disparus. Aucun impact sur l'environnement n'a été signalé", a-t-elle ajouté.

Lundi, les secours omanais avaient évacué par hélicoptère 24 marins indiens d'un pétrolier en feu au large des côtes du sultanat d'Oman, selon les autorités indiennes, qui n'avaient pas précisé les causes de l'incendie. Le sinistre était survenu sur le MT Marivex, un navire battant également pavillon des îles Palaos

Le tir américain contre le Settebello est intervenu alors que l'Iran a revendiqué mercredi matin des attaques contre des bases américaines à Bahreïn et en Jordanie en réponse à des frappes américaines sur son sol, elles-mêmes déclenchées par la destruction d'un hélicoptère américain lundi.


Trump affirme que les Etats-Unis vont «attaquer très durement» l'Iran

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  • "On était vraiment sur le point de conclure un accord, mais ils n'arrêtent pas de nous mener en bateau, ils se foutent de nous"
  • L'Iran a revendiqué des attaques contre des bases américaines à Bahreïn et en Jordanie en réponse à des frappes américaines sur son sol, elles-mêmes déclenchées par l'attaque de l'hélicoptère

WASHINGTON: Donald Trump a affirmé mercredi qu'il allait "attaquer très durement" l'Iran, y compris potentiellement en visant des centrales électriques ou des ponts, et dénoncé les "tergiversations" de Téhéran concernant un accord.

Il a aussi annoncé que les forces américaines avaient mené une "mission secrète" qui avait permis de faire transiter 100 millions de barils de pétrole par le détroit d'Ormuz.

"On va les attaquer, les attaquer très durement", a déclaré le président américain à la presse dans le Bureau ovale, ajoutant que ce serait dès "aujourd'hui" (mercredi).

"On verra bien ce qui va se passer, mais on les a frappés durement hier, et on va les frapper durement aujourd'hui, (...) au cas où vous n'allumeriez pas votre télé", a-t-il dit.

Il a précisé être en droit de le faire après la destruction lundi d'un hélicoptère américain attribuée à Téhéran.

L'Iran a revendiqué des attaques contre des bases américaines à Bahreïn et en Jordanie en réponse à des frappes américaines sur son sol, elles-mêmes déclenchées par l'attaque de l'hélicoptère.

Ces frappes américaines en représailles à l'attaque de l'hélicoptère - qui survolait le détroit d'Ormuz, toujours verrouillé par l'Iran - ont notamment ciblé dans la nuit de mardi à mercredi les villes de Jask et Sirik et l'île de Qeshm, sur la côte sud de l'Iran.

"On était vraiment sur le point de conclure un accord, mais ils n'arrêtent pas de nous mener en bateau, ils se foutent de nous", a poursuivi Donald Trump.

"Tout a été négocié. Nous avons un accord entièrement négocié, mais ils tergiversent sans cesse", a ajouté le dirigeant républicain.

Plus tôt, il avait estimé que les Iraniens avaient "mis trop de temps à négocier un accord qui aurait été excellent pour eux", ajoutant qu'ils allaient "devoir en payer le prix".

"MORT!!!" 

"L'armée iranienne est un chaos complet et total. Une bonne partie, comme leur marine et leur armée de l'air, n'existe même plus – elles ont été totalement vaincues", avait écrit le président américain sur son réseau Truth Social. "L'Iran, c'est beaucoup de paroles et aucune action. Le tyran du Moyen-Orient est MORT!!!"

Donald Trump a aussi affirmé à Fox News qu'il envisageait de plus en plus de mener des frappes contre des centrales électriques et des ponts iraniens.

Interrogé à ce sujet à la Maison Blanche par un journaliste de l'AFP, il a répondu: "Je ne vais pas vous le dire mais je peux le faire".

Sur son réseau Truth Social, il a par ailleurs écrit que l'armée américaine avait mené "une mission secrète en soutien des pétroliers et autres navires commerciaux dans le détroit d'Ormuz".

"Ces efforts ont permis de faire passer 100 MILLIONS de barils de pétrole par le détroit", a-t-il ajouté, en précisant que "plus de 200 navires" avaient pu franchir le passage.

Cette "mission secrète" évoque le "Project Freedom", un projet d'escorte de navires annoncé début mai puis très rapidement suspendu par Donald Trump en raison, à l'époque, de "grands progrès" dans les discussions avec Téhéran.

Depuis l'entrée en vigueur de la trêve début avril, le dirigeant républicain multiplie les déclarations contradictoires, entre espoir d'un compromis tout proche et menace de reprise des hostilités.

Donald Trump affirmait encore mardi que la diplomatie américaine menait les "derniers efforts" en vue d'un accord avec Téhéran, évoquant un délai de "deux à trois jours" pour sa conclusion.

Il a par ailleurs affirmé, dans un autre message mercredi, que le blocus américain des ports iraniens était "le plus réussi" de l'histoire, allant selon lui jusqu'à empêcher Téhéran de payer la solde de ses militaires.

Peu après les propos de M. Trump à la Maison Blanche, l'armée américaine a annoncé qu'un de ses avions de combat avait mis hors service un pétrolier dans le Golfe d'Oman qui tentait d'apporter du pétrole en Iran malgré le blocus imposé par les Etats-Unis.


Trump juge que l'Iran a «pris trop de temps pour négocier» et va «en payer le prix»

Donald Trump a estimé mercredi que les Iraniens avaient "mis trop de temps à négocier un accord qui aurait été excellent pour eux". (AFP)
Donald Trump a estimé mercredi que les Iraniens avaient "mis trop de temps à négocier un accord qui aurait été excellent pour eux". (AFP)
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  • Donald Trump a estimé mercredi que les Iraniens avaient "mis trop de temps à négocier un accord qui aurait été excellent pour eux"
  • Ils vont "devoir en payer le prix"

WASHINGTON: Donald Trump a estimé mercredi que les Iraniens avaient "mis trop de temps à négocier un accord qui aurait été excellent pour eux", ajoutant qu'ils allaient "devoir en payer le prix", dans un message sur son réseau Truth social.

"L'armée iranienne est un chaos complet et total. Une bonne partie, comme leur marine et leur armée de l'air, n'existe même plus – elles ont été totalement vaincues", a-t-il ajouté. "L'Iran, c'est beaucoup de paroles et aucune action. Le tyran du Moyen-Orient est MORT!!!"