Mise à disposition de la plus grande base de données de protéines humaines

Les chercheurs de Google DeepMind et du Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL) ont dévoilé jeudi une base de données, libre d'accès, de 20 000 protéines exprimées par le génome humain. (Photo, AFP)
Les chercheurs de Google DeepMind et du Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL) ont dévoilé jeudi une base de données, libre d'accès, de 20 000 protéines exprimées par le génome humain. (Photo, AFP)
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Publié le Vendredi 23 juillet 2021

Mise à disposition de la plus grande base de données de protéines humaines

  • Les applications potentielles de ces données vont de la recherche sur les maladies génétiques à l’ingénierie de récoltes résistant à la sécheresse
  • La capacité à prédire avec un programme informatique la forme d'une protéine à partir de sa séquence d'acides aminés est déjà mise à profit dans certains secteurs de la recherche

PARIS : Des scientifiques ont annoncé jeudi dans la revue Nature la mise à disposition de la plus grande base de données de protéines qui forment les briques de la vie, ce qui va "changer fondamentalement la recherche en biologie", selon des spécialistes. 

Chaque cellule d'un organisme vivant exécute sa fonction à l'aide de protéines qui livrent en permanence des instructions pour maintenir en bonne santé cette cellule et combattre les infections.

A la différence du génome --la séquence des gènes qui encodent la vie cellulaire--, le protéome humain change en permanence en réponse à des instructions génétiques et des stimuli extérieurs.

La compréhension du fonctionnement des protéines, via la forme qu'elles adoptent, au sein des cellules, est un véritable défi. Les scientifiques se sont échinés à déterminer par l'expérimentation leur fonction précise. Mais après 50 ans de recherche, on ne connait que 17% des acides aminés, ou composants, du protéome humain.

Les chercheurs de Google DeepMind et du Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL) ont dévoilé jeudi une base de données, libre d'accès, de 20 000 protéines exprimées par le génome humain. Auxquelles s'ajoutent 350 000 protéines de 20 organismes, comme des bactéries ou des souris, utilisés par la recherche. 

Cette base a été obtenue grâce à un programme d'apprentissage automatique capable de prédire avec précision la forme d'une protéine à partir de sa séquence d'acides aminés. Le programme AlphaFold s'est entraîné sur une base de 170 000 structures connues de protéines et il a ensuite prédit la forme de 58% de toutes les protéines du protéome humain. Ce qui a plus que doublé le nombre de structures de protéines humaines connues avec précision.

Les applications potentielles de ces données vont de la recherche sur les maladies génétiques à l’ingénierie de récoltes résistant à la sécheresse.

Selon Paul Nurse, prix Nobel de médecine et directeur de l'Institut Francis Crick, cette avancée est "un grand pas pour l'innovation en biologie". 

John McGeehan, directeur du Centre for Enzyme Innovation à l'Université de Portsmouth, a remarqué que "ce qui prenait des mois et des années à accomplir a été fait en un week-end par AlphaFold".

La capacité à prédire avec un programme informatique la forme d'une protéine à partir de sa séquence d'acides aminés est déjà mise à profit dans certains secteurs de la recherche.


Groenland et Danemark rejettent les visées de Trump sur le territoire autonome

Donald Trump s'est attiré mercredi un net refus du Groenland et du Danemark après avoir réaffirmé ses visées expansionnistes sur le territoire autonome danois, lors de son discours au Congrès. (AFP)
Donald Trump s'est attiré mercredi un net refus du Groenland et du Danemark après avoir réaffirmé ses visées expansionnistes sur le territoire autonome danois, lors de son discours au Congrès. (AFP)
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  • "Nous ne sommes pas à vendre et nous ne pouvons pas simplement être pris", a-t-il insisté sur Facebook, en réaction aux propos du président américain qui a dit vouloir s'emparer du Groenland "d'une manière ou d'une autre"
  • "Cela ne se produira pas", avait plus tôt réagi le ministre de la Défense Troels Lund Poulsen auprès de la télévision publique danoise DR

NUUK: Donald Trump s'est attiré mercredi un net refus du Groenland et du Danemark après avoir réaffirmé ses visées expansionnistes sur le territoire autonome danois, lors de son discours au Congrès.

"Nous ne voulons être ni Américains ni Danois, nous sommes Groenlandais", a dit le Premier ministre du Groenland Mute Egede. "Les Américains et leur chef doivent comprendre cela".

"Nous ne sommes pas à vendre et nous ne pouvons pas simplement être pris", a-t-il insisté sur Facebook, en réaction aux propos du président américain qui a dit vouloir s'emparer du Groenland "d'une manière ou d'une autre".

"Cela ne se produira pas", avait plus tôt réagi le ministre de la Défense Troels Lund Poulsen auprès de la télévision publique danoise DR, soulignant un aspect "positif" du discours de M. Trump: la mention du respect des Groenlandais à décider de leur avenir.

Le président américain a en effet assuré "à l'incroyable peuple du Groenland" soutenir "fermement votre droit à déterminer votre propre avenir et, si vous le souhaitez, nous vous souhaitons la bienvenue aux Etats-Unis d'Amérique".

"Nous en avons vraiment besoin pour la sécurité internationale et je pense que nous allons l'obtenir. D'une manière ou d'une autre, nous l'obtiendrons", a-t-il dit dans ce premier discours de politique générale depuis son retour au pouvoir le 20 janvier.

"Nous assurerons votre sécurité, nous vous rendrons riches et, ensemble, nous mènerons le Groenland vers des sommets que vous n'auriez jamais imaginé possibles", a-t-il déclaré.

Le Groenland est sous le feu des projecteurs depuis fin décembre et le souhait répété de Donald Trump d'intégrer la plus grande île arctique aux Etats-Unis.

Des élections législatives y sont prévues le 11 mars.

"Des élections auront bientôt lieu au Groenland et je pense que tout le monde - y compris nous-mêmes - doit faire attention à ne pas faire toutes sortes de suppositions sur l'avenir" des Groenlandais, a dit mercredi le chef de la diplomatie danoise Lars Løkke Rasmussen à la télévision TV2.

Dans la même veine, M. Trump a réitéré ses ambitions concernant le canal de Panama, le jour-même de l'annonce que deux ports détenus par le géant hongkongais Hutchison vont être cédés à un consortium américain.

"Pour renforcer encore notre sécurité nationale, mon administration va reprendre le canal de Panama, et nous avons déjà commencé à le faire", a-t-il affirmé, en faisant référence à cet accord.

Donald Trump a menacé de reprendre le canal dès le jour de son investiture au motif qu'il est, selon lui, exploité par la Chine.

Que ce soit à propos du Groenland, du canal de Panama ou encore de l'imposition de tarifs douaniers, y compris contre des pays alliés et voisins comme le Canada et le Mexique, le président américain montre clairement qu'il se soucie surtout de ses intérêts.

Le Lesotho? "Jamais entendu parler" 

S'il ne s'est guère attardé sur l'Ukraine dans son discours, il n'en a pas moins assuré que son homologue ukrainien Volodymyr Zelensky, avec qui il avait eu un vif échange vendredi dans le Bureau ovale, était "prêt" à négocier avec la Russie et à signer un accord sur les minerais.

Plus tôt dans la journée de mardi, le dirigeant ukrainien avait dit vouloir "arranger les choses" avec le président américain après leur accrochage.

M. Zelensky était parti sans signer cet accord sur les minerais et l'administration Trump a ensuite annoncé le gel de son assistance militaire à l'Ukraine, trois ans après son invasion par la Russie.

"Simultanément, nous avons eu des discussions sérieuses avec la Russie et nous avons reçu des signaux forts indiquant qu'ils sont prêts pour la paix", a encore affirmé le président américain.

"Ne serait-ce pas magnifique?".

Donald Trump ne s'est pas non plus épanché sur le Proche-Orient, si ce n'est pour dire "nous ramenons nos otages de Gaza" et rappeler son rôle au cours de son premier mandat dans la conclusion des accords d'Abraham, entre Israël et certains pays arabes.

Par ailleurs, il a promis de "faire la guerre aux cartels" mexicains de la drogue, parlant d'"une grave menace" pour la "sécurité nationale" des Etats-Unis.

Justifiant enfin les coupes budgétaires massives dans l'aide des Etats-Unis à l'étranger, le président américain a énuméré une série de "gaspillages" selon lui, comme les "40 millions de dollars pour des bourses d'études sur la diversité, l'équité et l'inclusion en Birmanie".

Il a aussi cité les "huit millions de dollars pour promouvoir les LGBT+ dans la nation africaine du Lesotho, dont personne n'a jamais entendu parler".

Contactée par l'AFP, People's Matrix, la principale ONG soutenant les personnes LGBTQ au Lesotho, a assuré ne pas avoir reçu cette somme. "On n'a aucune idée de l'affectation de ces 8 millions de dollars", a affirmé son porte-parole, Tampose Mothopeng. "On ne sait pas qui a reçu ou va recevoir cet argent."


Le président colombien somme Trump de cesser de le «calomnier»

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  • "Mon nom (...) n'apparaît pas dans les dossiers judiciaires sur le trafic de drogue. Cessez de me calomnier, M. Trump", a fustigé M. Petro sur le réseau social X
  • Donald Trump a déclaré dimanche à bord d'Air Force One qu'une opération en Colombie similaire à celle menée au Venezuela lui paraissait "une bonne idée" et accusé Gustavo Petro de trafic de drogue vers les États-Unis

BOGOTA: Le président colombien Gustavo Petro a rejeté dimanche les menaces et accusations de son homologue américain Donald Trump qui l'accuse sans preuve d'être un narcotrafiquant, à l'instar du président venezuelien capturé au cours du weekend.

"Mon nom (...) n'apparaît pas dans les dossiers judiciaires sur le trafic de drogue. Cessez de me calomnier, M. Trump", a fustigé M. Petro sur le réseau social X.

Donald Trump a déclaré dimanche à bord d'Air Force One qu'une opération en Colombie similaire à celle menée au Venezuela lui paraissait "une bonne idée" et accusé Gustavo Petro de trafic de drogue vers les États-Unis, avertissant qu'il "ne le ferait plus très longtemps".

Le président colombien, de gauche, est très critique de l'action militaire du gouvernement Trump dans la région. Il accuse les États-Unis d'avoir enlevé Nicolás Maduro "sans base légale". Le dirigeant vénézuélien a été capturé à Caracas samedi après des bombardements de Washington sur la capitale.

Après lui avoir dit samedi qu'il devrait "faire gaffe à ses fesses", Donald Trump a qualifié dimanche Gustavo Petro d'"homme malade" qui "aime prendre de la cocaïne".

"La Colombie est très malade aussi, dirigée par un homme malade, qui aime fabriquer de la cocaïne et la vendre aux États-Unis, et il ne va pas le faire très longtemps", a mis en garde le président américain.

Gustavo Petro "a des moulins à cocaïne et des usines de cocaïne, et il ne va pas le faire très longtemps", a-t-il soutenu.

Le ministère colombien des Affaires étrangères a qualifié les menaces du président américain d'"ingérence inacceptable" et demandé le "respect".

Depuis le début du deuxième mandat de Donald Trump, les deux dirigeants s'affrontent régulièrement sur des questions comme les droits de douane, ou la politique migratoire.

La Colombie, pays frontalier du Venezuela, et les États-Unis sont des alliés militaires et économiques clés dans la région, mais leurs relations sont aujourd'hui au plus bas.

 


Nouvel acte d'accusation de la justice américaine contre Maduro et son épouse

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  • L'acte d'accusation révisé vise désormais six personnes, dont Nicolas Maduro, Cilia Flores et le ministre vénézuélien de l'Intérieur, Diosdado Cabello, considéré comme l'un des hommes les plus puissants du pays
  • Ils sont notamment accusés de s'être alliés avec la guérilla des Forces armées révolutionnaires de Colombie (FARC), que Washington considère comme "terroriste", ainsi qu'à des cartels criminels pour "acheminer des tonnes de cocaïne vers les Etats-Unis"

WASHINGTON: Le président vénézuélien Nicolas Maduro et son épouse Cilia Flores, emmenés de force par des militaires américains, sont visés par un nouvel acte d'accusation publié samedi pour "narcoterrorisme" et importation de cocaïne aux Etats-Unis.

Quelques heures après l'annonce de l'opération par le président Donald Trump, la ministre américaine de la Justice, Pam Bondi affirmait que le couple était inculpé pour ces faits devant un tribunal fédéral de New York.

Si les poursuites contre Nicolas Maduro et d'autres hauts responsables vénézuéliens dans cette procédure étaient connues depuis 2020, le nom de son épouse n'y apparaissait pas jusqu'à présent.

L'acte d'accusation révisé vise désormais six personnes, dont Nicolas Maduro, Cilia Flores et le ministre vénézuélien de l'Intérieur, Diosdado Cabello, considéré comme l'un des hommes les plus puissants du pays.

Ils sont notamment accusés de s'être alliés avec la guérilla des Forces armées révolutionnaires de Colombie (FARC), que Washington considère comme "terroriste", ainsi qu'à des cartels criminels pour "acheminer des tonnes de cocaïne vers les Etats-Unis".

Nicolas Maduro et son épouse sont à bord d'un navire à destination de New York pour y être présentés à la justice, a indiqué Donald Trump sur Fox News.

Ils feront face "à toute la rigueur de la justice américaine, sur le sol américain, devant des tribunaux américains", a assuré Mme Bondi.

En août, le ministère de la Justice et le département d'Etat avaient annoncé doubler à 50 millions de dollars la prime pour l'arrestation de Nicolas Maduro et son ministre de l'Intérieur.

Le gouvernement de Nicolas Maduro dénonce de longue date une ingérence des Etats-Unis dans les affaires vénézuéliennes.