Mise à disposition de la plus grande base de données de protéines humaines

Les chercheurs de Google DeepMind et du Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL) ont dévoilé jeudi une base de données, libre d'accès, de 20 000 protéines exprimées par le génome humain. (Photo, AFP)
Les chercheurs de Google DeepMind et du Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL) ont dévoilé jeudi une base de données, libre d'accès, de 20 000 protéines exprimées par le génome humain. (Photo, AFP)
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Publié le Vendredi 23 juillet 2021

Mise à disposition de la plus grande base de données de protéines humaines

  • Les applications potentielles de ces données vont de la recherche sur les maladies génétiques à l’ingénierie de récoltes résistant à la sécheresse
  • La capacité à prédire avec un programme informatique la forme d'une protéine à partir de sa séquence d'acides aminés est déjà mise à profit dans certains secteurs de la recherche

PARIS : Des scientifiques ont annoncé jeudi dans la revue Nature la mise à disposition de la plus grande base de données de protéines qui forment les briques de la vie, ce qui va "changer fondamentalement la recherche en biologie", selon des spécialistes. 

Chaque cellule d'un organisme vivant exécute sa fonction à l'aide de protéines qui livrent en permanence des instructions pour maintenir en bonne santé cette cellule et combattre les infections.

A la différence du génome --la séquence des gènes qui encodent la vie cellulaire--, le protéome humain change en permanence en réponse à des instructions génétiques et des stimuli extérieurs.

La compréhension du fonctionnement des protéines, via la forme qu'elles adoptent, au sein des cellules, est un véritable défi. Les scientifiques se sont échinés à déterminer par l'expérimentation leur fonction précise. Mais après 50 ans de recherche, on ne connait que 17% des acides aminés, ou composants, du protéome humain.

Les chercheurs de Google DeepMind et du Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL) ont dévoilé jeudi une base de données, libre d'accès, de 20 000 protéines exprimées par le génome humain. Auxquelles s'ajoutent 350 000 protéines de 20 organismes, comme des bactéries ou des souris, utilisés par la recherche. 

Cette base a été obtenue grâce à un programme d'apprentissage automatique capable de prédire avec précision la forme d'une protéine à partir de sa séquence d'acides aminés. Le programme AlphaFold s'est entraîné sur une base de 170 000 structures connues de protéines et il a ensuite prédit la forme de 58% de toutes les protéines du protéome humain. Ce qui a plus que doublé le nombre de structures de protéines humaines connues avec précision.

Les applications potentielles de ces données vont de la recherche sur les maladies génétiques à l’ingénierie de récoltes résistant à la sécheresse.

Selon Paul Nurse, prix Nobel de médecine et directeur de l'Institut Francis Crick, cette avancée est "un grand pas pour l'innovation en biologie". 

John McGeehan, directeur du Centre for Enzyme Innovation à l'Université de Portsmouth, a remarqué que "ce qui prenait des mois et des années à accomplir a été fait en un week-end par AlphaFold".

La capacité à prédire avec un programme informatique la forme d'une protéine à partir de sa séquence d'acides aminés est déjà mise à profit dans certains secteurs de la recherche.


Malgré les menaces de Téhéran, les discussions continuent "à un rythme rapide" selon Trump

Des personnes scandent lors d’un rassemblement à Téhéran lundi soir, alors que les progrès vers un accord de paix entre les États-Unis et l’Iran s’essoufflaient. (West Asia News Agency via Reuters)
Des personnes scandent lors d’un rassemblement à Téhéran lundi soir, alors que les progrès vers un accord de paix entre les États-Unis et l’Iran s’essoufflaient. (West Asia News Agency via Reuters)
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  • Les pourparlers États-Unis–Iran sont fragiles, entre annonces d’accords et suspension du dialogue.
  • Malgré les discussions, les frappes et menaces d’escalade régionale se poursuivent, alimentant l’instabilité

TEHERAN: Donald Trump a assuré lundi que les négociations avec Téhéran pour mettre un terme à la guerre au Moyen-Orient se poursuivaient "à un rythme rapide" et qu'une détente se profilait au Liban, comme exigé par la partie iranienne.

Un peu plus tôt, l'agence de presse iranienne Tasnim avait affirmé que les négociateurs du pays avaient "suspendu" le dialogue indirect avec Washington à cause des "crimes" qu'Israël "continue à commettre", sans que cette information ne soit confirmée de source officielle iranienne.

"Les Etats-Unis sont directement responsables d'une violation du cessez-le-feu contre l'Iran, et d'une violation du cessez-le-feu par le régime israélien contre le Liban", a estimé le ministère iranien des Affaires étrangères dans un communiqué.

Les Gardiens de la Révolution, armée idéologique de la République islamique, ont estimé que "les lignes rouges franchies" à Gaza et au Liban équivalaient "à une guerre directe", en référence aux frappes quasi quotidiennes d'Israël dans le territoire palestinien et à son offensive dans le pays voisin.

"En réponse", l'Iran "est déterminé à mener des opérations défensives" et à "ouvrir de nouveaux fronts", ont averti les Gardiens.

Mais Donald Trump a annoncé avoir obtenu auprès du Premier ministre israélien, Benjamin Netanyahu, l'engagement de ne pas envoyer de troupes à Beyrouth, et auprès du Hezbollah pro-iranien celui de "cesser totalement le feu".

"Israël ne les attaquera pas et ils n'attaqueront pas Israël", a-t-il écrit.

Peu après, l'ambassade du Liban aux Etats-Unis a confirmé que le Hezbollah avait accepté une proposition américaine de "cessation mutuelle des attaques" avec Israël.

- Le pétrole fébrile -

Les négociations indirectes entre les Etats-Unis et l'Iran, pour mettre fin à la guerre déclenchée le 28 février par une attaque conjointe israélo-américaine, patinent depuis des semaines.

D'autant que Téhéran a redit lundi que le nucléaire iranien ne faisait pas partie "à ce stade" des discussions, contrairement aux attentes de Donald Trump, qui a affirmé dimanche soir qu'un protocole d'accord devrait stipuler "très clairement que l'Iran n'aura(it) pas d'arme nucléaire".

Autre dossier clé des discussions, la navigation maritime. Selon Tasnim, l'Iran compte continuer à verrouiller le détroit d'Ormuz, et envisage de perturber le trafic dans celui de Bab el-Mandeb, de l'autre côté de la péninsule arabique - ce qui bloquerait l'accès au canal de Suez via la mer Rouge et contraindrait les navires à d'énormes détours.

Un navire a été touché par un projectile dans le Golfe qui a déclenché une forte explosion, a indiqué sans plus de détails l'agence de sécurité maritime britannique UKMTO.

Dans ce contexte, le cours du Brent de la mer du Nord, référence mondiale du pétrole brut, est brutalement reparti à la hausse (jusqu'à environ +7%) avant de ralentir quelque peu et de terminer la séance en hausse de 4,24% à 94,98 dollars.

- Washington défend des frappes "défensives" -

L'Iran avait plus tôt dans la journée accusé les Etats-Unis de violer à nouveau le fragile cessez-le-feu conclu le 8 avril, après des frappes américaines ce week-end suivies de représailles militaires iraniennes.

L'armée américaine a annoncé avoir mené samedi et dimanche une nouvelle vague de frappes "défensives" sur le sud de l'Iran, la troisième en un peu plus d'une semaine.

Ces bombardements ont visé des systèmes de radar et de contrôle de drones dans la ville de Goruk et l'île de Qeshm dans le détroit d'Ormuz, a précisé le Commandement américain pour le Moyen-Orient (Centcom).

Les Gardiens iraniens avaient dit avoir riposté en attaquant une base utilisée par l'armée américaine pour des frappes contre son territoire, sans nommer le pays visé - mais le Koweït a intercepté des missiles et drones "hostiles" et les a attribués à l'Iran.

La guerre a fait des milliers de morts, surtout en Iran et au Liban, et ébranle l'économie mondiale.


L'UE appelle Israël à cesser son « escalade militaire» au Liban

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  • Israël doit cesser son "escalade militaire" au Liban et respecter "la souveraineté et l'intégrité territoriale" de ce pays
  • "Le peuple libanais a déjà enduré d’immenses épreuves. Il n’a pas choisi cette guerre, et cette guerre n’est pas la sienne"

BRUXELLES: Israël doit cesser son "escalade militaire" au Liban et respecter "la souveraineté et l'intégrité territoriale" de ce pays, où les autorités israéliennes envisagent d'établir dans le sud une zone sous contrôle militaire, a affirmé lundi un porte-parole de l'Union européenne.

"Le peuple libanais a déjà enduré d’immenses épreuves. Il n’a pas choisi cette guerre, et cette guerre n’est pas la sienne", a affirmé ce porte-parole, Anouar El Anouni.

 

 


Trump a renvoyé une proposition d'accord plus stricte à l'Iran 

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  • D'après le New York Times, citant samedi des responsables ayant connaissance des tractations, le président américain a durci certains termes de la proposition qui était sur la table et a adressé ce nouveau plan à Téhéran
  • Selon le site Axios, il souhaitait renforcer la position de Washington sur plusieurs aspects qu'il considère personnellement comme importants, notamment le sort des matériaux nucléaires iraniens

WASHINGTON: Donald Trump a renvoyé une nouvelle proposition d'accord plus stricte à l'Iran pour mettre fin à la guerre, alors qu'une entente semblait se rapprocher ces derniers jours, affirment samedi des médias américain.

D'après le New York Times, citant samedi des responsables ayant connaissance des tractations, le président américain a durci certains termes de la proposition qui était sur la table et a adressé ce nouveau plan à Téhéran.

Le média américain n'est pas en mesure de préciser les changements apportés par le républicain. Mais selon le site Axios, il souhaitait renforcer la position de Washington sur plusieurs aspects qu'il considère personnellement comme importants, notamment le sort des matériaux nucléaires iraniens.

M. Trump a maintes fois répété qu'il était exclu que Téhéran se dote de l'arme atomique, et exige que son stock d'uranium hautement enrichi soit détruit.

La question du nucléaire est l'un des principaux points de friction dans les négociations pour mettre fin à la guerre déclenchée le 28 février par l'offensive israélo-américaine contre la République islamique.

Parmi les autres priorités du président figurent la réouverture et le déminage du détroit d'Ormuz par l'Iran, qui en bloquant cette voie d'eau perturbe gravement les approvisionnements en carburant et l'économie mondiale en général.

Les modifications apportées par Donald Trump pourraient encore prolonger les négociations. Des sources américaines ont indiqué à l'AFP que le président n'avait pas décidé de signer la proposition sur son bureau vendredi, après une réunion de crise à la Maison Blanche.

Dans la soirée, un responsable de la présidence avait affirmé que Donald Trump ne signerait un accord "que s'il est bon pour l'Amérique et que ses lignes rouges sont satisfaites".