Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Lecornu s'écharpe sur la canicule avec les Ecologistes, qui appellent à la censure

Le Premier ministre et les Ecologistes ont bataillé mardi à l'Assemblée nationale sur les décès dus à la canicule et la politique d'adaptation du gouvernement face au changement climatique, les députés verts annonçant le dépôt d'une motion de censure. (AFP)
Le Premier ministre et les Ecologistes ont bataillé mardi à l'Assemblée nationale sur les décès dus à la canicule et la politique d'adaptation du gouvernement face au changement climatique, les députés verts annonçant le dépôt d'une motion de censure. (AFP)
  • "C'est la première fois que je sors de mes gonds", a lancé le Premier ministre lors de la séance des questions au gouvernement
  • "D'où sortez-vous ce bilan de 10.000 morts sur lequel vous et les vôtres (...) sont allés sur les plateaux de télévision depuis maintenant plus de trois jours, en établissant un bilan humain qui est faux ? C'est scandaleux, c'est indigne"

PARIS: Le Premier ministre et les Ecologistes ont bataillé mardi à l'Assemblée nationale sur les décès dus à la canicule et la politique d'adaptation du gouvernement face au changement climatique, les députés verts annonçant le dépôt d'une motion de censure.

Dans un vif échange avec la cheffe de file des députés écologistes Cyrielle Chatelain, Sébastien Lecornu a jugé "scandaleux" et "faux" le chiffre de "10.000 morts" de la canicule la semaine dernière, avancé selon lui par les Ecologistes.

Ceux-ci ont démenti avoir donné ce bilan, affirmant seulement craindre une telle hécatombe.

"C'est la première fois que je sors de mes gonds", a lancé le Premier ministre lors de la séance des questions au gouvernement. "D'où sortez-vous ce bilan de 10.000 morts sur lequel vous et les vôtres (...) sont allés sur les plateaux de télévision depuis maintenant plus de trois jours, en établissant un bilan humain qui est faux ? C'est scandaleux, c'est indigne".

La canicule risque de faire "10.000 morts", avait déclaré un peu plus tôt la députée écologiste Sandrine Rousseau. Quant au chef de file des sénateurs écologistes Guillaume Gontard, il a appelé le gouvernement à ne "pas attendre 10.000 morts pour agir", a-t-il dit à l'AFP.

De son côté, le directeur général de l'AP-HP, Nicolas Revel estime que le bilan de 2003 (15.000 décès) ne sera pas atteint, car "on a progressé sur plein de choses", mais qu'il sera "probablement supérieur à 2025", à savoir 5.700 morts liées à la chaleur.

Sébastien Lecornu a estimé en outre que la commission d'enquête réclamée par les députés écologistes sur la "politique d'adaptation" du gouvernement allait leur revenir "en boomerang": "On en arrivera à la conclusion qu'il n'y a pas d'inaction, mais qu'il y a un besoin évident d'accélération".

Cette commission permettra aussi "de regarder l'action dans les mairies", y compris écologistes, "dans lesquelles on ne peut pas dire que le bilan soit à ce point édifiant", a-t-il grondé.

Motion de censure 

"Il y aura une commission d'enquête et il y aura une censure. Vous n'êtes pas à votre place", lui a rétorqué Mme Chatelain, en annonçant peu après dans les couloirs de l'Assemblée que son groupe allait déposer ce mardi une motion de censure contre le gouvernement, pour dénoncer "son impréparation à la fois de la canicule qu'on a connue, mais surtout de la canicule qui arrive".

"Sous votre gouvernement, la canicule s'est transformée en violence politique", avait fustigé dans sa question la députée écologiste, en lui demandant de "cesser de nier (sa) responsabilité dans ce qui arrive aujourd'hui".

La motion de censure sera signée avec des Insoumis selon une source au groupe LFI, les Ecologistes ne disposant pas des 58 députés nécessaires pour déposer un 49.2.

Le chef du gouvernement a défendu une nouvelle fois l'action de l'État qui "tient face à chaque crise" et celle de "tous les gouvernements" qui "ont chacun à leur mesure fait quelque chose contre le réchauffement climatique". "Le nier, c'est abîmer le consensus républicain", a-t-il jugé.

A cet égard, "faire du Fonds vert le référendum de l'inaction du gouvernement, alors que nous l'avons créé, a quelque chose d'absolument absurde sur le terrain politique", a-t-il fustigé.

De nombreuses voix ont critiqué la forte baisse des crédits du Fonds vert ces dernières années, passés de 2,5 milliards d'euros en 2024 à 837,5 millions en 2026, qui sont destinés à financer les projets des collectivités territoriales pour l'adaptation au changement climatique.


L’ambassadeur Al Ruwaily, en fin de mission à Paris : les relations franco-saoudiennes continueront de se renforcer

Alruwaily et son épouse Fatima Alruwaily avec l’ancien ministre des affaires étrangères Jean-Yves Le Drian et son épouse. (Photo fournie)
Alruwaily et son épouse Fatima Alruwaily avec l’ancien ministre des affaires étrangères Jean-Yves Le Drian et son épouse. (Photo fournie)
  • Au fil de son intervention, l’ambassadeur a insisté sur la qualité exceptionnelle du partenariat franco-saoudien, qu’il considère comme l’un des plus solides jamais établis entre les deux pays
  • Les visites croisées du prince héritier à Paris et du président Emmanuel Macron à Riyad ont donné une nouvelle impulsion à cette relation, avec la signature d’accords structurants, dont le Conseil de partenariat stratégique franco-saoudien

PARIS: C’est avec une émotion sincère que l’ambassadeur d’Arabie saoudite en France, Fahd Al Ruwaily, a fait ses adieux à Paris, au terme de plus de cinq années et demie d’une mission qui aura profondément marqué les relations entre les deux pays.

Entouré de responsables français, de diplomates, d’amis et de partenaires de longue date, il a choisi de placer cette soirée sous le signe de la gratitude, de l’amitié et de l’espoir.

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L’ambassadeur Alruwaily avec le sénateur Olivier Cadic ( à droite) et le directeur Moyen-Orient et Afrique du Nord au Quai d’orsay Romaric Roignan. (Photo fournie)

Dès les premiers mots de son intervention, il a tenu à remercier chaleureusement les nombreux invités venus partager ce moment malgré la chaleur caniculaire. « Votre présence me touche profondément », a-t-il confié avec simplicité, donnant à cette réception un ton chaleureux teinté de nostalgie.

Revenant sur son arrivée en France à la fin de l’année 2020, il a évoqué les circonstances exceptionnelles de sa prise de fonctions, en pleine pandémie de Covid-19.

Paris, alors silencieuse et confinée, n’avait pas encore retrouvé le rayonnement qui fait sa réputation. C’est dans cette résidence, où s’est tenue la réception, qu’il avait présenté, le 30 décembre 2020, la copie de ses lettres de créance, marquant ainsi le début d’une mission diplomatique qui allait rapidement prendre une dimension particulière.

« Il est toujours difficile de quitter Paris », a-t-il reconnu. Étudiant, puis jeune diplomate, quelques jours passés dans la capitale française suffisaient déjà à lui laisser des souvenirs impérissables.

Après plus de cinq années passées en France, les émotions sont naturellement bien plus fortes.

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Le couple Alruwaily avec l’ancien ministre des affaires étrangères Philippe Douste-Blazy et son épouse. (Photo fournie)

Cette période aura coïncidé avec une phase historique pour le Royaume d’Arabie saoudite. Al Ruwaily a rappelé que sa mission s’est inscrite dans la dynamique de la Vision 2030, vaste programme de réformes lancé par le prince héritier Mohammed ben Salmane.

Dix ans après son lancement, ce projet a profondément transformé le Royaume dans les domaines économique, culturel, éducatif, touristique et social, ouvrant de nombreuses perspectives de coopération avec la France.

Au fil de son intervention, l’ambassadeur a insisté sur la qualité exceptionnelle du partenariat franco-saoudien, qu’il considère comme l’un des plus solides jamais établis entre les deux pays.

Les visites croisées du prince héritier à Paris et du président Emmanuel Macron à Riyad ont donné une nouvelle impulsion à cette relation, avec la signature d’accords structurants, dont le Conseil de partenariat stratégique franco-saoudien et sa feuille de route.

À ses yeux, cette coopération dépasse largement le cadre diplomatique. Elle se nourrit de convergences sur les grands dossiers régionaux et internationaux, mais également d’échanges humains, économiques, culturels, scientifiques et sécuritaires de plus en plus nombreux.

Le seul mois de juin en a offert une illustration éloquente, a souligné Al Ruwaily. Plusieurs hauts responsables saoudiens ont effectué des visites en France, tandis que d’importantes délégations françaises se rendaient au Royaume.

La réunion annuelle du Conseil d’affaires franco-saoudien, le Forum Vision Golfe ou encore la participation remarquée du Royaume au salon Eurosatory témoignent d’une relation particulièrement dynamique.

Au-delà du bilan diplomatique, le discours a surtout laissé transparaître une profonde reconnaissance envers celles et ceux qui ont accompagné cette mission.

L’ambassadeur a réservé ses premiers remerciements à son épouse, Fatimah, et à leurs enfants, saluant leur patience et leur soutien tout au long de ces années exigeantes.

Il a également rendu hommage aux équipes de l’ambassade, dont l’engagement et l’esprit de famille ont constitué, selon lui, l’une des clés des succès obtenus.

Il a ensuite exprimé sa gratitude envers les autorités françaises, les parlementaires, les responsables du ministère de l’Europe et des Affaires étrangères, les conseillers de l’Élysée ainsi que les organisations internationales installées à Paris, avec lesquelles le Royaume entretient une coopération étroite.

Au moment de conclure, l’émotion était palpable. En quittant Paris, a-t-il confié, sa famille et lui emportent bien davantage que des souvenirs professionnels. Ils repartent avec des amitiés sincères, des expériences humaines précieuses et la conviction que les liens entre la France et l’Arabie saoudite continueront de se renforcer au service du dialogue, de la coopération et de la paix.

Selon plusieurs médias français, l’ancien ambassadeur d’Arabie saoudite en Syrie devrait succéder à Fahd Al Ruwaily à Paris.


La porte-parole du gouvernement, Maud Bregeon, annonce soutenir Edouard Philippe à la présidentielle

La porte-parole du gouvernement Maud Bregeon a annoncé lundi qu'elle soutiendrait la candidature de l'ancien Premier ministre Édouard Philippe (Horizons) à la présidentielle et serait présente à son meeting prévu dimanche à Paris. (AFP)
La porte-parole du gouvernement Maud Bregeon a annoncé lundi qu'elle soutiendrait la candidature de l'ancien Premier ministre Édouard Philippe (Horizons) à la présidentielle et serait présente à son meeting prévu dimanche à Paris. (AFP)
  • "Il est aujourd'hui plus que les autres dans (la) capacité de rassembler largement" et d'atteindre le second tour de la présidentielle "pour éviter l'arrivée du Rassemblement national au pouvoir"
  • Le rassemblement "bien au-delà de sa propre famille politique" est "un impératif absolument vital pour le pays"

PARIS: La porte-parole du gouvernement Maud Bregeon a annoncé lundi qu'elle soutiendrait la candidature de l'ancien Premier ministre Édouard Philippe (Horizons) à la présidentielle et serait présente à son meeting prévu dimanche à Paris.

"Il est aujourd'hui plus que les autres dans (la) capacité de rassembler largement" et d'atteindre le second tour de la présidentielle "pour éviter l'arrivée du Rassemblement national au pouvoir", a expliqué sur France Inter la porte-parole, proche du ministre de la Justice Gérald Darmanin dont l'éventuelle candidature semble d'autant plus incertaine.

Le rassemblement "bien au-delà de sa propre famille politique" est "un impératif absolument vital pour le pays", a ajouté Maud Bregeon, adhérente du parti Renaissance, dirigé par un autre candidat à la présidentielle et également ancien Premier ministre, Gabriel Attal.

Édouard Philippe a "beaucoup d'expérience, expérience de Premier ministre, expérience de maire et je crois que dans les temps extrêmement troublés que nous vivons aujourd'hui, c'est quelque chose qui est important", a-t-elle argumenté.

Maud Bregeon, 35 ans, n'a pour autant "pas l'intention de changer de parti".

Quant à l'engagement imposé par Sébastien Lecornu aux membres de son gouvernement de ne pas faire de politique en dehors de leurs fonctions ministérielles, elle a expliqué qu'elle n'aurait "aucun rôle opérationnel" dans la campagne du maire du Havre.

Connue pour être une "puncheuse", cette figure médiatique du camp macroniste est une ancienne ingénieure d'EDF, spécialiste du nucléaire, originaire de Poitiers. Elle a adhéré dès novembre 2016 à En Marche et a été élue députée en 2022.

Proche de Gérald Darmanin, comme Édouard Philippe issu de LR, son positionnement donne une indication de celui du ministre de la Justice qui pourrait annoncer son ralliement à la candidature du Havrais.

Au sein du camp centriste, Edouard Philippe, président d'Horizons, candidat déclaré de longue date, est toujours en tête dans les sondages face à Gabriel Attal (Renaissance) mais tous deux restent largement distancés par le Rassemblement national.