Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


La nouvelle stratégie énergétique de la France dévoilée, entre soulagement et déception

Le Premier ministre français Sébastien Lecornu (C) s’adressant à l’audience lors d’une table ronde à la centrale hydroélectrique de Saut-Mortier, dans l’est de la France, le 12 février 2026. (AFP)
Le Premier ministre français Sébastien Lecornu (C) s’adressant à l’audience lors d’une table ronde à la centrale hydroélectrique de Saut-Mortier, dans l’est de la France, le 12 février 2026. (AFP)
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  • La nouvelle Programmation pluriannuelle de l’énergie (2026-2035) mise sur une relance massive du nucléaire et sur l’électrification des usages pour réduire la part des énergies fossiles de 60 % en 2023 à 40 % en 2030
  • Si l’éolien en mer est soutenu, les objectifs pour l’éolien terrestre et le solaire sont revus à la baisse, suscitant critiques des ONG et tensions politiques, avec une clause de revoyure prévue en 2027

PARIS: Le gouvernement a dévoilé jeudi la nouvelle et très stratégique politique énergétique, qui entend répondre d'ici à 2035 aux enjeux de souveraineté et de décarbonation de la France, suscitant soulagement chez les uns après des années d'attente mais déception voire colère chez d'autres.

Dans cette troisième Programmation pluriannuelle de l'énergie (PPE), sujet d'intenses débats depuis trois ans, le gouvernement met l'accent sur la relance de la consommation d'une électricité décarbonée notamment d'origine nucléaire, en remplacement des énergies fossiles chères à importer.

Dans le même temps, il acte un moindre déploiement de l'éolien terrestre et du solaire, arguant d'une stagnation de la consommation d'électricité.

"Il n'y a pas de schéma dans lequel on peut être dépendant", a déclaré Sébastien Lecornu lors d'un déplacement sur les barrages hydroélectriques de Saut-Mortier et de Vouglans, dans le Jura, pour présenter les annonces.

Ne pas décider "devenait fondamentalement dangereux pour notre souveraineté, pour notre capacité à produire", a-t-il dit.

Maintes fois retardée, la publication de la stratégie pour 2026-2035 est "essentiel(le) pour donner de la stabilité et de la visibilité aux entreprises, sécuriser les investissements", et pour la "compétitivité", a commenté le Medef.

- Moins de carbone -

Cette feuille de route, qui doit être publiée vendredi au Journal officiel, détaille la part de chaque filière dans la production d'énergie: combien pour le nucléaire, l'éolien, le solaire, l'hydraulique...

"La PPE3 fixe un cap clair: accroître la production énergétique décarbonée notamment électrique et réduire la consommation d'énergies fossiles", indique le document de présentation.

Le gouvernement vise une production électrique décarbonée en 2035 "en lien étroit avec la croissance de l'électrification des usages", c'est-à-dire la bascule de secteurs dépendants des énergies fossiles (gaz, pétrole) vers l'électricité: les transports avec les voitures électriques, le bâtiment avec les pompes à chaleur ou l'industrie avec des fours électriques.

"En 2023, nous consommions près de 60% d'énergie finale fossile. Notre objectif est de n'en consommer plus que 40% en 2030", souligne le document.

La PPE3 acte ainsi une relance massive du nucléaire,énergie décarbonée mais complexe à mettre en oeuvre, en rupture avec la précédente PPE (2019-2024) qui prévoyait de fermer 14 réacteurs: avec "une optimisation" du parc existant et la construction de six nouveaux réacteurs, et huit en option.

La production nucléaire, déjà majoritaire en France, devrait atteindre 380 à 420 terawattheure (TWh) en 2030, contre 320 en 2023.

Elle mise aussi sur une accélération de l'éolien en mer mais avec un léger décalage dans le temps des objectifs, actant les retards constatés dans les projets.

En revanche, l'éolien terrestre et le solaire subissent la stagnation de la demande d'électricité, avec des objectifs en baisse par rapport à ce que prévoyait la version de la PPE soumise à la consultation du public en mars.

- "Mythe du nucléaire" -

Le plan gouvernemental est aligné sur l'un des scénarios les plus favorables établis en décembre par RTE, gestionnaire du réseau d'électricité à haute tension, qui a revu à la baisse ses prévisions de consommation électrique en France à 2030.

Greenpeace a dénoncé "une PPE médiocre", faisant croire "au mythe du nucléaire +quoi qu’il en coûte+", tandis que Le Réseau action climat dit attendre les "mesures concrètes" du gouvernement concernant son plan d'électrification promis en mai.

Jules Nyssen, président du Syndicat des énergies renouvelables (SER), a dit espérer, avec cette publication, la fin des querelles entre partisans du tout-nucléaire et ceux souhaitant faire la part belle aux renouvelables, comme l'éolien et le solaire.

Le patron de LR, Bruno Retailleau, et la cheffe de file des députés RN, Marine Le Pen, avaient demandé au gouvernement de renoncer à le publier.

Dénonçant "un passage en force" sur cette programmation jugée trop favorable aux renouvelables et "ruineuse", Marine Le Pen a menacé de déposer une motion de censure et promet un recours devant le Conseil d’État.

A gauche, Marine Tondelier (Les Ecologistes) a dit son "soulagement" qu'il n'y ait pas de moratoire sur les renouvelables.

"Pour la première fois, nos intérêts climatiques correspondent à nos intérêts géopolitiques", assure Sébastien Lecornu en rappelant que des oppositions avaient aussi mal accueilli le plan Messmer lançant le programme nucléaire français dans les années 1970, au sortir du choc pétrolier.

Il a jugé "facile" d'opposer renouvelables et nucléaire et souligné que toutes les énergies "coûtent de l'argent", alors que le prix de l'électricité est devenu un sujet inflammable.

Une clause de revoyure est prévue en 2027, année de l'élection présidentielle.


Jusqu'à six ans de prison ferme dans un procès pour trafic d'armes et de stupéfiants en Ile-de-France

Le tribunal correctionnel de Paris a prononcé mercredi des peines allant d'un an de prison avec sursis à six ans ferme et deux relaxes à l'encontre de onze personnes jugées dans une affaire de trafic d'armes et de stupéfiants en Ile-de-France. (AFP)
Le tribunal correctionnel de Paris a prononcé mercredi des peines allant d'un an de prison avec sursis à six ans ferme et deux relaxes à l'encontre de onze personnes jugées dans une affaire de trafic d'armes et de stupéfiants en Ile-de-France. (AFP)
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  • Le principal prévenu, Eddy L., 40 ans, qui à l'audience avait réfuté tout trafic d'armes mais reconnu avoir dealé des stupéfiants, a été condamné à six ans de prison ferme, avec mandat de dépôt, et une amende de 75.000 euros
  • Vendredi, ce dernier avait fait état d'"une certaine originalité" dans cette affaire, avec une enquête initiée début 2021 à la suite d'un "renseignement anonyme"

PARIS: Le tribunal correctionnel de Paris a prononcé mercredi des peines allant d'un an de prison avec sursis à six ans ferme et deux relaxes à l'encontre de onze personnes jugées dans une affaire de trafic d'armes et de stupéfiants en Ile-de-France.

Le principal prévenu, Eddy L., 40 ans, qui à l'audience avait réfuté tout trafic d'armes mais reconnu avoir dealé des stupéfiants, a été condamné à six ans de prison ferme, avec mandat de dépôt, et une amende de 75.000 euros, au regard de la "gravité des faits", a souligné la présidente à la lecture du délibéré.

Le tribunal a déclaré Eddy L. coupable d'acquisition et de détention d'armes, trafic de stupéfiants, blanchiment d'argent de ce trafic et association de malfaiteurs mais l'a relaxé pour la cession d'armes. Une peine légèrement inférieure aux sept ans requis par le procureur.

Vendredi, ce dernier avait fait état d'"une certaine originalité" dans cette affaire, avec une enquête initiée début 2021 à la suite d'un "renseignement anonyme" stipulant qu'Eddy L., déjà connu de la justice, revendait des fusils d'assaut et armes de poing à des narcotrafiquants franciliens.

Surveillances, captations de données téléphoniques, sonorisations de véhicules... L'enquête aboutit à une vague d'interpellations fin 2022, notamment dans l'entourage d'Eddy L..

Des armes et de la drogue sont retrouvées au domicile de son collègue et "ami" Haikel L.. Des stupéfiants sont par ailleurs saisis dans deux box en banlieue parisienne.

Eddy L., qui vit au Maroc depuis octobre 2021, se rend aux autorités.

"On a bâti autour d'Eddy L. une cathédrale judiciaire et l'on découvre au moment de le juger qu'elle ne repose que sur quelques pierres", avait plaidé son avocat, Ludovic Elbaz.

Haikel L., pour sa part, avait admis conditionner de la cocaïne, avoir stocké des stupéfiants et des armes. Le tribunal l'a condamné à quatre ans de prison, avec mandat de dépôt, et 30.000 euros d'amende, une peine conforme aux réquisitions du parquet. Sa femme a été relaxée.

Dans ce dossier, des reçus de paiement d'un appartement sur plan à Marrakech et un acte d'achat d'un bien à Dubaï sont retrouvés, les enquêteurs soupçonnant un blanchiment d'argent.

Une des prévenues, qui avait reconnu en grande partie un rôle d'intermédiaire, a écopé de trois ans de prison avec sursis. Son avocat avait plaidé que sa cliente n'était propriétaire d'aucun bien à Marrakech et qu'il n'y avait "même pas le début d'un flux financier" pour Dubaï.

La soeur d'Eddy L. et son ex-compagne ont été condamnées, respectivement, à un an et deux ans de prison avec sursis, reconnues coupables de blanchiment d'argent de trafic de stupéfiants, ainsi que d'association de malfaiteurs pour la seconde.

Outre les onze prévenus, tous présents au délibéré, deux autres personnes, en fuite, ont écopé de six ans de prison ferme, avec mandat d'arrêt, et 100.00 euros d'amende.

 


Mort d'Adama Traoré: non-lieu définitif, la famille se tourne vers la justice européenne

Dans un arrêt de 15 pages, la plus haute juridiction judiciaire a écarté l'ensemble des arguments qu'ils soulevaient, refusant d'annuler le non-lieu prononcé en faveur des gendarmes en août 2023 puis confirmé en mai 2024 en appel. Les juges ont suivi le parquet général. (AFP)
Dans un arrêt de 15 pages, la plus haute juridiction judiciaire a écarté l'ensemble des arguments qu'ils soulevaient, refusant d'annuler le non-lieu prononcé en faveur des gendarmes en août 2023 puis confirmé en mai 2024 en appel. Les juges ont suivi le parquet général. (AFP)
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  • Après dix ans de combat judiciaire, les proches de ce jeune homme noir décédé en juillet 2016 dans une gendarmerie du Val-d'Oise voient s'évaporer leurs espoirs de relancer l'enquête dans cette affaire devenue symbole des accusations de violences
  • Ce non-lieu, dont ont bénéficié les trois gendarmes qui avaient menotté Adama Traoré dans un appartement de Beaumont-sur-Oise (Val-d'Oise) le 19 juillet 2016, au terme d'une course-poursuite un jour où il faisait près de 37°, est désormais définitif

PARIS: La Cour de cassation a confirmé mercredi le non-lieu en faveur des gendarmes dans l'affaire de la mort d'Adama Traoré, une décision devenue définitive mais dénoncée par sa famille, qui espère désormais obtenir la condamnation de la France devant la justice européenne.

Après dix ans de combat judiciaire, les proches de ce jeune homme noir décédé en juillet 2016 dans une gendarmerie du Val-d'Oise voient s'évaporer leurs espoirs de relancer l'enquête dans cette affaire devenue symbole des accusations de violences et de racisme des forces de l'ordre.

Dans un arrêt de 15 pages, la plus haute juridiction judiciaire a écarté l'ensemble des arguments qu'ils soulevaient, refusant d'annuler le non-lieu prononcé en faveur des gendarmes en août 2023 puis confirmé en mai 2024 en appel. Les juges ont suivi le parquet général.

Ce non-lieu, dont ont bénéficié les trois gendarmes qui avaient menotté Adama Traoré dans un appartement de Beaumont-sur-Oise (Val-d'Oise) le 19 juillet 2016, au terme d'une course-poursuite un jour où il faisait près de 37°, est désormais définitif. Le jeune homme de 24 ans, interpellé lors d'une opération qui visait son frère Bagui, était décédé deux heures plus tard dans la caserne voisine de Persan.

La chambre criminelle de la Cour de cassation juge conforme à la loi le refus des juges d'ordonner de nouvelles investigations, dont une reconstitution. Celle-ci a toujours été refusée à la famille Traoré pour éclairer les circonstances de l'interpellation et du décès.

Dans cette affaire, où l'interpellation s'est déroulée sans témoin extérieur et où l'instruction a donné lieu à de très nombreuses expertises et rapports médicaux, la cour d'appel avait considéré que les gestes des gendarmes avaient contribué à la mort d'Adama Traoré, mais étaient restés dans le cadre de la loi.

La famille accuse les militaires d'avoir procédé à un placage ventral de plusieurs minutes, qui aurait causé la mort, et ensuite de n'avoir pas porté secours au jeune homme qui avait fait un malaise dans leur véhicule et qui avait été laissé menotté jusqu'à l'arrivée des pompiers.

La chambre criminelle valide le raisonnement des juges sur "l'assistance" portée à Adama Traoré, "adaptée à la conscience qu'ils avaient du péril encouru". "Il n'est établi à la charge des gendarmes aucune faute caractérisée exposant (Adama Traoré) à un risque d'une particulière gravité qu'ils ne pouvaient ignorer", souligne l'arrêt.

"Scandalisés" 

"Nous sommes scandalisés, choqués", a réagi en sortant de l'audience la soeur de la victime, Assa Traoré, figure de proue du comité "Vérité et justice pour Adama".

"L'affaire Adama Traoré a porté au plus haut la question des violences policières (...) La police française est raciste, le système judiciaire français est raciste. Aujourd'hui, ils ont protégé les gendarmes, mais nous connaissons la vérité", a-t-elle accusé.

A son côté, l'avocat de la famille, Me Yassine Bouzrou, a annoncé saisir la Cour européenne des droits de l'Homme (CEDH) "pour faire condamner la France".

Après des années d'instruction, la justice avait reconnu que la mort du jeune homme avait été causée par un "coup de chaleur" qui n'aurait "probablement" pas été mortel sans l'interpellation des gendarmes. "Pourtant aujourd'hui, (la Cour de cassation) entérine l'impunité" a-t-il ensuite dénoncé dans un communiqué transmis à l'AFP.

Dans ce dossier, "un procureur a donné de fausses informations et des médecins ont inventé des pathologies", avant que l'affaire ne soit délocalisée de Pontoise à Paris, a-t-il déclaré.

Les parties civiles ont dû faire appel à des "experts indépendants" pour forcer "la justice à admettre après huit ans ce que tout le monde savait: Adama Traoré est mort sous le poids des gendarmes, et non d'un prétendu coup de chaleur", affirme Me Bouzrou.

"La justice a refusé toute reconstitution bafouant les règles les plus élémentaires d'une enquête digne de ce nom (...) La justice française a tout fait pour étouffer l'affaire, refusant d'évaluer la proportionnalité de la force employée", s'insurge-t-il.

"Les faits sont tragiques et ça ne retire rien à la compassion qu'on peut avoir pour les parties civiles, mais pour les gendarmes c'est un soulagement", a réagi de son côté l'un de leurs avocats, Me Guillaume Tapie, qui estime que "l'enquête était complète et extrêmement fouillée".

La décision a immédiatement suscité des réactions politiques. "La justice française couvre une fois de plus les gendarmes auteurs de violences policières", a dénoncé le député LFI Thomas Portes. "L'honneur (des gendarmes) est désormais sauf et leur réputation rétablie", a au contraire réagi le patron du RN Jordan Bardella.