Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Rencontre Salam-Macron: une feuille de route implicite, pour stabiliser le Liban

À l’issue de la rencontre à l’Élysée entre le président Emmanuel Macron et Nawaf Salam, l’impression qui domine est celle d’un moment d’échange franc, amical et dépourvu d’arrière-pensées concernant le Liban, où rien et tout reste incertain. (AFP)
À l’issue de la rencontre à l’Élysée entre le président Emmanuel Macron et Nawaf Salam, l’impression qui domine est celle d’un moment d’échange franc, amical et dépourvu d’arrière-pensées concernant le Liban, où rien et tout reste incertain. (AFP)
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  • La France se positionne comme un partenaire engagé et constant, et Macron détaille un soutien à la fois humanitaire, militaire, politique et économique
  • Des dizaines de tonnes d’aide ont déjà été acheminées à Beyrouth, et d’autres suivront, assure-t-il

PARIS: À l’issue de la rencontre à l’Élysée entre le président Emmanuel Macron et Nawaf Salam, l’impression qui domine est celle d’un moment d’échange franc, amical et dépourvu d’arrière-pensées concernant le Liban, où rien et tout reste incertain.

En se rendant à l’Élysée, Salam sait très bien qu’il est en terrain conquis, puisque la sauvegarde de la souveraineté, de l’intégrité et de la stabilité du Liban est, de tout temps, en tête des priorités de la diplomatie française.

Il n’est donc pas surprenant que les deux responsables fassent un constat commun, celui d’un soulagement prudent.

La trêve, obtenue après plusieurs semaines d’un conflit que les Libanais « n’ont ni voulu ni choisi », selon les mots du président français, est saluée comme une avancée. Mais personne ne s’y trompe : elle est provisoire, instable et menacée à tout instant.

Le cessez-le-feu n’est pas une fin en soi

Emmanuel Macron insiste sur la nécessité de la consolider, de lui donner de l’épaisseur politique. Salam, de son côté, y voit un acquis essentiel, sans ignorer que tout reste à faire.

Le cessez-le-feu n’est pas une fin en soi : c’est une ouverture, étroite, vers un autre objectif essentiel, la souveraineté de l’État libanais.

C’est sans doute le point le plus fort, le plus partagé et le plus répété par les deux dirigeants, qui convergent totalement sur ce principe simple mais décisif : « il ne peut y avoir d’État sans monopole de la force ».

Dans un Liban fragmenté, affaibli par des années de crises politiques, économiques et sécuritaires, Emmanuel Macron évoque un désarmement du Hezbollah qui doit être conduit par les Libanais eux-mêmes, sans ingérence extérieure.

Nawaf Salam, lui, va plus loin dans la formulation, soutenant qu’« un État ne peut exister s’il tolère plusieurs armées sur son sol », avant d’ajouter que ce processus doit « éviter toute dérive vers une confrontation interne ».

Le Hezbollah est évidemment au cœur de cette équation, et le président français n’hésite pas à qualifier son engagement dans le conflit d’« erreur stratégique majeure », l’accusant implicitement d’avoir entraîné le Liban dans une guerre qui n’était pas la sienne.

Nawaf Salam adopte une posture plus mesurée, sans ambiguïté sur le fond mais prudente dans la forme. Il rappelle le caractère illégal des activités armées du mouvement, tout en refusant l’escalade verbale.

Dans ce contexte, la question israélienne apparaît comme l’autre pilier de l’équation. Les deux dirigeants sont, là encore, sur une ligne commune, à savoir qu’aucune « stabilisation durable ne sera possible sans un retrait israélien du territoire libanais ».

La négociation n’est pas un aveu de faiblesse

Salam le dit clairement, en y ajoutant d’autres conditions, dont le retour des déplacés et la libération des Libanais détenus par Israël.

Pour sa part, Macron ne manque pas de rappeler l’attachement de la France à la sécurité d’Israël, tout en critiquant ouvertement certaines de ses actions récentes, que ce soit à Gaza, en Cisjordanie ou au Liban. Il va même jusqu’à évoquer la possibilité de reconsidérer l’accord d’association entre l’Union européenne et Israël si certaines lignes continuent d’être franchies.

Il est clair que, pour le président français, la sécurité ne peut être pensée contre la souveraineté des autres, comme c’est le cas actuellement.

Sur ce point, le choix de la diplomatie apparaît comme une évidence. Salam assume pleinement l’ouverture de discussions directes avec Israël, une démarche rare, presque historique dans sa portée symbolique. Il insiste sur le fait que « seul le gouvernement libanais est habilité à négocier », réaffirmant ainsi une souveraineté politique trop souvent contestée.

Macron soutient cette initiative sans réserve. Tous deux défendent l’idée que la négociation n’est pas un aveu de faiblesse, mais un acte de responsabilité. Dans une région saturée de conflits, la parole diplomatique tente ainsi de retrouver une légitimité.

La France se positionne comme un partenaire engagé et constant, et Macron détaille un soutien à la fois humanitaire, militaire, politique et économique.

Des dizaines de tonnes d’aide ont déjà été acheminées à Beyrouth, et d’autres suivront, assure-t-il. Paris entend également soutenir les forces armées libanaises, relancer une conférence internationale de financement et participer à la reconstruction des zones détruites, notamment dans le sud du pays.

Salam, de son côté, ne cache pas sa reconnaissance. Il évoque une amitié ancienne, éprouvée par l’histoire, et rappelle que le Liban aura besoin de près de 500 millions d’euros dans les prochains mois pour faire face à l’urgence humanitaire.

Reste enfin la question de la Force intérimaire des Nations unies au Liban (FINUL). Là encore, les positions sont nuancées mais convergentes. Macron souhaite maintenir un cadre international solide, capable d’accompagner la stabilisation.

Salam, lui, exclut l’idée d’une nouvelle version de la FINUL, mais insiste sur la nécessité d’une présence internationale sous mandat onusien, notamment pour des missions de surveillance et de médiation.

Finalement, cette rencontre dessine une feuille de route implicite : consolider la trêve, avancer dans les négociations, renforcer l’État libanais, désarmer progressivement le Hezbollah, obtenir un retrait israélien et engager la reconstruction.


Macron reçoit Salam: même marginalisée la France reste au chevet du Liban

Le Premier ministre libanais, Nawaf Salam, est reçu aujourd’hui par le président Emmanuel Macron au palais de l’Élysée. (AFP)
Le Premier ministre libanais, Nawaf Salam, est reçu aujourd’hui par le président Emmanuel Macron au palais de l’Élysée. (AFP)
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  • Officiellement, rien d’exceptionnel, puisque les échanges entre Paris et Beyrouth sont constants, mais officieusement, chacun sait que, depuis le début de la guerre régionale, l’Élysée n’a jamais relâché son attention
  • La quinzaine d’échanges directs qui ont eu lieu entre le président français et les dirigeants libanais, dont le président Joseph Aoun, témoigne de cette implication continue

PARIS: Marginalisée et écartée des négociations sur le cessez-le-feu par l’administration américaine et Israël, la France n’en reste pas moins engagée au chevet du Liban en cette période charnière de son histoire.

Réciproquement, le Liban, qui se prépare à une seconde séance de négociations avec les Israéliens sous médiation américaine à Washington jeudi, continue de favoriser la coordination de ses démarches avec les responsables français.

Il faut dire que ces deux pays sont liés depuis la nuit des temps par des liens indéfectibles d’une intense densité, dont les Libanais sont loin de vouloir se délester, en dépit de la conjoncture particulière actuelle.

C’est dans ce cadre que le Premier ministre libanais, Nawaf Salam, est reçu aujourd’hui par le président Emmanuel Macron au palais de l’Élysée.

Officiellement, rien d’exceptionnel, puisque les échanges entre Paris et Beyrouth sont constants, mais officieusement, chacun sait que, depuis le début de la guerre régionale, l’Élysée n’a jamais relâché son attention.

La quinzaine d’échanges directs qui ont eu lieu entre le président français et les dirigeants libanais, dont le président Joseph Aoun, témoigne de cette implication continue.

Implication française constante malgré l’exclusion diplomatique

Paris suit heure par heure une situation jugée fragile, et la rencontre entre Macron et Salam constitue une occasion d’envisager les moyens et les alternatives susceptibles de consolider une situation libanaise vacillante.

Pour Paris, le diagnostic est désormais posé sans ambiguïté : les dernières semaines ont laissé des traces profondes, et les frappes du 8 avril sur Beyrouth, les déplacements de populations et la peur diffuse sont autant de signes d’un pays gravement éprouvé.

Le cessez-le-feu temporaire obtenu pour dix jours offre un répit, mais personne à l’Élysée ne se fait d’illusions : il ne s’agit pas d’une sortie de crise, tout au plus d’une suspension, ce qui incite la France à maintenir une ligne constante, celle de la désescalade.

L’objectif est double : prolonger à court terme le cessez-le-feu et créer, à moyen terme, les conditions d’une stabilisation durable.

La vision française repose sur une idée simple : il ne peut y avoir de paix durable sans un État libanais pleinement souverain.

C’est pourquoi, au cœur de la stratégie française, se trouve le renforcement des institutions libanaises, au premier rang desquelles les forces armées, qui apparaissent comme la clé de voûte de tout scénario de stabilisation.

Leur mission est immense : restaurer l’autorité de l’État, sécuriser le territoire et surtout réaffirmer un principe fondamental, celui du monopole de la force légitime, c’est-à-dire le désarmement du Hezbollah.

Pour Paris, ce désarmement est un objectif, même s’il s’inscrit dans le temps long et dans un équilibre politique qui reste extrêmement fragile. Cela n’empêche pas la France de renforcer son soutien par des équipements militaires, une coopération logistique et un accompagnement stratégique.

Stabiliser le Liban

Sur le terrain, la situation reste encadrée par la présence de la Force intérimaire des Nations unies au Liban (FINUL), qui continue de jouer un rôle de tampon, en coordination étroite avec l’armée libanaise.

Les mécanismes de liaison fonctionnent, malgré les aléas inhérents à toute opération dans une zone instable, et pour Paris, l’enjeu aujourd’hui n’est pas tant de redessiner les lignes que d’éviter qu’elles ne s’embrasent à nouveau.

Mais une question se profile déjà : que se passera-t-il après la FINUL, dont le mandat touche à sa fin dans les prochains mois ?

Sur ce point, Paris affirme qu’une réflexion est en cours pour préparer cette perspective, sans plus de détails pour l’instant.

L’autre élément de tension est la présence israélienne au sud du Liban, justifiée par des impératifs de sécurité. Cette zone tampon est perçue par la France comme une mesure provisoire, et Paris insiste sur le fait que l’intégrité territoriale du Liban n’est pas négociable.

À terme, Israël devra se retirer, mais ce retrait dépend d’une condition essentielle : la disparition de la menace, ce qui nous ramène à nouveau à la question du Hezbollah.

Tant que ce parti reste armé et actif, Israël invoquera son droit à la légitime défense ; et tant qu’Israël maintient sa pression militaire, le Hezbollah justifie sa posture. Pour Paris, il s’agit d’un cercle vicieux qui doit être brisé dans la séquence actuelle.

Dans ce contexte, et sans être à la table des négociations de Washington, la France observe et se tient prête. L’Élysée reconnaît volontiers que le rôle de Paris n’est pas forcément d’être au centre du jeu, mais d’être indispensable au moment où les accords devront être appliqués.

Car la France conserve un atout majeur par sa capacité à mobiliser, et peu de pays peuvent, comme elle, articuler soutien politique, aide militaire et coordination internationale.

Par ailleurs, la relation historique et structurante entre la France et le Liban inscrit la visite de Nawaf Salam dans une continuité et un dialogue constant entre deux États liés par une histoire et par une responsabilité partagée face à l’avenir.


Soldat français tué au Liban: un hommage national jeudi à Montauban

Une cérémonie d'hommage national au sergent-chef Florian Montorio, tué samedi dans le sud du Liban, aura lieu jeudi dans son régiment de Montauban, a annoncé mardi le ministère des Armées. (AFP)
Une cérémonie d'hommage national au sergent-chef Florian Montorio, tué samedi dans le sud du Liban, aura lieu jeudi dans son régiment de Montauban, a annoncé mardi le ministère des Armées. (AFP)
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  • Deux des soldats français blessés dans cette embuscade qui a visé des Casques bleus, attribuée par la France et l'ONU au groupe chiite pro-iranien Hezbollah, vont être rapatriés mardi "dans la journée", et le troisième "n'est plus hospitalisé"
  • La cérémonie, qui se tiendra à 11H30 au 17e Régiment du génie parachutiste de Montauban, sera présidée par la ministre des Armées Catherine Vautrin, en présence du chef d'état-major de l'armée de terre, le général Pierre Schill, a précisé le ministère

PARIS: Une cérémonie d'hommage national au sergent-chef Florian Montorio, tué samedi dans le sud du Liban, aura lieu jeudi dans son régiment de Montauban, a annoncé mardi le ministère des Armées.

La cérémonie, qui se tiendra à 11H30 au 17e Régiment du génie parachutiste de Montauban, sera présidée par la ministre des Armées Catherine Vautrin, en présence du chef d'état-major de l'armée de terre, le général Pierre Schill, a précisé le ministère.

Deux des soldats français blessés dans cette embuscade qui a visé des Casques bleus, attribuée par la France et l'ONU au groupe chiite pro-iranien Hezbollah, vont être rapatriés mardi "dans la journée", et le troisième "n'est plus hospitalisé", a par ailleurs annoncé mardi la ministre Vautrin.

Elle s'exprimait devant les députés de la Commission de la Défense de l'Assemblée nationale, où est examinée cette semaine une révision de la loi de programmation militaire 2024-2030.

La ministre a également donné des nouvelles de soldats "hospitalisés à Percy", hôpital militaire de la région parisienne, après avoir été blessés dans une attaque de drones en Irak en mars.

"Certains sont sortis" et "celui qui était le plus grièvement blessé fait l'objet d'une évolution qui est une évolution plutôt encourageante", a déclaré Mme Vautrin.

Le major Arnaud Frion avait été tué dans cette attaque attribuée à un groupe pro-iranien, qui avait également blessé six militaires français.