Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Emmanuel Macron salue en Edgar Morin un «destin exceptionnel dans le siècle»

Emmanuel Macron a salué mercredi, lors d'un hommage national aux Invalides au philosophe et sociologue Edgar Morin, mort à 104 ans, "un destin exceptionnel dans le siècle" qui ne céda jamais à "la vérité d'un seul camp". (AFP)
Emmanuel Macron a salué mercredi, lors d'un hommage national aux Invalides au philosophe et sociologue Edgar Morin, mort à 104 ans, "un destin exceptionnel dans le siècle" qui ne céda jamais à "la vérité d'un seul camp". (AFP)
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  • "Cette énergie française, généreuse, ambitieuse, universelle, va continuer de renaître", a assuré Emmanuel Macron dans un discours d'un peu moins de quinze minutes ponctué d'un "Merci Edgar"
  • Edgar Morin était l'auteur d'une œuvre très diverse, connue bien au-delà de la France et qui se voulait une réflexion sur l'Homme à partir des données de la science

PARIS: Emmanuel Macron a salué mercredi, lors d'un hommage national aux Invalides au philosophe et sociologue Edgar Morin, mort à 104 ans, "un destin exceptionnel dans le siècle" qui ne céda jamais à "la vérité d'un seul camp".

"C'est un destin exceptionnel dans le siècle", "un humaniste planétaire certes, mais irréductiblement français toujours pour ses combats de liberté (..) d'égalité, d'émancipation, de fraternité aussi avec tous les peuples privés de leurs droits", a lancé le chef de l'Etat devant un grand portrait du philosophe, arborant son éternel chapeau et sourire. Edgar Morin fut notamment un farouche défenseur de la cause palestinienne.

"Pour lui, la vérité ne résultait jamais d'un seul camp, d'un seul dogme. L'engagement ne pouvait être l'embrigadement et l'avenir était promis au chaos si l'on cédait à l'accablement ou à l'inaction", a-t-il ajouté.

"Cette énergie française, généreuse, ambitieuse, universelle, va continuer de renaître", a assuré Emmanuel Macron dans un discours d'un peu moins de quinze minutes ponctué d'un "Merci Edgar".

Edgar Morin était l'auteur d'une œuvre très diverse, connue bien au-delà de la France et qui se voulait une réflexion sur l'Homme à partir des données de la science. Malgré son grand âge, le philosophe, décédé vendredi, était toujours présent et écouté dans le débat intellectuel.

La cérémonie s'est déroulée dans la cour sud du Dôme des Invalides et non la cour d'honneur, comme le veut la tradition, en raison de travaux, en présence de son épouse, la philosophe marocaine Sabah Abouessalam, et nombre de personnalités du monde politique et intellectuel.

"Français juif" et résistant 

L'ancien président François Hollande, le Premier ministre Sébastien Lecornu et ses prédécesseurs Laurent Fabius, Dominique de Villepin, Manuel Valls, Bernard Cazeneuve et Elisabeth Borne ainsi que le sociologue Jean Viard et l'historien Pascal Ory ont notamment été aperçus. Le chef du gouvernement marocain Aziz Akhannouch était aussi présent.

Le cercueil, sur lequel l'emblématique chapeau du sociologue était posé, a fait son entrée dans la cour au pas du tambour. Après l'éloge funèbre présidentiel, la sonnerie "Aux Morts" a retenti, suivi d'une minute de silence et de la Marseillaise.

Docteur honoris causa de 38 universités étrangères, Edgar Morin a écrit des dizaines d'ouvrages dont "La Rumeur d'Orléans" (1969), sur une rumeur antisémite, "La méthode" (1977-2004), son œuvre majeure en six volumes, et plusieurs livres sur l'écologie, thème qui lui tenait à cœur.

De son vrai nom Edgar Nahoum, il est né le 8 juillet 1921 à Paris, dans une famille juive originaire de Salonique en Grèce, émigrée à Paris. En 1941, il rejoint le Parti communiste et entre dans la Résistance sous le pseudonyme de Morin

Le chef de l'Etat a salué "l'enfant de Ménilmontant", quartier populaire de Paris, d'un "enseignement laïque", "vibrant de son identité de Français juif, traqué, opprimé", résistant face à l'Occupant nazi et adepte de la "pensée complexe".

"Contre les apparences" 

"Pour comprendre comment la barbarie fut enfantée par la civilisation (...) après la guerre, Edgar Morin, encore soldat, s'établit un temps en Allemagne" et en "tira un livre à rebours de l'époque pour défendre l'idée de l'Allemagne qu'il aimait, l'idée de l'Europe qu'il aimait et ses idées dont il espérait la renaissance", a-t-il rappelé.

Dans "Autocritique" (1959), le philosophe relata son exclusion du PCF et ses propres aveuglements face au stalinisme. Edgar Morin fut aussi l'un des fondateurs du comité des intellectuels contre la guerre d'Algérie. "Il avait appris à penser contre les apparences, contre les écoles, parfois contre lui-même", a dit le chef de l'Etat.

Devenu chercheur au CNRS, il sut "décrire la rumeur d'Orléans avec ses emballements, ses croyances, ses lâchetés et son travail éclaire encore ce que nous savons de ces poussées de fièvre imaginaire". Il "aperçut l'émergence de la génération des yéyé" nés près la guerre, d'une "nouvelle culture de masse ou la "fin de la société rurale", a relaté le président.

Après la chute du Mur de Berlin en 1989, il a observé comment "le modèle occidental entrait en crise au moment de sa victoire politique et économique". Avec la "crise écologique", "le retour du fondamentalisme religieux", la "crise de l'ordre international" et le retour de la guerre en Europe.


« Rien ne peut justifier » une occupation prolongée d’Israël au Liban, selon le chef de la diplomatie française

Le ministre français de l’Europe et des Affaires étrangères, Jean-Noël Barrot, donne une conférence de presse à la résidence de l’ambassadeur de France (Pine Residence) à Beyrouth le 6 février 2026. (AFP)
Le ministre français de l’Europe et des Affaires étrangères, Jean-Noël Barrot, donne une conférence de presse à la résidence de l’ambassadeur de France (Pine Residence) à Beyrouth le 6 février 2026. (AFP)
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  • La France estime que rien ne peut justifier la poursuite des opérations militaires israéliennes et une occupation prolongée au Liban, appelant à éviter que le Liban ne paie le prix d’un blocage des négociations entre grandes puissances
  • Alors que des pourparlers entre Israël et le Liban doivent se tenir à Washington, les combats se poursuivent malgré une trêve fragile, dans un contexte régional lié aux tensions entre l’Iran et les États-Unis

PARIS: "Rien ne peut justifier" la poursuite des opérations militaires et une occupation prolongée d'Israël au Liban, a estimé mardi le chef de la diplomatie française, alors qu'Israël et le Hezbollah ont poursuivi leurs affrontements dans la nuit malgré l'annonce par Donald Trump d'un accord.

"Il est hors de question que le Liban soit en quelque sorte une victime expiatoire d'un accord qui peine à se conclure entre l'Iran et les Etats-Unis", a en outre souligné Jean-Noël Barrot sur France TV, qui dit s'être entretenu lundi soir avec son homologue américain Marco Rubio.

L'armée israélienne mène au Liban son incursion militaire la plus profonde depuis l'an 2000, quand elle s'en était retirée après 18 années d'occupation.

"Ce que nous voulons, c'est que les discussions qui sont prévues cette semaine entre le gouvernement israélien et le gouvernement libanais puissent se tenir dans les meilleures conditions", a également réagi le ministre français.

Ce nouveau cycle de négociations entre émissaires libanais et israéliens doit se tenir mardi à Washington. Il s'agit du 4e cycle de tractations depuis que le groupe islamiste pro-iranien Hezboolah a déclenché la guerre début mars en représailles aux frappes israélo-américaines contre l'Iran.

Une trêve a suspendu en principe les combats depuis le 17 avril - mais sur le terrain, les combats sont restés quasi quotidiens.

Un accord au Liban est crucial pour Donald Trump alors que l'Iran a conditionné tout accord pour mettre un terme à la guerre au Moyen-Orient à un cessez-le-feu au Liban.


Paris s’inquiète des évolutions au Liban et tente un déblocage

Le ministre Français des Affaires étrangères Jean-Noël Barrot. (AFP)
Le ministre Français des Affaires étrangères Jean-Noël Barrot. (AFP)
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  • La diplomatie française se mobilise pour venir en aide à un pays dont la situation est une véritable plaie pour ses habitants
  • Pour Paris, l’objectif de cette réunion est clair : il ne s’agit pas tant d’arracher une résolution, peu probable en raison des équilibres au Conseil de sécurité, que de « remettre la pression » et de replacer le Liban au cœur de l’attention international

PARIS: Soucieuse des évolutions alarmantes de la situation au Liban, Paris a appelé à une réunion urgente du Conseil de sécurité, alors que l’envoyé spécial du président français, Jean-Yves Le Drian, doit se rendre à Beyrouth demain mercredi.

La diplomatie française se mobilise pour venir en aide à un pays dont la situation est une véritable plaie pour ses habitants, notamment les centaines de milliers de déplacés disséminés à travers le territoire au gré des ordres d’évacuation israéliens.

Derrière cette initiative, une question centrale se pose : à quoi peut encore servir une réunion d’urgence à l’ONU dans un contexte où les rapports de force semblent verrouillés ?

Pour Paris, l’objectif de cette réunion est clair : il ne s’agit pas tant d’arracher une résolution, peu probable en raison des équilibres au Conseil de sécurité, que de « remettre la pression » et de replacer le Liban au cœur de l’attention internationale, alors que les regards sont largement tournés vers l’Iran.

Il est clair, pour la diplomatie française, que la situation a franchi un seuil critique ces derniers jours. D’autant que, déjà fragile, le cessez-le-feu apparaît désormais vidé de sa substance.

Les frappes se poursuivent, les menaces israéliennes s’intensifient, y compris contre Beyrouth, et les conditions minimales d’un dialogue crédible semblent s’effondrer.

Canal de discussion entre le Liban et Israël

On ne peut même plus parler de cessez-le-feu, reconnaît-on en substance du côté français, et cette dégradation inquiète d’autant plus qu’elle intervient au moment où un canal de discussion s’est ouvert entre le Liban et Israël sous médiation américaine.

Un choix jugé courageux par la diplomatie française, mais qui place Beyrouth dans une position extrêmement délicate car, faute de réciprocité sur le terrain, ces négociations risquent de perdre toute crédibilité.

Paris insiste sur ce point : si l’on veut que les autorités libanaises puissent avancer dans ces discussions, encore faut-il leur en laisser la possibilité. Or, l’intensification des opérations militaires israéliennes réduit cet espace politique à néant.

Pire encore, elle pourrait renforcer les acteurs que ces négociations cherchent précisément à contenir, au premier rang desquels figure le Hezbollah.

Dans cette équation, la France tente de défendre une approche pragmatique. Elle continue de rappeler la responsabilité du Hezbollah dans l’engrenage du conflit, tout en soulignant que la stratégie actuelle d’Israël est contre-productive, estimant que, s’il fallait saboter les discussions, on ne s’y prendrait pas autrement.

Dès lors, la priorité affichée est le rétablissement d’un cessez-le-feu « robuste », condition indispensable à toute avancée politique, ainsi que la réactivation et l’amélioration du mécanisme mis en place fin 2024, aujourd’hui largement inopérant.

Paris insiste sur le fait que, sans cadre crédible de vérification et de désescalade, les initiatives diplomatiques risquent de rester lettre morte.

Mais au-delà de l’urgence immédiate, la France travaille sur une stratégie de plus long terme qui repose notamment sur un renforcement de l’État libanais, à commencer par son armée. L’objectif est d’aider le Liban à retrouver progressivement sa souveraineté en limitant l’influence des acteurs armés non étatiques.

Cela passe par un soutien accru — financier, logistique mais aussi politique — aux forces armées libanaises, sans pour autant leur demander une confrontation directe avec le Hezbollah, jugée irréaliste dans le contexte actuel. Il s’agit plutôt de renforcer leur présence sur le terrain, de contrôler les flux logistiques et financiers et de sécuriser des zones clés, notamment la frontière avec la Syrie.

Sur ce dernier point, Paris voit un levier important car, contrairement aux années précédentes, un certain niveau de coopération avec les autorités syriennes semble possible, ouvrant la voie à un meilleur contrôle des flux qui alimentent le Hezbollah.

Autre chantier majeur du point de vue français : l’avenir de la présence internationale au Liban. Le retrait annoncé de la FINUL d’ici à la fin de l’année suscite de vives inquiétudes.

Les leviers de la France demeurent limités

La France estime qu’un tel vide sécuritaire serait dangereux et plaide donc pour une réflexion rapide sur un nouveau dispositif, potentiellement plus adapté aux réalités actuelles.

Cette approche s’inscrit dans une volonté plus large consistant à remobiliser les partenaires internationaux. À ce propos, Paris travaille étroitement avec plusieurs pays de la région, notamment l’Arabie saoudite, l’Égypte et le Qatar, ainsi qu’avec certains partenaires européens, afin de tenter de recréer une dynamique collective autour du Liban.

Reste toutefois une réalité difficile à contourner : les leviers de la France demeurent limités face au rôle central des États-Unis dans la médiation. La diplomatie française s’efforce néanmoins de peser indirectement en multipliant les échanges avec Washington et en délivrant un message constant : sans cessez-le-feu, aucune avancée durable n’est possible.

Par ailleurs, Paris explore d’autres pistes de pression, notamment au niveau européen. Le débat sur l’accord d’association entre l’Union européenne et Israël pourrait ainsi évoluer sous l’effet conjugué des situations à Gaza, en Cisjordanie et désormais au Liban.

Enfin, la mission de l’envoyé spécial Jean-Yves Le Drian à Beyrouth revêt une dimension politique essentielle puisque, au-delà du soutien affiché, il s’agira pour lui de dialoguer avec l’ensemble des forces politiques libanaises afin de favoriser un minimum de cohésion interne.

Un enjeu jugé crucial par la diplomatie française dans un pays profondément fragmenté, où les divisions communautaires affaiblissent toute stratégie nationale.