Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Orages : tous les modes de transports fortement perturbés dans le sud de la France

Les orages qui ont frappé lundi soir le sud de la France ont provoqué de très fortes perturbations dans tous les modes de transports, d'ouest en est, que ce soit sur les routes, le rail et dans le ciel, a indiqué le ministère des Transports dans un point de situation. (AFP)
Les orages qui ont frappé lundi soir le sud de la France ont provoqué de très fortes perturbations dans tous les modes de transports, d'ouest en est, que ce soit sur les routes, le rail et dans le ciel, a indiqué le ministère des Transports dans un point de situation. (AFP)
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  • Dans le domaine ferroviaire, "les orages entraînent de nombreuses perturbations sur plusieurs axes", avec notamment une interruption du trafic "entre Narbonne et Sète depuis 18h30"
  • Côté TER, le trafic est "fortement perturbé" en région Nouvelle-Aquitaine, "avec de nombreuses suppressions", selon le ministre qui table sur un retour à la normale pour mardi matin

PARIS: Les orages qui ont frappé lundi soir le sud de la France ont provoqué de très fortes perturbations dans tous les modes de transports, d'ouest en est, que ce soit sur les routes, le rail et dans le ciel, a indiqué le ministère des Transports dans un point de situation.

Dans le domaine ferroviaire, "les orages entraînent de nombreuses perturbations sur plusieurs axes", avec notamment une interruption du trafic "entre Narbonne et Sète depuis 18h30", a indiqué sur X le ministre des Transports, Philippe Tabarot, ajoutant qu'"une vingtaine de trains dont 6 TGV sont retardés jusqu’à 2h".

Côté TER, le trafic est "fortement perturbé" en région Nouvelle-Aquitaine, "avec de nombreuses suppressions", selon le ministre qui table sur un retour à la normale pour mardi matin.

En Indre-et-Loire, à Saint-Pierre-des-Corps, sur la LGV Atlantique, "le trafic est interrompu depuis 19h10 en raison d'une perte d’alimentation électrique", et un TGV, un Ouigo et une dizaine de TER "sont retardés jusqu’à 1 h", indique M. Tabarot, qui exprime son "soutien aux voyageurs dont les déplacements sont perturbés" et aux agents "mobilisés pour rétablir les conditions de circulation".

Sur les routes, "des restrictions de circulation, avec notamment des abaissements de vitesse maximale autorisée, ont été prises sur l’ensemble des autoroutes et routes nationales en zone Sud", a indiqué le ministre, appelant "chacun à faire preuve de la plus grande prudence dans ses déplacements".

Enfin, en raison de la forte activité orageuse, le trafic aérien est également "perturbé" dans les aéroports de Bordeaux, Toulouse, Marseille et Nice, ainsi que sur les aéroports parisiens, a indiqué M. Tabarot, faisant état de "retards et (...) annulations de vols.


L'Arabie saoudite et la France appellent à la diplomatie avec l'Iran, réaffirment leur soutien à un État palestinien 

Le prince héritier saoudien Mohammed ben Salmane et le président français Emmanuel Macron ont abordé plusieurs points chauds de la région dans une déclaration commune publiée lundi à Paris. (SPA)
Le prince héritier saoudien Mohammed ben Salmane et le président français Emmanuel Macron ont abordé plusieurs points chauds de la région dans une déclaration commune publiée lundi à Paris. (SPA)
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  • Riyad et Paris appellent à une navigation sans restriction dans le détroit d'Ormuz et à une solution négociée au conflit nucléaire avec l'Iran
  • Soutien à la création d'un État palestinien, à la souveraineté du Liban, au redressement de la Syrie et au renforcement des liens en matière de défense et d'économie

PARIS : L’Arabie saoudite et la France ont appelé à une solution négociée concernant l’Iran, au rétablissement d’une navigation sans restriction dans le détroit d’Ormuz et à la poursuite des efforts en faveur de la création d’un État palestinien, alors que le prince héritier Mohammed ben Salmane et le président français Emmanuel Macron ont présenté une vision commune globale pour la sécurité au Moyen-Orient et un partenariat stratégique élargi.

Dans une déclaration commune publiée à l’issue de leur rencontre à Paris lundi, les deux dirigeants ont souligné que la stabilité au Moyen-Orient devait reposer sur la souveraineté des États, le respect du droit international et la recherche de solutions politiques et diplomatiques aux conflits et aux menaces pour la sécurité.

L’Iran occupait une place prépondérante dans cette déclaration, Riyad et Paris soulignant la nécessité d’une solution négociée pour éviter toute nouvelle escalade et garantir la sécurité régionale.


Le président français Emmanuel Macron, au centre à droite, et le prince héritier saoudien Mohammed ben Salmane, au centre à gauche, assistent à une réunion au Cercle de l’Union interalliée à Paris, en France, le lundi 24 août 2026. (AP)
Les deux parties ont réaffirmé leur engagement en faveur d’une solution diplomatique garantissant le caractère pacifique du programme nucléaire iranien et ont appelé Téhéran à reprendre une coopération totale avec l’Agence internationale de l’énergie atomique.

Ils ont également condamné les attaques contre des navires dans le détroit d’Ormuz et les menaces pesant sur la sécurité des voies navigables, soulignant la nécessité de rétablir la navigation dans ce passage stratégique dans les conditions qui prévalaient avant le 28 février 2026.

Les deux pays ont spécifiquement appelé à la liberté de navigation, à un trafic maritime régulier et à l’absence de péages ou de restrictions, directs ou indirects, au passage, conformément au droit international.


France – Arabie saoudite : Amélia Lakrafi appelle à davantage d’ambition française

Alors que le prince héritier Mohammed ben Salmane est arrivé à Paris, la députée des Français établis hors de France Amélia Lakrafi estime que la relation entre la France et l’Arabie saoudite se trouve à un tournant. (AFP)
Alors que le prince héritier Mohammed ben Salmane est arrivé à Paris, la députée des Français établis hors de France Amélia Lakrafi estime que la relation entre la France et l’Arabie saoudite se trouve à un tournant. (AFP)
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  • Un partenariat en pleine expansion : Paris et Riyad élargissent leur coopération à l’IA, au numérique, à la santé, au tourisme, à l’éducation et au sport, au-delà des secteurs traditionnels
  • Un appel à davantage d’ambition française : Amélia Lakrafi souhaite que la France passe de la simple présence à une intégration plus profonde, fondée sur les investissements, la coproduction, les transferts de technologies et la formation

PARIS : Alors que le prince héritier Mohammed ben Salmane est arrivé à Paris, la députée des Français établis hors de France Amélia Lakrafi estime que la relation entre la France et l’Arabie saoudite se trouve à un tournant. Elle appelle Paris à renforcer ses ambitions économiques, technologiques et diplomatiques.

La relation entre la France et l’Arabie saoudite « évolue dans le bon sens », estime Amélia Lakrafi. Selon la députée de la 10e circonscription des Français établis hors de France, le partenariat entre Paris et Riyad a profondément changé de nature.

Longtemps concentrée sur l’énergie, la défense et quelques grands projets culturels et archéologiques, la coopération couvre désormais les technologies, la santé, le tourisme, la culture, le sport, l’e-sport et l’enseignement supérieur. Elle s’est également structurée politiquement avec la création du Conseil de partenariat stratégique lors de la visite d’État du président Emmanuel Macron à Riyad en décembre 2024.

« On est dans un partenariat, avec ce que cela suppose de confiance et d’exigence des deux côtés », souligne-t-elle.

À l’approche de la visite du prince héritier à Paris, prévue dimanche 23 août, Amélia Lakrafi souligne l’ampleur de la délégation saoudienne attendue. L’essentiel du gouvernement du Royaume devrait se déplacer, ce qu’elle considère comme « un message en soi. »

Elle identifie trois priorités : développer la coopération dans l’intelligence artificielle, le quantique, l’économie numérique et créative ; renforcer la coordination diplomatique sur le Liban, la Syrie et la Palestine ; et développer l’enseignement du français ainsi que la mobilité étudiante.

La visite doit également, selon elle, déboucher sur des résultats économiques. « Les grands contrats pourraient être bien plus importants », affirme-t-elle. Elle cite le forum économique organisé en marge de la visite au Cercle de l’Union interalliée, qui réunira des dirigeants d’entreprises français et saoudiens. « C’est là que se jouent les choses concrètes », souligne-t-elle.

Pour la députée, le partenariat franco-saoudien est désormais solidement établi. Elle cite «  près de 12 milliards de dollars d’échanges commerciaux en 2025, en hausse de 7 %, ainsi qu’un stock d’investissement français dans le Royaume ayant plus que doublé en dix ans ».

Le prochain défi est de passer « de la présence à l’intégration: coproduction, transferts de technologie, formation, localization ». Une approche qui correspond aux ambitions de la Vision 2030 saoudienne et pourrait permettre à la France de mieux se différencier de ses concurrents.

« C’est là que l’on peut faire la différence face à des concurrents qui vendent sans transmettre », estime-t-elle.

L’intelligence artificielle et le numérique constituent, selon elle, le principal potentiel de croissance. L’Arabie saoudite investit massivement dans ces domaines et recherche des partenaires capables d’apporter des compétences et des technologies. La France dispose d’atouts dans la recherche, les start-up, la cybersécurité et la souveraineté numérique.

La santé représente un autre axe majeur, le secteur pharmaceutique constituant déjà, selon Amélia Lakrafi, « le deuxième poste d’exportation français vers le Royaume ».

Le tourisme offre également d’importantes perspectives. L’expérience française à AlUla démontre, selon elle, le savoir-faire français dans les grands projets touristiques et culturels. Elle cite notamment la province d’Asir, dont le potentiel pour le tourisme de montagne reste largement peu exploité.

La députée insiste sur l’importance d’une présence française de terrain et salue le travail du consul général de France à Djeddah, Mohamed Nehad, notamment dans la région d’Asir. « Quand on est là avant les autres, on est dans la conversation quand les décisions se prennent », affirme-t-elle.

Le sport et l’e-sport constituent également de nouveaux terrains de coopération. L’accueil à Paris de la Coupe du monde d’e-sport confiée par le Royaume illustre, selon elle, la montée en puissance de ce secteur.

Sur le plan diplomatique, Paris et Riyad disposent d’atouts complémentaires. « Le Royaume a une légitimité et un accès dans le monde arabe et islamique que personne d’autre n’a », explique-t-elle. La France dispose de son côté d’un siège permanent au Conseil de sécurité de l’ONU, d’une capacité à mobiliser l’Europe et d’une présence historique au Moyen-Orient.

La députée cite notamment la coprésidence franco-saoudienne de la conférence consacrée à la solution à deux États et la coopération sur le Liban. La sécurité maritime dans le Golfe et en mer Rouge constitue également un domaine de coopération « très concret, très opérationnel », explique-t-elle.

Amélia Lakrafi souhaite aussi renforcer la diplomatie parlementaire. Celle-ci offre, selon elle, une continuité que la diplomatie gouvernementale ne peut pas toujours garantir. Mais les échanges entre parlementaires français et saoudiens manque  de régularité. Elle plaide pour des formats permanents autour du numérique, de l’éducation et des questions consulaires. « Nos deux assemblées se connaissent trop peu », regrette-t-elle.

La relation bilatérale doit également répondre aux préoccupations des plus de 6 000 Français vivant en Arabie saoudite. L’éducation constitue sa priorité, notamment l’accès aux établissements homologués, les frais de scolarité et la continuité des parcours scolaires.

Les services consulaires, la protection sociale et les retraites figurent également parmi les préoccupations majeures. La députée indique  « porter une proposition de loi consacrée aux Français de l’étranger, avec un volet social important ».

Plus largement, Amélia Lakrafi estime que la France doit mieux mesurer l’ampleur de la transformation du Royaume. « Beaucoup, en France, en sont restés à l’image d’il y a quinze ans. Ce décalage nous a coûté du temps et des marchés », affirme-t-elle.

Son message est clair : « Ce qui doit changer? Notre ambition. Nous ne sommes pas assez offensifs », juge-t-elle, appelant la France à chercher de nouvelles opportunités au-delà de ses secteurs traditionnels.

La culture et le patrimoine restent un socle important, avec AlUla comme exemple. « Mais un partenariat de cette dimension doit également produire des contrats structurants dans l’énergie, les infrastructures, les technologies et la défense, » estime la députée.

La nomination du nouvel ambassadeur saoudien à Paris, le Dr Faisal Mejfel, constitue à ses yeux un signal encourageant. « Francophone et Francophile », il pourrait contribuer à donner une nouvelle impulsion au partenariat.

À l’Arabie saoudite, Amélia Lakrafi adresse un message de confiance : « La France est un partenaire de confiance, y compris quand la région traverse des turbulences. » À Paris, elle demande « de la constance et de l’ambition ».

« Le potentiel est là, les interlocuteurs sont là. Il faut aller le chercher », conclut-elle.