Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


En plein conflit au Moyen-Orient, le G7 Finances à Paris au chevet de l'économie mondiale

Les ministres des Finances du G7 ont ouvert lundi à Paris leur réunion de deux jours, où ils tenteront de rapprocher leurs positions sur les réponses à apporter face aux répercussions du conflit au Moyen-Orient, ou encore de s'affranchir de la dépendance aux minerais critiques chinois. (AFP)
Les ministres des Finances du G7 ont ouvert lundi à Paris leur réunion de deux jours, où ils tenteront de rapprocher leurs positions sur les réponses à apporter face aux répercussions du conflit au Moyen-Orient, ou encore de s'affranchir de la dépendance aux minerais critiques chinois. (AFP)
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  • A un mois du sommet du G7 à Evian (15-17 juin), qu'elle accueille au titre de la présidence tournante, la France veut maintenir le cap du dialogue alors que les tensions géopolitiques et commerciales s'intensifient et minent les relations internationales
  • "On fait face à des défis majeurs, la guerre au Proche-Orient, évidemment, les déséquilibres multilatéraux qui sont aujourd'hui insoutenables, les enjeux de terres rares, de matériaux critiques, des enjeux d'aide au développement"

PARIS: Les ministres des Finances du G7 ont ouvert lundi à Paris leur réunion de deux jours, où ils tenteront de rapprocher leurs positions sur les réponses à apporter face aux répercussions du conflit au Moyen-Orient, ou encore de s'affranchir de la dépendance aux minerais critiques chinois.

"Je pense qu'aujourd'hui, on va montrer que le multilatéralisme, c'est utile et que ça fonctionne", a déclaré lundi matin aux journalistes le ministre français de l'Economie et des Finances Roland Lescure.

A un mois du sommet du G7 à Evian (15-17 juin), qu'elle accueille au titre de la présidence tournante, la France veut maintenir le cap du dialogue alors que les tensions géopolitiques et commerciales s'intensifient et minent les relations internationales, jusqu'à l’allié américain, devenu imprévisible sous Donald Trump.

Ce dernier, qui a de nouveau menacé l'Iran d'anéantissement dimanche, laisse entrevoir une reprise prochaine des frappes et la fin de la fragile trêve en vigueur depuis le 8 avril.

"On fait face à des défis majeurs, la guerre au Proche-Orient, évidemment, les déséquilibres multilatéraux qui sont aujourd'hui insoutenables, les enjeux de terres rares, de matériaux critiques, des enjeux d'aide au développement", a détaillé Roland Lescure.

"La manière dont la croissance mondiale, aujourd'hui, se déroule, est clairement insoutenable", a-t-il estimé. "Nous devons (...) nous engager les uns les autres pour faire en sorte qu'on retrouve un modèle de croissance plus soutenable".

Ormuz 

En haut des priorités des grands argentiers du G7: les conséquences économiques de la guerre au Moyen-Orient et du blocage par l'Iran du détroit d'Ormuz, essentiel au transport d'hydrocarbures et d'engrais dont les cours ont bondi.

En réaction, le Fonds monétaire international (FMI) s'attend à une croissance mondiale plus modeste et une inflation plus élevée en 2026.

"Cette guerre nuit fortement au développement économique. C'est pourquoi tout doit être mis en œuvre pour y mettre un terme définitif, rétablir la stabilité dans la région et garantir la liberté de navigation dans le détroit d'Ormuz", a déclaré dans un communiqué le ministre allemand des Finances Lars Klingbeil.

"Le G7 est le cadre approprié pour discuter de ces enjeux urgents avec les Etats-Unis et les autres pays du G7", a-t-il ajouté.

Une nouvelle libération de stocks stratégiques de pétrole, comme celle décidée en mars, n'est toutefois pas à l'ordre du jour, selon Roland Lescure. Il s'est toutefois montré prêt à "discuter de ça" si nécessaire, "si jamais on arrive à ouvrir le détroit d'Ormuz" et que les navires mettent du temps à circuler de nouveau normalement.

Ces craintes inflationnistes ont engendré ces derniers jours un fort mouvement de vente des bons d'Etat, et donc de hausse des taux d'intérêt des dettes souveraines.

Interrogée à ce sujet en marge de l'ouverture du G7 Finances, la présidente de la Banque centrale européenne (BCE) Christine Lagarde s'est dite "toujours préoccupée, c'est mon job !"

Vulnérabilités et dépendances 

Les ministres tenteront aussi d'aplanir les désaccords sur le commerce international après l'imposition de surtaxes douanières par Washington.

Alors que ces déséquilibres alimentent les tensions commerciales, géopolitiques et financières, et compromettent la croissance mondiale, une reconnaissance commune de la situation serait déjà considérée comme une grande avancée par la présidence française.

Cette réunion du G7, qui rassemble aussi les gouverneurs de banques centrales des pays membres, intervient quelques jours après la visite de Donald Trump à Pékin.

Ce sommet n'a pas donné d'annonces majeures, les deux chefs d'Etat n'ayant pas discuté des droits de douane. Les deux premières puissances économiques mondiales ont conclu une trêve commerciale en octobre.

Parmi les autres sujets mis sur la table, seront abordés "les matériaux critiques, les terres rares", a dit Roland Lescure. "Les terres rares, c'est le chaînon manquant de l'électrification. (...) Si on n'a pas accès aux terres rares de manière indépendante, on va manquer ce chaînon."

Ces dernières années, les pays producteurs et transformateurs, Chine en tête, ont parfois restreint certaines exportations de ces composants essentiels pour des pans entiers de l'économie mondiale, ou profité de leur situation dominante pour influer sur les prix.

"Il faut qu'on fasse pour les matériaux critiques ce qu'on a fait sur l'énergie dans les années 1970", une cause commune, avait déclaré M. Lescure à la presse la semaine dernière.

Le ministre allemand met aussi l'accent sur la guerre en Ukraine: "Nous ne perdons pas de vue la brutale guerre d'agression de la Russie même si le monde a les yeux tournés vers le Moyen-Orient: le peuple d'Ukraine peut compter sur notre soutien" dans le financement de sa défense.

 


Adolescent tué à Nantes: Nuñez promet de poursuivre la guerre contre le narcotrafic

Le ministre de l'Intérieur, Laurent Nuñez, a confirmé vendredi la mort d'un adolescent de 15 ans à Nantes, dans une fusillade "manifestement liée au trafic de drogue", affirmant sa "détermination" à "gagner" la "guerre" contre le narcotrafic. (AFP)
Le ministre de l'Intérieur, Laurent Nuñez, a confirmé vendredi la mort d'un adolescent de 15 ans à Nantes, dans une fusillade "manifestement liée au trafic de drogue", affirmant sa "détermination" à "gagner" la "guerre" contre le narcotrafic. (AFP)
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  • D'après Laurent Nuñez, le bilan du drame dans le quartier populaire de Port-Boyer, au nord de Nantes, s'élève donc à un jeune décédé et deux autres grièvement blessés mais dont les jours ne sont pas en danger
  • Adolescent tué à Nantes: Nuñez promet de poursuivre la guerre contre le narcotrafic

NANTES: Le ministre de l'Intérieur, Laurent Nuñez, a confirmé vendredi la mort d'un adolescent de 15 ans à Nantes, dans une fusillade "manifestement liée au trafic de drogue", affirmant sa "détermination" à "gagner" la "guerre" contre le narcotrafic.

"Cette guerre on la mène avec détermination et on ne lâchera rien. Oui le combat est compliqué mais on ne perdra pas cette guerre", a martelé le ministre, depuis le lieu de la fusillade survenue jeudi soir, où il est arrivé en fin de matinée.

D'après Laurent Nuñez, le bilan du drame dans le quartier populaire de Port-Boyer, au nord de Nantes, s'élève donc à un jeune décédé et deux autres grièvement blessés mais dont les jours ne sont pas en danger.

Adolescent tué à Nantes: Nuñez promet de poursuivre la guerre contre le narcotrafic

Une cellule psychologique du Samu a été mise en place dans le quartier, a constaté l'AFP.

Jeudi, vers 19H30, deux individus "cagoulés" sont arrivés et ont ouvert le feu "un peu à l'aveugle" sur un groupe de jeunes adolescents, dans ce quartier hérissé de barres d'immeubles construites au milieu de la verdure au bord d'une rivière, a rappelé le ministre.

Si les motifs de la fusillade sur ce point de deal sont "très probablement liés" au narcotrafic, Laurent Nuñez a insisté sur le fait que rien n'indiquait que les adolescents visés par les tirs "et a fortiori" celui qui est décédé étaient liés au trafic.

Ce point de deal est "très convoité", la police ayant interpellé cinq personnes en mars et "quand on déstabilise les territoires, on crée des guerres de territoire", a expliqué le ministre, faisant le parallèle avec des faits récemment survenus à Nice et près de Lyon.

Le 11 mai à Nice, en plein après-midi, un homme déposé en voiture avec une trottinette avait tiré par rafales en direction d'un groupe devant un café et un magasin de bonbons, tuant deux pères de familles de 57 ans et 39 ans. Il avait aussi blessé six personnes, dont trois grièvement.

Le même jour, à Décines-Charpieu, en banlieue lyonnaise, un incendie "d'intimidation" a conduit à la mort de trois personnes, "qui n'avaient rien à voir avec le trafic de stupéfiants", a rappelé M. Nuñez.

"Très peur" 

"Il y a des drames qui se produisent", mais "il faut continuer à déstabiliser, à démanteler des réseaux. Ce qui s'est passé hier renforce notre détermination pour poursuivre cette lutte incessante" contre le narcotrafic, a-t-il encore déclaré, après avoir échangé avec des habitants et la maire de Nantes, Johanna Rolland.

Vendredi matin, trois impacts de balles sont toujours visibles dans la porte d'entrée de l'immeuble du 3 rue de Pornichet, où les tirs se sont produits.

Une habitante de l'immeuble a décrit à l'AFP, sous couvert d'anonymat, comment elle a découvert l'un des adolescents touchés par balle "qui ne respir(ait) plus", disant avoir pensé à lui "toute la nuit".

Une voisine "envisage de quitter le quartier où elle a grandi". Son petit garçon de 10 ans a dit avoir "très peur". "Ça m'inquiète, j'en ai assez de tout ça", se désole le garçonnet qui ne veut plus dormir qu'au côté de sa mère depuis les premiers coups de feu entendus dans le quartier il y a plusieurs semaines.

Le trafic s'est "installé petit à petit", a témoigné auprès de l'AFP Cécile, sexagénaire qui habite rue de Pornichet "depuis 1995" et qui se dit "profondément choquée".

"Depuis quelques années et surtout quelques mois, on voit bien que ça craint en fait et là ça fait vraiment peur à tout le monde", a-t-elle ajouté, observant depuis peu des personnes différentes, "des plus grands, cagoulés, tout en noir".

Le chiffre d'affaires du marché de la drogue en France était estimé en 2023 à 6,8 milliards d'euros, soit trois fois plus qu'en 2010, selon la mission interministérielle de lutte contre les drogues et les conduites addictives (Mildeca).


Ormuz: la France va prendre «une initiative» à l'ONU sur sa proposition de mission «neutre», dit Macron

La France va "prendre une initiative aux Nations unies" pour proposer un "cadre" en vue d'une mission "totalement neutre et pacifique" pour une future sécurisation du détroit d'Ormuz, a annoncé mardi Emmanuel Macron dans un entretien avec TV5, France 24 et Radio France internationale. (AFP)
La France va "prendre une initiative aux Nations unies" pour proposer un "cadre" en vue d'une mission "totalement neutre et pacifique" pour une future sécurisation du détroit d'Ormuz, a annoncé mardi Emmanuel Macron dans un entretien avec TV5, France 24 et Radio France internationale. (AFP)
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  • La France va "prendre une initiative aux Nations unies" pour proposer un "cadre" en vue d'une mission "totalement neutre et pacifique"
  • "On doit obtenir la réouverture sans conditions, sans péage d'Ormuz. En démantelant tous les blocus et vraiment en ayant ce dialogue d'exigence à l'égard de l'Iran"

NAIROBI: La France va "prendre une initiative aux Nations unies" pour proposer un "cadre" en vue d'une mission "totalement neutre et pacifique" pour une future sécurisation du détroit d'Ormuz, a annoncé mardi Emmanuel Macron dans un entretien avec TV5, France 24 et Radio France internationale.

"On doit obtenir la réouverture sans conditions, sans péage d'Ormuz. En démantelant tous les blocus et vraiment en ayant ce dialogue d'exigence à l'égard de l'Iran", a dit le président français depuis Nairobi, à la fin d'un sommet franco-africain. Il a déploré "une escalade dans les déclarations" côtés américain et iranien.