Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Municipales à Paris: Dati promet de simplifier les démarches des entreprises

Rachida Dati, candidate de la droite à la mairie de Paris, a promis jeudi de simplifier les démarches administratives des entreprises et d'oeuvrer à mieux répartir le tourisme dans la capitale afin d'éviter l'effet "Tour Eiffel". (AFP)
Rachida Dati, candidate de la droite à la mairie de Paris, a promis jeudi de simplifier les démarches administratives des entreprises et d'oeuvrer à mieux répartir le tourisme dans la capitale afin d'éviter l'effet "Tour Eiffel". (AFP)
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  • La candidate dresse le constat de "difficultés croissantes pour circuler dans Paris", d'une "dégradation du cadre de vie qui pousse les talents à quitter la capitale", d'une "insécurité en hausse", et d'une "lourdeur administrative pesante"
  • Pour lutter contre la vacance commerciale, Rachida Dati promet d'engager un audit afin d'identifier les zones où le commerce de proximité est en difficulté

PARIS: Rachida Dati, candidate de la droite à la mairie de Paris, a promis jeudi de simplifier les démarches administratives des entreprises et d'oeuvrer à mieux répartir le tourisme dans la capitale afin d'éviter l'effet "Tour Eiffel".

"L’attractivité économique d’une ville est un sujet essentiel. Sans commerces, sans entrepreneurs, sans travailleurs, une ville se meurt", assure la maire du VIIe arrondissement dans une interview au quotidien L'Opinion, jugeant que Paris "n'est plus une ville où les choses se passent".

La candidate dresse le constat de "difficultés croissantes pour circuler dans Paris", d'une "dégradation du cadre de vie qui pousse les talents à quitter la capitale", d'une "insécurité en hausse", et d'une "lourdeur administrative pesante".

Pour lutter contre la vacance commerciale, Rachida Dati promet d'engager un audit afin d'identifier les zones où le commerce de proximité est en difficulté.

A l'image du "choc de simplification" appelé de ses voeux par le gouvernement, elle souhaite instaurer des "guichets uniques" pour les entreprises afin d'alléger les procédures d'implantation, de rénovation mais aussi d'occupation temporaire du domaine public (terrasses, travaux sur rue, étalages, etc).

"J’ai rencontré le cas d’un commerçant qui avait eu douze interlocuteurs pour faire enlever un horodateur mis en plein milieu de sa terrasse. C’est la maison des fous !", s'indigne-t-elle.

Pour mieux concilier travaux de voirie et activité commerciale, Mme Dati promet aussi d'accompagner chaque aménagement d'une étude d'impact et assure qu'une entreprise ne respectant pas les calendriers de travaux écopera de pénalités ainsi que d'un malus pour les prochains appels d'offres.

Prônant un tourisme "qualitatif", la candidate LR dit souhaiter qu'il soit "mieux réparti sur l'ensemble de la capitale", ce qui suppose de "mieux valoriser l'ensemble de nos monuments et quartiers" afin de "sortir de l’effet Tour Eiffel".

Elle propose aussi d'inciter les touristes à dépenser plus en engageant une expérimentation pour abaisser de 100 euros à 50 euros le seuil de détaxe pour les achats réalisés dans les commerces parisiens.

La ministre de la Culture, qui ne se prononce pas sur un éventuel départ du gouvernement, met également en garde contre la multiplication des candidatures à droite et au centre.

"C'est non seulement empêcher l’alternance à Paris, mais aussi prendre le risque que Paris soit dirigé demain par une gauche extrême, encore plus dure et idéologique que la majorité sortante", assure-t-elle.


France: des mobilisations d'agriculteurs se maintiennent malgré les annonces du gouvernement

Des agriculteurs de la Coordination Rurale (CR) conduisent leurs tracteurs sur une route à l'extérieur de Toulouse, dans le sud-ouest de la France, pour protester contre le protocole d'abattage obligatoire du gouvernement pour les troupeaux de bovins touchés par la dermatose nodulaire contagieuse et l'accord commercial entre l'UE et le Mercosur, le 14 janvier 2026. (AFP)
Des agriculteurs de la Coordination Rurale (CR) conduisent leurs tracteurs sur une route à l'extérieur de Toulouse, dans le sud-ouest de la France, pour protester contre le protocole d'abattage obligatoire du gouvernement pour les troupeaux de bovins touchés par la dermatose nodulaire contagieuse et l'accord commercial entre l'UE et le Mercosur, le 14 janvier 2026. (AFP)
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  • Malgré de nouvelles annonces du gouvernement, des actions d’agriculteurs se sont poursuivies mercredi en France
  • Les syndicats Coordination rurale et Confédération paysanne jugent les mesures insuffisantes et trop favorables à la FNSEA, dénonçant l’absence de réponses concrètes et la concentration des aides

PARIS: Quelques actions d'agriculteurs ont eu lieu mercredi dans différentes régions françaises malgré des concessions du gouvernement, répondant notamment aux demandes des syndicats agricoles FNSEA et Jeunes Agriculteurs dont les tracteurs ont quitté Paris à l'aube.

En dépit de l'annonce de nouvelles mesures en faveur des agriculteurs mardi par le Premier ministre, Sébastien Lecornu, des barrages routiers et rassemblements à l'initiative de différents syndicats ont été maintenus, mais l'ampleur de la mobilisation a largement baissé par rapport à ces derniers jours. Quelques actions sporadiques sont néanmoins toujours prévues jeudi.

La Coordination rurale (classée très à droite) et la Confédération paysanne (plutôt à gauche), respectivement deuxième et troisième syndicats agricoles français après l'alliance FNSEA/Jeunes Agriculteurs (au centre-droit), dénoncent des mesures insuffisantes et calquées sur les demandes de cette dernière.

Une centaine d'agriculteurs de la Confédération paysanne sont parvenus à entrer dans une annexe du ministère de l'Agriculture à Paris, qu'ils ont occupée pendant une heure pour dénoncer la politique agricole du gouvernement et l'accaparement selon eux des subventions publiques par un petit nombre d'exploitants et de grands groupes agro-industriels.

Plusieurs dizaines "ont été interpellés, notamment les trois porte-parole nationaux du syndicat", a indiqué la Confédération paysanne en début de soirée. Cinquante personnes ont été placées en garde à vue selon la préfecture de police.

Dans le sud-ouest du pays, des tracteurs de la Coordination rurale ont tenu des barrages sur un rond-point menant à l'aéroport de Toulouse et sur l'A64 (Toulouse-Bayonne), levés dans la journée.

- "Rien ne sort" -

Des barrages ont aussi été installés dans le Var (sud est) et dans le nord de la France sur l'autoroute A1 (Paris-Lille), mais ils ont été levés en début d'après-midi.

Dans la Marne (est), le blocage du dépôt pétrolier de Vatry continuait mercredi soir: au moins 40 agriculteurs et une vingtaine de tracteurs étaient encore présents en fin d'après-midi, selon le patron du site, François Renaud, interrogé par l'AFP.

"Rien ne rentre et rien ne sort" du dépôt, avait déclaré en début de journée à l'AFP Christophe Saint-Juvin, représentant local de la Coordination rurale, estimant que les annonces gouvernementales de ces derniers jours ne comportaient "rien de concret".

Le ministère français de l'Agriculture, qui reconnaît la légitimité de la colère des agriculteurs, a estimé lors d'un point presse que les différentes salves de mesures annoncées depuis décembre étaient "de nature à répondre à différentes demandes".

Il a souligné la baisse de la mobilisation mercredi sans s'avancer sur les suites du mouvement dans les semaines qui précèderont le Salon de l'agriculture, grand rendez-vous du monde agricole, qui se tiendra du 21 février au 1er mars à Paris.

A l'aube, les plus de 350 tracteurs de la FNSEA et des Jeunes Agriculteurs ont quitté la capitale, après avoir passé quelque 24 heures à Paris, principalement devant l'Assemblée nationale, pour réclamer davantage de soutien au secteur.

- Mesures annoncées -

Le Premier ministre Sébastien Lecornu a notamment promis mardi une "loi d'urgence agricole" au Parlement "avant l'été" portant sur "plusieurs priorités: eau, prédation (les attaques de loups, ndlr), moyens de production".

Le chef du gouvernement français a également affirmé qu'un "cap clair" sur la politique de l'eau serait "fixé d'ici le salon" de l'Agriculture. Il a demandé, avant la présentation du projet de loi, un "moratoire sur toutes les décisions relatives" à cette question et la suspension des "textes fixant les volumes d'eau prélevables (...) jusqu'à septembre".

Ses annonces s'ajoutent aux mesures déjà promises pour endiguer la crise agricole et répondent quasiment point par point à des demandes de la FNSEA et des Jeunes Agriculteurs, alliance qui domine le syndicalisme agricole.

Depuis début décembre, les manifestations d'agriculteurs se multiplient et les précédentes annonces du gouvernement vendredi, après des défilés de tracteurs de la Coordination rurale puis de la Confédération paysanne à Paris, n'avaient pas suffi à calmer la colère contre la gestion de la dermatose bovine, l'accord UE-Mercosur et la précarité d'une profession qui se dit "à bout".


Au Louvre, frustration et résignation devant la hausse des prix pour les touristes hors-UE

Des touristes se tiennent derrière les barrières bloquant l'accès à la cour principale du Louvre, La Cour Napoléon, avec la pyramide du Louvre, conçue par l'architecte sino-américain Ieoh Ming Pei, alors que le musée du Louvre est fermé en raison d'une grève, à Paris, le 12 janvier 2026. (AFP)
Des touristes se tiennent derrière les barrières bloquant l'accès à la cour principale du Louvre, La Cour Napoléon, avec la pyramide du Louvre, conçue par l'architecte sino-américain Ieoh Ming Pei, alors que le musée du Louvre est fermé en raison d'une grève, à Paris, le 12 janvier 2026. (AFP)
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  • À partir de mercredi, le Louvre augmente de 45 % le prix d’entrée pour les visiteurs hors-UE, passant de 22 € à 32 €, une mesure rare en Europe visant à financer la rénovation du patrimoine et générer 20 à 30 millions d’euros supplémentaires par an
  • Cette différenciation tarifaire suscite l’incompréhension et la critique des touristes internationaux et des syndicats, qui dénoncent une mesure injuste et compliquée à appliquer

PARIS: "C'est injuste mais il n'y a pas le choix": aux abords du Louvre, les touristes accueillent avec résignation la hausse de 45% du prix d'entrée pour les visiteurs hors-UE à partir de mercredi, une mesure quasiment sans équivalent en Europe.

Venue de Corée du Sud, HongJu Lee fait partie de ceux qui doivent désormais débourser 32 euros pour admirer la Joconde ou la Vénus de Milo, contre 22 euros auparavant, et cette décision gouvernementale a du mal à passer.

"En Corée du Sud, nous n'avons pas ce genre de mesures donc c'est très injuste parce que cela fait partie de l'héritage mondial, comme l'Unesco", dit la jeune trentenaire. "Nous avons le même droit de voir l'art".

A ses côtés, son petit ami français Julien Rittling n'est, lui, "pas choqué" de payer moins qu'elle, parce qu'il a le sentiment de "participer au patrimoine en payant (ses) impôts".

Les dix euros supplémentaires demandés à HongJu Lee ne la dissuaderont toutefois de franchir les portes du musée le plus visité au monde.

"Ce n'est pas possible de voir le tableau de Mona Lisa sans y aller, c'est obligatoire et quand je vois les files d'attente, je me dis que beaucoup de gens pensent comme moi", observe-t-elle.

Parmi les visiteurs croisés mercredi par l'AFP, très peu semblent informés de cette hausse, qui va s'appliquer cette année à cinq autres lieux culturels en France, dont le Château de Versailles, et qui vise à financer la rénovation du patrimoine. Le gouvernement espère ainsi dégager au total entre 20 à 30 millions d'euros de recettes supplémentaires par an.

- Opposition des syndicats -

Rarissime en Europe ou aux Etats-Unis, la différenciation tarifaire au Louvre reste également en travers de la gorge de Marcia Branco, sexagénaire venue du Brésil, qui s'étonne qu'une telle mesure soit appliquée en France.

"Si je vais dans un pays pauvre comme l'Inde, je comprendrais que les habitants paient moins cher parce qu'ils ont moins d'argent que les gens venant de l'étranger mais là je suis à Paris et c'est censé un pays riche", dit-elle. "Ce n'est pas juste parce que je viens d'un pays moins riche et je dois payer plus".

Venue d'Uruguay avec son fils adolescent, Pamela González fait également part de son incompréhension même si elle ira aussi arpenter les 73.000 m2 du Louvre.

"C’est injuste pour ceux d’entre nous qui viennent de plus loin. Parce que ça favorise quelqu’un qui justement est déjà ici et pour qui c’est plus facile de venir. C’est bien moins cher que pour nous qui venons de plus de 10.000 kilomètres d'ici", s'étrangle-t-elle.

En tant qu'Italien, Andrew échappera à la hausse mais se dit lui aussi choqué. "Tout le monde mérite de voir le Louvre et le pays d'origine ne doit avoir aucune importance", affirme ce jeune homme de 26 ans, qui ne veut pas donner son patronyme.

Au nom de l'universalisme des "musées", cette différenciation tarifaire est notamment combattue par les syndicats du Louvre, qui sont engagés depuis un mois dans un mouvement de grève pour dénoncer notamment les sous-effectifs.

Ils s'émeuvent également de la surcharge de travail qui incombera, selon eux, aux personnels chargés de vérifier l'origine géographique des visiteurs. Selon le site du Louvre, le prix de 32 euros s'applique par défaut, charge aux ressortissants européens de prouver leur lieu de résidence.

Venu d'Australie, Jesse Kriwen dit "comprendre les deux points de vue". "Je pense que (cette mesure) est une reconnaissance de l'apport des contribuables mais on a toujours envie que tout le monde soit traité de manière égalitaire", observe-t-il.

Une telle mesure serait-elle envisageable en Australie? Non, balaie sa compagne Isabelle Szemray, "parce que l'Australie est un pays très multiculturel".