Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Les Rencontres économiques d'Aix s'ouvrent pour débattre d'"un monde sans repères"

Le Premier ministre français Sébastien Lecornu s’exprime lors d’une conférence de presse à Paris, le 11 juin 2026, sur la protection des débats démocratiques contre les ingérences étrangères. (AFP)
Le Premier ministre français Sébastien Lecornu s’exprime lors d’une conférence de presse à Paris, le 11 juin 2026, sur la protection des débats démocratiques contre les ingérences étrangères. (AFP)
  • Les Rencontres d’Aix 2026 réunissent dirigeants et économistes pour débattre des crises mondiales (guerres, climat, IA, économie) autour du thème « monde sans repères »
  • Le Premier ministre Sébastien Lecornu doit y aborder surtout les finances publiques et les économies budgétaires

PARIS: Conflit au Moyen-Orient, crise climatique ou difficultés budgétaires françaises: les 26e Rencontres économiques d'Aix, rendez-vous annuel réunissant chefs d'entreprises, responsables politiques ou économistes, s'ouvrent jeudi en présence du Premier ministre Sébastien Lecornu, avec l'ambition de discuter des "complexités du monde".

Jusqu'à samedi, plus de 400 intervenants d'une cinquantaine de nationalités et 8.000 spectateurs - l'intégralité des débats sera aussi visible sur le site des Rencontres -  débattront autour du thème "Naviguer dans un monde sans repères", avec 80 sessions et tables rondes ouvertes au grand public.

Les thèmes seront variés, défis de l'intelligence artificielle, montée du populisme, réindustrialisation ou encore déséquilibres Nord/Sud, risque climatique, rôle social des entreprises...

"Nous allons essayez de comprendre" les "complexités du monde" et "peut-être donner quelques pistes sur le monde qui va apparaître", a indiqué à l'AFP Jean-Hervé Lorenzi, président des Rencontres d'Aix, organisées par le Cercle des économistes.

Nombre de personnalités économiques, politiques ou syndicales sont attendues lors de ce grand raout souvent qualifié de "Davos provençal", au premier rang desquelles le Premier ministre français.

Il s'exprimera jeudi à 19H30 lors d'un débat avec Eric Maumy, président du courtier en assurance April et initiateur du mouvement patronal "Trop, c'est trop", lancé fin 2025 pour dénoncer la "folie fiscale" française. Cette session sera coordonnée par le Prix Nobel d'économie français Philippe Aghion.

- De Castex à Vallaud -

En quête d'un budget pour 2027, le Premier ministre ne devrait pas manquer d'aborder le sujet des finances publiques, avant de présider le 7 juillet un "comité d'alerte" pour faire un point d'étape.

De nouvelles mesures d'économies pour compenser le coût de la guerre au Moyen-Orient sont attendues la semaine prochaine, après un sérieux avertissement de la Cour des comptes, qui a estimé que "tous les signaux sont au rouge".

Avant d'aller à Aix, Sébastien Lecornu se rendra à Marseille pour présider une nouvelle cellule interministérielle de crise, au moment où un autre épisode caniculaire se profile et où le risque d'incendies s'intensifie.

Près de 30 autres sessions et tables rondes seront organisées jeudi autour des finances publiques, de l'industrie, du marché du travail ou du logement.

Le PDG de la SNCF et ex-Premier ministre Jean Castex parlera ainsi de souveraineté avec le patron de TF1 Rodolphe Belmer. Le chef des députés socialistes Boris Vallaud débattra du thème "L'économie est-elle violente?" avec Alain Di Crescenzo, président de CCI France, le réseau des chambres de commerce. Le secrétaire général de FO Frédéric Souillot parlera des "corps intermédiaires" et le ministre de l'Education Edouard Geffray des "nouveaux choix de la jeunesse".

Sur les trois jours, de nombreux grands patrons seront présents, dont plusieurs personnalités du CAC 40, allant de Patrick Pouyanné (TotalEnergies) à Guillaume Faury (Airbus), Benoit Bazin (Saint-Gobain), Estelle Brachlianoff (Veolia), Jean-Dominique Senard (Renault), Alexandre Bompard (Carrefour) ou Slawomir Krupa (Société Générale).

- LFI et RN absents -

A dix mois de la présidentielle, les regards seront aussi tournés vers cette échéance, alors que plusieurs candidats déclarés seront sur place, comme Gabriel Attal (Renaissance), Édouard Philippe (Horizons) ou Marine Tondelier (Les Écologistes).

Aucun représentant de LFI ou du RN ne sera là en revanche, car "les membres du cercle n'ont pas voulu qu'il y ait de politiques extrêmes", souligne Jean-Hervé Lorenzi.

Les Rencontres évoqueront aussi l'international, avec la présence de la présidente de la Banque centrale européenne (BCE) Christine Lagarde ou du président de l'Eurogroupe Kyriakos Pierrakakis.

La jeunesse sera également mise en avant. Jeudi matin, 250 jeunes se réuniront dans le cadre d'une initiative menée avec l'université d'Aix-Marseille, "Jeunesse 2027", pour élaborer les propositions qu'ils souhaiteraient voir émerger dans le débat pour la présidentielle.

En 2025, les Rencontres d'Aix avaient attiré près de 8.700 participants et enregistré près de 5,4 millions de vues en ligne, selon les organisateurs.


Les pompiers luttent contre des incendies dans le Sud, avant une visite du Premier ministre

"Sécheresse exceptionnelle", "conditions météorologiques particulièrement défavorables", rafales pouvant atteindre 60 km/h dans les terres et jusqu'à 90 km/h sur le littoral: le ministre de l'Intérieur Laurent Nuñez a appelé à redoubler de vigilance car "la journée et les prochains jours s'annoncent particulièrement difficiles". (AFP)
"Sécheresse exceptionnelle", "conditions météorologiques particulièrement défavorables", rafales pouvant atteindre 60 km/h dans les terres et jusqu'à 90 km/h sur le littoral: le ministre de l'Intérieur Laurent Nuñez a appelé à redoubler de vigilance car "la journée et les prochains jours s'annoncent particulièrement difficiles". (AFP)
  • L'odeur âcre de brûlé plane sur Pouzols-Minervois, des cendres volent dans les rues du village
  • Dans la matinée, plusieurs Canadair et un avion Milan survolaient le massif, larguant du retardant, teinté de rouge, sur l'incendie

POUZOLS-MINERVOIS: Plusieurs centaines de pompiers luttent toujours jeudi dans le Sud contre des incendies attisés par le vent, la sécheresse et la chaleur, dans l'Aude et au nord de Marseille, où le Premier ministre Sébastien Lecornu est attendu pour présider une nouvelle cellule interministérielle de crise.

Dans l'Aude et l'Hérault, l'incendie qui s'est déclaré mercredi en fin d'après-midi a parcouru environ 900 hectares et restait actif sur ses flancs Nord et Sud, selon un point jeudi matin de la préfecture de l'Aude.

"Le feu a progressé lentement malgré les dispositifs et moyens mis en place dans la nuit", avec jusqu'à 800 pompiers et 150 véhicules au plus fort, appuyés dans la matinée par un bombardier d'eau Dash, selon la même source.

Une épaisse fumée grise et noire émane jeudi matin d'un massif de pins sur les hauteurs de Pouzols-Minervois, a constaté une journaliste de l'AFP. Des flammes embrasent certains arbres.

L'odeur âcre de brûlé plane sur Pouzols-Minervois, des cendres volent dans les rues du village. Dans la matinée, plusieurs Canadair et un avion Milan survolaient le massif, larguant du retardant, teinté de rouge, sur l'incendie.

Béatrice Bourrel, assistante maternelle de 54 ans, habitante du village, apportait jeudi café et nourriture aux pompiers, après avoir été évacuée la veille.

"On voyait les flammes de la route. Le village était noir de fumée c'était impressionnant", raconte-t-elle à l'AFP.

Le feu s'est arrêté mercredi soir à quelques mètres de la maison de Laurent Brossault, 61 ans, dont le quartier situé en périphérie de Pouzols-Minervois a été évacué.

Casquette sur la tête, téléphone à la main, il est revenu jeudi matin inspecter les lieux. Il montre la vigne calcinée qui borde son jardin.

Les flammes étaient près de lécher les montants en bois de son pavillon. "Je pensais retrouver une maison brûlée", dit-il, soulagé. "On est un îlot, qu'on ait été épargnés c'est incroyable. Les pompiers ont fait un travail formidable."

En face, la colline qui surplombe le village, piquée d'éoliennes, est entièrement carbonisée.

"Journée haute intensité" 

Face aux risques d'incendie, tous les massifs forestiers de l'Aude sont fermés au public. Plusieurs routes sont coupées à la circulation et des centres d'hébergement ont été ouverts pour accueillir d'éventuels sinistrés.

Dans un pays qui pourrait vivre, à partir de ce week-end, une troisième canicule en l'espace de quelques semaines, six départements de l'arc méditerranéen sont frappés d'un risque très élevé d'incendies.

A une cinquantaine de kilomètres au nord de Marseille, deux incendies partis mercredi ont été fixés après "de longues heures de lutte", ont annoncé jeudi les pompiers des Bouches-du-Rhône, appelant à une "vigilance maximum" pour une "nouvelle journée à haute intensité."

Le feu dans le secteur de Rognac a parcouru 50 hectares. Dans les environs de Lançon-Provence, deux Canadair sont intervenus contre un autre incendie ayant parcouru 260 hectares.

"Ce feu va rester problématique toute la journée", a averti jeudi le patron des pompiers des Bouches-du-Rhône Jean-Luc Beccari, reconnaissant qu'il faudrait "sécuriser la totalité des lisières, y compris celles qui sont à proximité des habitations."

"Sécheresse exceptionnelle" 

Quelque 200 pompiers --dont des marins-pompiers de Marseille, des renforts venus des Hautes-Alpes, des Alpes-de-Haute-Provence-- sont mobilisés pour lutter contre le feu de Lançon-Provence qui n'a pas fait de victimes civiles.

Deux sapeurs-pompiers ont été évacués "après un coup de fumée sans gravité."

Prise en étau entre les feux de Rognac et de Lançon-Provence, la mairie de La Fare-les-Oliviers a annoncé tôt jeudi que "les personnes évacuées cette nuit" étaient désormais "autorisées à regagner leurs domiciles."

Un centre culturel de la commune avait été aménagé durant la nuit pour héberger ceux qui le souhaitaient - quelque 600 personnes avaient dû quitter leur logement.

Quant au feu de Rognac, des "points chauds subsistent" et les pompiers mènent toujours des "opérations de noyage et de sécurisation très importantes" avant une "remontée de température."

Au moins trois entrepôts, mais aussi des camions ainsi qu'une "petite dépendance d'une maison" ont connu des dégâts, selon les pompiers.

Des trains en direction de Miramas, Bordeaux et Avignon ont été supprimés à cause de l'incendie, d'après la SNCF.

"Sécheresse exceptionnelle", "conditions météorologiques particulièrement défavorables", rafales pouvant atteindre 60 km/h dans les terres et jusqu'à 90 km/h sur le littoral: le ministre de l'Intérieur Laurent Nuñez a appelé à redoubler de vigilance car "la journée et les prochains jours s'annoncent particulièrement difficiles".


Paris sur Seine, saison 2: trois sites de baignade ouvrent samedi

Avec la modernisation des stations d'épuration, la construction des bassins de rétention dont celui d'Austerlitz (50.000 m3 d'eau) et le raccordement au réseau d'assainissement des 300 bateaux parisiens, il n'y a plus de déversement d'eaux usées depuis Paris dans la Seine. (AFP)
Avec la modernisation des stations d'épuration, la construction des bassins de rétention dont celui d'Austerlitz (50.000 m3 d'eau) et le raccordement au réseau d'assainissement des 300 bateaux parisiens, il n'y a plus de déversement d'eaux usées depuis Paris dans la Seine. (AFP)
  • C'est là, en face de l'île Saint-Louis, que l'ancienne maire Anne Hidalgo avait fait un plongeon historique avant l'ouverture des JO, en juillet 2024. Après cent ans d'interdiction
  • La baignade reste autorisée dans une portion du canal Saint-Martin, ouverte prématurément à la mi-juin par le maire PS Emmanuel Grégoire en pleine canicule, mais uniquement le dimanche

PARIS: Dans une ville de Paris éprouvée par la canicule, les autorités locales doivent lancer samedi la nouvelle saison de la baignade surveillée sur la Seine, bienvenue pour se rafraîchir alors qu'une nouvelle vague de chaleur est redoutée dès ce week-end.

Héritage emblématique des Jeux olympiques de 2024, les trois sites qui avaient accueilli l'an dernier près de 100.000 visiteurs ouvriront gratuitement jusqu'à fin août: Bercy (12e arrondissement, est), Grenelle près de la tour Eiffel (15e, ouest) et le bras Marie au cœur de Paris, légèrement décalé vers le pont Louis-Philippe pour laisser passer les navigants, avec des horaires étendus.

C'est là, en face de l'île Saint-Louis, que l'ancienne maire Anne Hidalgo avait fait un plongeon historique avant l'ouverture des JO, en juillet 2024. Après cent ans d'interdiction.

La baignade reste autorisée dans une portion du canal Saint-Martin, ouverte prématurément à la mi-juin par le maire PS Emmanuel Grégoire en pleine canicule, mais uniquement le dimanche. Les amateurs de canaux pourront en revanche piquer une tête tous les jours dans le bassin de la Villette sur le canal de l'Ourcq (nord-est).

"Si on additionne les sites, c'est comme si on construisait une dizaine de piscines en dur le temps d'un été" dans la capitale qui compte 42 piscines municipales, expose Maxime Sauvage, adjoint au maire en charge des sports.

"Droit à la fraîcheur" 

Alors que les vagues de chaleur s'annoncent de plus en plus intenses, la mairie plaide, au nom d'un "droit à la fraîcheur", pour une "réflexion au niveau national dans le but d'installer des sites sécurisés mais pas nécessairement surveillés, ce qui aujourd'hui est juridiquement quasiment impossible", ajoute Antoine Guillou, adjoint en charge de l'Axe Seine.

Selon le dernier bilan communiqué jeudi, "au moins 90" personnes sont mortes noyées en France depuis le 19 juin, majoritairement sur des sites non surveillés.

Une cinquantaine de jeunes, selon Emmanuel Grégoire, se sont en outre blessés dans le canal Saint-Martin en sautant des passerelles, ce qui est interdit car la profondeur est d'à peine deux mètres.

Comme elle l'a fait avec le canal, la Ville réfléchit à des moyens d'activer "rapidement" des zones de baignade sur la Seine, plus tôt ou plus tard dans la saison, en cas de fortes chaleurs.

"Mais sur la Seine, c'est moins souple que sur le canal où la qualité de l'eau est plus stable", relève Antoine Guillou.

Très dépendante de la météo, l'eau de la Seine est impropre à la baignade en cas de fortes précipitations. Les portes des sites aménagés étaient restées closes plusieurs jours en juillet dernier. Et durant les JO-2024, seuls cinq jours avaient été autorisés pour les compétitions et entraînements, sur les 11 jours programmés.

Drapeaux et flotteurs 

La qualité de l'eau sera de nouveau testée "plusieurs fois par jour", via des sondes en instantané, ainsi qu'en laboratoire, pour contrôler notamment les taux de bactéries fécales Escherichia coli et entérocoques.

"Plus il fait beau et chaud, plus l'eau est bonne car le soleil tue les bactéries", rappelle Pierre Lombard, adjoint à la propreté.

Avec la modernisation des stations d'épuration, la construction des bassins de rétention dont celui d'Austerlitz (50.000 m3 d'eau) et le raccordement au réseau d'assainissement des 300 bateaux parisiens, il n'y a plus de déversement d'eaux usées depuis Paris dans la Seine.

Mais en amont, certaines communes continuent de rejeter leurs eaux en cas de fortes pluies, tandis que 11.000 bateaux ne sont toujours pas raccordés.

Nouveauté pour cette saison: une équipe d'agents sillonnera les quais pour contrôler des rejets d'hydrocarbures.

Un système de drapeaux - vert, orange et rouge - donnera les informations sur la qualité de l'eau et les fermetures éventuelles. Les enfants de moins de 1,20 mètre ne seront pas autorisés.

En raison du courant, les baigneurs devront s'équiper d'un flotteur, sous la surveillance de maîtres-nageurs, et des cours de nage en eaux vives seront dispensés pour les centres de loisirs, en partenariat avec la Fédération française de natation.

Cinq sites de baignade ouvrent en outre dans la Marne, affluent de la Seine, à l'est de Paris.