Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


La France dans la fournaise, ruée et débat sur la climatisation

Un homme regarde des ventilateurs électriques exposés dans un supermarché pendant une vague de chaleur à Bordeaux, dans le sud-ouest de la France, le 23 juin 2026. (AFP)
Un homme regarde des ventilateurs électriques exposés dans un supermarché pendant une vague de chaleur à Bordeaux, dans le sud-ouest de la France, le 23 juin 2026. (AFP)
  • La France connaît une canicule record : 44 millions de personnes sont sous vigilance rouge et des températures supérieures à 42°C ont été relevées
  • La demande de climatiseurs explose, relançant le débat entre adaptation immédiate et investissements durables dans l’isolation des bâtiments

BORDEAUX: Sous des chaleurs historiques, deux Français sur trois sont désormais confrontés à la vigilance rouge canicule, étendue mercredi à 58 départements, alors que la ruée sur les climatiseurs alimente le débat sur l'adaptation au changement climatique.

Mardi a été la journée "la plus chaude jamais enregistrée en France", avec une moyenne de températures diurnes et nocturnes de 29,9°C, selon Météo-France.

L'indicateur thermique national (ITN) des températures maximales, moyenne issue de 30 stations de référence, a lui aussi battu un record à 38,2°C, dépassant les 37,7°C du 5 août 2003.

À Bordeaux, où plus de 42°C ont été enregistrés, Martine Belloc, 62 ans, juge "difficile" d'être seule dans un appartement sans climatisation. Pour prendre le frais, rompre l'"isolement" et retrouver "du lien", elle se rend en journée à La ManuCo, espace de coworking mobilisé dans le cadre de l'opération "Oasis Solidaires" de l'association Petits Frères des Pauvres.

Avec quatre nouveaux départements en vigilance rouge dans les Hauts-de-France, 44 millions d'habitants sont concernés au moins jusqu'à jeudi, selon un calcul de l'AFP.

Des infrastructures sont aussi mises à l'épreuve: dans le Finistère, jusqu'à 120.000 foyers ont été privés d'électricité après un incident lié à la chaleur mardi soir sur un transformateur du réseau RTE, près de Quimper.

"Rien ne refroidit et tous les moteurs sont en surchauffe", constatait mercredi matin Thibault Roblot, tourier dans une boulangerie de Rennes. Et impossible d'installer un climatiseur en raison des contraintes architecturales: "On n'a de toute façon pas la place".

- 90% des Français exposés -

Au total, plus de 90% des Français sont exposés à des chaleurs extrêmes, avec 39 à 43°C encore attendus mercredi sur une grand moitié ouest du pays.

La canicule est "fortement aggravée par le changement climatique d'origine humaine", sans lequel les températures subies actuellement auraient été 2 à 4°C plus fraîches, selon une étude scientifique publiée cette semaine.

Une immense masse d'air chaud venue d'Afrique s'est positionnée sur l'Europe de l'Ouest. De hautes pressions en altitude "viennent peser" sur elle, la rendant "encore plus chaude", explique Sébastien Léas, prévisionniste de Météo-France.

Le phénomène, par son intensité et sa durée, est comparé à la canicule de 2003 qui avait fait 15.000 morts en France. En 2025, la chaleur a tué quelque 5.700 personnes, les trois quarts ayant plus de 75 ans, selon l'agence Santé publique France.

Selon le Premier ministre Sébastien Lecornu, l'épisode actuel a provoqué "40 morts" par noyade depuis le 18 juin, "essentiellement des jeunes".

Accusé d'avoir tardé à réagir lors d'une première vague de chaleur en mai, le gouvernement a renforcé la mobilisation du système de santé, redoutant un afflux de patients quand les organismes les plus fatigués lâcheront prise.

La situation est pour l'heure "normale" dans les hôpitaux, a déclaré mercredi la ministre de la Santé, évoquant des déprogrammations de soins "ciblées" et des passages aux urgences en hausse localement.

Mais patients et soignants "crèvent de chaud" dans nombre de bâtiments mal isolés et non climatisés, selon les professionnels.

- "32°C en classe" -

Le monde du travail jongle, lui, entre horaires remaniés, chantiers interdits l'après-midi et pénibilité accrue.

Selon le ministre du Travail, Jean-Pierre Farandou, la mise en œuvre par les entreprises du plan d'adaptation aux fortes chaleurs a fait l'objet de "1.400 contrôles en moins d'un mois". Il reçoit mercredi organisations syndicales et patronales pour "un retour d'expérience".

Plus de 8.000 établissements scolaires (sur 60.000) sont perturbés, dont environ 1.800 fermés, selon le gouvernement. Des oraux du bac ont été reportés pour quelque 10.000 candidats mais les épreuves du brevet sont maintenues vendredi matin.

"Il fait 32°C depuis une semaine en classe, c'est impossible... Il faut rénover", réclamait mardi, sous couvert d'anonymat, une enseignante d'une vieille école de Bordeaux.

Mardi, le ministre de l'Économie Roland Lescure a demandé à la Caisse des dépôts et EDF de "réfléchir à des solutions". Sa collègue de la Transition écologique, Monique Barbut, a évoqué mercredi "un mur d'investissements".

En attendant, climatiseurs et ventilateurs s'arrachent, selon des distributeurs. Lundi, le groupe Carrefour a vendu "mille fois plus" d'appareils qu'à l'ordinaire, a indiqué son PDG Alexandre Bompard.

Cette ruée divise les responsables politiques – le RN propose un "plan massif", là où les Écologistes ne croient pas à une "solution miracle" – et anime les copropriétés.

"J'étais longtemps contre mais on vient de voter en AG pour les autoriser avec des règles précises... sinon, tout le monde met des clim' mobiles fenêtres ouvertes, ça consomme et pollue bien plus", explique David, néo-propriétaire dans un immeuble récent de Bordeaux.

Pour Christophe Rodriguez, directeur de l'Institut français de la performance du bâtiment (Ifpeb), "quand toute la France aura des volets et des toitures isolés, on aura une assise plus confortable pour débattre" de la climatisation.


Budget des armées: députés et sénateurs s'accordent sur la hausse, vote final le 1er juillet

La ministre française de la Défense, Catherine Vautrin, quitte le palais de l’Élysée à Paris après la réunion hebdomadaire du Conseil des ministres, le 10 juin 2026. (AFP)
La ministre française de la Défense, Catherine Vautrin, quitte le palais de l’Élysée à Paris après la réunion hebdomadaire du Conseil des ministres, le 10 juin 2026. (AFP)
  • Les parlementaires français ont trouvé un compromis sur la loi de programmation militaire, maintenant un budget total de 436 milliards d’euros d’ici 2030, avec une accélération des dépenses dès 2028 pour renforcer plus rapidement les capacités des armées
  • Malgré cet accord, plusieurs élus, notamment au Sénat, jugent l’enveloppe insuffisante face aux défis sécuritaires futurs. Le texte reste dépendant des futurs arbitrages budgétaires et du gouvernement issu de la prochaine présidentielle

PARIS: Les parlementaires ont trouvé mardi un compromis sur l'effort supplémentaire consacré aux armées, 36 milliards de plus d'ici 2030, une enveloppe jugée insuffisante par la droite sénatoriale, qui a toutefois obtenu le principe d'un effort budgétaire plus rapide que dans la trajectoire initiale.

Sept députés et sept sénateurs se sont accordés en commission mixte paritaire (CMP) sur une version commune de ce texte gouvernemental, actualisant la dernière loi de programmation militaire de 2023, selon plusieurs sources parlementaires.

Leur mouture devra encore être adoptée le 30 juin au Sénat, puis le lendemain à l'Assemblée, Emmanuel Macron espérant la promulguer symboliquement avant le 14 juillet.

La trajectoire sur laquelle se sont accordés députés et sénateurs mardi prévoit, comme dans le texte initial, 436 milliards d'euros d'ici 2030, pour atteindre un budget militaire annuel de 76,3 milliards, soit 2,5% du PIB.

Une enveloppe validée à l'Assemblée, mais rejetée à la chambre haute. La droite sénatoriale, qui réclamait une manne supplémentaire de 14 milliards d'euros pour faire face aux crises potentielles, avait décidé de supprimer l'article pour marquer son opposition, laissant virtuellement le texte sans trajectoire d'investissement.

Et la ministre des Armées Catherine Vautrin a ensuite tenté de trouver un compromis auprès des parlementaires.

Celui trouvé mardi prévoit d'accélérer l'effort, à enveloppe constante. En clair, une partie des dépenses prévues en 2029 et 2030 seraient avancées à 2028, représentant environ "1,2 milliard d'euros", selon le rapporteur au Sénat, Cédric Perrin (LR), à la manoeuvre.

Un compromis qui "reporte le problème à plus tard", a regretté le sénateur, qui estime toujours qu'il faut aller au-delà des 436 milliards.

Les sénateurs revendiquent aussi avoir obtenu en CMP des mécanismes de compensation aux armées sur d'éventuels "surcoûts liés aux opérations extérieures" par exemple, ou au "remplacement des équipements et matériels perdus dans le cadre d'une mission opérationnelle".

"Il faudra faire plus et plus vite, mais ça suppose un soutien national post-présidentielle", juge son homologue à l'Assemblée Jean-Louis Thiériot.

Non contraignante sur le papier, la "LPM" doit encore être validée annuellement lors des discussions budgétaires au Parlement, et une partie importante des choix d'investissements incombera donc au gouvernement installé après la présidentielle, qui pourrait lancer sa propre loi de programmation.

"C'est une LPM de transition, pas à la hauteur, qui ne compte que pour les quelques mois qui viennent", a réagi mardi le député RN Laurent Jacobelli. Les parlementaires RN se sont d'ailleurs abstenus en CMP, échaudés notamment par une formulation sur les possibles partenariats européens pour développer un avion du futur, qui a causé plusieurs suspensions de séance.

Anna Pic (PS), a confirmé que son groupe devrait voter pour un "ajustement budgétaire nécessaire" pour les armées, malgré des inquiétudes sur les leviers qui permettront de financer les efforts consentis.

Les Insoumis, qui estiment que le texte ne répond pas sur le fond aux besoins d'un nouveau modèle d'armée, voteront contre, a confirmé Aurélien Saintoul, soulignant aussi que l'essentiel des efforts seront conditionnés par la prochaine présidentielle.


Entretien Barrot- Al Thani: Le Liban, pierre angulaire des négociations en Suisse selon Paris

Le ministre français des Affaires étrangères, Jean-Noël Barrot, et le ministre des Affaires étrangères du Qatar, le cheikh Mohammed Al Thani, au salon indonésien du siège des Nations unies, le 28 juillet 2025 à New York. (Photo d'illustration AFP)
Le ministre français des Affaires étrangères, Jean-Noël Barrot, et le ministre des Affaires étrangères du Qatar, le cheikh Mohammed Al Thani, au salon indonésien du siège des Nations unies, le 28 juillet 2025 à New York. (Photo d'illustration AFP)
  • Une source diplomatique française estime que la stabilité du Liban est désormais perçue comme un test majeur de la capacité de Washington et de Téhéran à parvenir à un accord durable
  • Le Liban n’est plus un simple dossier secondaire, il est devenu l’un des principaux points de friction entre les deux capitales

PARIS: Alors que les négociations engagées en Suisse entre les États-Unis et l’Iran se poursuivent sur plusieurs volets sensibles, le dossier libanais s’impose comme l’un des sujets les plus déterminants du dialogue.

Si la question nucléaire reste au centre des échanges, une source diplomatique française estime que la stabilité du Liban est désormais perçue comme un test majeur de la capacité de Washington et de Téhéran à parvenir à un accord durable.

Selon cette source, le Liban n’est plus un simple dossier secondaire. Il est devenu l’un des principaux points de friction entre les deux capitales, tant les tensions sur le terrain peuvent rapidement avoir des répercussions régionales.

Un mécanisme spécifique de déconfliction consacré au Liban

Chaque montée de violence entre Israël et le Hezbollah, chaque incident dans le sud du Liban ou chaque signal d’escalade dans la région complique un peu plus la recherche d’un compromis.

Dans ce contexte, les négociateurs américains et iraniens auraient mis en place un mécanisme spécifique de déconfliction consacré au Liban afin d’éviter qu’une détérioration de la situation sécuritaire ne fasse dérailler l’ensemble du processus.

Plusieurs sources évoquent également le fait que les premières discussions auraient porté en priorité sur les dispositions liées au Liban, avant même d’aborder pleinement le dossier nucléaire.

Pour Paris, cette évolution confirme l’importance du rôle que la France entend jouer, et le Quai d’Orsay rappelle régulièrement l’engagement historique de la France au Liban ainsi que sa capacité à dialoguer avec l’ensemble des acteurs concernés.

Une source diplomatique française souligne que la stabilisation du pays passe par une approche globale associant le renforcement des institutions libanaises, le soutien à l’armée, la souveraineté de l’État et la question des armes du Hezbollah.

C’est dans cet esprit que la France pousse à la tenue rapide d’une conférence internationale de soutien à l’armée libanaise, dont l’objectif n’est pas seulement militaire.

Il s’agit surtout de créer un cadre politique susceptible d’accompagner un règlement plus durable de la crise libanaise et, au-delà, de contribuer à la stabilité régionale.

La levée des sanctions internationales sur l'Iran

La rencontre entre Jean-Noël Barrot et son homologue qatari, Mohammed ben Abderrahmane Al Thani, en marge des discussions suisses, s’inscrit dans cette stratégie.

Même si la France ne participe pas directement au format principal des négociations, cette séquence diplomatique lui permet de rappeler qu’aucun accord durable ne pourra faire abstraction du Liban et des intérêts européens dans la région.

Paris entend également peser sur un autre levier essentiel : celui des sanctions. À ce propos, la source diplomatique rappelle qu’une levée des sanctions européennes dépend évidemment de l’ensemble des 27 États membres de l’Union européenne et donc notamment de la France.

De même, la levée des sanctions internationales, depuis le rétablissement à l’automne dernier du mécanisme de « Snapback », dépend des cinq membres permanents du Conseil de sécurité des Nations unies et nécessite un aval français et britannique, donc un aval européen.

Il est donc évident que les Français ont « une clé » de ce processus et qu’ils n’hésiteront pas à la mobiliser s’ils estiment que ce qui est discuté, ce qui est agréé, ne correspond pas à leurs intérêts de sécurité.

Par ailleurs, la France possède, sur le volet nucléaire, une expertise historique. Ayant participé à l’ensemble des négociations avec l’Iran, elle a notamment été partie prenante à l’accord de Vienne.

Autre argument en faveur de la France : le fait qu’elle soit un État doté de l’arme nucléaire, disposant d’une très forte expertise en la matière et d’éléments qu’elle peut apporter à la discussion.

Pour la diplomatie française, il est désormais pratiquement acquis que le nucléaire iranien, la sécurité du Golfe et la stabilité du Liban forment un ensemble indissociable.

En cherchant à faire entendre sa voix, la France refuse d’être reléguée au rang de simple spectatrice.

À ses yeux, le sort du Liban constitue l’un des meilleurs indicateurs de la viabilité d’un éventuel compromis entre Washington et Téhéran, et c’est précisément sur ce terrain que Paris espère encore pouvoir peser.