Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Agriculture: pour ses cantines, l'Etat ne devra plus se fournir en produits hors UE, promet Lecornu

Le Premier ministre français Sébastien Lecornu s'exprime lors d'une conférence de presse dans le cadre d'une visite visant à promouvoir l'agriculture locale et diversifiée, à Baigneaux, dans le centre de la France, le 30 janvier 2026. (AFP)
Le Premier ministre français Sébastien Lecornu s'exprime lors d'une conférence de presse dans le cadre d'une visite visant à promouvoir l'agriculture locale et diversifiée, à Baigneaux, dans le centre de la France, le 30 janvier 2026. (AFP)
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  • Le gouvernement veut que la restauration collective de l’État s’approvisionne exclusivement en produits agricoles et alimentaires issus de l’Union européenne, afin de soutenir les filières locales et réduire l’empreinte carbone
  • Sébastien Lecornu affiche son soutien aux « contrats d’avenir » pour aider les agriculteurs à adapter leurs productions au changement climatique

PARIS: Le Premier ministre Sébastien Lecornu, en déplacement dans une ferme de l'Eure-et-Loir, a souhaité vendredi que la restauration collective dépendant de l'Etat se fournisse exclusivement en produits agricoles et alimentaires venus de l'Union européenne.

"Il est impensable que pour l'ensemble des marchés publics à venir, il y ait des matières premières agricoles, alimentaires qui viennent d'en dehors de l'Union européenne", a-t-il dit à la presse.

Sur quelque 900 millions à un milliard d'euros de commandes de cantines de l'Etat (armées, universités, etc.), "j'ai demandé aux différents services combien allait en dehors de l'Union européenne et combien reste en France, et on n'a toujours pas la réponse", a-t-il admis.

"Cela va nous amener à reprendre complètement en main la commande publique, à devoir aussi récompenser ou punir les acheteurs publics en fonction de ces objectifs" et "nous l'inscrirons (...) dans les lois à venir de décentralisation comme la loi agricole que nous préparons", a-t-il ajouté.

Les agriculteurs, et notamment les éleveurs, largement mobilisés contre le traité commercial UE-Mercosur, accusent régulièrement la puissance publique, qui sous-traite parfois sa restauration collective, de ne pas respecter les quotas de produits locaux ou biologiques figurant dans ses engagements voire dans la loi.

"Certains disent préférence nationale. Je pense que c'est une hérésie parce que la France est un grand pays d'exportation au sein de l'Union européenne", a précisé M. Lecornu vendredi.

"En revanche, plus personne ne peut comprendre dans le monde dans lequel nous vivons que l'argent du contribuable puisse permettre encore d'acheter de la nourriture qui en plus a un bilan carbone et climatique absolument épouvantable et qui vient du bout du monde".

Le chef du gouvernement a aussi exprimé son appui aux "contrats d'avenir", projet porté par le syndicat Jeunes agriculteurs (JA) et destiné à aider les exploitants à diversifier leur production face au réchauffement climatique, via une planification territoriale puis des contrats tripartites entre agriculteurs, pouvoirs publics et transformateurs.

"On est dans un moment dans lequel on n'a pas suffisamment tiré les conclusions du réchauffement climatique et de l'impact sur les productions", a estimé M. Lecornu.

Le Premier ministre qui, chaussé de bottes kaki, a visité une exploitation céréalière diversifiée dans la production d'amandes, n'a cependant pas abordé la mise en action ou le financement de tels "contrats".

Pierrick Horel, le président des JA, a salué "une prise de conscience collective, un engagement pris au plus haut niveau du gouvernement autour de ce sujet, cela pose les bonnes bases".

Les "transitions jusqu'à aujourd'hui se sont opérées de façon individuelle, sur des fonds propres, cela ne répond pas à l'enjeu des dérèglements climatiques. L'agriculteur seul ne peut supporter ces transitions", a-t-il dit à l'AFP, exprimant sa satisfaction "à quelques jours du lancement du Salon de l'agriculture", le 21 février.


Budget: Lecornu dégaine un ultime 49.3, l'épilogue approche

Le Premier ministre français Sébastien Lecornu quitte le palais présidentiel de l'Élysée à Paris après la réunion hebdomadaire du Conseil des ministres, le 28 janvier 2026. (AFP)
Le Premier ministre français Sébastien Lecornu quitte le palais présidentiel de l'Élysée à Paris après la réunion hebdomadaire du Conseil des ministres, le 28 janvier 2026. (AFP)
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  • Le Premier ministre Sébastien Lecornu va recourir pour la troisième fois à l’article 49.3 pour faire adopter définitivement le budget 2026, malgré de nouvelles motions de censure attendues lundi
  • Le texte vise un déficit ramené à 5 % du PIB en 2026 et prévoit plusieurs concessions sociales, mais continue de susciter une forte opposition à gauche et à l’extrême droite

PARIS: La ligne d'arrivée du marathon budgétaire est proche: le Premier ministre Sébastien Lecornu va activer vendredi matin pour la troisième fois l'article 49 alinéa 3 de la Constitution à l'Assemblée nationale, ultime étape avant l'adoption définitive du budget de l'Etat, attendue lundi.

Après quatre mois de très denses discussions au Parlement, le projet de loi de finances pour 2026 va pouvoir aboutir.

Examiné à partir de 9H00 à l'Assemblée nationale en lecture définitive, le projet de budget ne sera pas discuté très longtemps: le chef du gouvernement est attendu au Palais Bourbon pour activer d'emblée un nouveau 49.3 sur le texte.

En engageant ainsi la responsabilité du gouvernement, Sébastien Lecornu devrait s'exposer à nouveau à deux motions de censure, issues de la gauche hors-PS et du Rassemblement national.

Celles-ci seront soumises aux députés "probablement lundi après-midi", ont indiqué des sources gouvernementales et parlementaires à l'AFP. Et sauf immense surprise, elles seront rejetées comme les deux précédentes grâce à la clémence des Républicains et surtout du Parti socialiste. Le gouvernement dispose en effet d'un matelas relativement confortable d'une vingtaine de voix d'avance.

Le rejet des motions vaudra alors adoption définitive du budget de l'Etat, qui devra tout de même passer le filtre du Conseil constitutionnel avant d'être promulgué. Sa mise en place mettra fin au régime fragile de la loi spéciale, votée fin décembre faute d'accord parlementaire pour assurer la continuité de l'Etat.

S'il est certes "imparfait", ce budget "est un texte utile pour les Français, car il nous permet de sortir du climat d'incertitude qui s'est installé depuis quelques mois", a salué jeudi la ministre des Comptes publics Amélie de Montchalin.

Elle s'exprimait devant les sénateurs, très mécontents de la copie finale. Ces derniers, qui devaient être saisis du texte avant son retour à l'Assemblée selon les règles de procédure parlementaire, n'ont pas souhaité retarder l'échéance, préférant le rejeter d'emblée sans rouvrir la discussion.

Si certains parlementaires, tout comme l'agence de notation Moody's, en doutent, le texte entend ramener le déficit à 5% du PIB en 2026, contre 5,4% en 2025.

Il prévoit diverses concessions en direction notamment du PS, comme les repas à un euro pour les étudiants ou la hausse de la prime d'activité pour les salariés modestes.

Mais il continue de susciter l'hostilité de l'extrême droite et d'une grande partie de la gauche (Insoumis, écologistes, communistes), qui ont déposé à chaque occasion des motions de censure.

Il s'agira de la troisième utilisation du 49.3 par Sébastien Lecornu, qui s'était engagé à y renoncer au début de l'automne, à la demande du PS. Les deux premiers ont été activés lors de la "nouvelle lecture" du texte, l'un sur la partie "recettes", l'autre sur la partie "dépenses".


Le dernier vendeur de journaux à la criée de Paris fait "chevalier" par Macron

Le président français Emmanuel Macron (à gauche), remet la médaille de Chevalier de l'Ordre national du Mérite à Ali Akbar, qui vend des journaux dans les rues de Saint-Germain-des-Prés, dans la capitale française, depuis 50 ans, à l'Élysée, à Paris, le 28 janvier 2026. (AFP)
Le président français Emmanuel Macron (à gauche), remet la médaille de Chevalier de l'Ordre national du Mérite à Ali Akbar, qui vend des journaux dans les rues de Saint-Germain-des-Prés, dans la capitale française, depuis 50 ans, à l'Élysée, à Paris, le 28 janvier 2026. (AFP)
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  • Emmanuel Macron a décoré Ali Akbar, dernier vendeur de journaux à la criée de Paris, chevalier de l'Ordre national du mérite, saluant son parcours exemplaire d’intégration et sa contribution culturelle au VIe arrondissement
  • À plus de 70 ans, Ali Akbar continue de vendre des journaux et de partager son humour satirique dans les rues de Saint-Germain-des-Prés, symbole vivant de la tradition de la presse à la criée

PARIS: Le président français Emmanuel Macron a décoré mercredi des insignes de chevalier de l'Ordre national du mérite Ali Akbar, dernier vendeur de journaux à la criée de Paris, un "magnifique exemple" d'intégration "qui rend notre pays plus fort et plus fier".

"Très ému", ce Pakistanais âgé de plus de 70 ans, arrivé en France quand il n'en avait que vingt, a expliqué avoir déjà en tête la fausse manchette de journal qu'il criera dans les prochains jours, lui qui aime clamer des titres parodiques: "ça y est, je suis chevalier! J'ai réussi!".

"Vous êtes l'accent du VIe arrondissement, la voix de la presse française", lui a dit le chef de l'État dans la salle des fêtes de l'Élysée, saluant cette figure incontournable du quartier de Saint-Germain-des-Prés, où a longtemps vibré le Tout-Paris littéraire.

Il a souligné qu'après avoir affronté "la pauvreté, le travail imposé, les violences" dans son pays de naissance, "le sol français" lui avait donné "l'espoir d'une vie meilleure".

"C'est un magnifique exemple dans un moment où nous entendons si souvent les vents mauvais (...) il y a aussi beaucoup d'histoires comme Ali qui s'écrivent, de femmes et d'hommes qui ont fui la misère pour choisir un pays de liberté et qui y ont construit une vie qui rend notre pays plus fort et plus fier", a insisté le président.

- "Irrévérence tricolore" -

Dès ses débuts de crieur dans les années 1970, grâce à une rencontre avec le cofondateur des journaux satiriques Hara-Kiri et Charlie Hebdo, Ali Akbar a jeté son dévolu sur le quartier de Sciences Po.

Là, il raconte avoir croisé de nombreux étudiants devenus depuis ministres ou députés. Voire président de la République, à l'instar d'Emmanuel Macron.

Svelte, le visage fin, avec ses journaux sous le bras - essentiellement Le Monde aujourd'hui -, il sillonne encore ces rues de la rive gauche de la capitale en déclamant des manchettes humoristiques. Une manière de parodier les événements politiques avec le sourire.

Le français est "devenu votre langue", "vous apprenez à jouer avec, faisant vôtre, par là, une forme d'irrévérence tricolore", lui a glissé le chef de l'État.

"Vous avez porté, si je puis dire, le monde à bout de bras et la France dans votre cœur", lui a-t-il encore affirmé, dans un clin d'œil au quotidien du soir.

Il y a cinquante ans, Paris comptait une quarantaine de vendeurs de journaux à la criée, postés à des endroits stratégiques comme les bouches de métro. Lui s'était démarqué en choisissant de déambuler puis, dans les années 1980, en commençant à inventer des titres parodiques... et racoleurs.

Il perçoit 1.000 euros de retraite par mois mais continue à travailler de 15H00 à 22H00. À l'heure du tout numérique, il écoule en moyenne une trentaine de journaux par jour, contre 150 à 200 à ses débuts.

Et maintenant? "Je vais rester, je vais continuer à vendre les journaux", confie Ali Akbar, et "amuser les gens avec mes blagues".