Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


La canicule "recule" mais la pression sur le système de santé va durer "plusieurs jours", prévient Matignon

Une enseigne de pharmacie affiche 44 °C à Thionville, dans le nord-est de la France, le 26 juin 2026, en pleine vague de chaleur. (AFP)
Une enseigne de pharmacie affiche 44 °C à Thionville, dans le nord-est de la France, le 26 juin 2026, en pleine vague de chaleur. (AFP)
  • La canicule recule en France, mais ses effets sanitaires devraient se poursuivre plusieurs jours, avec une pression élevée sur les hôpitaux et une hausse des décès, notamment à domicile
  • Le gouvernement maintient un niveau de vigilance élevé face aux risques d'incendies et prévoit un bilan de cette crise pour renforcer la préparation aux futures vagues de chaleur

PARIS: La canicule "recule" mais ses effets sanitaires "restent devant nous" pendant "plusieurs jours", ont indiqué samedi les services du Premier ministre Sébastien Lecornu, à l'issue d'une nouvelle cellule interministérielle de crise (CIC) sur la vague de chaleur inédite, à laquelle il a assisté en visio.

"Si la canicule recule, ses effets sur la pression sur le système de santé, eux, restent devant nous: un plateau haut va s'installer pendant plusieurs jours, par effet de latence sanitaire (déshydratation, décompensations, hospitalisations différées)", a écrit Matignon dans un compte-rendu de la réunion qui s'est tenue samedi matin.

Matignon appelle à la "vigilance de tout un chacun" en confirmant, comme déjà évoqué par la ministre de la Santé, Stéphanie Rist, "une hausse du nombre de décès, principalement à domicile, cohérente avec un pic différé" et liée à "l'isolement de certaines personnes âgées ou fragiles".

En revanche, "aucune situation anormale dans les Ehpad n'a été remontée", soulignent les services de M. Lecornu, attentif à ne pas répéter les erreurs qui avaient marqué la canicule de 2003, qui a fait 15.000 morts, dont beaucoup de personnes âgées.

Matignon fait valoir "l'efficacité des mesures mises en place par les équipes sur le terrain et les nombreux investissements réalisés ces dernières années".

Le système de santé "connaît un pic d'activité lié à la canicule" qui "justifie le maintien" de la mobilisation à son niveau le plus élevé (plan Orsan 3) et le "déclenchement des plans blancs" dans les hôpitaux concernés, détaille Matignon.

Dans un autre message à la presse, le Premier ministre se dit "prêt" sur le volet des feux de forêts, alors que les départs de feu et les interventions des services d'urgence sont "plus élevés" que l'année dernière.

Le gouvernement invite à "la vigilance" du fait de "la sécheresse de la végétation et de l'arrivée du mistral et de la tramontane", en rappelant qu'une "régulation des moissons" a été mise en œuvre pour éviter les départs de feu, ainsi que les investissements déjà engagés pour la sécurité civile.

Le Premier ministre se félicite aussi que "de nombreux choix" ces derniers jours aient "bien fonctionné dans la gestion de crise", citant l'interdiction de la consommation d'alcool lors de la Fête de la musique ou l'"effet" des investissements pour l'hôpital issus du Ségur de la Santé.

Mais il reconnaît que "d'autres points peuvent devenir préoccupants en cas de canicules répétées et doivent être traités : rafraîchissement des hopitaux, robustesse des réseaux d'eau, électrique, SNCF".

Il a demandé de ce fait un "bilan" de cette canicule "pour en tirer des conclusions de planification", alors que l'exécutif est critiqué pour n'avoir pas suffisamment anticipé la crise climatique.


Macron reçoit lundi le sultan d'Oman, acteur-clé du détroit d'Ormuz

Le président français Emmanuel Macron s'adresse à la presse à l'issue de la réunion des chefs d'État du Groupe des cinq européens (E5) et du secrétaire général de l'OTAN, le 24 juin 2026, à la Chancellerie à Berlin, en Allemagne. (AFP)
Le président français Emmanuel Macron s'adresse à la presse à l'issue de la réunion des chefs d'État du Groupe des cinq européens (E5) et du secrétaire général de l'OTAN, le 24 juin 2026, à la Chancellerie à Berlin, en Allemagne. (AFP)
  • Le président Emmanuel Macron recevra lundi le sultan d’Oman, Haïtham ben Tariq, pour renforcer les relations bilatérales et défendre une réouverture libre du détroit d’Ormuz
  • Les deux dirigeants évoqueront la désescalade régionale, la sécurité maritime et le renforcement de la coopération franco-omanaise

PARIS: Emmanuel Macron va recevoir lundi le sultan d'Oman Haïtham ben Tariq pour la première visite en France du dirigeant du pays du Golfe riverain du détroit d'Ormuz, auprès duquel il plaidera pour la réouverture "libre et sans condition" de ce passage maritime stratégique.

"Les échanges permettront de réaffirmer l'importance du soutien à la désescalade régionale et aborderont la sécurisation des voies maritimes qui passe par un passage libre et sans condition dans le détroit d'Ormuz", a déclaré vendredi la présidence française dans un communiqué.

Malgré l'accord conclu mi-juin entre les Etats-Unis et l'Iran pour mettre fin à la guerre déclenchée fin février par des attaques américano-israéliennes, la question du détroit demeure un point de contentieux majeur: Téhéran réfléchit à l'imposition de "droits de redevance", qui n'existaient pas avant la guerre et auxquels Washington s'oppose.

Ce passage large d'une trentaine de kilomètres entre l'Iran et Oman, est ultrastratégique: 20% du commerce mondial d'hydrocarbures y transitait avant la guerre. Et son blocage, durant le conflit, a eu un lourd impact sur toute l'économie mondiale.

La France et le Royaume-Uni ont rassemblé une coalition de pays non belligérants prêts à mener une mission maritime de sécurisation et déminage d'Ormuz maintenant que les armes se sont tues.

A l'issue du sommet du G7 d'Evian, en France, le président français avait affirmé qu'il s'agissait d'une "proposition" qui dépendait "des accords passés entre l'Iran, les Etats-Unis d'Amérique, avec l'accord aussi d'Oman".

Or le président américain Donald Trump n'avait manifesté qu'un intérêt relatif en public pour cette mission. Les capacités de déminage en mer des pays de la coalition avaient toutefois attiré son attention durant le G7, selon un diplomate participant au sommet.

Emmanuel Macron et le sultan d'Oman s'entretiendront d'abord à la mi-journée au palais de l'Elysée, où des accords seront signés, puis s'exprimeront tous deux dans l'après-midi à l'ouverture d'un forum d'affaires dans un hôtel de la capitale française.

Cette visite "confirme la relation renforcée entre la France et le Sultanat d'Oman dans de nombreux domaines, notamment économique, scientifique, culturel ou encore industriel", estime l'Elysée.


Deux tiers de la France en alerte canicule maximale, décrue des températures à l'horizon

A winegrower protects himself from the sun under an umbrella as he works in Burgundy vineyards in Gevrey-Chambertin, central-eastern France, on May 28, 2026 as a heatwave hits France. (AFP)
A winegrower protects himself from the sun under an umbrella as he works in Burgundy vineyards in Gevrey-Chambertin, central-eastern France, on May 28, 2026 as a heatwave hits France. (AFP)
  • La France reste fortement touchée par une canicule exceptionnelle, avec 61 départements toujours en vigilance rouge, même si une baisse progressive des températures est attendue à partir de l'ouest
  • La vague de chaleur perturbe les services publics et l'économie : hôpitaux sous tension, événements annulés ou reportés, coupures d'électricité et impacts sanitaires croissants en France et ailleurs en Europe

PARIS: Deux tiers de la France restent vendredi écrasés par une canicule d'ampleur exceptionnelle à l'échelle européenne, mais quelques départements sortent du niveau d'alerte maximale et une baisse progressive des températures pointe à l'horizon.

Avec 61 départements en vigilance rouge vendredi, la canicule reflue légèrement après le pic de l'épisode atteint la veille.

Onze de ces départements devraient passer en vigilance orange vendredi à 22H00, selon Météo-France, et treize autres seront rétrogradés samedi à 06H00.

"L'air le plus chaud va progressivement se décaler vers l'Est du pays", explique Météo-France, ajoutant que "de l'air plus frais commence à gagner par l'ouest et le nord-ouest".

Le préfet de police de Paris a averti qu'il était possible que des événements festifs prévus ce week-end, notamment la Marche des fiertés samedi, soient annulées par arrêté, alors que le système hospitalier est "saturé".

Une Marche des fiertés à Lyon prévue samedi a déjà été reportée à septembre, et les courses "We run" à Paris du week-end ont été annulées. Plusieurs milliers de personnes étaient attendues.

D'ici là, plus de 850.000 collégiens passent dès vendredi les épreuves du brevet. Si certains oraux du baccalauréat ont été reportés de quelques jours pour faire face à la vague de chaleur historique, le brevet des collèges est bien maintenu, avec le français au programme vendredi matin.

Les collégiens pourront, "évidemment", "à tout moment, au cours de l'épreuve, aller se rafraîchir, de l'eau sera distribuée", a affirmé jeudi sur France 2 le ministre de l'Education nationale Edouard Geffray.

Emmanuel Macron a assuré jeudi qu'un "gros travail a été fait" par la France contre le réchauffement climatique, mais qu'on "ne s'adapte pas à un pic" qui n'a "jamais eu d'équivalent dans notre histoire".

La chaleur ne se limite pas aux frontières de l'Hexagone, et ce sont au moins 101 millions d'Européens qui ont enduré des températures supérieures à 35°C jeudi.

Comme la Suisse, le Royaume-Uni a battu son record de chaleur pour un mois de juin, tandis que le service d'ambulances londonien a enregistré son "record historique d'interventions pour des urgences vitales" mercredi.

- "Mortalité en hausse" -

Les conséquences sanitaires commencent à émerger: au moins 212 décès pouvant être attribués à la vague de chaleur ont été recensés de dimanche à mercredi en Espagne, contre 98 à la même période 2025, selon des données publiées par l'Institut de santé Carlos III à Madrid.

De son côté, le maire de Paris Emmanuel Grégoire a évoqué une "mortalité en hausse", sans précision chiffrée, dans la capitale française où le thermomètre a franchi mercredi pour la quatrième fois en 150 ans les 40°C.

Les infrastructures souffrent également des températures, et 50.000 foyers étaient privés d'électricité, notamment dans les Yvelines (33.000), Hauts-de-Seine (7.400) et Gironde (5.700), selon le gestionnaire Enedis, qui a activé sa force d'intervention rapide électricité (FIRE).

L'activité économique est elle aussi perturbée, avec par exemple le célèbre fabricant de cocottes en fonte émaillée Le Creuset qui a suspendu sa production dans l'Aisne de mercredi après-midi jusqu'à lundi.

Les  canicules à répétition  sont  un marqueur sans équivoque du changement climatique, causé principalement par la combustion d'énergies fossiles par les humains.

"Inévitablement, nous allons expérimenter plus de ce que l'on vient de vivre ces derniers jours", a prévenu mercredi Jim Skea, le président du Giec, groupe d'experts sur le climat travaillant pour le compte de l'ONU.

Le réchauffement dans certaines régions ou les océans va au-delà des prévisions des scientifiques, a-t-il expliqué.