Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Lula à Paris fin juin au sommet pour un nouveau pacte financier et pour rencontrer Macron

Le président brésilien Luiz Inacio Lula da Silva lors de l'inauguration du bâtiment des laboratoires de recherche scientifique et d'innovation technologique à Sao Bernardo do Campo, État de Sao Paulo, Brésil le 2 juin, 2023 (Photo, AFP).
Le président brésilien Luiz Inacio Lula da Silva lors de l'inauguration du bâtiment des laboratoires de recherche scientifique et d'innovation technologique à Sao Bernardo do Campo, État de Sao Paulo, Brésil le 2 juin, 2023 (Photo, AFP).
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  • L'objectif de ce sommet, à l'initiative du président français, est ambitieux: réformer l'architecture de la finance mondiale pour mieux répondre aux défis du réchauffement climatique
  • A l'occasion de sa visite, Lula, 77 ans, aura aussi une «réunion bilatérale avec Macron», a annoncé une source présidentielle brésilienne

BRASILIA: Le président brésilien Luiz Inacio Lula Da Silva sera à Paris les 22 et 23 juin pour assister au sommet pour un nouveau pacte financier mondial et rencontrer Emmanuel Macron, a appris l'AFP de sources présidentielles française et brésilienne.

L'objectif de ce sommet, à l'initiative du président français, est ambitieux: réformer l'architecture de la finance mondiale pour mieux répondre aux défis du réchauffement climatique.

Emmanuel Macron "se réjouit" d'accueillir son homologue brésilien à cette réunion internationale qui vise "à faire en sorte qu'aucun pays n'ait à choisir entre lutter contre la pauvreté, et agir pour le climat et la nature, afin que les conditions d'une transition juste soient accessibles à tous", a indiqué l'Elysée.

Plusieurs participants ont déjà confirmé leur présence: Ajay Banga, président de la Banque mondiale, Antonio Guterres, secrétaire général des Nations unies, Ursula Von der Leyen, présidente de la Commission européenne, Olaf Scholz, chancelier de l’Allemagne, Mia Mottley, Première ministre de la Barbade ou encore Filipe Nyusi, président du Mozambique.

La directrice générale du Fonds monétaire international, Kristalina Georgieva, fera également le déplacement, a appris l'AFP de source diplomatique.

A l'occasion de sa visite, Lula, 77 ans, aura aussi une "réunion bilatérale avec Macron", a annoncé une source présidentielle brésilienne.

Au menu, selon l'Elysée: "la lutte contre le changement climatique, la préservation de la biodiversité et contribuer à la résolution des crises internationales".

Les deux chefs d'Etat se sont rencontrés récemment, au G7 à Hiroshima (Japon) le 20 mai, et y ont discuté de coopération en matière de défense ainsi que d'échanges "culturels", en plus de la guerre en Ukraine, selon le cabinet du président brésilien.

Lula a formellement invité Emmanuel Macron au Brésil au mois de janvier, pour visiter à Rio le chantier naval où les deux pays coproduisent un sous-marin à propulsion nucléaire.

Aucune date de voyage n'a cependant été communiquée par la présidence française jusque-là.

Les liens diplomatiques entre la France et le Brésil sont en recomposition depuis le retour au pouvoir de Lula en janvier.

Emmanuel Macron a en effet entretenu des relations compliquées avec son prédécesseur, Jair Bolsonaro (2019-2022), en particulier sur le sujet de l'environnement, l'ex-président d'extrême droite ayant souvent été critiqué pour sa gestion de l'Amazonie, région-clé dans la lutte contre le changement climatique.

La veille de sa rencontre avec Emmanuel Macron, le 21 juin, Lula fera un crochet par le Vatican pour s'y entretenir avec le pape François, toujours selon la présidence brésilienne.

Les deux hommes ont discuté par téléphone mercredi de paix en Ukraine et de lutte contre la pauvreté, Lula profitant de l'échange pour inviter le pape au Brésil.


LGV Sud-Ouest: 400 manifestants en Gironde, qui comptent «durcir» la lutte

Des piétons passent devant la station de métro Compans Cafarelli à Toulouse, dans le sud-ouest de la France, le 1er juin 2023 (Photo, AFP).
Des piétons passent devant la station de métro Compans Cafarelli à Toulouse, dans le sud-ouest de la France, le 1er juin 2023 (Photo, AFP).
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  • En avril, le préfet d'Occitanie Pierre-André Durand, par ailleurs coordonnateur du GPSO, a confirmé sur France Bleu que la mise en service de la ligne à grande vitesse Bordeaux-Toulouse restait prévue en 2032
  • Mais les opposants dénoncent un «projet mortifère» qui conduirait selon eux à l'artificialisation de 5 000 hectares

SAINT-MEDARD-D'EYRANS, France: Quelque 400 manifestants se sont rassemblés samedi en Gironde contre la future ligne ferroviaire à grande vitesse (LGV) Bordeaux-Toulouse et Bordeaux-Dax, dont les premiers travaux sont attendus fin 2023, en prévenant que l'opposition au projet risquait de "se durcir".

A l'appel de l'association LGVEA et des collectifs "LGV Ni ici ni ailleurs" (LGV-NiNa) et "Stop-LGV Bordeaux Métropole", une "balade naturaliste" a été organisée samedi à la mi-journée pour visualiser l'emprise de la future ligne à Saint-Médard-d'Eyrans, à une quinzaine de kilomètres au sud de Bordeaux.

"On va s'y opposer. La vallée du Ciron, on va la défendre et ça va se durcir", a déclaré Richard Lavin, membre du collectif LGV-NiNa, en présence de plusieurs parlementaires et élus.

Ce Grand projet du Sud-Ouest (GPSO), dans les cartons depuis 1991 et relancé ces dernières années, vise à relier, en 2032, Toulouse à Paris en 3h10 et à Bordeaux en 1h05, gagnant une heure sur l'itinéraire actuel. Cinq ans après, selon la présidence du GPSO, un tronçon empruntant l'est de la forêt landaise devrait rallier Dax à Bordeaux en vingt minutes de moins que le tracé existant.

En avril, le préfet d'Occitanie Pierre-André Durand, par ailleurs coordonnateur du GPSO, a confirmé sur France Bleu que la mise en service de la ligne à grande vitesse Bordeaux-Toulouse restait prévue en 2032 et que le chantier démarrerait "en principe en fin d'année".

Le président de la Nouvelle-Aquitaine Alain Rousset (PS) et ses autres partisans défendent un projet "vert" qui permettrait de "sortir" de la route les 10 000 camions remontant chaque jour depuis l'Espagne, en libérant les lignes existantes pour le fret.

Mais les opposants dénoncent un "projet mortifère" qui conduirait selon eux à l'artificialisation de 5 000 hectares, en traversant notamment la vallée du Ciron, affluent de la Garonne, où se trouve une hêtraie ancestrale.

"On ne peut pas défoncer le bassin aquitain quand on voit les crises (de sécheresse) qu'on a", a déclaré à l'AFP Pauline Dupouy, porte-parole de LGV-NiNa. "C'est le bon timing pour réagir, il n'est pas trop tard, les travaux n'ont pas commencé."

Les opposants critiquent aussi l'imposition d'une taxe spéciale d'équipement (TSE) à 2 000 communes proches du tracé pour financer un "chantier pharaonique" évalué à 14 milliards d'euros. Cette enveloppe doit être prise en charge à 40% par l'État, 40% par les collectivités et 20% par l'Union européenne.


A Montpellier, la gauche anti-Mélenchon veut passer la vitesse supérieure

Le patron des socialistes Olivier Faure à Saint-Brevin-les-Pins, dans l'ouest de la France, le 24 mai 2023 (Photo, AFP).
Le patron des socialistes Olivier Faure à Saint-Brevin-les-Pins, dans l'ouest de la France, le 24 mai 2023 (Photo, AFP).
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  • Anne Hidalgo souligne que le PS «ne va pas bien du tout, mais nous lui redonnons de l'énergie par le travail»
  • Depuis sa douloureuse naissance en mai 2022, dans le sillage du premier tour de la présidentielle, l'union de la gauche Nupes a beaucoup offert le spectacle de ses divergences

MONTPELLIER : La gauche anti-Mélenchon est réunie samedi à Montpellier pour tenter d'offrir une alternative à la ligne pro-Nupes défendue par le patron des socialistes Olivier Faure. Mais certaines de ses figures nourrissent leurs propres ambitions et pourraient se retrouver rapidement en concurrence.

Ce raout est organisé par le courant Refondations du maire de Rouen, numéro 2 du PS et principal opposant à Olivier Faure, Nicolas Mayer-Rossignol.

A la tribune, la présidente de la région Occitanie, Carole Delga, la maire de Paris, Anne Hidalgo, celui de Montpellier, Michaël Delafosse, l'ex-candidat à la présidentielle Benoît Hamon... L'ancien Premier ministre Bernard Cazeneuve n'a pas fait le déplacement, mais doit s'exprimer en vidéo.

Stratégie parlementaire contre la réforme des retraites, affaire Quatennens, élections européennes: depuis sa douloureuse naissance en mai 2022, dans le sillage du premier tour de la présidentielle, l'union de la gauche Nupes a beaucoup offert le spectacle de ses divergences.

Et les initiatives se multiplient pour tenter de fédérer ceux qui critiquent l'accord conclu entre La France insoumise, les socialistes, les écologistes et les communistes.

Mi-mai, l'ex-Premier secrétaire du PS Jean-Christophe Cambadelis a organisé un rassemblement de la social-démocratie. Samedi prochain, Bernard Cazeneuve, qui a lancé son propre mouvement, la Convention, sera en meeting à Créteil.

Nicolas Mayer-Rossignol veut lui peser de l'intérieur du PS avec Anne Hidalgo, Carole Delga ou Michael Delafosse.

Mais tous nourrissent, à des degrés divers, des ambitions nationales et pourraient rapidement se retrouver en concurrence.

Pour le moment, il s'agit "de travailler sur le fond", d'"élargir le rassemblement de la gauche, l'approfondir et l'équilibrer", explique Nicolas Mayer-Rossignol, co-président de Refondations, courant qui pèse 30% au sein du PS.

Nommé Premier secrétaire délégué à l'issue d'un congrès tendu en janvier à Marseille, ses relations avec le patron du PS se sont détériorées au point que les deux hommes ne se parlent plus.

Le maire de Rouen affirme ne "pas être anti-Nupes" et avoir convié à Montpellier "toutes les sensibilités de gauche, y compris plusieurs responsables de LFI qui ont tous décliné, tout comme Olivier Faure.

Ce dernier a même, selon plusieurs proches de Nicolas Mayer-Rossignol, appelé plusieurs invités pour les inciter à décommander.

Pour Lamia El Aaraje, co-présidente de Refondations, "Olivier Faure aurait dû venir. Cela aurait été l'occasion de dire que les dissensions du congrès de Marseille étaient terminées et que nous allons construire ensemble".

«Saisir la balle»

"C'était le moment de saisir la balle", abonde le sénateur David Assouline, " mais ce n'est qu'un début, ils viendront".

Belle prise de guerre, Benoît Hamon, qui n'avait "pas reparlé dans une enceinte socialiste depuis 2017", explique sa présence: "Vous êtes un courant du PS avec lequel il faut parler et commencer à poser les bribes de ce qui pourrait demain nous amener au succès".

"Refondations est dans une dynamique" car l'opinion publique associe Olivier Faure "aux outrances de Jean-Luc Mélenchon", estime l'ex-député socialiste européen Lièm Hoang-Ngoc, un temps rallié au tribun Insoumis, avant de le quitter avec fracas. Il faut "rassurer les gens, proposer un programme crédible, mais pas social-libéral".

La gauche est "en train de désespérer la population", relève de son côté Carole Delga, invitant à proposer "un projet cohérent et sincère".

Anne Hidalgo souligne que le PS "ne va pas bien du tout, mais nous lui redonnons de l'énergie par le travail", tandis que Michaël Delafosse assure que "la gauche de la raison n'a pas dit son dernier mot".

Au menu, des ateliers et plénières sur l'unité de la gauche, la social-écologie, la promesse républicaine ou l'Europe, l'un des principaux sujets de tension avec Olivier Faure, qui dit vouloir discuter d'une liste commune avec LFI aux élections européennes de 2024.

S'il y avait un candidat unique, "cela casserait le PS en deux, c'est la stratégie de Mélenchon", dénonce le sénateur Rémi Féraud.

"Il y a une forme de soumission à LFI qui nous mène droit dans le mur", abonde le maire de Bourg-en-Bresse, Jean-François Debat. Selon lui, les européennes doivent être "le moment possible pour modifier le rapport de force" au sein de la Nupes.