Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Glucksmann assure être prêt à débattre avec les autres candidats de la primaire de la gauche

Raphaël Glucksmann a assuré vendredi qu'il n'avait "pas de problème" avec le fait de débattre, contrairement aux accusations de ses rivaux de la primaire de la gauche socialiste et démocratique. (AFP)
Raphaël Glucksmann a assuré vendredi qu'il n'avait "pas de problème" avec le fait de débattre, contrairement aux accusations de ses rivaux de la primaire de la gauche socialiste et démocratique. (AFP)
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  • Raphaël Glucksmann a affirmé que "quand on est de gauche, on doit faire un débat sur le service public", mais qu'il n'a "aucun problème pour débattre aussi sur des chaînes privées"
  • France Inter est par ailleurs en ébullition depuis l'annonce de l'arrivée comme éditorialiste d'un responsable du magazine Valeurs actuelles, Charles Sapin

PARIS: Raphaël Glucksmann a assuré vendredi qu'il n'avait "pas de problème" avec le fait de débattre, contrairement aux accusations de ses rivaux de la primaire de la gauche socialiste et démocratique.

Le candidat du petit parti Place publique défend la tenue d'un seul débat télévisé sur le service public, alors que ses rivaux socialistes en réclament trois et lui reprochent d'avoir "peur" de débattre.

Raphaël Glucksmann a expliqué sur BFMTV/RMC qu'il veut que leur débat ait "le maximum d'exposition", ce que le rendez-vous unique proposé par France Télévisions et France Inter assurerait selon lui.

"Ensuite s'il y a un accord entre les chaînes, s'il n'y a pas d'exclusivité, moi j'ai pas de problème à faire des débats, c'est pas la question, on verra, on négociera", a-t-il dit.

Le débat sur le service public est prévu le 6 octobre, tandis que les deux autres évoqués pourraient avoir lieu le 16 septembre sur TF1 et le 29 septembre sur BFMTV.

Raphaël Glucksmann a affirmé que "quand on est de gauche, on doit faire un débat sur le service public", mais qu'il n'a "aucun problème pour débattre aussi sur des chaînes privées".

"Le service public est attaqué aujourd'hui, en permanence", a-t-il dit.

France Inter est par ailleurs en ébullition depuis l'annonce de l'arrivée comme éditorialiste d'un responsable du magazine Valeurs actuelles, Charles Sapin.

Questionné à ce sujet, Raphaël Glucksmann a répondu que Valeurs actuelles "participe à l'offensive de l'extrême droite" mais qu'il n'a pas à "commenter" les choix éditoriaux du service public.

Celui-ci est "indépendant" et n'est "pas à nos ordres", a-t-il dit.

"Il faut des éditorialistes de droite sur le service public, je pense qu'il y en a plein d'ailleurs. J'écoute le service public et je peux vous dire que je ne suis pas toujours d'accord avec leurs éditorialistes", a déclaré le candidat.


Après la tapisserie de Bayeux, premier entretien Burnham-Macron pour "renforcer" les relations

Le Premier ministre britannique Andy Burnham (à droite) serre la main du président français Emmanuel Macron lors de leur rencontre pour des discussions bilatérales au 10 Downing Street, dans le centre de Londres, le 3 septembre 2026. (AFP)
Le Premier ministre britannique Andy Burnham (à droite) serre la main du président français Emmanuel Macron lors de leur rencontre pour des discussions bilatérales au 10 Downing Street, dans le centre de Londres, le 3 septembre 2026. (AFP)
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  • Emmanuel Macron et Andy Burnham veulent renforcer le partenariat franco-britannique, notamment sur l’Ukraine, la coopération avec l’UE et la lutte contre les traversées de la Manche
  • Malgré cette volonté de rapprochement, des divergences persistent sur les relations post-Brexit et les questions commerciales, tandis que les deux dirigeants veulent aussi défendre les institutions démocratiques face à la montée des extrêmes

LONDRES: Le nouveau Premier ministre britannique Andy Burnham et le président français Emmanuel Macron ont affiché jeudi à Londres leur volonté de "renforcer" les relations entre le Royaume-Uni et la France, mais aussi l'Union européenne, au lendemain d'une première rencontre autour de la tapisserie de Bayeux.

Le prêt au British Museum pour un an de cette broderie millénaire, décrivant la conquête de l'Angleterre en l'an 1066 par Guillaume le Conquérant, "montre ce que notre collaboration peut permettre de réaliser", a souligné le chef de gouvernement travailliste au début de l'entretien, soulignant qu'Emmanuel Macron était le premier dirigeant étranger qu'il accueillait au 10, Downing Street.

Aux côtés de celui qu'il a décrit comme le "plus proche voisin" de son pays et un "ami très important", Andy Burnham a aussi évoqué un bilan positif de leur coopération "sur l'Ukraine", sur la lutte contre les traversées de la Manche par des migrants à bord de petites embarcations, et "sur le renforcement de la relation entre le Royaume-Uni et l'UE".

Emmanuel Macron a lui assuré avoir "la volonté et l'engagement de nous rapprocher encore davantage".

- "Sujets difficiles" -

A l'issue d'un déjeuner en présence de leurs épouses et avant de quitter Londres, le président français a salué une "très bonne discussion".

A l'approche d'un sommet crucial entre l'UE et le Royaume-Uni attendu d'ici la fin de l'année, ce rapprochement était en haut de l'agenda de cette première rencontre.

Interrogé mercredi soir par des journalistes, le Premier ministre britannique avait estimé que "dix ans après le Brexit, les gens ici en ont assez des divisions. Ils voient que nous devons travailler plus étroitement ensemble".

Il a toutefois souligné qu'il y avait des "sujets difficiles" sur lesquels il espérait "trouver ensemble un moyen de surmonter" les obstacles, citant le plan de l'UE pour soutenir l'industrie "made in Europe", qui pourrait selon lui avoir des "répercussions sur l'industrie sidérurgique" britannique.

"Même si nous ne sommes pas toujours d'accord sur tout, nous nous respectons (...) et restons ouverts à la discussion sur tous les sujets, y compris la relance des relations entre le Royaume-Uni et l'Union européenne", avait de son côté commenté Emmanuel Macron dans son discours au British Museum.

Paris veut éviter que Londres fasse du "cherry-picking", autrement dit que les Britanniques ne retiennent du marché intérieur européen que ce qui les avantage.

La lutte contre l'arrivée de migrants sur de petites embarcations via la Manche est également un sujet prioritaire pour Londres.

Le gouvernement britannique, qui a enregistré cet été le nombre le plus bas d'arrivées de migrants depuis 2019, a salué le succès de son accord de coopération avec la France, reconduit pour trois ans en avril, et Andy Burnham a plaidé pour "accomplir davantage encore".

- Méga-canots -

Afin d'empêcher la traversée de "méga-canots", comme celui qui a récemment transporté 230 personnes, une équipe de 45 agents doit prochainement être déployée sur les côtes du nord-ouest de la France, soit "un quasi-triplement" des moyens dans cette zone, a fait savoir Downing Street dans un communiqué.

Autre sujet au menu: le renforcement de l'aide à l'Ukraine à un moment où les attaques russes de drones et de missiles balistiques s'intensifient et font un nombre croissant de victimes civiles.

Andy Burnham a effectué le 24 août sa première visite à Kiev, pour une réunion de la Coalition des volontaires, le groupe de pays qui soutiennent l'Ukraine, que le Royaume-Uni codirige avec la France.

Lors de ce premier entretien, qui se tenait à la veille d'une rencontre entre Jordan Bardella du Rassemblement National et Nigel Farage du parti anti-immigration Reform UK, Emmanuel Macron et Andy Burnham ont aussi évoqué "la montée des extrêmes" dans leurs pays, soulignant leur "intérêt commun" à montrer que des institutions démocratiques modérées peuvent répondre aux problèmes de leurs concitoyens, selon une source diplomatique.

Pendant sa visite au British Museum mercredi soir, le président français, qui quittera l'Élysée en mai, a dit espérer que son pays et le Royaume-Uni puissent "tisser un lien aussi étroit que les fils" de la tapisserie.

Le roi Charles III, accompagné de la reine Camilla, a quant à lui salué un prêt qui constitue "un précieux symbole de confiance".


Présidentielle: Hollande fait ses propositions pour séduire jusqu'au centre

Il propose un projet pour "unir" la France mais refuse pour l'instant de se déclarer candidat: François Hollande égrène dans son nouveau livre près d'une centaine de propositions, dont certaines, à contre-courant du programme des socialistes, semblent destinées à séduire jusqu'au centre. (AFP)
Il propose un projet pour "unir" la France mais refuse pour l'instant de se déclarer candidat: François Hollande égrène dans son nouveau livre près d'une centaine de propositions, dont certaines, à contre-courant du programme des socialistes, semblent destinées à séduire jusqu'au centre. (AFP)
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  • Dans "Unir. Nouveau monde, nouvelle gauche" (Robert Laffont), l'ancien président, qui avait renoncé à se représenter en 2017 au vu de sa très forte impopularité à la fin de son quinquennat, estime qu'il faut "changer de méthode"
  • Il ne dira ses intentions qu'en décembre et refuse en attendant de participer à la primaire de la gauche, espérant se poser en recours si le vainqueur de ce processus de départage s'effondre

PARIS: Il propose un projet pour "unir" la France mais refuse pour l'instant de se déclarer candidat: François Hollande égrène dans son nouveau livre près d'une centaine de propositions, dont certaines, à contre-courant du programme des socialistes, semblent destinées à séduire jusqu'au centre.

Dans "Unir. Nouveau monde, nouvelle gauche" (Robert Laffont), l'ancien président, qui avait renoncé à se représenter en 2017 au vu de sa très forte impopularité à la fin de son quinquennat, estime qu'il faut "changer de méthode, de perspectives et d'ambition".

Il ne dira ses intentions qu'en décembre et refuse en attendant de participer à la primaire de la gauche, espérant se poser en recours si le vainqueur de ce processus de départage s'effondre.

Mais "si émettre des idées, c'est être en campagne", alors "oui", il est en campagne, a-t-il concédé jeudi, à la foire de Châlons-en-Champagne (Marne).

Le député de Corrèze, qui a débattu récemment avec le candidat d'Horizons Edouard Philippe et a fait une apparition aux journées d'été du PS à Blois, sera la semaine prochaine à la fête de la rose de Frangy-en-Bresse (Saône-et-Loire), avant d'enchaîner les séances de dédicaces de son livre.

"L'enjeu, c'est d'unir les Français", face à la bipolarisation de la société entre "des extrêmes qui jouent la division" et une situation internationale tendue, où la France doit affirmer son indépendance vis-à-vis des États-Unis et de la Russie, a-t-il expliqué mercredi.

Pour cela, "il va falloir aller au-delà des formations politiques", a-t-il glissé à Blois. Celui qui théorise la nécessité de "l'union sacrée des démocrates" et préconise d'aller chercher dès le premier tour les électeurs du centre au moment où la macronie est en fin de règne, assure ne pas vouloir proposer du "Hollande 2012" réchauffé.

Sur certains points, il se place même à rebours de son parti, comme sur la taxe Zucman pour les ultra-riches, devenue à ses yeux "un slogan. Pas une réponse" ou sur les retraites.

"Candidat de centre-droit" 

Alors que le PS veut revenir à un âge légal de départ à 62 ans, il propose de le fixer à 63 ans puis d'allonger progressivement la durée de cotisation.

"L'âge pivot doit tenir compte de l'allongement de l'espérance de vie et être corrigé en permanence", a-t-il justifié.

L'ex-chef de l'Etat veut aussi "limiter à 1% pendant cinq ans l'indexation des pensions, ce qui procurerait un gain équivalent au report d'un an de l'âge de départ", et "ajouter une part de capitalisation", qui serait contrôlée par les partenaires sociaux.

De quoi faire bondir le patron des socialistes Olivier Faure: "Vous ne me trouverez pas aux côtés de ceux qui défendent ce modèle", a-t-il déclaré à Blois.

Autre nouveauté sur le plan économique, pour améliorer la feuille de paie, François Hollande suggère d'"augmenter le salaire net en diminuant les cotisations salariales". Cette perte de recettes pour la sécurité sociale serait alors compensée par un prélèvement sur le capital, via une "progressivité de la taxe sur les revenus financiers" et "un relèvement progressif de 20 à 24% du taux normal de la TVA", pourtant considérée par Olivier Faure comme "l'impôt le plus injuste".

Il estime que ce nouveau système permettrait de "relever les salaires d'environ 10% pour tous".

Et pour faire passer l'amère pilule, il propose de supprimer la TVA réduite à 5,5 %, qui s'applique sur les produits alimentaires et les travaux énergétiques, et de faire de même, mais de façon ponctuelle, pour les carburants.

Il souhaite aussi réduire les impôts de production en diminuant les aides aux entreprises, comme le propose Édouard Philippe.

De quoi séduire les centristes? François Hollande "articule des idées qui sont plus compatibles qu'elles ne l'étaient" auparavant, a reconnu le président du MoDem François Bayrou.

"On a l'impression que c'est un candidat de centre-droit. C'est un positionnement intéressant", note un cadre Horizons, tandis qu'un candidat à l'élection présidentielle constate qu'il "parle quand même très à droite pour un candidat de gauche".

"Je suis socialiste", répond l'ancien président, qui garde des marqueurs de gauche: il prévoit de "mettre à contribution les gros héritages et les patrimoines supérieurs à 10 millions d'euros brut", de porter à 30% la représentation des salariés dans les conseils d'administration des entreprises, ou de mettre en place un chèque de 10.000 euros baptisé "entrée dans la vie", pour les jeunes qui effectueront le service civique.