Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Inaugurant l’exposition Byblos à l’IMA, Macron réaffirme son soutien à la souveraineté et l’intégrité du Liban

La France, rappelle Macron, entend rester pleinement engagée aux côtés du Liban, notamment dans la préservation de son patrimoine. Dans un contexte marqué par les crises et les destructions, soutenir la culture n’est pas un luxe, affirme-t-il : c’est une nécessité. (Arlette Khouri)
La France, rappelle Macron, entend rester pleinement engagée aux côtés du Liban, notamment dans la préservation de son patrimoine. Dans un contexte marqué par les crises et les destructions, soutenir la culture n’est pas un luxe, affirme-t-il : c’est une nécessité. (Arlette Khouri)
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  • L’atmosphère dans les allées du musée de l’IMA n’était pas celle d’une simple visite officielle : Emmanuel Macron ne se contentait pas d’inaugurer une exposition, il prenait son temps
  • Prévue pour une trentaine de minutes, la déambulation s’est étirée sur près d’une heure, comme si chaque œuvre appelait une pause, une question, une réflexion

PARIS: Venu pour inaugurer l’exposition « Byblos, cité millénaire du Liban » à l’Institut du Monde Arabe à Paris (IMA), le président français Emmanuel Macron a voulu profiter de cet événement culturel pour en faire un moment de soutien politique et de solidarité avec les Libanais.

L’atmosphère dans les allées du musée de l’IMA n’était pas celle d’une simple visite officielle : il ne se contentait pas d’inaugurer une exposition, il prenait son temps.

Prévue pour une trentaine de minutes, la déambulation s’est étirée sur près d’une heure, comme si chaque œuvre appelait une pause, une question, une réflexion.

À ses côtés, le ministre des Affaires étrangères Jean-Noël Barrot, la ministre de la Culture Catherine Pégard ainsi que le ministre libanais Ghassan Salamé ; très vite, le protocole s’est effacé, cédant la place à une forme d’attention sincère, presque intime.

Il faut dire que cette exposition ne ressemble pas aux autres : elle raconte bien plus qu’une histoire antique. Elle parle du Liban d’hier et d’aujourd’hui, de ses fractures et de sa capacité à tenir debout.

ima byblos

Le président français, très impliqué dans les problèmes de ce pays et le conflit au centre duquel il se trouve, s’attarde, interroge, échange avec la commissaire de l’exposition, Élodie Bouffard. Cela n’a rien d’une visite de courtoisie, plutôt de la curiosité, voire un intérêt et une émotion manifestes.

Cet intérêt et cette émotion étaient au cœur de l’allocution qu’il a prononcée, après un mot de bienvenue de la part de la présidente de l’IMA, Anne-Claire Legendre, fraîchement installée et qui avait travaillé à ses côtés comme conseillère diplomatique.

Après un bref préambule, le propos du président s’élargit : cette exposition est le fruit d’un effort collectif, mobilisant institutions françaises et libanaises, chercheurs, mécènes et diplomates. Elle est donc le symbole du lien profond, ancien, presque organique entre les deux pays.

Une visite entre culture et engagement politique

La France, rappelle Macron, entend rester pleinement engagée aux côtés du Liban, notamment dans la préservation de son patrimoine. Dans un contexte marqué par les crises et les destructions, soutenir la culture n’est pas un luxe, affirme-t-il : c’est une nécessité.

À travers l’action conjointe d’institutions comme l’UNESCO ou les grandes institutions muséales, il s’agit de maintenir vivant ce qui pourrait disparaître.

Mais le moment le plus marquant du discours réside sans doute dans ce que le président appelle la « leçon de Byblos ».

Byblos n’est pas seulement un site archéologique, mais une métaphore, une leçon d’histoire, mais aussi de politique. Dans cette ville antique, on lit la capacité d’un peuple à résister aux empires non par la force brute, mais par l’intelligence, le commerce et la culture.

ima byblos
Le discours du ministre libanais Ghassan Salamé.

Cette idée résonne fortement aujourd’hui, car le Liban se trouve pris dans des logiques de puissance qui le dépassent. Mais il continue de tenir, non sans difficulté, non sans douleur, avec une forme d’entêtement qui force le respect.

L’exposition elle-même en est la preuve : retardée par la guerre, fragilisée par les circonstances, elle a malgré tout vu le jour, comme un acte de résistance silencieuse.

Le président insiste : rien ne peut arrêter la culture. Même lorsque certaines œuvres manquent, leur absence devient signifiante : elle témoigne de la volonté de celles et ceux qui continuent de chercher, de préserver, de transmettre.

Ce message culturel se double d’un message politique clair : la France réaffirme son soutien à la souveraineté du Liban et au respect du droit international. Il n’y a pas, insiste le président, de principe à géométrie variable.

Ce qui vaut en Europe doit valoir ailleurs : refuser les occupations, défendre l’intégrité territoriale, promouvoir la paix — autant de lignes directrices qui structurent l’engagement français dans la région.

Dans un contexte marqué par les tensions, les conflits et les fractures religieuses, le Liban, affirme Macron, apparaît alors comme une exception précieuse : un pays où, malgré tout, subsiste l’idée qu’il est possible de vivre ensemble sans renoncer à ses différences. C’est cette forme d’universalisme, fragile mais essentielle, que la France dit reconnaître et vouloir défendre.

Le rôle de la France, c’est d’être aux côtés du Liban en ce moment, souligne-t-il, et d’assurer continuer à soutenir et venir en aide aux déplacés de toutes les régions, ainsi que de tout faire pour que cessent les bombes, pour que cesse l’opération terrestre en cours et pour que l’intégrité territoriale du Liban soit recouvrée.

Et ce n’est que dans ce cadre, affirme le président, que la paix pourra être construite, et que la sécurité de tous dans la région pourra être assurée.

Aucune occupation, aucune forme de colonisation, ni ici, ni en Cisjordanie, ni ailleurs, ne saurait assurer la sécurité de qui que ce soit, assène-t-il, ajoutant ne pas oublier Gaza, qui a été aussi reconnue, magnifiée dans ces lieux avec une exposition remarquable il y a quelques mois.

La « leçon de Byblos », entre histoire et message diplomatique

Le discours du ministre libanais Ghassan Salamé vient prolonger cette réflexion. Lui aussi évoque Byblos comme une stratégie concrète : celle d’un pays qui, faute de puissance militaire, mise sur l’intelligence, l’ouverture et le rôle d’intermédiaire — une manière d’exister dans un environnement instable en transformant ses vulnérabilités en ressources.

Il rappelle également la profondeur de la coopération franco-libanaise, notamment dans le domaine archéologique, puisque depuis plus d’un siècle, chercheurs et conservateurs travaillent ensemble, explorant les strates d’un territoire riche et complexe.

Cette collaboration, dit-il, ne se limite pas à la science : elle participe à la construction d’un récit commun.

Son propos se fait plus grave, car derrière la célébration culturelle se profile une réalité difficile : celle d’un pays confronté à des crises multiples. Dans un tel contexte, préserver le patrimoine, soutenir les institutions, protéger les sites et maintenir une vie culturelle deviennent autant de défis quotidiens.


Macron convoque un nouveau conseil de défense mardi après-midi sur la situation au Moyen-Orient, annonce l'Elysée

Les pompiers iraniens, assistés d’une pelleteuse, dégagent les décombres d’un immeuble résidentiel détruit dans le nord de Téhéran le 23 mars 2026. Une série de fortes explosions a été entendue dans la capitale iranienne, alors que la guerre avec les États-Unis et Israël entrait dans sa quatrième semaine. (AFP)
Les pompiers iraniens, assistés d’une pelleteuse, dégagent les décombres d’un immeuble résidentiel détruit dans le nord de Téhéran le 23 mars 2026. Une série de fortes explosions a été entendue dans la capitale iranienne, alors que la guerre avec les États-Unis et Israël entrait dans sa quatrième semaine. (AFP)
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  • Le président Emmanuel Macron a convoqué un conseil de défense sur la situation en Iran et au Moyen-Orient dans un contexte de fortes tensions régionales
  • Entre menaces américaines, démentis iraniens et échanges de missiles, la situation reste hautement volatile au Moyen-Orient

PARIS: Le président Emmanuel Macron a convoqué un nouveau conseil de défense et de sécurité nationale mardi après-midi "sur la situation en Iran et au Moyen-Orient", a annoncé l'Elysée.

Ce nouveau conseil de défense réunissant les ministres et responsables chargés des questions de sécurité - le dernier remonte au 17 mars - se tiendra à 17H30.

Il intervient alors que Donald Trump a évoqué, dans un spectaculaire revirement, des "négociations" avec un responsable iranien non identifié.

Le ministère iranien des Affaires étrangères a nié "toute négociation" avec les Etats-Unis depuis le 28 février,  reconnaissant toutefois avoir reçu via des "pays amis" des "messages transmettant une demande américaine de négociations" pour faire cesser le conflit.

Sur son réseau Truth Social, le président américain a également annoncé un report "de cinq jours" des frappes qu'il menaçait de lancer sur des centrales électriques et autres infrastructures en Iran si la République islamique ne débloquait pas le détroit d'Ormuz, voie stratégique pour l'approvisionnement mondial en hydrocarbures.

En réponse à l'ultimatum de Donald Trump, l'Iran avait menacé de fermer complètement le détroit et de cibler "toutes les infrastructures énergétiques, de technologie de l'information et de dessalement d'eau appartenant aux Etats-Unis", selon l'agence Fars citant l'armée iranienne.

Le président américain a fait savoir que son pays continuerait "à bombarder allègrement" si les négociations échouaient.

Au Liban, où la guerre a fait plus d'un millier de morts et plus d'un million de déplacés, l'armée israélienne a repris ses frappes contre la banlieue sud de Beyrouth.

De son côté, l'Iran a lancé de nouveau des missiles vers Israël mardi matin.


Décès de Lionel Jospin à l'âge de 88 ans

L'ancien Premier ministre socialiste Lionel Jospin est décédé dimanche à l'âge de 88 ans, a annoncé lundi sa famille à l'AFP.(AFP)
L'ancien Premier ministre socialiste Lionel Jospin est décédé dimanche à l'âge de 88 ans, a annoncé lundi sa famille à l'AFP.(AFP)
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  • Figure reconnue et rassembleuse de la gauche jusqu'au bout, il avait créé le principe de la "gauche plurielle", réunissant dans ses gouvernements des ministres socialistes mais aussi écologistes et communistes
  • Porté par une conjoncture économique favorable, il avait alors mis en place la réduction du temps de travail à 35 heures hebdomadaires, la couverture maladie universelle et un contrat d'union civile: le Pacs

PARIS: L'ancien Premier ministre socialiste Lionel Jospin est décédé dimanche à l'âge de 88 ans, a annoncé lundi sa famille à l'AFP.

M. Jospin avait indiqué en janvier avoir subi "une opération sérieuse", sans divulguer de détails.

Chef du gouvernement de 1997 à 2002, premier secrétaire du PS de 1981 à 1988 puis de 1995 à 1997, M. Jospin s'était aussi présenté sans succès aux élections présidentielles de 1995 et 2002.

Figure reconnue et rassembleuse de la gauche jusqu'au bout, il avait créé le principe de la "gauche plurielle", réunissant dans ses gouvernements des ministres socialistes mais aussi écologistes et communistes.

Porté par une conjoncture économique favorable, il avait alors mis en place la réduction du temps de travail à 35 heures hebdomadaires, la couverture maladie universelle et un contrat d'union civile: le Pacs.

La surprise avait été totale lorsqu'en 2002, il n'était pas parvenu à se qualifier pour le second tour de la présidentielle, laissant Jean-Marie Le Pen en duel avec Jacques Chirac.

Dispersion de la gauche, campagne ratée, montée de l'extrême droite, Lionel Jospin s'était alors retiré de la vie politique, n'intervenant plus pendant des années dans le débat public.

Pendant le quinquennat de François Hollande, il avait présidé une commission sur la moralisation de la politique puis était au Conseil constitutionnel en 2014.

Le leader Insoumis Jean-Luc Mélenchon, qui fut ministre de M. Jospin de 2000 à 2002, a rendu hommage à "un modèle d'exigence et de travail" et salué la mémoire d'une "présence intellectuelle dans un univers qui partait à la dérive", dans un message publié sur X.