Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Acteurs des énergies renouvelables et nucléaire rassurés après leur rencontre avec Lecornu

Le Premier ministre Sébastien Lecornu (C) s’exprime lors du débat sur les motions de censure contre le projet de loi de finances 2026, adopté sans vote via l’article 49.3, à l’Assemblée nationale le 2 février 2026. (AFP)
Le Premier ministre Sébastien Lecornu (C) s’exprime lors du débat sur les motions de censure contre le projet de loi de finances 2026, adopté sans vote via l’article 49.3, à l’Assemblée nationale le 2 février 2026. (AFP)
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  • La réunion à Matignon a été jugée constructive et rassurante par les syndicats et entreprises, mais aucune donnée chiffrée sur les capacités de production ou objectifs précis n’a encore été annoncée dans la PPE
  • Les filières solaire, éolienne et hydraulique sont encouragées à se développer parallèlement au nucléaire, avec un accent sur l’emploi et la relance des projets pour sortir de la dépendance aux énergies fossiles

PARIS: Les syndicats des énergies renouvelables, de même que les acteurs du nucléaire, sont sortis rassurés du rendez-vous à Matignon vendredi en amont de la possible publication ces prochains jours de la très attendue feuille de route énergétique de la France sur dix ans.

La réunion avec le Premier ministre Sébastien Lecornu et le ministre de l'Économie Roland Lescure "a confirmé un point essentiel: à l'évidence, il n'y aura pas de moratoire sur les énergies renouvelables", se sont félicités le Syndicat des énergies renouvelables (SER), France Renouvelables et Enerplan dans un communiqué commun vendredi.

"Cette clarification était attendue et nécessaire pour rassurer les salariés des entreprises du secteur", ont-ils ajouté.

Les trois acteurs indiquent que la filière "a obtenu des garanties du Premier Ministre sur la relance des appels d'offres" indispensables au développement de projets.

De leur côté, EDF, Framatome (filiale d'EDF) et Orano "saluent la priorité donnée à l'électrification et le soutien marqué à la pérennité et au développement de la filière nucléaire", selon un communiqué commun vendredi soir.

"Aux côtés des énergies renouvelables et dans un contexte de relance de l'hydraulique, l'engagement des acteurs de la filière contribuera à renforcer la performance du système électrique et la trajectoire bas carbone du pays", disent les entreprises, évoquant notamment "le programme de construction des réacteurs EPR2 et la prolongation de la politique de traitement-recyclage des combustibles".

Les syndicats des énergies renouvelables avaient auparavant appelé à constituer "une véritable +équipe de France des énergies+, alignée sur des objectifs clairs et ambitieux afin de sortir de notre dépendance aux énergies fossiles".

"La réunion a été très constructive. Le Premier ministre a été à l'écoute", a déclaré à l'AFP Daniel Bour, le président du syndicat Enerplan, qui représente la filière de l'énergie solaire.

Sébastien Lecornu n'a en revanche pas donné de perspectives chiffrées concernant les objectifs de production ou de capacités assignés aux différentes filières productrices d'énergie (solaire, éolien, nucléaire, hydraulique...), qui seront rendus publics dans la Programmation pluriannuelle de l'énergie (PPE), la feuille de route énergétique de la France jusqu'en 2035.

Les représentants des énergies renouvelables craignaient qu'un moratoire soit mis en place les concernant ou que les volumes de développements prévus ne permettent pas à leurs filières de se maintenir.

France Renouvelables s'est inquiété jeudi de l'impact sur l'emploi d'un ralentissement du déploiement du solaire et de l'éolien.

De leur côté, les acteurs du nucléaire voient dans la publication prochaine de la PPE "l'engagement de l'Etat pour le renouveau de la filière nucléaire française tout en sécurisant le développement des énergies renouvelables".


Deux Chinois inculpés en France, suspectés d'espionnage pour Pékin

Le président français Emmanuel Macron salue la foule en quittant l'université du Sichuan après une rencontre avec des étudiants à Chengdu, dans la province du Sichuan, dans le sud-ouest de la Chine, le 5 décembre 2025. (AFP)
Le président français Emmanuel Macron salue la foule en quittant l'université du Sichuan après une rencontre avec des étudiants à Chengdu, dans la province du Sichuan, dans le sud-ouest de la Chine, le 5 décembre 2025. (AFP)
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  • Ces quatre suspects, interpellés fin janvier en Gironde (sud-ouest), ont été déférés notamment pour "livraison d'informations à une puissance étrangère" de nature "à porter atteinte aux intérêts fondamentaux de la nation"
  • A l'issue de leur inculpation, les deux ressortissants chinois ont été placés en détention provisoire, selon une source proche du dossier, les deux autres personnes ont été placées sous contrôle judiciaire

PARIS: Des données militaires sensibles sont au coeur du dossier: deux ressortissants chinois ainsi que deux autres personnes ont été inculpés jeudi à Paris pour espionnage présumé au profit de Pékin.

Ces quatre suspects, interpellés fin janvier en Gironde (sud-ouest), ont été déférés notamment pour "livraison d'informations à une puissance étrangère" de nature "à porter atteinte aux intérêts fondamentaux de la nation", décrit le parquet de Paris, sollicité par l'AFP.

Ces infractions présumées font encourir jusqu'à 15 ans de réclusion.

A l'issue de leur inculpation, les deux ressortissants chinois ont été placés en détention provisoire, selon une source proche du dossier, les deux autres personnes ont été placées sous contrôle judiciaire.

"Mon client a séjourné en France pour des raisons strictement professionnelles. Il conteste totalement les accusations formulées à son encontre et n'a aucun lien avec un quelconque service d'espionnage", a commenté auprès de l'AFP Me Baptiste Bellet, avocat de l'un des ressortissants chinois.

"L'information judiciaire confirmera la réalité de sa situation et établira son innocence", poursuit ce conseil.

Les défenseurs des autres mis en cause n'ont pu être joints dans l'immédiat par l'AFP.

Le parquet de Paris avait précisé mercredi que la venue des deux ressortissants chinois en France était destinée à "effectuer une mission de captation de données satellitaires du réseau Starlink et des données provenant d'entités d'importance vitale, notamment militaires, afin de les retransmettre à leur pays d'origine, la Chine".

L'enquête, dirigée par la section de lutte contre la cybercriminalité du parquet de Paris, a été confiée à la DGSI (Direction générale de la sécurité intérieure).

Le 30 janvier, la police a été avisée que deux personnes de nationalité chinoise étaient suspectées de procéder à des opérations de captation satellitaire depuis leur location sur la plateforme Airbnb en Gironde. A l'origine de l'affaire: des riverains avaient constaté le déploiement d'une parabole d'environ 2 mètres de diamètre, corrélée à une déconnexion internet.

Lors d'une perquisition menée le lendemain, les enquêteurs ont découvert "un système d'ordinateurs reliés à des antennes paraboliques permettant la captation de données satellitaires", qui a été saisi pour exploitation.

"Brouillage de fréquences" 

L'agence nationale des fréquences radios, requise, avait constaté "l'utilisation illégale de fréquences, l'utilisation non conforme d'équipements radio, le brouillage de fréquences, la détention illégale de dispositifs techniques de captation de données informatiques".

Le dispositif permettait "d'intercepter illégalement le flux descendant des satellites, notamment des échanges entre entités militaires d'importance vitale", avait souligné le parquet.

Ces deux Chinois avaient, pour leur demande de visa, déclaré travailler comme ingénieurs pour une entreprise spécialisée dans la recherche et le développement d'équipements et de systèmes de communication sans fil, selon le ministère public.

Cette entreprise coopère avec des universités établissant des projets à vocation militaire, selon la même source.

Deux autres personnes ont été interpellées lorsqu'elles se sont présentées dans le logement, suspectées d'avoir procédé à l'importation illégale du matériel, a précisé le parquet.

C'est donc une nouvelle affaire d'espionnage présumé au profit de la Chine en France. Mi-décembre, un enseignant-chercheur à l'institut d'ingénierie et de mécanique de Bordeaux, préfecture du département de la Gironde, avait été mis en examen, soupçonné d'ingérence au profit de la Chine en ayant fait pénétrer une délégation chinoise dans des zones sensibles interdites.

Ce professeur, laissé libre sous contrôle judiciaire, est poursuivi notamment pour "livraison d'information à une puissance étrangère", "intelligence avec une puissance étrangère" et "complicité d'intrusion dans un local ou terrain clos intéressant la défense nationale".

Plusieurs affaires d'espionnage en lien avec la Chine ont par ailleurs secoué l'Europe ces derniers mois.


A Paris, Grégoire veut être un maire «d'hyper-proximité», «différent» d'Hidalgo

Emmanuel Grégoire, candidat de la gauche unie hors LFI à la mairie de Paris, a promis jeudi d’être un maire "différent" d'Anne Hidalgo, en "hyper-proximité" avec les Parisiens, s’érigeant en "rempart" contre la "spéculation" voulue, selon lui, par Rachida Dati. (AFP)
Emmanuel Grégoire, candidat de la gauche unie hors LFI à la mairie de Paris, a promis jeudi d’être un maire "différent" d'Anne Hidalgo, en "hyper-proximité" avec les Parisiens, s’érigeant en "rempart" contre la "spéculation" voulue, selon lui, par Rachida Dati. (AFP)
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  • Il entend renforcer "considérablement" les prérogatives des maires d'arrondissements pour pouvoir "réorganiser l'ensemble du service public à l'échelle du quartier"
  • "Plus aucune grande décision ne sera prise sans les Parisiens", a-t-il assuré, évoquant la tenue de votations comme en a organisé Anne Hidalgo

PARIS: Emmanuel Grégoire, candidat de la gauche unie hors LFI à la mairie de Paris, a promis jeudi d’être un maire "différent" d'Anne Hidalgo, en "hyper-proximité" avec les Parisiens, s’érigeant en "rempart" contre la "spéculation" voulue, selon lui, par Rachida Dati.

"Je serai un maire différent, les nouvelles attentes sont nombreuses et je porterai ces nouvelles priorités avec l'énergie et le style qui sont les miens", a déclaré celui qui fut pendant six ans le premier adjoint de l'édile socialiste sortante, en présentant son programme à la presse.

Bien que n'ayant "que des souvenirs merveilleux" de son mandat à l'Hôtel de ville, l'actuel député socialiste "assume une méthode de rupture" avec Anne Hidalgo, en froid avec son ancien dauphin qu'elle n'a soutenu que tardivement et du bout des lèvres.

Le candidat de la gauche unie non-mélenchoniste (écologistes, communistes, Place Publique et ex-Insoumis de L'Après), promet "hyper-proximité", "disponibilité" et "écoute permanente" avec les Parisiens s'il est élu en mars.

Il entend renforcer "considérablement" les prérogatives des maires d'arrondissements pour pouvoir "réorganiser l'ensemble du service public à l'échelle du quartier", à contre-pied selon lui du nouveau mode de scrutin à Paris, Lyon et Marseille, qui permet d'élire le maire directement sans passer par les maires de secteurs.

"Plus aucune grande décision ne sera prise sans les Parisiens", a-t-il assuré, évoquant la tenue de votations comme en a organisé Anne Hidalgo.

Dans chaque mairie, un guichet physique unique accompagnera les démarches administratives avec des "horaires élargis" qui s'appliqueront aussi aux bibliothèques et gymnases.

Contre les déserts médicaux, il prévoit de "mailler tous les quartiers en maisons de santé et cabinets de secteur 1".

Mille rues piétonnes seront aussi déployées dans la capitale, a indiqué le candidat qui détaillera son programme écologique la semaine prochaine.

"Notre socle, c'est le droit de vivre à Paris", a résumé l'aspirant maire de 48 ans, né en Seine-Saint-Denis, qui a longtemps vu la capitale comme une "promesse d'ascension sociale".

Le logement sera la "première des batailles", a-t-il insisté, rappelant son objectif de créer 60.000 logements sociaux et abordables, avec un "rééquilibrage à l'ouest", 4.000 hébergements d'urgence pour que "zéro enfant" ne dorme dans la rue l'hiver prochain.

"Dati a peur du débat" 

"Paris doit rester un modèle de mixité, elle n'appartient ni aux spéculateurs, ni aux plus riches", a-t-il cinglé à l'encontre de ses rivales à droite, Rachida Dati, candidate des LR et du MoDem, et Sarah Knafo (Reconquête).

"Rachida Dati et Sarah Knafo sont les deux faces d'une même pièce qui veut vendre Paris aux plus offrants, où la seule loi qui vaille est celle du marché", selon Emmanuel Grégoire.

Il craint notamment que "le travail des 71.000 associations qui aident les plus fragiles, et sont une structure invisible de notre action publique", soit "bradé" si Rachida Dati gagnait les élections.

"Paris a toujours été une ville refuge pour les ennemis des droites extrêmes et réactionnaires, et le restera. J'en serai le garant et le rempart", a-t-il développé.

Pour financer son programme, l'élu socialiste compte "maintenir un effort d'investissement soutenu, autour de 1,5 à 1,6 milliard d'euros par an". Il s'engage "à ne pas continuer à endetter la Ville au rythme de celui des dernières années, en gardant la capacité de désendettement à 12 ans en fin de mandature". La dette actuelle s'élève à 9,4 milliards d'euros et devrait s'élever à 9,7 milliards d'euros fin 2026.

Le candidat s'engage aussi à ne pas augmenter la taxe foncière, en hausse de 52% sous la mandature d'Anne Hidalgo.

Selon un sondage Cluster 17 pour Politico paru lundi, la liste conduite par Emmanuel Grégoire recueillerait 33% des suffrages exprimés, creusant l'écart avec Rachida Dati, créditée de 26% des intentions de vote.

Si l'actuelle ministre de la Culture a exclu de débattre avec ses opposants au premier tour, "c'est par peur, parce qu'elle est la moins armée sur les sujets parmi les candidats", a taclé le socialiste.