Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Gouvernement: un remaniement a minima qui pourrait tourner au casse-tête pour Lecornu

 Désireux de "passer à autre chose" après le budget, Sébastien Lecornu prévoit de renouveler une partie de son équipe à quelques semaines des municipales. Mais le simple "ajustement" ministériel pourrait s'avérer un casse-tête sur fond d'ambitions présidentielles. (AFP)
Désireux de "passer à autre chose" après le budget, Sébastien Lecornu prévoit de renouveler une partie de son équipe à quelques semaines des municipales. Mais le simple "ajustement" ministériel pourrait s'avérer un casse-tête sur fond d'ambitions présidentielles. (AFP)
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  • Rachida Dati devrait être la seule ministre d'envergure à quitter le gouvernement. Mais le sort d'un autre poids-lourd interroge.
  • Alors que Sébastien Lecornu a demandé à ses ministres de se tenir "éloignés" de la présidentielle, son ministre de la Justice Gérald Darmanin, ami de longue date, ne cache pas ses ambitions.

PARIS: Désireux de "passer à autre chose" après le budget, Sébastien Lecornu prévoit de renouveler une partie de son équipe à quelques semaines des municipales. Mais le simple "ajustement" ministériel pourrait s'avérer un casse-tête sur fond d'ambitions présidentielles.

La raison première de ce mini-remaniement était le départ annoncé du gouvernement de la ministre de la Culture Rachida Dati, qui brigue la mairie de Paris.

Elle pourrait être remplacée par Catherine Pégard, l'ancienne conseillère culture de Nicolas Sarkozy qui a présidé le château de Versailles de 2011 à 2024 avant de conseiller depuis septembre Emmanuel Macron, qui pousse à sa candidature.

Rachida Dati devrait être la seule ministre d'envergure à quitter le gouvernement. Mais le sort d'un autre poids-lourd interroge.

Alors que Sébastien Lecornu a demandé à ses ministres de se tenir "éloignés" de la présidentielle, son ministre de la Justice Gérald Darmanin, ami de longue date, ne cache pas ses ambitions.

Il a ainsi jugé mercredi sur RTL qu'il y avait "urgence à s'entendre" pour que le centre et la droite "n'aient qu'un seul candidat à l'été" pour la course à l'Elysée, sans s'exclure lui-même de la compétition.

Et il aimerait en même temps rester au gouvernement. "Je suis totalement concentré sur ma tâche et le Premier ministre le sait", a ajouté M. Darmanin, qui a deux projets de loi sur le feu.

Liberté de parole 

En dépit de leur proximité, le Premier ministre sait que la présence d'un candidat à l'Elysée dans son équipe peut lui coûter cher. Il avait démissionné le 6 octobre après le départ fracassant de Bruno Retailleau, prétendant putatif à la présidentielle, de son premier gouvernement, le plus éphémère de la Ve République.

D'autres ministres ont exprimé le souhait de partir à l'occasion de ce remaniement prévu avant la fin du mois.

La ministre (Horizons) Charlotte Parmentier-Lecocq, chargée de l’Autonomie et des personnes handicapées, a fait part de sa volonté de retrouver son poste de députée du Nord, son suppléant étant en passe de devenir maire.

Cette responsable du parti d'Edouard Philippe, candidat déclaré à la présidentielle, pourrait de la sorte retrouver sa liberté de parole et s'engager dans la campagne de son mentor.

Outre Mme Dati, deux autres ministres sont candidats aux municipales: Marina Ferrari (Sports) et Michel Fournier (Ruralité), respectivement à Aix-les-Bains (Savoie) et aux Voivres (Vosges).

Michel Fournier, maire des Voivres (300 habitants) où il se représente, explique à l'AFP qu'un éventuel départ ne serait pas lié à ce scrutin. "Si je n’arrive pas à faire bouger certaines lignes, il n'y a aucune raison que je reste dans le gouvernement".

"Pronostics" 

Marina Ferrari, confrontée à une crise ouverte au sein du Comité d'organisation des Jeux olympiques de 2030 après trois démissions, n'est pas désireuse de partir.

Reste aussi à savoir si la ministre déléguée auprès du ministre de l'Intérieur Marie-Pierre Vedrenne va payer la cacophonie gouvernementale autour de la naturalisation de l'acteur américain George Clooney et de sa famille.

Le ministre de l'Intérieur, Laurent Nuñez, avait défendu cette décision après les réserves émises par Mme Vedrenne, qui avait dénoncé un "deux poids deux mesures".

Le Premier ministre n'y voit aucune malice, même si cette décision de naturaliser M. Clooney dépend justement des services de Mme Vedrenne.

"Mme Vedrenne travaille très en confiance avec Laurent Nuñez", assure son entourage, qui balaye "des pronostics" sans objet.

La ministre de l'Ecologie Monique Barbut, peu présente dans les médias ou à l'Assemblée nationale, ne cache pas qu'elle n'était pas demandeuse d'entrer au gouvernement et qu'elle n'aurait pas de problème à en sortir.

Mais "vu les séquences qui s’ouvrent, ce serait étrange de retirer celle qui est entrée pour ses compétences internationales", souligne une source ministérielle.

Un conflit l'a opposée récemment à la ministre des Outre-mer Naïma Moutchou sur l'exploitation d'hydrocarbures dans les territoires ultramarins avant que le gouvernement n'arbitre en sa faveur.

 


Macron face à des lycéens: les réseaux sociaux et l'Elysée, ça "mange beaucoup de temps"

Le président français Emmanuel Macron s’adresse à la presse après une rencontre avec des représentants des syndicats agricoles locaux, lors d’une visite à la ferme des frères Py à Vallerois-le-Bois, dans l’est de la France, le 3 février 2026. (AFP)
Le président français Emmanuel Macron s’adresse à la presse après une rencontre avec des représentants des syndicats agricoles locaux, lors d’une visite à la ferme des frères Py à Vallerois-le-Bois, dans l’est de la France, le 3 février 2026. (AFP)
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  • Emmanuel Macron a échangé avec des lycéens de Vesoul sur les rythmes scolaires, les réseaux sociaux et l’usage du téléphone portable à l’école
  • Le président a défendu une limitation des réseaux sociaux et du portable pendant le temps scolaire, tout en promettant de la souplesse

PARIS: Rythmes scolaires, réseaux sociaux et téléphone portable: Emmanuel Macron a échangé mardi avec des lycéens de Vesoul de ses priorités, se confiant au passage sur sa fonction présidentielle qui "mange beaucoup de temps".

Après la visite d'une exploitation agricole de Haute-Saône, le chef de l'Etat est allée à la cantine du lycée général et technologique des Haberges, qui compte 850 élèves.

Assis à une table d'une douzaine d'élèves, il a partagé un plat de saucisse de Morteau et de lentilles en écoutant le récit de leur journées qu'ils jugent trop "chargées".

"Je vous promets qu’on va se battre sur le temps scolaire ", a assuré Emmanuel macron, évoquant les vacances d'été "trop longues" et défendant leur "droit à l'insouciance".

"Qu’est ce que vous pensez de l’interdiction des réseaux sociaux au moins de 15 ans? On va imposer aux plateformes de vérifier l'âge" des utilisateurs, a-t-il ensuite interrogé au sujet de son cheval de bataille de sa fin de mandat, alors qu'un texte a déjà été voté à l'Assemblée nationale avec l'objectif d'une entrée en vigueur en septembre.

Conscients de la place parfois négative des réseaux sociaux dans leur vie - difficultés de concentration, enfermement sur soi-même, contenus violents... -, les lycéens se sont toutefois inquiétés de devoir renoncer totalement au téléphone pendant leur journée de lycée, un autre volet de la loi en discussion.

"Il faut au maximum que le temps scolaire se fasse sans portable" et "le règlement intérieur" des établissements "doit adapter ça", a argumenté le président. "C’est utile, on se rend compte que ça améliore les résultats", a-t-il tenté de les convaincre.

Il leur a promis de la "souplesse" dans l'application de la loi, précisant qu'il n'était "pas pour l'interdiction totale des réseaux sociaux".

Les lycéens ont témoigné de "l'échappatoire" que cela représentait pour eux.

Selon Emmanuel Macron, ces réseaux "ce n'est pas un truc fait pour que vous soyez ensemble, c’est fait pour que vous soyez disponibles pour vous vendre des choses". "C'est du temps de vie qui est mangé", a-t-il insisté.

Deux élèves de BTS attablés à ses côtés, Lucas Bardin et Lilian Fougeroux, ont demandé à M. Macron : "Etes-vous heureux actuellement ?"

"Je me suis battu pour être élu, je suis très fier de ce que j’ai fait", a-t-il répondu. Mais "c'est une fonction qui te mange beaucoup de temps. Je ne peux pas te dire que j'ai une vie équilibrée aujourd'hui, parce que je n'ai pas un temps familial satisfaisant. Mais j'essaie de faire de mon mieux", a-t-il ajouté, songeur.


Leïla Chaouachi, la défense des droits des femmes en héritage

Scientifique, artiste et féministe, elle aime rire et danser autant que venir en aide aux femmes: la docteure en pharmacie franco-tunisienne Leïla Chaouachi, 35 ans, a fait de la soumission chimique, grave "problème de santé publique", son combat. (AFP)
Scientifique, artiste et féministe, elle aime rire et danser autant que venir en aide aux femmes: la docteure en pharmacie franco-tunisienne Leïla Chaouachi, 35 ans, a fait de la soumission chimique, grave "problème de santé publique", son combat. (AFP)
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  • "Nos droits n'ont jamais été offerts: on les a conquis, ils ne seront jamais acquis. C'est une résistance du quotidien"
  • Or "les périodes de restrictions budgétaires sont dangereuses pour les femmes et les enfants", alerte Leïla Chaouachi, dont le regard se voile: "Dès qu'il faut prioriser, leurs droits passent à la trappe"

PARIS: Scientifique, artiste et féministe, elle aime rire et danser autant que venir en aide aux femmes: la docteure en pharmacie franco-tunisienne Leïla Chaouachi, 35 ans, a fait de la soumission chimique, grave "problème de santé publique", son combat.

"Nos droits n'ont jamais été offerts: on les a conquis, ils ne seront jamais acquis. C'est une résistance du quotidien", dit à l'AFP, de sa voix cristalline, l'autrice de "Soumission chimique, pour en finir avec les idées reçues" (JC Lattès), en librairies mercredi.

La soumission chimique est le fait d'administrer à son insu à une personne, 8 fois sur 10 une femme, à des fins criminelles - viol, pédocriminalité - une substance appelée "philtre d'amour" dans les contes, ou "drogue du violeur" (GHB) par le grand public, rappelle-t-elle.

En réalité, c'est très souvent un médicament (benzodiazépines, antihistaminiques, antalgiques, opioïdes...) administré par un proche dans le cadre domestique, comme l'a montré le procès de Mazan, où Dominique Pelicot a été condamné à 20 ans de prison pour avoir drogué son épouse Gisèle afin de la violer et la faire violer par des dizaines d'inconnus.

"Je ne crois pas qu'on pourra un jour faire disparaître les violences. Mais on peut réduire leur impact au maximum et faire en sorte qu'elles ne restent pas impunies: les politiques publiques sont efficaces", estime la pharmacologue, experte auprès de l'Agence du médicament (ANSM) et rapporteure de l'enquête nationale sur la soumission chimique.

Or "les périodes de restrictions budgétaires sont dangereuses pour les femmes et les enfants", alerte Leïla Chaouachi, dont le regard se voile: "Dès qu'il faut prioriser, leurs droits passent à la trappe".

La défense des droits des femmes, la native de Sidi Bou Saïd en a hérité d'une grand-mère cheffe des assistantes sociales au Planning familial à Tunis qu'elle n'a pas connue mais dont elle se sent proche - prénommée Kmar, "la lune", quand Leïla veut dire "la nuit" -, et d'une mère pharmacienne à laquelle sa thèse est dédiée.

Mais aussi d'un père cinéaste qui la met en garde, sans prononcer les mots "drogue" ni "viol", avant sa "première sortie sans les parents" à 14 ans: "Leïla, personne ne t'offre de verre! Si tu laisses ton verre sans surveillance, tu le jettes".

A la fac, l'"électrochoc" d'un cours sur la soumission chimique lui révèle sa vocation. Et sa spécialisation en criminalistique la confronte aux féminicides et infanticides: des corps "noyés, calcinés, mutilés… jusqu'à la nausée".

"Tout appartient aux femmes"

Puis "la vie reprend le pouvoir" et "la joie revient: celle de danser. De chanter. Désinhibée et heureuse", relate-t-elle. Comme à la plateforme d'écoute du Crafs (Centre de référence sur les agressions facilitées par les substances) créée fin 2024, où "la très bonne ambiance n'est pas négociable".

Cinq pharmacologues femmes, dont elle, y répondent aux appels de victimes et de professionnels, et une "forte solidarité" les préserve de récits "extrêmement éprouvants: viols, incestes, violences conjugales...". Parfois la victime se remémore l'agression, parfois non: l'analyse toxicologique confirmera ce que vertiges, nausées, somnolences ont fait soupçonner.

Pianiste, Leïla Chaouachi "s'oxygène" en chantant Anne Sylvestre, Barbara et Brassens dans un "petit récital". Elle écrit aussi et met en scène, avec sa compagnie Orior, des pièces sur les thèmes du genre et du corps.

Mieux former les soignants, exiger une campagne nationale sur l'usage criminel des substances, prôner une "vigilance solidaire"... La tâche est immense et une expérimentation lancée par le gouvernement dans trois régions, donnant accès à des analyses toxicologiques remboursées sans dépôt de plainte préalable, marque un progrès.

Les "alliées" au "travail phénoménal" ne manquent pas: associations, groupes féministes... et personnalités comme Ghada Hatem-Gantzer, gynécologue à l'origine des Maisons des femmes, Caroline Darian (fille de Gisèle Pelicot), fondatrice de l'association M'endors pas, Sandrine Josso, députée qui vient d'obtenir la condamnation de l'ex-sénateur Joël Guerriau pour l'avoir droguée afin de la violer.

Si Leïla Chaouachi ne lâchera jamais, dit-elle, c'est parce que "tout appartient aux femmes: la rue, la nuit, la fête, les rencontres avec les inconnus... pas question d'y renoncer".