Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


L'Elysée a proposé un hommage pour Bardot, la famille n'a pas donné suite

 L'Elysée a proposé à la famille de Brigitte Bardot d'organiser un hommage pour l'icône du cinéma français décédée dimanche mais ses proches n'ont pas donné suite, a indiqué mardi un proche d'Emmanuel Macron. (AFP)
L'Elysée a proposé à la famille de Brigitte Bardot d'organiser un hommage pour l'icône du cinéma français décédée dimanche mais ses proches n'ont pas donné suite, a indiqué mardi un proche d'Emmanuel Macron. (AFP)
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  • Eric Ciotti, président de l'UDR, allié au Rassemblement national dont était proche Brigitte Bardot, a demandé lundi à Emmanuel Macron d'organiser un hommage national, à l'image de celui rendu en 2017 au chanteur Johnny Hallyday
  • Le patron du Parti socialiste, Olivier Faure, tout en saluant "une actrice iconique", a en revanche estimé que les hommages nationaux étaient rendus pour "services exceptionnels à la Nation" et que l'artiste avait "tourné le dos aux valeurs républicaines"

PARIS: L'Elysée a proposé à la famille de Brigitte Bardot d'organiser un hommage pour l'icône du cinéma français décédée dimanche mais ses proches n'ont pas donné suite, a indiqué mardi un proche d'Emmanuel Macron à l'AFP.

"Il y a eu un échange avec la famille avec proposition qu’un hommage ait lieu sans que la famille ne donne suite", a déclaré ce proche, en rappelant qu'une telle démarche correspond à un "usage républicain" et que les hommages sont "systématiquement décidés d'un commun accord avec les proches du défunt".

Eric Ciotti, président de l'UDR, allié au Rassemblement national dont était proche Brigitte Bardot, a demandé lundi à Emmanuel Macron d'organiser un hommage national, à l'image de celui rendu en 2017 au chanteur Johnny Hallyday.

Le patron du Parti socialiste, Olivier Faure, tout en saluant "une actrice iconique", a en revanche estimé que les hommages nationaux étaient rendus pour "services exceptionnels à la Nation" et que l'artiste avait "tourné le dos aux valeurs républicaines".

Emmanuel Macron ne se rendra pas aux obsèques, qui se tiendront dans l’intimité le 7 janvier à Saint-Tropez, a également indiqué le proche du président.

En 2023, l'actrice avait adressé une lettre incendiaire au chef de l'Etat, lui reprochant son manque d'action contre la souffrance animale. "Je suis en colère face à votre inaction, votre lâcheté, votre mépris des Français, qui vous le rendent bien il est vrai", avait-elle notamment écrit.

Après une cérémonie à l'église retransmise sur grands écrans, l'inhumation privée de l'actrice et chanteuse au cimetière marin sera suivie d'"un hommage ouvert à tous les Tropéziens et à ses admirateurs", a précisé la Fondation de Brigitte Bardot, dédiée à la protection des animaux.

"À ce moment-là, tout le monde l'évoquera et partagera ses plus beaux souvenirs avec elle. Ce sera un grand moment de communion, simple, à son image", a précisé mardi la maire de Saint-Tropez, Sylvie Siri, dans une inteview au quotidien local Var-Matin.

"Mon rôle, c'est de lui organiser des obsèques dignes. Il faut tout mettre en œuvre pour que les Tropéziens et les admirateurs puissent se recueillir", a ajouté l'édile.

Interrogée sur le souhait exprimé il y a quelques années par Brigitte Bardot d’être enterrée à la Madrague, sa propriété en bord de mer, Sylvie Siri a affirmé avoir "respecté ses dernières volontés". "Seule la défunte avait décidé de son lieu d’enterrement", a souligné l'élue.

 


Agriculteurs: nouveaux rassemblements, bénédiction de tracteurs dans le Nord

Plusieurs centaines de personnes se sont rassemblées lundi en soutien aux agriculteurs à Cambrai (Nord), où l'archevêque a béni des tracteurs, tandis que des blocages se poursuivent en Occitanie pour protester contre de la gestion de la dermatose nodulaire contagieuse (DNC). (AFP)
Plusieurs centaines de personnes se sont rassemblées lundi en soutien aux agriculteurs à Cambrai (Nord), où l'archevêque a béni des tracteurs, tandis que des blocages se poursuivent en Occitanie pour protester contre de la gestion de la dermatose nodulaire contagieuse (DNC). (AFP)
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  • Les tracteurs ont ensuite quitté Cambrai à la nuit tombante, pour se rendre sur deux ronds points et les bloquer
  • Dans le Pas-de-Calais, quelques dizaines d'agriculteurs prévoient de bloquer à partir de lundi soir une base logistique de Leclerc près d'Arras, en réaction aux propos de Michel-Édouard Leclerc appelant à "promulguer le Mercosur

CAMBRAI: Plusieurs centaines de personnes se sont rassemblées lundi en soutien aux agriculteurs à Cambrai (Nord), où l'archevêque a béni des tracteurs, tandis que des blocages se poursuivent en Occitanie pour protester contre de la gestion de la dermatose nodulaire contagieuse (DNC).

Mgr Vincent Dollmann et plusieurs prêtres ont célébré une messe sur un autel de paille en périphérie de Cambrai, en soutien aux agriculteurs "qui font face à des épreuves".

Il a salué la "dignité" des agriculteurs qui manifestent depuis plusieurs semaines contre l'accord de libre échange du Mercosur ou contre l'abattage systématique de troupeaux de bovins touchés par la DNC.

Une petite centaine de tracteurs ont été mobilisés, arborant des panneaux comme "Mercosur = mort de l'agriculture".

Jean Camier, 24 ans, jeune agriculteur d'Hermies qui doit reprendre l'exploitation familiale d'engraissement de bovins d'ici deux ans, se réjouit d'avoir fait bénir son tracteur et participé à la célébration qui selon lui "montre que tout le monde est avec [eux]".

Si les Hauts-de-France ne sont pas touchés par la DNC, il se dit "de tout cœur" avec les agriculteurs des régions concernées, soulignant avoir "un peu peur que la maladie remonte" vers le nord.

Les tracteurs ont ensuite quitté Cambrai à la nuit tombante, pour se rendre sur deux ronds points et les bloquer.

Dans le Pas-de-Calais, quelques dizaines d'agriculteurs prévoient de bloquer à partir de lundi soir une base logistique de Leclerc près d'Arras, en réaction aux propos de Michel-Édouard Leclerc appelant à "promulguer le Mercosur", a expliqué à l'AFP Louis Lacheré, des Jeunes Agriculteurs.

En Occitanie, plusieurs barrages emblématiques, à Carbonne Haute-Garonne) sur l'A64, Sévérac (Aveyron) ou Le Buisson (Lozère) sur l'A75, tiennent toujours, tandis que d'autres agriculteurs se remobilisent.

Ainsi, à Foix, une douzaine de tracteurs bloquaient depuis lundi midi l'entrée sud du tunnel de contournement de la ville et commençaient à installer un campement, a constaté un correspondant de l'AFP.

"On veut montrer à l’État qu'on est toujours autant mobilisés", a déclaré sur place Sébastien Durand, président de la Coordination rurale (CR) en Ariège. "Il n'y a pas de Noël, il n'y a pas de Premier de l'An; on sera là".

Depuis le début de l'épidémie de DNC en Savoie cet été, l'État tente de contenir la propagation par un abattage systématique des troupeaux touchés, la vaccination et les restrictions de mouvements.

Cette gestion fortement contestée par certains agriculteurs, notamment de la CR (deuxième syndicat agricole, classé à droite, voire à l’extrême droite) et de la Confédération paysanne (troisième, classé à gauche).

 


Colère agricole en France: Macron reçoit les syndicats, des blocages persistent

Des tracteurs lors d'une manifestation organisée par le syndicat agricole Coordination Rurale près du Mont-Saint-Michel, dans le nord-ouest de la France, le 18 décembre 2025. (AFP)
Des tracteurs lors d'une manifestation organisée par le syndicat agricole Coordination Rurale près du Mont-Saint-Michel, dans le nord-ouest de la France, le 18 décembre 2025. (AFP)
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  • Emmanuel Macron a reçu les syndicats agricoles, opposés à l’accord UE-Mercosur, dans un contexte de forte colère liée aux crises sanitaires, notamment la dermatose bovine
  • Les blocages routiers se poursuivent dans le Sud-Ouest, alors que de nouveaux cas de la maladie sont confirmés et que la mobilisation agricole se prolonge

PARIS: Le président français Emmanuel Macron a reçu mardi les syndicats agricoles pour parler de l'accord UE-Mercosur, auquel ils sont opposés, tandis que des axes routiers sont toujours bloqués pour protester contre le traitement par les autorités de l'épizootie de dermatose bovine.

"L'objet du rendez-vous, c'était d'essayer d'éteindre un peu le feu qui est partout dans les campagnes", a souligné Stéphane Galais, porte-parole national de la Confédération paysanne - un syndicat classé à gauche -, à la sortie de la rencontre, ajoutant qu'il fallait pour cela "des mesures structurelles fortes".

Les syndicats disent avoir par ailleurs rappelé au chef de l'Etat "l'extrême tension" et la "colère" du monde agricole et que des réponses étaient attendues "dès les premiers jours de janvier" sur le Mercosur mais aussi sur les crises sanitaires, au premier rang desquelles la dermatose bovine et la grippe aviaire.

C'était la première rencontre entre le chef de l'Etat et les syndicats agricoles depuis début décembre et l'amorce de la crise qui secoue l'élevage français, face à la dermatose nodulaire contagieuse (DNC).

C'était aussi la première depuis l'annonce, jeudi dernier, du report a priori au 12 janvier de la signature du traité décrié entre l'UE et des pays du Mercosur.

Cet accord faciliterait l'entrée en Europe de viande, sucre, riz, miel et soja sud-américains, ce qui inquiète les filières concernées, lesquelles affirment que ces produits ne respectent pas les mêmes normes que les produits européens.

L'accord permettrait en revanche aux Européens d'exporter davantage de véhicules, machines, vins et spiritueux en Amérique du Sud.

Sur le terrain, la mobilisation a connu un léger regain mardi (53 actions mobilisant 1.600 personnes, selon le ministère de l'Intérieur) par rapport à lundi (35 actions mobilisant 1.200 personnes), mais elle reste nettement inférieure à celle de la semaine dernière (110 actions jeudi).

Certains agriculteurs sont mobilisés depuis plus de 10 jours, notamment contre l'abattage total des troupeaux dans lesquels des cas de DNC sont détectés dans le Sud-Ouest.

Mardi, le ministère de l'Agriculture a confirmé un nouveau cas de la maladie en Haute-Garonne, portant le bilan total à 115 foyers enregistrés depuis juin en France. Ce dernier troupeau concerné a été abattu.

Dans le Sud-Ouest, des blocages d'autoroute étaient notamment maintenus sur l'A63 près de Bordeaux ou sur l'A64 au sud de Toulouse ou près de Bayonne.

Au sud de Bordeaux, les manifestants de la branche locale du syndicat Coordination rurale - classé à droite - ont dit vouloir organiser un réveillon et une messe de Noël mercredi soir sur leur barrage, à l'instar des agriculteurs mobilisés près de Toulouse.