Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Budget: des chiffrages en cours pour la surtaxe des bénéfices des entreprises, dit Roland Lescure

Le ministre français de l'Économie et des Finances, Roland Lescure (au centre), s'exprime lors d'un examen solennel et d'un vote sur le projet de loi de finances rectificative présenté par le gouvernement afin de continuer à financer provisoirement l'État et les administrations, au Sénat, la chambre haute du Parlement français, à Paris, le 23 décembre 2025. (AFP)
Le ministre français de l'Économie et des Finances, Roland Lescure (au centre), s'exprime lors d'un examen solennel et d'un vote sur le projet de loi de finances rectificative présenté par le gouvernement afin de continuer à financer provisoirement l'État et les administrations, au Sénat, la chambre haute du Parlement français, à Paris, le 23 décembre 2025. (AFP)
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  • Roland Lescure indique que le gouvernement finalise les chiffrages pour une éventuelle surtaxe sur les bénéfices des grandes entreprises, en négociation avec le Sénat, tandis que l’opposition et le PS réclament des montants différents
  • La prime d’activité sera augmentée de 50 € en moyenne pour plus de trois millions de ménages, et le gouvernement décidera bientôt de recourir au 49.3 ou à une ordonnance pour faire passer le budget

PARIS: Le ministre de l'Economie et des Finances Roland Lescure a évoqué samedi des chiffrages en cours au sujet d'une éventuelle surtaxe des bénéfices des grandes entreprises samedi, une mesure réclamée par le parti socialiste mais repoussée à l'Assemblée.

"On est en train encore de caler les derniers chiffrages. Pourquoi? Parce qu'on est encore en train de négocier avec les groupes parlementaires du Sénat l'évolution des dépenses des collectivités locales", a commenté le ministre sur France info, rappelant que la mesure figurait dans le budget initial du gouvernement. "Ce n'est pas seulement une demande du PS", a-t-il ajouté.

Lors de son allocution vendredi, le Premier ministre Sébastien Lecornu n'a rien dit de cette éventuelle surtaxe sur les bénéfices des entreprises, censée aider à la négociation avec le PS mais repoussée à l'Assemblée.

Opposés à cette mesure, les groupes LR et Renaissance n'ont pas apporté leur soutien à un amendement du gouvernement jeudi, qui aurait porté le rendement de la surtaxe à 6,3 milliards d'euros, contre 8 milliards en 2025 et 4 milliards dans le projet de loi initial du gouvernement pour 2026.

Les socialistes réclamaient quant à eux le maintien de la surtaxe à 8 milliards. Début janvier, Roland Lescure avait plaidé pour la réintroduction de cette surtaxe à l'Assemblée, après sa suppression au Sénat, nécessaire au compromis, selon lui.

"On est en train de caler ça. Donc on aura l'occasion de vous donner les chiffres exacts dans les 2-3 jours qui viennent au maximum", a précisé le ministre de l'Economie samedi.

M. Lescure a par ailleurs confirmé l'augmentation de 50 euros en moyenne de la prime d'activité, un complément de revenu versé aux travailleurs à revenus modestes, pour plus de trois millions de ménages, une mesure annoncée par le Premier ministre vendredi.

"Il y avait des économies prévues sur la prime d'activité (...) Tout ça, c'est terminé. Mais il y a en plus une hausse de la prime d'activité qui fait à peu près 50 euros pour quelqu'un qui gagne le SMIC", a expliqué Roland Lescure.

Le gouvernement doit trancher d'ici mardi entre un recours au 49.3 ou à une ordonnance budgétaire pour tenter de faire passer le projet de budget sans vote.

"Le vote du budget, j'allais dire traditionnel, est malheureusement proscrit du fait de la manière dont les débats se sont produits. Moi, j'ai été élu à l'Assemblée nationale. Je préfère toujours que l'Assemblée nationale puisse se prononcer. Et on verra dans les heures qui viennent ce qu'on décide", a répondu Roland Lescure, interrogé sur l'option qui sera retenue par le gouvernement.


France: le gouvernement abat ses dernières cartes pour arracher un budget

Le ministre français de l'Économie et des Finances, Roland Lescure, prononce un discours lors du débat sur le projet de loi de finances pour l'année 2026 à l'Assemblée nationale, la chambre basse du Parlement français, à Paris, le 13 janvier 2026. (AFP)
Le ministre français de l'Économie et des Finances, Roland Lescure, prononce un discours lors du débat sur le projet de loi de finances pour l'année 2026 à l'Assemblée nationale, la chambre basse du Parlement français, à Paris, le 13 janvier 2026. (AFP)
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  • Sébastien Lecornu est engagé dans une phase décisive de négociations avec les socialistes pour faire adopter le budget 2026 et éviter une censure, dans un contexte d’impasse parlementaire
  • Faute d’accord, le gouvernement devra choisir entre le recours au 49.3 ou une ordonnance budgétaire inédite, au risque de provoquer une crise politique et d’éventuelles législatives anticipées

PARIS: Le premier ministre Sébastien Lecornu, nommé en octobre pour sortir de l'impasse budgétaire dans laquelle la France se trouve depuis des mois, entre dans la toute dernière ligne droite pour trouver un accord sur le budget 2026 avec les socialistes qui lui éviterait une censure, se résignant à une adoption sans vote.

Il s'exprimera "en fin de journée depuis Matignon afin de présenter les éléments de fond pour construire le contenu d'un accord sur le projet de loi de finances pour l'année 2026", a fait savoir vendredi matin son entourage.

Le chef du gouvernement s'est donné jusqu'à mardi pour trouver une solution acceptable aux yeux du parti socialiste (PS) qui l'a jusqu'à présent épargné. Sur le fond mais aussi sur la forme, les deux outils constitutionnels à sa disposition - article 49.3 ou ordonnance (article 47) - étant perçus par ses opposants comme des "passages en force".

Le gouvernement a pris jeudi soir la décision de suspendre les interminables débats budgétaires à l'Assemblée nationale. Un coup de théâtre justifié par l'impossibilité d'aller à un vote sur le budget de l'État.

Le Premier ministre, qui s'est rendu vendredi matin à l'Élysée pour rencontrer le président Emmanuel Macron, a averti qu'un renversement de son gouvernement serait quasi automatiquement synonyme d'élections législatives anticipées qui pourraient coïncider avec les municipales (15 et 22 mars).

- "Saboteurs" -

"On a donné toutes ses chances au débat" mais "nous avons des saboteurs à l'Assemblée nationale", la France insoumise (LFI, gauche radicale) et le Rassemblement national (RN, extrême droite), a accusé à la télévision la ministre des Comptes publics Amélie de Montchalin, en première ligne dans les discussions avec les forces politiques qu'elle a déjà réunies à plusieurs reprises.

La ministre a esquissé quelques pistes de propositions du gouvernement, sur les collectivités locales, en attente d'engagements financiers à quelques semaines des élections municipales, ou la fiscalité.

Pour le cadre général, Matignon a prévenu qu'il souhaitait arriver à un déficit de 5% maximum du PIB, déplorant qu'il atteigne "à ce stade" 5,3%.

Une fois les propositions sur la table, le chef du gouvernement va devoir trancher sur la manière de les faire entrer dans la loi.

Les discussions budgétaires sont théoriquement censées reprendre mardi après-midi, et le Premier ministre devrait donc avoir d'ici là choisir de recourir soit à l'article 49.3, soit à une ordonnance budgétaire.

Amélie de Montchalin a dit qu'elle n'avait "pas de préférence" mais qu'elle souhaitait "de la stabilité et un budget".

Un recours à l'article 49.3, auquel Sébastien Lecornu avait solennellement renoncé à la demande du PS pour éviter une censure, permettrait au gouvernement de faire passer un budget sans vote en retenant les amendements de son choix.

- "Heures décisives" -

Mais il devrait l'utiliser potentiellement trois fois (sur les dépenses, les recettes, puis sur l'ensemble du texte), s'exposant à chaque fois à une censure.

L'ordonnance budgétaire, c'est-à-dire la traduction du budget dans un texte qui n'a pas besoin de passer devant le Parlement, serait inédite, et constituerait un précédent potentiellement lourd de conséquences.

Sauf que, contrairement au 49.3, elle permettrait de doter le pays d'un budget même si le gouvernement devait être censuré par la suite.

Le député socialiste Emmanuel Grégoire a jugé à la télévision "inacceptable" le recours à une ordonnance qui voudrait dire "forcément censure, puisque sur les ordonnances il ne peut pas y avoir d'amendements, d'enrichissement" du texte.

Sur le 49.3, "ça dépend évidemment de la copie finale" et des propositions du gouvernement, a-t-il estimé. "Et donc nous allons vivre évidemment des heures décisives".

Pour Sébastien Lecornu, comme pour les socialistes, un recours au 49.3 aurait un goût amer. Son abandon était un marqueur d'action du Premier ministre et, pour le PS, le signe d'un retour au parlementarisme.


Municipales à Paris: Dati promet de simplifier les démarches des entreprises

Rachida Dati, candidate de la droite à la mairie de Paris, a promis jeudi de simplifier les démarches administratives des entreprises et d'oeuvrer à mieux répartir le tourisme dans la capitale afin d'éviter l'effet "Tour Eiffel". (AFP)
Rachida Dati, candidate de la droite à la mairie de Paris, a promis jeudi de simplifier les démarches administratives des entreprises et d'oeuvrer à mieux répartir le tourisme dans la capitale afin d'éviter l'effet "Tour Eiffel". (AFP)
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  • La candidate dresse le constat de "difficultés croissantes pour circuler dans Paris", d'une "dégradation du cadre de vie qui pousse les talents à quitter la capitale", d'une "insécurité en hausse", et d'une "lourdeur administrative pesante"
  • Pour lutter contre la vacance commerciale, Rachida Dati promet d'engager un audit afin d'identifier les zones où le commerce de proximité est en difficulté

PARIS: Rachida Dati, candidate de la droite à la mairie de Paris, a promis jeudi de simplifier les démarches administratives des entreprises et d'oeuvrer à mieux répartir le tourisme dans la capitale afin d'éviter l'effet "Tour Eiffel".

"L’attractivité économique d’une ville est un sujet essentiel. Sans commerces, sans entrepreneurs, sans travailleurs, une ville se meurt", assure la maire du VIIe arrondissement dans une interview au quotidien L'Opinion, jugeant que Paris "n'est plus une ville où les choses se passent".

La candidate dresse le constat de "difficultés croissantes pour circuler dans Paris", d'une "dégradation du cadre de vie qui pousse les talents à quitter la capitale", d'une "insécurité en hausse", et d'une "lourdeur administrative pesante".

Pour lutter contre la vacance commerciale, Rachida Dati promet d'engager un audit afin d'identifier les zones où le commerce de proximité est en difficulté.

A l'image du "choc de simplification" appelé de ses voeux par le gouvernement, elle souhaite instaurer des "guichets uniques" pour les entreprises afin d'alléger les procédures d'implantation, de rénovation mais aussi d'occupation temporaire du domaine public (terrasses, travaux sur rue, étalages, etc).

"J’ai rencontré le cas d’un commerçant qui avait eu douze interlocuteurs pour faire enlever un horodateur mis en plein milieu de sa terrasse. C’est la maison des fous !", s'indigne-t-elle.

Pour mieux concilier travaux de voirie et activité commerciale, Mme Dati promet aussi d'accompagner chaque aménagement d'une étude d'impact et assure qu'une entreprise ne respectant pas les calendriers de travaux écopera de pénalités ainsi que d'un malus pour les prochains appels d'offres.

Prônant un tourisme "qualitatif", la candidate LR dit souhaiter qu'il soit "mieux réparti sur l'ensemble de la capitale", ce qui suppose de "mieux valoriser l'ensemble de nos monuments et quartiers" afin de "sortir de l’effet Tour Eiffel".

Elle propose aussi d'inciter les touristes à dépenser plus en engageant une expérimentation pour abaisser de 100 euros à 50 euros le seuil de détaxe pour les achats réalisés dans les commerces parisiens.

La ministre de la Culture, qui ne se prononce pas sur un éventuel départ du gouvernement, met également en garde contre la multiplication des candidatures à droite et au centre.

"C'est non seulement empêcher l’alternance à Paris, mais aussi prendre le risque que Paris soit dirigé demain par une gauche extrême, encore plus dure et idéologique que la majorité sortante", assure-t-elle.