Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Macron se rendra au Vatican les 9 et 10 avril pour rencontrer Léon XIV

Le président français Emmanuel Macron s'exprime lors d'une conférence de presse avec la Première ministre japonaise Sanae Takaichi au palais d'Akasaka à Tokyo, le 1er avril 2026. (AFP)
Le président français Emmanuel Macron s'exprime lors d'une conférence de presse avec la Première ministre japonaise Sanae Takaichi au palais d'Akasaka à Tokyo, le 1er avril 2026. (AFP)
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  • Les discussions porteront sur les défis liés à l’actualité internationale, en présence de Brigitte Macron

PARIS: Emmanuel Macron se rendra les 9 et 10 avril au Vatican où il rencontrera pour la première fois le pape Léon XIV, a annoncé mercredi la présidence française.

Le chef de l'Etat, accompagné de son épouse Brigitte, abordera notamment "les défis soulevés par l'actualité internationale", a souligné la présidence française.


Carburants: Lecornu veut utiliser le "surplus" de recettes fiscales pour décarboner l'économie

Le Premier ministre français Sébastien Lecornu réagit lors d’une séance de questions au gouvernement à l’Assemblée nationale, à Paris, le 31 mars 2026. (AFP)
Le Premier ministre français Sébastien Lecornu réagit lors d’une séance de questions au gouvernement à l’Assemblée nationale, à Paris, le 31 mars 2026. (AFP)
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  • Le gouvernement français privilégie une stratégie à long terme : utiliser les surplus fiscaux liés à la hausse des carburants pour accélérer l’électrification, plutôt que baisser immédiatement les taxes
  • La flambée des prix de l’énergie alimente un fort débat politique : l’opposition réclame baisses de taxes, plafonnement ou aides ciblées, tandis que l’exécutif maintient une ligne de rigueur budgétaire et d’aides limitées

PARIS: Les carburants sont le gros morceau d'une réunion mercredi du gouvernement de Sébastien Lecornu, qui promet d'utiliser certaines des recettes fiscales supplémentaires liées à la flambée des prix pour électrifier l'économie et maintient sa prudence sur des mesures massives d'allègement à court terme de la facture des usagers.

L'envolée des prix de l'énergie devient un thème politique de plus en plus brûlant après plus d'un mois de guerre au Moyen-Orient et dans un climat de pré-campagne présidentielle.

Avant cette réunion au parfum de Conseil des ministres qui a débuté à Matignon à 10H30, le chef du gouvernement a donné "instruction" à ses ministres d'identifier les actions prioritaires pour électrifier l'économie et moins dépendre des hydrocarbures importés. Il a suggéré de les financer par les "surplus" des recettes fiscales générées par la hausse des prix des carburants.

Le ministre de l'Economie Roland Lescure est ainsi chargé de mettre en place, dans les prochaines semaines, une offre de location de véhicules électriques "dédiée à certaines professions" qui utilisent beaucoup leur voiture pour aller travailler, comme les infirmiers libéraux ou les aides-soignants.

De son côté, la porte-parole du gouvernement et ministre déléguée à l'Energie Maud Bregeon s'est défendue de l'idée d'un Etat "profiteur" de crise, ce dont l'accuse le Rassemblement national.

"L'Etat ne s'enrichit jamais sur le dos d'une crise, parce qu'entre la perte de croissance, la perte de consommation, les aides que vous déployez (...), vous n'êtes jamais gagnant" mais s'il existe des surplus ponctuels, "ils doivent aller sur ces réponses structurelles", a-t-elle expliqué sur TF1.

- "Long terme" -

Il s'agit d'une réponse de "long terme", a-t-elle assumé, en indiquant que "moins de 10%" des stations-service rencontraient actuellement des problèmes d'approvisionnement.

Le gouvernement peine à répondre à la flambée des prix à la pompe qui grimpent au fur et à mesure que la guerre au Moyen-Orient se prolonge.

Il a jusqu'ici refusé de réduire la fiscalité sur les carburants, mesure demandée par le RN.

A droite, le chef des députés LR Laurent Wauquiez a réclamé sur France 2 que le surplus de recettes fiscales, qu'il évalue "entre deux et trois milliards" d'euros depuis le début de la crise soit "redonné aux automobilistes sous forme de baisse de taxes".

Marine Le Pen pour le RN a manié l'ironie sur X. "Je croyais qu’il n’y avait pas de +surplus+ fiscal ?" et "qu’il n’existait aucun risque de pénurie ?".

A gauche, La France insoumise réclame le blocage des prix, comme le Parti communiste. "On doit plafonner les prix à 1,60 euros le temps que la crise passe", a plaidé sur France Inter son secrétaire national Fabien Roussel.

Le Parti socialiste demande de son côté "des mesures ciblées sur les ménages les plus vulnérables".

Le prix du litre de gazole a battu un record absolu la semaine dernière. Et le SP95-110, l'essence la plus consommée, a atteint mercredi la barre symbolique des 2 euros le litre.

- "Sur-profits" -

Contraint à la discipline budgétaire pour maintenir le déficit à 5% du Produit intérieur brut cette année, l'exécutif refuse de baisser les taxes sur les carburants, une mesure réclamée par le RN jugée trop onéreuse.

Afin de pallier les difficultés de trésorerie des secteurs les plus touchés - pêche, agriculture, transports -, il a seulement concédé des aides "ciblées", éventuellement reconductibles, représentant au total près de 70 millions d'euros mensuels.

Sans pour autant calmer les transporteurs, décidés à se mobiliser toute la semaine, ni les agriculteurs dont le premier syndicat, la FNSEA, a été reçu lundi par Sébastien Lecornu, qui a promis de nouvelles aides si le conflit s'éternisait.

Malgré une baisse plus forte qu'attendue du déficit en 2025, à 5,1% au lieu de 5,4%, Sébastien Lecornu a prévenu qu'il voulait tenir l'effort de maîtrise des finances publiques en 2026 "quoi qu'il arrive", laissant peu d'espoir à ceux qui réclament davantage de soutien, à l'instar des syndicats qui ont remis de la pression mardi.

L'ONG Greepeace a accusé dans une étude publiée mercredi, les compagnies pétrolières de réaliser plus de 80 millions d'euros de "sur-profits" par jour, dans les pays de l'UE depuis le début de la guerre, grâce à une augmentation de leurs marges.

Outre les carburants, les ministres discuteront du calendrier parlementaire, très restreint pour cause d'élections sénatoriales en septembre, et de mesures de simplification visant à rendre l'Etat plus efficace.

Avant d'être rattrapé par l'énergie, le chef du gouvernement avait prévu, à la sortie des municipales, d'axer son discours sur le régalien: l'effort militaire, la sécurité et la justice.


Immigration clandestine: Londres et Paris prolongent un accord, le temps de finaliser leurs négociations

Londres et Paris vont prolonger de deux mois leur accord de coopération sur les contrôles de traversées de migrants par la Manche vers le Royaume-Uni, a annoncé mardi le Home Office britannique, en attendant de finaliser des négociations difficiles sur un nouveau partenariat. (AFP)
Londres et Paris vont prolonger de deux mois leur accord de coopération sur les contrôles de traversées de migrants par la Manche vers le Royaume-Uni, a annoncé mardi le Home Office britannique, en attendant de finaliser des négociations difficiles sur un nouveau partenariat. (AFP)
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  • "Alors que les négociations en vue de la finalisation d'un accord franco-britannique amélioré se poursuivent, les contrats opérationnels ont été prolongés de deux mois afin de fournir des capacités françaises en matière de maintien de l'ordre"
  • Pour cela, Londres va fournir un financement de 16,2 millions de livres (18,5 millions d'euros)

LONDRES: Londres et Paris vont prolonger de deux mois leur accord de coopération sur les contrôles de traversées de migrants par la Manche vers le Royaume-Uni, a annoncé mardi le Home Office britannique, en attendant de finaliser des négociations difficiles sur un nouveau partenariat.

Le traité de Sandhurst, signé en 2018 entre Londres et Paris, prévoit que le Royaume-Uni finance une partie des actions menées par la France pour sécuriser la frontière, car c'est sur le sol français que se déroulent les contrôles des personnes en partance pour le Royaume-Uni.

Il avait été prolongé de trois ans en 2023, et devait expirer ce mardi à minuit.

Depuis des mois, les deux gouvernements négocient âprement une nouvelle prolongation, mais sont en désaccord sur les objectifs la future contribution financière du Royaume-Uni.

"Alors que les négociations en vue de la finalisation d'un accord franco-britannique amélioré se poursuivent, les contrats opérationnels ont été prolongés de deux mois afin de fournir des capacités françaises essentielles en matière de maintien de l'ordre et de surveillance", a indiqué mardi le ministère britannique de l'Intérieur dans un communiqué.

Pour cela, Londres va fournir un financement de 16,2 millions de livres (18,5 millions d'euros), a-t-il précisé.

Depuis 2023, le Royaume-Uni a versé 540 millions d'euros à la France dans le cadre du traité, selon Paris.

L'an passé, 41.472 migrants ont entrepris la traversée périlleuse de la Manche depuis la France, soit le deuxième nombre le plus élevé après le record de 45.774 enregistré en 2022, selon les données du Home Office. Au moins 29 migrants ont péri en mer en 2025, selon un comptage effectué par l'AFP à partir de sources officielles françaises et britanniques.

Le gouvernement travailliste de Keir Starmer est sous pression pour réduire ces traversées, dans un contexte de montée du parti anti-immigration Reform UK de Nigel Farage.

"Notre collaboration avec la France a permis d'empêcher 42.000 tentatives de traversées de la Manche par des migrants illégaux", a rappelé mardi la ministre britannique de l'Intérieur Shabana Mahmood, citée dans le communiqué.

Selon plusieurs médias britanniques, Londres souhaiterait conditionner le versement d'une contribution financière à l'atteinte d'un objectif d'interception d'embarcations supérieur à celui constaté actuellement.

La France s'y oppose, mettant en avant le droit international de la mer qui donne la priorité à la sécurité des embarcations et de leurs passagers.