Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Algérie: les derniers obstacles judiciaires levés avant une possible grâce de Gleizes

Toutes les procédures judiciaires en Algérie dans l'affaire Christophe Gleizes sont "closes", ont annoncé ses avocats mercredi, estimant que la voie est dégagée pour que le président Tebboune accorde sa grâce au journaliste sportif français qui purge une peine de sept ans de prison. (AFP)
Toutes les procédures judiciaires en Algérie dans l'affaire Christophe Gleizes sont "closes", ont annoncé ses avocats mercredi, estimant que la voie est dégagée pour que le président Tebboune accorde sa grâce au journaliste sportif français qui purge une peine de sept ans de prison. (AFP)
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  • Le journaliste sportif français avait été arrêté en mai 2024 en Kabylie (nord-est) où il réalisait un reportage sur la JSK, une prestigieuse équipe de foot, puis condamné en juin 2025 à sept ans de prison pour "apologie du terrorisme"
  • Il avait retiré en mars un pourvoi en cassation et le dernier obstacle à une éventuelle grâce présidentielle résidait dans le pourvoi déposé par le procureur général

ALGER: Toutes les procédures judiciaires en Algérie dans l'affaire Christophe Gleizes sont "closes", ont annoncé ses avocats mercredi, estimant que la voie est dégagée pour que le président Tebboune accorde sa grâce au journaliste sportif français qui purge une peine de sept ans de prison.

Les avocats Amirouche Bakouri et Emmanuel Daoud ont fait savoir dans un communiqué sur Facebook que la Cour de cassation avait "définitivement statué" sur ce dossier en date du 25 mai. Elle a "pris acte du désistement du pourvoi" de M. Gleizes et a "rejeté au fond" un autre recours introduit par le parquet.

Le journaliste sportif français avait été arrêté en mai 2024 en Kabylie (nord-est) où il réalisait un reportage sur la JSK, une prestigieuse équipe de foot, puis condamné en juin 2025 à sept ans de prison pour "apologie du terrorisme", une peine confirmée en appel en décembre dernier.

Il avait retiré en mars un pourvoi en cassation et le dernier obstacle à une éventuelle grâce présidentielle résidait dans le pourvoi déposé par le procureur général.

"Le débat juridictionnel étant désormais clos, l'avenir de Christophe Gleizes relève à présent des prérogatives discrétionnaires du président" Abdelmajid Tebboune, ont ajouté les avocats à propos de la grâce du journaliste réclamée par sa famille.

L'avocat algérien et son collègue français ont dit exprimer "formellement le voeu" qu'une "mesure de grâce présidentielle soit accordée dans les plus brefs délais afin d'apporter un dénouement rapide et humain à cette affaire".

En Algérie, les présidents accordent traditionnellement leurs grâces lors des fêtes religieuses musulmanes et aussi à l'occasion de la fête du 5 juillet, qui célèbre l'indépendance du pays acquise au terme de 132 ans de colonisation française et huit années d'une guerre sanglante (1954-1962).

"Seule issue" 

"Nous attendions cette nouvelle depuis (...) mi-mars et nous en sommes particulièrement heureux", a déclaré à l'AFP Sylvie Godard, la mère du journaliste.

Le sort de M. Gleizes, qui fait partie de nombreux sujets de tension entre Paris et Alger, a encore été évoqué ce lundi lors d'une rencontre à Paris entre le ministre de l'Intérieur algérien Saïd Sayoud et son homologue français Laurent Nuñez.

Une crise profonde avait éclaté à l'été 2024 entre les deux pays lorsque Paris avait apporté son soutien à un plan d'autonomie sous "souveraineté marocaine" pour le territoire disputé du Sahara occidental. L'Algérie, qui soutient les indépendantistes du Front Polisario, avait immédiatement rappelé son ambassadeur en France.

La crise s'était aggravée avec l'arrestation en novembre 2024 de l'écrivain franco-algérien Boualem Sansal (gracié en novembre 2025), puis la mise en examen en avril 2025 d'un agent consulaire algérien accusé d'être impliqué dans l'enlèvement en France d'un influenceur algérien, Amir DZ.

Cette affaire avait conduit à l'expulsion réciproque d'une douzaine de diplomates et agents consulaires et au rappel de l'ambassadeur Stéphane Romatet.

Un dégel a été amorcé depuis février, marqué par le retour de l'ambassadeur à Alger et les visites en Algérie de trois ministres français.

La décision de la Cour de cassation "ouvre la voie à une grâce présidentielle, seule issue pour le drame humain que vivent Christophe Gleizes et sa famille", a indiqué à l'AFP Thibaut Bruttin, directeur général de Reporters sans frontières (RSF), qui chapeaute le comité de soutien à Christophe Gleizes.

"A quelques jours du coup d'envoi de la Coupe du monde", qui démarre le 11 juin aux Etats-Unis, au Mexique et au Canada, "il est indispensable que Christophe retrouve les siens et la tribune presse des stades", a-t-il ajouté.


Programmation militaire: Lecornu appelle le Parlement à «trouver une solution» après un vote inattendu au Sénat

Le Premier ministre Sébastien Lecornu a reconnu faire face à un "vrai problème" après un vote inattendu au Sénat, qui a supprimé une rallonge budgétaire allouée aux armées d'ici 2030, appelant les parlementaires à "trouver une solution". (AFP)
Le Premier ministre Sébastien Lecornu a reconnu faire face à un "vrai problème" après un vote inattendu au Sénat, qui a supprimé une rallonge budgétaire allouée aux armées d'ici 2030, appelant les parlementaires à "trouver une solution". (AFP)
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  • "On parle d'un sujet grave qui est le sujet militaire (...) Il faut une trajectoire qui soit soutenable. Le vrai problème au moment où on se parle, c'est qu'il n'y a plus de trajectoire dans le texte"
  • "Il faut que les parlementaires trouvent une solution mais je laisse les débats se faire. J'ai l'habitude, avec ce qui se passe à l'Assemblée nationale, d'être calme"

PARIS: Le Premier ministre Sébastien Lecornu a reconnu faire face à un "vrai problème" après un vote inattendu au Sénat, qui a supprimé une rallonge budgétaire allouée aux armées d'ici 2030, appelant les parlementaires à "trouver une solution".

Interrogé sur Public Sénat en marge de la séance de Questions au gouvernement, le locataire de Matignon a promis de "laisse(r) les débats se faire" sur l'actualisation de la loi de programmation militaire (LPM).

Le Sénat a terminé l'examen de ce texte mercredi soir, avant un vote solennel prévu le 9 juin.

Mais dans la nuit de mardi à mercredi, le gouvernement a essuyé un contretemps non négligeable avec la suppression d'un article phare du projet de loi, celui qui actait la trajectoire budgétaire d'ici 2030 en portant à 436 milliards d'euros les dépenses militaires, soit 36 milliards supplémentaires par rapport à la dernière loi de programmation (2023).

La droite sénatoriale souhaitait en effet obtenir 14 milliards supplémentaires pour les armées, mais elle a été battue sur ce point dans l'hémicycle et a répliqué dans la foulée en obtenant le rejet pur et simple de l'article fixant la feuille de route sur les prochaines années.

"On parle d'un sujet grave qui est le sujet militaire (...) Il faut une trajectoire qui soit soutenable. Le vrai problème au moment où on se parle, c'est qu'il n'y a plus de trajectoire dans le texte", s'est inquiété le Premier ministre.

"Il faut que les parlementaires trouvent une solution mais je laisse les débats se faire. J'ai l'habitude, avec ce qui se passe à l'Assemblée nationale, d'être calme", a-t-il ajouté.

La trajectoire budgétaire et l'enveloppe de 36 milliards, soutenues très largement à l'Assemblée nationale ces derniers jours, pourront en effet être rétablies par la suite dans la procédure parlementaire, notamment lors d'une commission mixte paritaire (CMP). Cette réunion de conciliation entre députés et sénateurs doit être convoquée après le vote du Sénat.

La droite en "désaccord profond" 

Lors d'une conférence de presse tenue au même moment, la droite sénatoriale a défendu sa position. Le président LR de la commission de la Défense Cédric Perrin a assuré avoir voulu "acter un désaccord profond avec le gouvernement".

"Nous avons considéré que 436 milliards n'étaient pas suffisants pour assurer la sécurité de la France", a-t-il ajouté, promettant "d'aller au bout de la négociation" au Parlement sur ce texte gouvernemental.

La ministre des Armées Catherine Vautrin a appelé sur X les parlementaires à opter pour un "cadre financier ambitieux et robuste, c’est-à-dire réaliste" et à "faire le choix de l'accélération soutenable du réarmement" lors de la CMP.

La loi de programmation militaire, qui fixe les grandes orientations et les moyens des armées françaises, n'est toutefois pas contraignante pour le gouvernement, le budget des armées devant être voté chaque année au Parlement dans le projet de loi de finances.

Les sénateurs ont terminé mercredi l'examen de ce texte dans le calme, validant notamment la création d'un régime d'exception en cas de menace "grave et actuelle", dispositif décrié par une partie de la gauche.

Ils ont aussi approuvé la transformation de la Journée défense et citoyenneté (JDC) en une "Journée de mobilisation", supprimant néanmoins la nécessité pour les jeunes de réaliser en parallèle un examen médical, une mesure défendue par le gouvernement pour permettre de disposer d'une "photographie" de l'état de santé d'une classe d'âge entière.

Autre mesure adoptée, la création du nouveau service national militaire et volontaire, d'une durée de dix mois, dont la campagne de recrutement a démarré en janvier.


Emmanuel Macron salue en Edgar Morin un «destin exceptionnel dans le siècle»

Emmanuel Macron a salué mercredi, lors d'un hommage national aux Invalides au philosophe et sociologue Edgar Morin, mort à 104 ans, "un destin exceptionnel dans le siècle" qui ne céda jamais à "la vérité d'un seul camp". (AFP)
Emmanuel Macron a salué mercredi, lors d'un hommage national aux Invalides au philosophe et sociologue Edgar Morin, mort à 104 ans, "un destin exceptionnel dans le siècle" qui ne céda jamais à "la vérité d'un seul camp". (AFP)
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  • "Cette énergie française, généreuse, ambitieuse, universelle, va continuer de renaître", a assuré Emmanuel Macron dans un discours d'un peu moins de quinze minutes ponctué d'un "Merci Edgar"
  • Edgar Morin était l'auteur d'une œuvre très diverse, connue bien au-delà de la France et qui se voulait une réflexion sur l'Homme à partir des données de la science

PARIS: Emmanuel Macron a salué mercredi, lors d'un hommage national aux Invalides au philosophe et sociologue Edgar Morin, mort à 104 ans, "un destin exceptionnel dans le siècle" qui ne céda jamais à "la vérité d'un seul camp".

"C'est un destin exceptionnel dans le siècle", "un humaniste planétaire certes, mais irréductiblement français toujours pour ses combats de liberté (..) d'égalité, d'émancipation, de fraternité aussi avec tous les peuples privés de leurs droits", a lancé le chef de l'Etat devant un grand portrait du philosophe, arborant son éternel chapeau et sourire. Edgar Morin fut notamment un farouche défenseur de la cause palestinienne.

"Pour lui, la vérité ne résultait jamais d'un seul camp, d'un seul dogme. L'engagement ne pouvait être l'embrigadement et l'avenir était promis au chaos si l'on cédait à l'accablement ou à l'inaction", a-t-il ajouté.

"Cette énergie française, généreuse, ambitieuse, universelle, va continuer de renaître", a assuré Emmanuel Macron dans un discours d'un peu moins de quinze minutes ponctué d'un "Merci Edgar".

Edgar Morin était l'auteur d'une œuvre très diverse, connue bien au-delà de la France et qui se voulait une réflexion sur l'Homme à partir des données de la science. Malgré son grand âge, le philosophe, décédé vendredi, était toujours présent et écouté dans le débat intellectuel.

La cérémonie s'est déroulée dans la cour sud du Dôme des Invalides et non la cour d'honneur, comme le veut la tradition, en raison de travaux, en présence de son épouse, la philosophe marocaine Sabah Abouessalam, et nombre de personnalités du monde politique et intellectuel.

"Français juif" et résistant 

L'ancien président François Hollande, le Premier ministre Sébastien Lecornu et ses prédécesseurs Laurent Fabius, Dominique de Villepin, Manuel Valls, Bernard Cazeneuve et Elisabeth Borne ainsi que le sociologue Jean Viard et l'historien Pascal Ory ont notamment été aperçus. Le chef du gouvernement marocain Aziz Akhannouch était aussi présent.

Le cercueil, sur lequel l'emblématique chapeau du sociologue était posé, a fait son entrée dans la cour au pas du tambour. Après l'éloge funèbre présidentiel, la sonnerie "Aux Morts" a retenti, suivi d'une minute de silence et de la Marseillaise.

Docteur honoris causa de 38 universités étrangères, Edgar Morin a écrit des dizaines d'ouvrages dont "La Rumeur d'Orléans" (1969), sur une rumeur antisémite, "La méthode" (1977-2004), son œuvre majeure en six volumes, et plusieurs livres sur l'écologie, thème qui lui tenait à cœur.

De son vrai nom Edgar Nahoum, il est né le 8 juillet 1921 à Paris, dans une famille juive originaire de Salonique en Grèce, émigrée à Paris. En 1941, il rejoint le Parti communiste et entre dans la Résistance sous le pseudonyme de Morin

Le chef de l'Etat a salué "l'enfant de Ménilmontant", quartier populaire de Paris, d'un "enseignement laïque", "vibrant de son identité de Français juif, traqué, opprimé", résistant face à l'Occupant nazi et adepte de la "pensée complexe".

"Contre les apparences" 

"Pour comprendre comment la barbarie fut enfantée par la civilisation (...) après la guerre, Edgar Morin, encore soldat, s'établit un temps en Allemagne" et en "tira un livre à rebours de l'époque pour défendre l'idée de l'Allemagne qu'il aimait, l'idée de l'Europe qu'il aimait et ses idées dont il espérait la renaissance", a-t-il rappelé.

Dans "Autocritique" (1959), le philosophe relata son exclusion du PCF et ses propres aveuglements face au stalinisme. Edgar Morin fut aussi l'un des fondateurs du comité des intellectuels contre la guerre d'Algérie. "Il avait appris à penser contre les apparences, contre les écoles, parfois contre lui-même", a dit le chef de l'Etat.

Devenu chercheur au CNRS, il sut "décrire la rumeur d'Orléans avec ses emballements, ses croyances, ses lâchetés et son travail éclaire encore ce que nous savons de ces poussées de fièvre imaginaire". Il "aperçut l'émergence de la génération des yéyé" nés près la guerre, d'une "nouvelle culture de masse ou la "fin de la société rurale", a relaté le président.

Après la chute du Mur de Berlin en 1989, il a observé comment "le modèle occidental entrait en crise au moment de sa victoire politique et économique". Avec la "crise écologique", "le retour du fondamentalisme religieux", la "crise de l'ordre international" et le retour de la guerre en Europe.