Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Macron appelle à se "méfier" des sondages prédisant la victoire de Marine Le Pen en 2027

Le président français Emmanuel Macron (à gauche) s'exprime lors d'une conférence de presse conjointe avec le chancelier allemand Friedrich Merz (à droite), au château d'Augustusburg, à Brühl, dans l'ouest de l'Allemagne, à l'occasion du 26e Conseil des ministres franco-allemand, le 17 juillet 2026. (AFP)
Le président français Emmanuel Macron (à gauche) s'exprime lors d'une conférence de presse conjointe avec le chancelier allemand Friedrich Merz (à droite), au château d'Augustusburg, à Brühl, dans l'ouest de l'Allemagne, à l'occasion du 26e Conseil des ministres franco-allemand, le 17 juillet 2026. (AFP)
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  • Emmanuel Macron appelle à ne pas accorder trop de crédit aux sondages annonçant une victoire de Marine Le Pen en 2027, rappelant que les électeurs peuvent déjouer les prévisions
  • Avec Friedrich Merz, le président français réaffirme la volonté de renforcer la coopération franco-allemande, notamment en matière de défense, malgré les incertitudes politiques à venir

BRUHL: Emmanuel Macron a appelé vendredi à se "méfier" des sondages qui prédisent la victoire de la candidate du Rassemblement national Marine Le Pen à la présidentielle de 2027 et à "faire confiance au peuple français".

"Méfiez-vous tout de même des sondages. Si je puis me permettre, je connais beaucoup de gens qui étaient élus en juillet 2016. Ce n'était pas les mêmes forcément qu'on a retrouvés en mai 2017", a-t-il ironisé lors d'une conférence de presse commune avec le chancelier allemand Friedrich Merz à Brühl, près de Cologne (ouest de l'Allemagne), en référence à sa propre élection.

"Faites confiance au peuple français. Ne lui prédisez pas toujours le pire. Laissez-lui vouloir le meilleur", a ajouté le président français.

De son côté, le chancelier allemand a promis de "tendre la main" à tout dirigeant qui sera élu en France.

"L'Allemagne tendra toujours la main à une coopération approfondie et fondée sur la confiance avec la France, quelle que soit la décision des électeurs de nos deux pays", a-t-il déclaré, interrogé sur une éventuelle coopération avec Mme Le Pen.

Les deux dirigeants ont montré une position commune pour avancer sur la défense européenne, avec plusieurs projets en cours vers une dissuasion nucléaire "associée", pour faire oublier l'échec du projet du Système de combat aérien du futur (Scaf).

A moins d'un an de son départ de l'Elysée, il est urgent pour Emmanuel Macron de faire progresser les dossiers de défense avec le meilleur allié de Paris.

Car la perspective d'une victoire de l'extrême droite française est un facteur d'incertitude supplémentaire pour des Etats européens, déjà sous forte pression avec la menace russe et le désengagement voulu par Donald Trump, qui leur demande d'en faire plus sur les dépenses militaires.


Fontainebleau: des travaux à l'origine de l'incendie principal, Macron remercie les pompiers

Le président français Emmanuel Macron (C) s'adresse à des policiers, gendarmes, agents de la police forestière et pompiers lors d'une visite au poste de commandement des secours, à la suite de l'incendie de la forêt de Fontainebleau, à Noisy-sur-École, en Île-de-France, le 16 juillet 2026. (AFP)
Le président français Emmanuel Macron (C) s'adresse à des policiers, gendarmes, agents de la police forestière et pompiers lors d'une visite au poste de commandement des secours, à la suite de l'incendie de la forêt de Fontainebleau, à Noisy-sur-École, en Île-de-France, le 16 juillet 2026. (AFP)
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  • Deux ouvriers sont mis en examen après l'incendie de Fontainebleau, qui a détruit près de 2.000 hectares
  • Emmanuel Macron annonce un fonds de soutien et promet une fermeté totale face aux incendiaires

PARIS: Deux ouvriers d'une société de travaux ont été mis en examen jeudi et placés sous contrôle judiciaire pour le déclenchement involontaire du premier incendie en forêt de Fontainebleau, dont près d'un dixième a brûlé depuis dimanche.

Pour remercier le millier de pompiers engagés, avec l'appui inédit en Île-de-France d'avions bombardiers Dash et Canadair, Emmanuel Macron s'est rendu jeudi matin au poste de commandement, situé au cœur de la forêt, dans le massif des Trois-Pignons. Au total, le feu a ravagé près de 2.000 hectares de cette forêt renommée.

La France fait face "aux pires incendies" qu'elle ait connus depuis 1945, a dit le président de la République.

Avec près de 11.000 feux et 35.000 hectares touchés par les flammes, la surface brûlée en France à mi-juillet a "d'ores et déjà dépassé" le total de la saison passée, a souligné à ses côtés le directeur général de la Sécurité civile Julien Marion.

- Lourd tribut -

Prisée des randonneurs et des grimpeurs, classée "réserve de biosphère" par l'Unesco, la forêt de Fontainebleau, située à 60 km de Paris, paiera un lourd tribut.

Ce sont des travaux de réparation d'une glissière de l'autoroute et l'étincelle d'une disqueuse qui auraient mis le feu à la végétation puis à la forêt jouxtant l'A6, a expliqué jeudi la procureure de Fontainebleau, Diane Ngomsik. L'incendie s'était rapidement propagé du bord de l'A6 à la forêt.

Deux ouvriers ont été mis en examen pour "destruction involontaire par incendie (...) par manquement à une obligation de sécurité ou de prudence", a indiqué la procureure de Fontainebleau à l'AFP. Ils ont été laissés libres sous contrôle judiciaire. Le gérant de la société a, lui, été placé sous le statut de témoin assisté, a ajouté la même source.

Mercredi, deux jeunes hommes de 18 ans dont un pompier volontaire, soupçonnés d'avoir mis le feu délibérément cette fois-ci, en deux autres endroits, Arbonne-la-Forêt et Fontainebleau, ont été mis en examen et écroués.

A cet égard, le chef de l'Etat a assuré qu'il n'y aurait "aucune tolérance" pour les incendiaires "parce que c'est notre territoire national qui est attaqué chaque fois qu'un feu se déclenche".

Quelque 950 pompiers ont été encore à pied d'œuvre jeudi pour éteindre le feu, qui avait conduit à l'évacuation de près d'un millier d'habitants dans la nuit de dimanche à lundi alors qu'il se rapprochait des habitations.

"Comme les autres jours, on a toujours de la réactivation du vent et la température qui se lève, ce qui nous occasionne des réactivations de feu ici ou là", a indiqué jeudi à la mi-journée Sébastien Avenel, directeur adjoint des pompiers de Seine-et-Marne, qui commande les opérations de secours depuis Noisy-sur-Ecole.

- Réouverture de l'A6 -

Mais si le gros du feu est maîtrisé, le combat fastidieux des pompiers va durer, en raison de la tourbe et du sable très présents dans cette forêt.

"Nous avons beaucoup de tourbe à retourner, il y a énormément de chantiers à traiter", a expliqué le colonel Avenel. Cent vingt militaires du génie en provenance de l'est de la France, habitués à préparer terrain et infrastructures, sont arrivés en renfort jeudi.

Le massif est encore "interdit" d'accès et "dangereux", a rappelé de son côté Sophie David, une responsable de l'Office nationale des forêts (ONF). "Les arbres sont brûlés au niveau des racines et peuvent tomber à tout moment."

L'incendie avait provoqué la fermeture dimanche de l'A6 sur une vingtaine de kilomètres, mais l'autoroute a pu rouvrir "progressivement" à partir de jeudi 20H00, avec une voie réservée aux véhicules de secours dans les deux sens et à une vitesse limitée à 90 km/h, a indiqué la préfecture à la veille d'un week-end de grands départs en vacances.

Face à une polémique sur les moyens, lancée par le RN et LFI, sur une commande de deux Canadair annulée, Emmanuel Macron a affirmé jeudi avoir au contraire relancé la production de ces appareils grâce à une action européenne.

"En 2017, on ne produisait plus de Canadair. Il n'y avait pas de polémique à l'époque pour savoir si c'était deux, quatre ou six. On en produisait zéro", a-t-il relevé.

L'Airbus A400M, un avion de transport militaire, pourra être expérimenté dans quelques jours pour larguer l'équivalent de trois Canadair.

Emmanuel Macron a aussi annoncé la mise en place dans les prochaines heures d'"un guichet unique" afin de collecter des fonds pour la forêt de Fontainebleau.

"Je compte sur chacune et chacun pour pouvoir dès maintenant donner" et permettre "de replanter, de rebâtir et de continuer de nous améliorer aussi pour que cette forêt soit encore, demain, mieux protégée", a-t-il ajouté.

La Fondation du patrimoine a annoncé lancer cette "collecte d'urgence" notamment avec l'ONF, la ville et le château de Fontainebleau, le département et la région.

Alors que les feux sont fixés, les commerçants commencent à s'inquiéter de leur impact local.

A Fontainebleau, Arthur Maillodat, vendeur au magasin d'équipement sportif S'Cape, qui vend et loue notamment du matériel d'escalade, s'inquiète des "conséquences écologiques" et "économiques" pour les restaurateurs, les gîtes, les hôtels de cette zone très fréquentée, non loin du célèbre village des peintres de Barbizon.


Canicules: entreprises et collectivités cherchent à développer les réseaux de froid

Une pharmacie affiche une température extérieure de 39 °C dans l’est de Paris, le 13 juillet 2026. (AFP)
Une pharmacie affiche une température extérieure de 39 °C dans l’est de Paris, le 13 juillet 2026. (AFP)
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  • La France accélère le déploiement des réseaux de froid urbain pour mieux faire face aux canicules
  • Engie et Veolia développent ces infrastructures, malgré des limites observées lors des épisodes de chaleur extrême

PARIS: Face aux canicules de plus en plus intenses des entreprises et de nombreuses villes cherchent à développer les réseaux de froid urbain, des systèmes centralisés permettant de produire et distribuer de l'eau glacée via des canalisations pour rafraîchir les bâtiments.

Alors que le gouvernement souhaite doubler la capacité de ces réseaux de froid d'ici 2030 et les tripler d'ici 2040, l'énergéticien français Engie annonce lancer 100 études "de potentiel" pour "accélérer" leur développement, en partenariat avec Villes de France, l'association des villes moyennes (10.000-100.000 habitants), affirmant que "5 millions d'habitants" pourraient être concernés par cette initiative.

De son côté, le groupe français de gestion de l'eau et des déchets Veolia affirme avoir "identifié" 100 sites "pour aider l’accélération de déploiement de ces réseaux urbains, capables de produire simultanément du chaud et du froid à partir d’énergies locales, renouvelables ou de récupération, permettant de desservir jusqu’à 3 millions de personnes".

Les réseaux de froid urbain sont jusqu'ici plutôt développés dans les très grandes villes, et raccordés quasi uniquement à des bâtiments tertiaires (commerces, entreprises, musées).

Pour ses promoteurs, ils permettent de rafraîchir les bâtiments sans contribuer aux "îlots de chaleur", contrairement à la climatisation individuelle, par exemple.

"Les réseaux combinés de chaleur et de froid répondent à la fois aux enjeux climatiques, énergétiques et économiques des territoires, tout en s'adaptant aux nouveaux usages de la ville", affirme à l'AFP Jean-François Nogrette, directeur général de Veolia France.

"Ces infrastructures permettent de nous adapter au changement climatique sans créer les conditions du réchauffement", abonde Frank Lacroix, directeur général adjoint d'Engie.

Les réseaux de froid font partie des réponses aux canicules prônées par le Haut Conseil pour le climat, mais leur capacité à rester efficace face aux vagues de chaleur les plus sévères pose question: au plus fort de la canicule fin juin, plusieurs réseaux de fraicheur de la capitale ont atteint leur limite, et certaines infrastructures, à l'instar du cinéma UGC des Halles, ont déploré des défaillances dans le rafraichissement de l'air.