Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Conflit au Proche-Orient: Paris tente de rassurer et de protéger

Une photo prise le 1er mars 2026 à la base de la Royal Air Force (RAF) à Akrotiri, à Chypre, et publiée par le ministère britannique de la Défense (MOD) le 3 mars 2026, montre un avion Typhoon de la Royal Air Force (RAF) britannique décollant pour des opérations au Moyen-Orient. (AFP)
Une photo prise le 1er mars 2026 à la base de la Royal Air Force (RAF) à Akrotiri, à Chypre, et publiée par le ministère britannique de la Défense (MOD) le 3 mars 2026, montre un avion Typhoon de la Royal Air Force (RAF) britannique décollant pour des opérations au Moyen-Orient. (AFP)
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  • Derrière cette prise de parole, cartes à l’appui, se dessine une doctrine qui consiste à ne pas entrer dans la guerre et à tenter de ne pas laisser la guerre s’étendre
  • L’annonce la plus structurante concerne la constitution d’une coalition destinée à assurer la liberté de navigation dans le détroit d’Hormuz

PARIS: Quatre jours après l’embrasement régional consécutif aux frappes visant l’Iran, la France a choisi de clarifier sa stratégie.

Dans une brève allocution aux Français, le président Emmanuel Macron a défini les trois piliers de l’action française : protéger les ressortissants dans la région, soutenir les pays amis et alliés et défendre les intérêts nationaux.

« Cette guerre contre l’Iran n’est pas la nôtre », a indiqué le président, mais la France ne peut se permettre l’indifférence.

En effet, cette crise s’ajoute à la guerre en Ukraine, accentuant l’instabilité stratégique autour de l’Europe, alors que les partenaires méditerranéens et du Golfe sont directement exposés, tout comme les intérêts économiques, énergétiques et commerciaux français.

Derrière cette prise de parole, cartes à l’appui, se dessine une doctrine qui consiste à ne pas entrer dans la guerre et à tenter de ne pas laisser la guerre s’étendre.

L’annonce la plus structurante concerne la constitution d’une coalition destinée à assurer la liberté de navigation dans le détroit d’Hormuz.

Ce passage stratégique, par lequel transite près d’un tiers du pétrole mondial transporté par mer, s’est de facto vidé de ses navires commerciaux, les compagnies refusant de courir le risque d’attaques.

Du point de vue français, l’objectif semble clair : il s’agit de rassurer afin de rétablir les flux.

Paris dispose déjà de moyens navals dans la zone et participe à l’opération européenne EUNAVFOR Aspides, consacrée à la protection de la navigation.

L’escorte de navires, la dissuasion d’attaques, voire la neutralisation de menaces immédiates font partie des options opérationnelles, alors que deux frégates françaises pourraient renforcer le dispositif.

La France exclut toutefois toute intégration dans une opération américaine. Les précédents existent : lors de tensions antérieures dans le Golfe, Européens et Américains avaient conduit des opérations parallèles, coordonnées mais distinctes. Il en sera de même aujourd’hui, affirme Paris.

Cette autonomie stratégique n’est pas une posture, mais vise à préserver la crédibilité française auprès des pays du Golfe — Arabie saoudite, Émirats arabes unis, Qatar — en agissant dans le cadre du droit international et des engagements de défense existants, sans s’associer à des opérations jugées contraires à ce cadre.

Au-delà d’Hormuz, Paris rappelle l’existence de trois « goulets d’étranglement » essentiels à la sécurité énergétique européenne : Hormuz, Bab el-Mandeb et Suez. Une flambée durable des cours du pétrole ou du gaz se répercuterait en effet en quelques jours à la pompe.

De ce point de vue, la sécurisation maritime n’est pas seulement un enjeu stratégique : elle est aussi sociale et économique.

La déclaration conjointe des pays du format E3 (France, Allemagne, Royaume-Uni), évoquant la possibilité d’actions « défensives, y compris à la source », a suscité des interrogations, mais Paris insiste : il n’existe aucun scénario d’action planifiée contre l’Iran.

En revanche, dans un contexte militaire, la défense active ne peut exclure par principe la neutralisation d’une menace immédiate visant des forces françaises ou celles d’un partenaire lié par un accord de défense.

Vue de Paris, la nuance est d’importance : il ne s’agit pas d’une initiative offensive, mais d’autoprotection.

Par ailleurs, si le Golfe concentre l’attention maritime, le Levant demeure le principal point de fragilité terrestre, d’où la mise en garde du président français contre toute extension de l’offensive israélienne dans le sud du Liban.

Les provocations du Hezbollah exposent l’ensemble de la population libanaise, souligne Paris, mais Israël ne saurait espérer « le moindre soutien » s’il s’engageait dans une nouvelle occupation.

La France se trouve ici dans une position singulière : présente au sud du Liban dans le cadre de la FINUL, elle dispose d’un levier diplomatique et militaire.

En même temps, elle soutient les annonces du Premier ministre libanais Nawaf Salam sur le déploiement de l’armée libanaise et la reprise du contrôle effectif du territoire, y compris dans les zones d’influence du Hezbollah.

La conférence internationale destinée à renforcer l’équipement des forces armées libanaises a été reportée, mais pour Paris l’engagement demeure. L’objectif est clair : permettre aux autorités légitimes d’exercer leur souveraineté, conformément à la résolution 1701 du Conseil de sécurité de 2006, qui prévoit le désarmement des milices et le déploiement exclusif de l’armée régulière au sud du pays.

Paris adopte ici une position d’équilibre, consistant à exiger des autorités libanaises qu’elles assument leurs responsabilités, tout en reconnaissant la complexité interne et les interférences régionales.

L’expérience historique pèse lourdement dans les calculs israéliens comme dans ceux de la communauté internationale, ce qui incite Paris à mettre en garde : une nouvelle invasion du Liban serait coûteuse et potentiellement déstabilisatrice pour l’ensemble de la région.

La France entend mobiliser tous ses canaux diplomatiques, y compris un échange direct avec le Premier ministre israélien, pour éviter ce scénario.

En réalité, c’est une architecture régionale que Paris cherche à préserver, en tâchant de rassurer Chypre en Méditerranée orientale, de soutenir la Jordanie et les partenaires du Golfe dans la protection de leur espace aérien, de maintenir ouverts les corridors maritimes, tout en préservant le Liban, maillon le plus faible de la région.


Guerre au Moyen-Orient: la gauche française appelle Macron à rester dans une logique défensive

Mathilde Panot (2e à droite), présidente du groupe LFI–NFP, s’exprime après le premier vote sur les motions de censure contre le budget 2026, adopté via le 49.3, à l’Assemblée nationale à Paris, le 2 février 2026. (AFP)
Mathilde Panot (2e à droite), présidente du groupe LFI–NFP, s’exprime après le premier vote sur les motions de censure contre le budget 2026, adopté via le 49.3, à l’Assemblée nationale à Paris, le 2 février 2026. (AFP)
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  • La gauche française appelle à la prudence, demandant au président Emmanuel Macron de rester dans une posture défensive et de ne pas soutenir une guerre jugée « illégale » menée par Donald Trump et Benjamin Netanyahou sans mandat international
  • Malgré le déploiement du porte-avions Charles de Gaulle et d’autres moyens militaires, plusieurs responsables de gauche (LFI, PS, PCF) réclament un cessez-le-feu immédiat, le respect du droit international et refusent toute escalade régionale

PARIS: La gauche française a appelé mercredi le président Emmanuel Macron à rester dans une logique défensive et à ne pas soutenir "une guerre illégale" après l'annonce du déploiement de moyens militaires pour protéger les intérêts de la France et de ses alliés frappés par la riposte iranienne aux attaques israélo-américaines.

"La France a raison d'honorer ses engagements mais nous ferons très attention à ce que la France ne mette pas un doigt dans une guerre illégale qui a été décidée uniquement par Trump et Netanyahou", a prévenu la cheffe des députés insoumis (LFI, gauche radicale) Mathilde Panot sur France inter.

"La France doit se situer du côté du cessez-le-feu immédiat, du droit international. Je suis très inquiète quand j'entends un ancien Premier ministre, Gabriel Attal, expliquer qu'il faudrait envoyer valser l'ONU qu'il compare à une ONG climatique", a-t-elle plaidé.

Lors de son allocution solennelle mardi soir, Emmanuel Macron a annoncé le déploiement du porte-avions Charles de Gaulle, d'avions Rafale, d'une frégate et de moyens de défense anti-aérienne au Moyen-Orient.

Le Premier secrétaire du Parti socialiste Olivier Faure a reconnu sur X que "la protection de nos compatriotes, de nos alliés, le respect de nos engagements vis à vis de Chypre, l’intégrité territoriale du Liban ami, doivent être soutenus".

Mais cela ne doit pas "conduire à un soutien implicite à la guerre conduite sans mandat par Trump et Netanyahu", a-t-il ajouté en demandant "le retour du droit international" et "le refus d'une escalade régionale dont personne ne maîtrise l'ampleur".

Le secrétaire national du Parti communiste Fabien Roussel a lui jugé que l'envoi du porte-avions Charles de Gaulle "constitue un nouveau palier dans l'escalade militaire".


Moyen-Orient: Macron annonce des renforts militaires dont le Charles de Gaulle

Emmanuel Macron a annoncé mardi des renforts militaires au Moyen-Orient en guerre, dont le porte-avions Charles de Gaulle et son escorte de frégates qui vont "faire route" vers la Méditerranée. (AFP)
Emmanuel Macron a annoncé mardi des renforts militaires au Moyen-Orient en guerre, dont le porte-avions Charles de Gaulle et son escorte de frégates qui vont "faire route" vers la Méditerranée. (AFP)
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  • "J’ai donné l’ordre au porte-avions Charles de Gaulle, à ses moyens aériens et à son escorte de frégates de faire route vers la Méditerranée"
  • Le chef de l'Etat a dit que la France avait abattu des drones "en légitime défense", "dès les premières heures" du conflit qui oppose Israël et les Etats-Unis à l'Iran

PARIS: Emmanuel Macron a annoncé mardi des renforts militaires au Moyen-Orient en guerre, dont le porte-avions Charles de Gaulle et son escorte de frégates qui vont "faire route" vers la Méditerranée.

"J’ai donné l’ordre au porte-avions Charles de Gaulle, à ses moyens aériens et à son escorte de frégates de faire route vers la Méditerranée", a affirmé le président dans une allocution télévisée. Il a aussi annoncé l'envoi dans la région d'avions Rafale, de systèmes de défense anti-aérienne et de radar aéroporté, qui ont été déployés "ces dernières heures", ainsi que l'envoi à Chypre de la frégate Languedoc et de moyens anti-aériens.

Le chef de l'Etat a dit que la France avait abattu des drones "en légitime défense", "dès les premières heures" du conflit qui oppose Israël et les Etats-Unis à l'Iran, et que deux bases françaises avaient subi dans ce conflit des "frappes limitées, ayant causé des dégâts matériels".