Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Incendie dans le sud-ouest: le feu «toujours stabilisé», le risque de reprises persiste

L'incendie d'une rare intensité qui a consumé 42.000 hectares en Gironde, dans le sud-ouest de la France, depuis le 22 juillet est "toujours stabilisé" mercredi matin, selon la préfecture, mais les fortes chaleurs et le vent attendus dans la journée menacent d'alimenter de nouvelles reprises des flammes. (AFP)
L'incendie d'une rare intensité qui a consumé 42.000 hectares en Gironde, dans le sud-ouest de la France, depuis le 22 juillet est "toujours stabilisé" mercredi matin, selon la préfecture, mais les fortes chaleurs et le vent attendus dans la journée menacent d'alimenter de nouvelles reprises des flammes. (AFP)
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  • La Gironde et le département voisin des Landes sont placés en vigilance orange canicule à partir de midi, de quoi assécher encore une végétation prompte à s'enflammer
  • Le dispositif d'avertissement français comprend quatre niveaux, de vert (pas de vigilance particulière) à rouge (vigilance absolue) en passant par jaune et orange

BORDEAUX: L'incendie d'une rare intensité qui a consumé 42.000 hectares en Gironde, dans le sud-ouest de la France, depuis le 22 juillet est "toujours stabilisé" mercredi matin, selon la préfecture, mais les fortes chaleurs et le vent attendus dans la journée menacent d'alimenter de nouvelles reprises des flammes.

"La nuit a été calme, le feu est ce matin toujours stabilisé avec plusieurs reprises de feu traitées rapidement cette nuit", a annoncé la préfecture de Gironde, une semaine après le début du plus gros incendie de forêt à ravager la France depuis 1949, où environ 50.000 hectares avaient été calcinés.

"La surface brûlée n'a pas évolué", a précisé la préfecture, mais les conditions météorologiques restent "défavorables" mercredi, avec des températures attendues en hausse : jusqu'à 41°C dans les terres et 38°C sur le littoral.

La Gironde et le département voisin des Landes sont placés en vigilance orange canicule à partir de midi, de quoi assécher encore une végétation prompte à s'enflammer.

Le dispositif d'avertissement français comprend quatre niveaux, de vert (pas de vigilance particulière) à rouge (vigilance absolue) en passant par jaune et orange.

Outre la chaleur, le vent risque de souffler sur les braises et alimenter de nouveau l'incendie.

Les autorités s'attendent dès le début d'après-midi à des vents d'ouest avec des rafales de 30 à 45 km/h, et un taux d'humidité en baisse. Un risque d'orages est annoncé pour jeudi.

Au regard de ces conditions météorologiques, les sapeurs-pompiers de Gironde ont alerté sur un "risque de reprise de feux extrêmement élevé" dans la journée.

La veille, elles avaient conduit à l'évacuation préventive de 4.000 touristes des campings et résidences de vacances de la station balnéaire de Lacanau, à 50 km à l'ouest de Bordeaux.

Depuis le début de cet incendie hors-norme, 222.000 personnes ont été évacuées de manière préventive dans 24 communes du secteur.

Mardi soir, 57.000 habitants de trois villes proches de Bordeaux évacués dans le week-end ont pu rentrer chez eux, a indiqué la préfète du département Sophie Brocas.

Un chantier colossal de 127 kilomètres de "coupes tactiques", quasiment achevé, vise à priver ce feu, d'origine accidentelle, de "combustible" et empêcher sa progression, selon l'association Défense de la forêt contre les incendies de la région aquitaine (DFCI).

"126 sapeurs-pompiers ont été blessés depuis le début de cet évènement", a indiqué la préfecture.

Ces derniers jours, le sud-est du pays a aussi été touché par plusieurs incendies, en Corse, dans les Hautes-Alpes et dans le Var.

 


Incendies: Engie va consacrer 25 millions d'euros à la reconstruction des forêts

Un pompier de Paris observe les dégâts alors que la fumée envahit les arbres à Marcheprime, près de Bordeaux, le 26 juillet 2026, lors d’un incendie qui ravage la forêt au nord du bassin d’Arcachon depuis le 22 juillet. (AFP)
Un pompier de Paris observe les dégâts alors que la fumée envahit les arbres à Marcheprime, près de Bordeaux, le 26 juillet 2026, lors d’un incendie qui ravage la forêt au nord du bassin d’Arcachon depuis le 22 juillet. (AFP)
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  • Engie consacrera 25 millions d’euros à la restauration durable des forêts françaises touchées par les incendies
  • Le groupe vise à renforcer la biodiversité et la résilience des écosystèmes face au changement climatique

PARIS: Le groupe énergétique français Engie va verser 25 millions d'euros pour participer à "la reconstruction et la régénération durable des forêts détruites", a-t-il annoncé mardi, mettant en avant le "choc humain, environnemental et économique" des incendies, notamment en Gironde et à Fontainebleau.

"Cette contribution permettra d'accompagner les efforts de reconstitution des espaces forestiers détruits et de soutenir les initiatives visant à renforcer la résilience des écosystèmes naturels face aux effets du changement climatique", a écrit le groupe dans un communiqué.

"Cela implique notamment de réfléchir aux essences les plus adaptées, à la préservation de la biodiversité, à la restauration de zones humides, aux conditions d'accès pour les services de secours ainsi qu'à la protection et au retour de la faune sauvage", ajoute Engie, soulignant que ces incendies avaient atteint "une part du patrimoine naturel français".

Les incendies ont déjà parcouru plus de 116.000 hectares en France cette année, un record, selon le Premier ministre Sébastien Lecornu, dont une part importante par le "mégafeu" qui sévit depuis plusieurs jours en Gironde.

Les efforts de reboisement s'annoncent très coûteux: chaque hectare de forêt à restaurer coûte entre 5.000 et 10.000 euros, selon le ministère de la Transition écologique. La ministre Monique Barbut a rappelé mardi dernier que l’État augmenterait de 20 millions d'euros les fonds alloués à l'Office national des forêts (ONF) en 2026.

Le groupe énergétique affirme qu'il va "se rapprocher des autorités publiques, des collectivités territoriales, des acteurs de la filière forestière et du monde de la recherche afin de déployer concrètement ce soutien" et qu'il s'inscrit "dans le cadre du plan +France Forêt 2100+".

Quelques initiatives de la part des entreprises ont eu lieu depuis le début de la saison des incendies, à l'instar de Carrefour qui a promis de donner environ 8 tonnes de denrées alimentaires et de produits d'hygiène, de Lidl qui a indiqué en livrer 3 tonnes, de la Macif qui a annoncé un fonds d'un million d'euros pour ses sociétaires et des actions de solidarité, et du Crédit Agricole qui a prévu notamment un fonds d'urgence de deux millions d'euros à destination des services départementaux d'incendie et de secours (SDIS).


Mégafeu en Gironde: le feu «toujours stabilisé» avant le retour de la chaleur

La hausse attendue des températures fait craindre une nouvelle aggravation du mégafeu qui a déjà ravagé 42.000 hectares en Gironde, "toujours stabilisé" mardi matin après une nuit calme. (AFP)
La hausse attendue des températures fait craindre une nouvelle aggravation du mégafeu qui a déjà ravagé 42.000 hectares en Gironde, "toujours stabilisé" mardi matin après une nuit calme. (AFP)
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  • Les forêts s'enflamment d'autant plus facilement que la végétation et les sols européens sont très secs depuis des mois, une sécheresse accentuée par le changement climatique et les récentes canicules exceptionnelles
  • La Gironde et les Landes, département qui passera également en vigilance jaune canicule mardi midi, s'apprêtent à vivre selon Météo-France une "nouvelle vague de chaleur", avec des températures qui pourraient atteindre jusqu'à 40°C mercredi

BORDEAUX: La hausse attendue des températures fait craindre une nouvelle aggravation du mégafeu qui a déjà ravagé 42.000 hectares en Gironde, "toujours stabilisé" mardi matin après une nuit calme.

La nuit a été marquée par la lutte contre plusieurs reprises de feu au nord du Porge et dans la partie nord du Cap-Ferret, mais celles-ci "sont sous contrôle", selon la préfecture, qui souligne que "la surface brûlée n'a pas évolué".

Le département, qui passera en vigilance jaune canicule à midi, surveille températures et vents: Météo-France prévoit une hausse des températures jusqu'à 33 à 35°C dans les terres mardi, accompagnées d'un vent orienté au sud-est, avec des brises océaniques d'ouest sur le littoral, qui pourraient attiser à nouveau le brasier.

Dans un point de situation lundi à 22H30, la préfète a souligné que la journée devrait également être marquée par "une baisse de l'hygrométrie". La situation "reste très imprévisible", a-t-elle alors assuré.

Les forêts s'enflamment d'autant plus facilement que la végétation et les sols européens sont très secs depuis des mois, une sécheresse accentuée par le changement climatique et les récentes canicules exceptionnelles.

La Gironde et les Landes, département qui passera également en vigilance jaune canicule mardi midi, s'apprêtent à vivre selon Météo-France une "nouvelle vague de chaleur", avec des températures qui pourraient atteindre jusqu'à 40°C mercredi et des vents un peu moins forts mais plus secs.

"On doit tenir" 

"Les semaines à venir seront dures et on doit tenir", a lancé lundi le président de la République, Emmanuel Macron, dans la salle de crise du centre opérationnel départemental d'incendie et de secours (Codis). "On reste unis et on se bat pour gagner la bataille partout", a-t-il dit en délivrant dans la soirée une bonne nouvelle: le feu est désormais "fixé" dans les Landes.

En Gironde également, la journée de lundi  a été "favorable, comme espéré par les pompiers", s'est réjoui le Sdis auprès de l'AFP. Dans l'ensemble, les départs de feux ont été "contenus".

Depuis le début de l'incendie au nord du bassin d'Arcachon, le 22 juillet, 93 pompiers ont été blessés, 240 habitations ont été détruites et près de 220.000 personnes ont été évacuées de manière préventive dans 23 communes.

Dans un camping du Grand Crohot, en Gironde, jouets des enfants sur le sol, bières sur la table, tentes ouvertes et serviettes de plage encore étendues... tout témoigne de la rapidité et de la panique avec lesquelles tous ont dû quitter les lieux.

Le feu n'étant pas fixé en Gironde, aucun retour des évacués n'y est envisageable à ce stade et les activités des colonies de vacances sont suspendues dans ce département touristique.

La préfète a en outre annoncé lundi soir l'interdiction des manifestations sportives et culturelles, tout comme les activités nautiques et la navigation sur le lac de Cazaux-Sanguinet.

Comme lundi, aucun TGV ne circule au sud de Bordeaux mardi, hormis ceux qui desservent Agen et Toulouse, et l'autoroute A63 est fermée dans les deux sens entre Bordeaux et Bayonne.

"Vague de solidarité" 

Au total, plus de 116.000 hectares - nouveau record après 2022 - ont été parcourus par les incendies en France depuis début 2026, a indiqué le Premier ministre Sébastien Lecornu.

Le ministre de l'Economie Roland Lescure a annoncé que les assureurs prendraient en charge les frais de relogement des personnes évacuées à cause des incendies de Gironde, des Landes et du Var.

Une "vague de solidarité", saluée par la préfète Sophie Brocas, a par ailleurs permis de libérer les pompiers volontaires dans les entreprises. Agriculteurs et particuliers prêtent aussi main-forte.

"On est partis à 4H30 ce matin du Lot-et-Garonne. On cherche à aider. Je suis chasseur et je veux garder la nature comme elle est", a expliqué lundi à l'AFP Christopher Bonnefond, 25 ans, agriculteur venu avec quatre collègues.

Juste au sud, l'incendie dans les Landes est donc fixé après avoir brûlé 3.600 hectares et 198 bâtiments.

Depuis 20H lundi, "l'ensemble des habitants des communes de Sanguinet et de Parentis-en-Born" peuvent ainsi "réintégrer leur domicile", a annoncé le préfet des Landes, tout comme ceux du village aéronautique de Biscarrosse et les résidents d'un camping au nord de la ville. Soit, au total, 15.000 personnes.

Dans le Var, les reprises du feu du Gros Bessillon, qui ont mobilisé les pompiers lundi, au 7e jour de lutte contre cet incendie, ont été "circonscrites" lundi soir, a annoncé la préfecture.

Le feu est toujours en cours en Corse mais a été "fixé" dans les Hautes-Alpes après avoir parcouru 510 hectares.

Dans les Bouches-du-Rhône, un pompier volontaire de 38 ans est décédé lundi, après que le camion-citerne "dans lequel il circulait seul a fait une sortie de route" au nord d'Arles, a indiqué le Sdis 13.