Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Barrot entame à Riyad une tournée pour repenser et consolider les partenariats avec le Golfe

Le ministre français des Affaires étrangères, Jean-Noël Barrot, arrive aujourd’hui à Riyad, dans le cadre d’une tournée qui le mène à Doha, Abou Dhabi, puis en Oman, où il clôturera son déplacement vendredi. (AFP)
Le ministre français des Affaires étrangères, Jean-Noël Barrot, arrive aujourd’hui à Riyad, dans le cadre d’une tournée qui le mène à Doha, Abou Dhabi, puis en Oman, où il clôturera son déplacement vendredi. (AFP)
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  • À travers une série d’échanges diplomatiques récents, la diplomatie française affiche une ambition claire : consolider ses partenariats avec les pays du Golfe et adapter ses outils d’influence afin de contribuer à une architecture de sécurité plus stable
  • L’axe principal de cette stratégie consiste, selon Paris, à renforcer une approche commune avec les pays du Golfe et à accroître la coordination face aux tensions persistantes

PARIS: Le ministre français des Affaires étrangères, Jean-Noël Barrot, arrive aujourd’hui à Riyad, dans le cadre d’une tournée qui le mène à Doha, Abou Dhabi, puis en Oman, où il clôturera son déplacement vendredi.

Cette visite survient au moment où le Moyen-Orient est secoué par les conflits, les rivalités régionales et les recompositions stratégiques, un contexte qui conduit Paris à redéfinir sa place et son rôle dans la région.

À travers une série d’échanges diplomatiques récents, la diplomatie française affiche une ambition claire : consolider ses partenariats avec les pays du Golfe et adapter ses outils d’influence afin de contribuer à une architecture de sécurité plus stable.

L’axe principal de cette stratégie consiste, selon Paris, à renforcer une approche commune avec les pays du Golfe et à accroître la coordination face aux tensions persistantes, notamment liées à l’Iran, afin de partager une lecture des menaces et d’élaborer des réponses durables.

Des équilibres régionaux en mutation 

Dans cette logique, la stabilité du Liban demeure une priorité, assure Paris, qui estime que ce pays, fragilisé par des crises à répétition, incarne à lui seul les risques d’un effondrement régional en chaîne.

Par ailleurs, Paris insiste sur une réalité : les équilibres sont en train de changer, et les pays du Golfe, profondément marqués par les conflits récents, de l’Ukraine à Gaza, n’en sortiront pas indemnes.

Leurs besoins évoluent, leurs attentes aussi. Pour Paris, il ne s’agit plus seulement de maintenir des alliances existantes, mais de les transformer.

Dans ce cadre, les partenariats de défense, notamment, doivent être repensés à l’aune de nouvelles formes de guerre, à savoir l’usage massif des drones, l’intégration de l’intelligence artificielle ou encore les conflits hybrides, qui redéfinissent les règles du jeu.

La France entend rester un partenaire de premier plan, non pas en renégociant immédiatement ses accords, mais en les adaptant progressivement. « Il est encore trop tôt pour revoir les textes », souligne-t-on côté diplomatique, « mais il est évident que les besoins ne sont plus les mêmes ».

L’autre priorité, selon la diplomatie française, consiste à sécuriser les flux économiques et énergétiques. La question de la liberté de circulation, notamment dans des zones sensibles comme le détroit d’Ormuz, est revenue au premier plan.

Pour réduire les risques, Paris pousse à la diversification des routes commerciales. Le projet « IMEC », qui constitue un corridor reliant l’Inde, le Golfe et l’Europe, s’inscrit dans cette logique.

Plusieurs variantes sont à l’étude, passant potentiellement par la Syrie, la Jordanie, l’Égypte ou encore le Liban. L’enjeu n’est pas tant de trancher immédiatement, affirme la diplomatie française, que de bâtir une feuille de route commune avec les partenaires régionaux et européens.

Car la France n’avance pas seule et, si elle se montre particulièrement active, notamment en tant que puissance méditerranéenne, elle s’inscrit dans une dynamique plus large au sein de l’Union européenne, sur la base d’une prise de conscience partagée : la sécurité économique nécessite une meilleure résilience des chaînes d’approvisionnement.

Un soutien français multidimensionnel au Liban 

Sur le plan diplomatique, les regards restent également tournés vers les négociations entre l’Iran et les États-Unis. Même si le dialogue n’est pas rompu, les discussions peinent à progresser.

Les points de blocage sont connus : l’enrichissement de l’uranium, la levée des sanctions et la gestion des stocks nucléaires, autant de dossiers sensibles qui continuent d’alimenter l’incertitude régionale.

Pour l’heure, les échanges se poursuivent à distance, sans avancée décisive, et dans ce paysage complexe, le Liban reste un dossier central pour Paris.

Le soutien français se veut multidimensionnel : humanitaire, militaire, diplomatique et économique. Plusieurs dizaines de millions d’euros ont déjà été mobilisées pour venir en aide aux populations, tandis qu’un appui renforcé à l’armée libanaise est envisagé.

Mais la question du Hezbollah illustre toute l’ambiguïté de la situation. La France a durci sa position, qualifiant désormais son action militaire de terroriste (depuis le décès de deux soldats français de la FINUL) et soutenant le principe d’un monopole des armes par l’État libanais.

Toutefois, elle ne renie pas une réalité politique : le Hezbollah demeure un acteur incontournable du paysage libanais.

Enfin, Paris insiste sur un point : sa stratégie ne s’inscrit pas dans une logique de rivalité avec les États-Unis. Il ne s’agit pas de se substituer à Washington, mais de proposer une offre complémentaire.

Les pays du Golfe sont les mieux placés pour choisir leurs partenaires, affirme Paris, qui entend simplement rester un acteur crédible. La démarche française repose sur la conviction que, dans un Moyen-Orient fragmenté, seule une approche collective peut permettre de stabiliser durablement la région, et que ne rien faire n’est plus une option.


Présidentielle en France: Marine Le Pen veut un second tour face au camp macroniste

La présidente du groupe parlementaire du Rassemblement national, Marine Le Pen, réagit lors d’une séance de questions au gouvernement à l’Assemblée nationale, à Paris, le 28 avril 2026. (AFP)
La présidente du groupe parlementaire du Rassemblement national, Marine Le Pen, réagit lors d’une séance de questions au gouvernement à l’Assemblée nationale, à Paris, le 28 avril 2026. (AFP)
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  • Marine Le Pen souhaite un second tour contre le bloc central lié à Emmanuel Macron pour obtenir une « élection de choix », plutôt qu’un duel contre Jean-Luc Mélenchon perçu comme un vote de rejet
  • Elle souligne le rôle potentiel de Édouard Philippe comme candidat rassembleur, tout en restant incertaine de sa propre candidature selon une décision judiciaire, avec Jordan Bardella en possible remplaçant

PARIS: A un an de la présidentielle en France, Marine Le Pen affirme dans un entretien à l'AFP qu'elle "souhaite un second tour face au bloc central" - le camp du président Emmanuel Macron - pour "avoir la force d'une élection de choix" plutôt qu'une "élection de rejet" en cas de duel face à dirigeant de gauche radicale Jean-Luc Mélenchon.

"La présidentielle se jouera certainement entre le bloc central et le RN, s'ils arrivent à avoir un candidat commun", déclare la patronne du Rassemblement national (extrême droite), qui estime que "dans cette configuration, Edouard Philippe a un certain nombre de qualités mathématiques" car "il est en même temps issu de la droite, ancien Premier ministre macroniste" et "il plaît à la gauche, en tout cas il ne la dérange pas".

Si sa préférence va donc à un affrontement contre celui qu'elle qualifie de "candidat du parti unique" et d'incarnation de "l'extinction du clivage droite-gauche", la triple candidate à l'Elysée souligne que dans ce scénario "il y a une condition sine qua non, c'est qu'ils arrivent à ne pas être quinze sur la ligne de départ".

Dans le cas contraire, "le risque que Jean-Luc Mélenchon s'appuie sur un socle qui est plus fiable que le bloc central est réel", poursuit Mme Le Pen, qui "souhaite un second tour face au bloc central" parce qu'elle "pense que ce qui est à faire est très important (et) qu'il est nécessaire d'avoir la force d'une élection de choix et pas d'une élection de rejet de l'autre candidat".

Les rares sondages de second tour réalisés ces derniers mois ont en effet prédit une très large victoire (à plus de 70%) au RN face à Jean-Luc Mélenchon, chef du parti de La France insoumise (LFI) - mais seul Jordan Bardella, le président du RN, a été testé comme candidat. Le match serait en revanche beaucoup plus serré face à l'ancien Premier ministre Edouard Philippe, donné gagnant dans les dernières enquêtes d'opinion, aussi bien contre Mme Le Pen que M. Bardella.

Le parti d'extrême droite ne connaîtra toutefois le nom de son candidat que le 7 juillet, dans la foulée de la décision de la cour d'appel de Paris, qui pourrait confirmer l'inéligibilité de Marine Le Pen, voire lui imposer le port d'un bracelet électronique.

"Si les juges ne m'en empêchent pas, je serai candidate", assure-t-elle, précisant que "si je ne peux pas être candidate ou si je ne peux pas faire campagne, ça revient au même". Elle devrait alors laisser la place à Jordan Bardella.


La France rend hommage à un militaire tué au Liban

Le caporal-chef, promu sergent à titre posthume, est le troisième militaire français tué depuis le début de la guerre menée par Israël et les Etats-Unis contre l'Iran, le 28 février.  Il était déployé depuis le 23 janvier dans le sud du Liban comme adjoint-chef de groupe cynotechnique spécialisé dans la détection d'explosifs au sein de la Force intérimaire des Nations unies au Liban (Finul). (AFP)
Le caporal-chef, promu sergent à titre posthume, est le troisième militaire français tué depuis le début de la guerre menée par Israël et les Etats-Unis contre l'Iran, le 28 février. Il était déployé depuis le 23 janvier dans le sud du Liban comme adjoint-chef de groupe cynotechnique spécialisé dans la détection d'explosifs au sein de la Force intérimaire des Nations unies au Liban (Finul). (AFP)
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  • Cette attaque a causé la mort d'un autre militaire français, l'adjudant Florian Montorio, et blessé trois autres soldats dont Anicet Girardin, venu porter secours à son chef d'élément
  • Anicet Girardin est décédé mercredi dernier des suites de ses blessures, après avoir été rapatrié en France

SUIPPES: Un hommage national a été rendu mardi dans la Marne, dans le nord-est de la France, au sergent Anicet Girardin, mort à 31 ans des suites de ses blessures après une embuscade au Liban.

Le caporal-chef, promu sergent à titre posthume, est le troisième militaire français tué depuis le début de la guerre menée par Israël et les Etats-Unis contre l'Iran, le 28 février.

Il était déployé depuis le 23 janvier dans le sud du Liban comme adjoint-chef de groupe cynotechnique spécialisé dans la détection d'explosifs au sein de la Force intérimaire des Nations unies au Liban (Finul).

Le 18 avril, lors d'une mission de reconnaissance d'itinéraire visant à réaliser le ravitaillement d'un poste isolé de Casques bleus, sa patrouille "a été prise à partie par un groupe armé", a expliqué le 132e régiment d'infanterie cynotechnique de Suippes, où il s'était engagé en 2016.

Cette attaque a causé la mort d'un autre militaire français, l'adjudant Florian Montorio, et blessé trois autres soldats dont Anicet Girardin, venu porter secours à son chef d'élément.

Anicet Girardin est décédé mercredi dernier des suites de ses blessures, après avoir été rapatrié en France. Le lendemain, un hommage national avait été rendu à Florian Montorio au 17e régiment du génie parachutiste de Montauban (sud-ouest), d'où il était issu.

"La nation s'incline devant le sergent Anicet Girardin (...), le 145e mort pour la France au Liban depuis 1978", a déclaré la ministre française des Armées, Catherine Vautrin, qui présidait la cérémonie en présence du chef d'état-major de l'armée de terre, le général Pierre Schill.

Elle a rendu hommage devant son cercueil recouvert du drapeau tricolore à un homme "consciencieux, discret, d'une fiabilité absolue" et qui était "apprécié de tous".

Les autorités françaises et l'ONU ont attribué l'attaque au mouvement pro-iranien Hezbollah, lequel a nié toute implication.

La mort d'Anicet Girardin "redit le tribut que la France paye, son rôle et sa responsabilité, en l'espèce dans le cadre de la Finul où elle est depuis des décennies", a aussi déclaré mardi Emmanuel Macron en marge d'un déplacement en Andorre.

"Nous attendons évidemment une condamnation claire des auteurs de cette attaque, et surtout que les poursuites soient faites comme il se doit. Mais la France peut être fière du rôle qu'elle joue au Liban et pour la paix", a ajouté le président français.