Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


France: le budget en voie d'adoption définitive après des mois de blocage

Après des mois de blocage politique, le budget de l'Etat français pour 2026 devrait être adopté définitivement lundi, après le rejet de dernières motions de censure contre le gouvernement qui tente de tourner cette page douloureuse. (AFP)
Après des mois de blocage politique, le budget de l'Etat français pour 2026 devrait être adopté définitivement lundi, après le rejet de dernières motions de censure contre le gouvernement qui tente de tourner cette page douloureuse. (AFP)
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  • Il aura fallu quatre mois de débats houleux au sixième exécutif en place depuis la réélection du président Emmanuel Macron, en 2022, pour doter la France d'un budget
  • Pour y parvenir, le Premier ministre Sébastien Lecornu a dû accepter d'importantes concessions en direction de la gauche

PARIS: Après des mois de blocage politique, le budget de l'Etat français pour 2026 devrait être adopté définitivement lundi, après le rejet de dernières motions de censure contre le gouvernement qui tente de tourner cette page douloureuse.

Il aura fallu quatre mois de débats houleux au sixième exécutif en place depuis la réélection du président Emmanuel Macron, en 2022, pour doter la France d'un budget, sous l'oeil des marchés financiers inquiets de l'ampleur des déficits.

Pour y parvenir, le Premier ministre Sébastien Lecornu a dû accepter d'importantes concessions en direction de la gauche, menacer de convoquer de nouvelles législatives anticipées et finalement renier sa promesse de ne pas passer en force en engageant la responsabilité du gouvernement.

"Il faut savoir terminer une crise politique", avait justifié il y a dix jours M. Lecornu, qui sera présent à l'Assemblée nationale lundi en fin d'après-midi pour l'examen de deux nouvelles motions de censure censées clôturer cet épisode.

Le rejet probable de ces deux textes, l'un déposé par l'extrême-droite et l'autre par une partie de la gauche, vaudra adoption définitive du budget.

Dans un Parlement fracturé depuis la dissolution de 2024, les députés ne sont jamais parvenus à s'accorder sur ce sujet marqueur d'opposition ou de soutien au gouvernement et qui a déjà provoqué la chute des prédécesseurs de M. Lecornu.

Pour éviter de subir le même sort, ce dernier, un proche de M. Macron venu de la droite et nommé en septembre, a largement négocié avec les socialistes pour obtenir un compromis.

Après avoir dès l'automne suspendu la réforme des retraites pourtant essentielle pour le président, le Premier ministre a accepté des hausses de taxes pour les entreprises, des aides en faveur des travailleurs modestes et des étudiants ou encore des mesures pour le logement.

Si certaines dépenses ont été réduites, les crédits de la Défense, priorité érigée par Emmanuel Macron dans le contexte de l'invasion russe de l'Ukraine, vont augmenter de 6,5 milliards d'euros.

Le coordinateur du parti de gauche radicale France insoumise Manuel Bompard a qualifié le budget "obtenu" par les socialistes d'"embrouille", tandis qu'à l'extrême-droite, Marine Le Pen a accusé Sébastien Lecornu d'avoir "sorti le carnet de chèques des Français" pour "acheter le PS": "l'aggravation du déficit (...) va être la conséquence".

"Ajustement" 

Du côté de la coalition présidentielle, les choix budgétaires de M. Lecornu laissent un goût amer, alors que plusieurs de ses soutiens de la droite et du centre craignent que la promesse d'un déficit à 5% du PIB -le plus lourd de la zone euro- ne puisse pas être tenue.

Les entreprises montent aussi au front, déplorant dans La Tribune dimanche une pression fiscale trop importante et un épisode budgétaire "calamiteux" qui "aura fissuré la confiance" avec le monde politique.

Après cette séquence qui l'aura monopolisé pendant quatre mois, le Premier ministre souhaite passer à autre chose.

Bien que sa marge de manoeuvre soit réduite par l'absence de majorité, il veut se concentrer sur des projets "réalistes", réfutant tout "immobilisme" à quinze mois de la présidentielle.

Il assure qu'il n'est "pas candidat" à l'Elysée et recommande à ses ministres à se tenir "éloignés" de ce scrutin, qui occupera tous les débats après des municipales en mars.

Il compte procéder à un "ajustement" gouvernemental après le départ annoncé de sa ministre de la Culture Rachida Dati, candidate à la mairie de Paris.

D'ici là, il invite ses ministres à se concentrer sur "l'essentiel" dans les domaines militaire, agricole ou énergétique. Sont attendus notamment une actualisation de la loi de programmation militaire, un projet de loi "d'urgence" face aux manifestations des agriculteurs, ainsi que des textes sur le territoire d'outre-mer de Nouvelle Calédonie ou encore la fin de vie.

 


Agriculture: pour ses cantines, l'Etat ne devra plus se fournir en produits hors UE, promet Lecornu

Le Premier ministre français Sébastien Lecornu s'exprime lors d'une conférence de presse dans le cadre d'une visite visant à promouvoir l'agriculture locale et diversifiée, à Baigneaux, dans le centre de la France, le 30 janvier 2026. (AFP)
Le Premier ministre français Sébastien Lecornu s'exprime lors d'une conférence de presse dans le cadre d'une visite visant à promouvoir l'agriculture locale et diversifiée, à Baigneaux, dans le centre de la France, le 30 janvier 2026. (AFP)
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  • Le gouvernement veut que la restauration collective de l’État s’approvisionne exclusivement en produits agricoles et alimentaires issus de l’Union européenne, afin de soutenir les filières locales et réduire l’empreinte carbone
  • Sébastien Lecornu affiche son soutien aux « contrats d’avenir » pour aider les agriculteurs à adapter leurs productions au changement climatique

PARIS: Le Premier ministre Sébastien Lecornu, en déplacement dans une ferme de l'Eure-et-Loir, a souhaité vendredi que la restauration collective dépendant de l'Etat se fournisse exclusivement en produits agricoles et alimentaires venus de l'Union européenne.

"Il est impensable que pour l'ensemble des marchés publics à venir, il y ait des matières premières agricoles, alimentaires qui viennent d'en dehors de l'Union européenne", a-t-il dit à la presse.

Sur quelque 900 millions à un milliard d'euros de commandes de cantines de l'Etat (armées, universités, etc.), "j'ai demandé aux différents services combien allait en dehors de l'Union européenne et combien reste en France, et on n'a toujours pas la réponse", a-t-il admis.

"Cela va nous amener à reprendre complètement en main la commande publique, à devoir aussi récompenser ou punir les acheteurs publics en fonction de ces objectifs" et "nous l'inscrirons (...) dans les lois à venir de décentralisation comme la loi agricole que nous préparons", a-t-il ajouté.

Les agriculteurs, et notamment les éleveurs, largement mobilisés contre le traité commercial UE-Mercosur, accusent régulièrement la puissance publique, qui sous-traite parfois sa restauration collective, de ne pas respecter les quotas de produits locaux ou biologiques figurant dans ses engagements voire dans la loi.

"Certains disent préférence nationale. Je pense que c'est une hérésie parce que la France est un grand pays d'exportation au sein de l'Union européenne", a précisé M. Lecornu vendredi.

"En revanche, plus personne ne peut comprendre dans le monde dans lequel nous vivons que l'argent du contribuable puisse permettre encore d'acheter de la nourriture qui en plus a un bilan carbone et climatique absolument épouvantable et qui vient du bout du monde".

Le chef du gouvernement a aussi exprimé son appui aux "contrats d'avenir", projet porté par le syndicat Jeunes agriculteurs (JA) et destiné à aider les exploitants à diversifier leur production face au réchauffement climatique, via une planification territoriale puis des contrats tripartites entre agriculteurs, pouvoirs publics et transformateurs.

"On est dans un moment dans lequel on n'a pas suffisamment tiré les conclusions du réchauffement climatique et de l'impact sur les productions", a estimé M. Lecornu.

Le Premier ministre qui, chaussé de bottes kaki, a visité une exploitation céréalière diversifiée dans la production d'amandes, n'a cependant pas abordé la mise en action ou le financement de tels "contrats".

Pierrick Horel, le président des JA, a salué "une prise de conscience collective, un engagement pris au plus haut niveau du gouvernement autour de ce sujet, cela pose les bonnes bases".

Les "transitions jusqu'à aujourd'hui se sont opérées de façon individuelle, sur des fonds propres, cela ne répond pas à l'enjeu des dérèglements climatiques. L'agriculteur seul ne peut supporter ces transitions", a-t-il dit à l'AFP, exprimant sa satisfaction "à quelques jours du lancement du Salon de l'agriculture", le 21 février.


Budget: Lecornu dégaine un ultime 49.3, l'épilogue approche

Le Premier ministre français Sébastien Lecornu quitte le palais présidentiel de l'Élysée à Paris après la réunion hebdomadaire du Conseil des ministres, le 28 janvier 2026. (AFP)
Le Premier ministre français Sébastien Lecornu quitte le palais présidentiel de l'Élysée à Paris après la réunion hebdomadaire du Conseil des ministres, le 28 janvier 2026. (AFP)
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  • Le Premier ministre Sébastien Lecornu va recourir pour la troisième fois à l’article 49.3 pour faire adopter définitivement le budget 2026, malgré de nouvelles motions de censure attendues lundi
  • Le texte vise un déficit ramené à 5 % du PIB en 2026 et prévoit plusieurs concessions sociales, mais continue de susciter une forte opposition à gauche et à l’extrême droite

PARIS: La ligne d'arrivée du marathon budgétaire est proche: le Premier ministre Sébastien Lecornu va activer vendredi matin pour la troisième fois l'article 49 alinéa 3 de la Constitution à l'Assemblée nationale, ultime étape avant l'adoption définitive du budget de l'Etat, attendue lundi.

Après quatre mois de très denses discussions au Parlement, le projet de loi de finances pour 2026 va pouvoir aboutir.

Examiné à partir de 9H00 à l'Assemblée nationale en lecture définitive, le projet de budget ne sera pas discuté très longtemps: le chef du gouvernement est attendu au Palais Bourbon pour activer d'emblée un nouveau 49.3 sur le texte.

En engageant ainsi la responsabilité du gouvernement, Sébastien Lecornu devrait s'exposer à nouveau à deux motions de censure, issues de la gauche hors-PS et du Rassemblement national.

Celles-ci seront soumises aux députés "probablement lundi après-midi", ont indiqué des sources gouvernementales et parlementaires à l'AFP. Et sauf immense surprise, elles seront rejetées comme les deux précédentes grâce à la clémence des Républicains et surtout du Parti socialiste. Le gouvernement dispose en effet d'un matelas relativement confortable d'une vingtaine de voix d'avance.

Le rejet des motions vaudra alors adoption définitive du budget de l'Etat, qui devra tout de même passer le filtre du Conseil constitutionnel avant d'être promulgué. Sa mise en place mettra fin au régime fragile de la loi spéciale, votée fin décembre faute d'accord parlementaire pour assurer la continuité de l'Etat.

S'il est certes "imparfait", ce budget "est un texte utile pour les Français, car il nous permet de sortir du climat d'incertitude qui s'est installé depuis quelques mois", a salué jeudi la ministre des Comptes publics Amélie de Montchalin.

Elle s'exprimait devant les sénateurs, très mécontents de la copie finale. Ces derniers, qui devaient être saisis du texte avant son retour à l'Assemblée selon les règles de procédure parlementaire, n'ont pas souhaité retarder l'échéance, préférant le rejeter d'emblée sans rouvrir la discussion.

Si certains parlementaires, tout comme l'agence de notation Moody's, en doutent, le texte entend ramener le déficit à 5% du PIB en 2026, contre 5,4% en 2025.

Il prévoit diverses concessions en direction notamment du PS, comme les repas à un euro pour les étudiants ou la hausse de la prime d'activité pour les salariés modestes.

Mais il continue de susciter l'hostilité de l'extrême droite et d'une grande partie de la gauche (Insoumis, écologistes, communistes), qui ont déposé à chaque occasion des motions de censure.

Il s'agira de la troisième utilisation du 49.3 par Sébastien Lecornu, qui s'était engagé à y renoncer au début de l'automne, à la demande du PS. Les deux premiers ont été activés lors de la "nouvelle lecture" du texte, l'un sur la partie "recettes", l'autre sur la partie "dépenses".