Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Dans le quartier de Belleville à Paris, un ramadan entre ferveur et inquiétude

Pendant tout le ramadan, Belleville vit au rythme des préparatifs de l’iftar : les plateaux croulent sous les victuailles, les files s’allongent devant les boucheries halal et les pâtisseries. (AFP)
Pendant tout le ramadan, Belleville vit au rythme des préparatifs de l’iftar : les plateaux croulent sous les victuailles, les files s’allongent devant les boucheries halal et les pâtisseries. (AFP)
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  • Les commerçants installent leurs tables devant les boutiques, les passants déambulent sacs à la main et la foule compacte se presse pour préparer la rupture du jeûne
  • L’atmosphère est festive, vibrante, presque irréelle. Pourtant, derrière l’abondance et les odeurs alléchantes, une gravité inhabituelle imprègne ce mois sacré

PARIS: Des étals chargés de pâtisseries, d’épices et d’olives, des pains encore tièdes, des galettes dorées, des montagnes de dattes et des rangées de sodas. Comme chaque année, le traditionnel marché du ramadan a investi les trottoirs du boulevard de Belleville (dans le XIe arrondissement de Paris), transformant le lieu en un vaste théâtre gourmand à ciel ouvert.

Les commerçants installent leurs tables devant les boutiques, les passants déambulent sacs à la main et la foule compacte se presse pour préparer la rupture du jeûne. L’atmosphère est festive, vibrante, presque irréelle. Pourtant, derrière l’abondance et les odeurs alléchantes, une gravité inhabituelle imprègne ce mois sacré.

belleville

Pendant tout le ramadan, Belleville vit au rythme des préparatifs de l’iftar : les plateaux croulent sous les victuailles, les files s’allongent devant les boucheries halal et les pâtisseries. Certains restaurants ont même fermé leur salle pour la transformer en cuisine de production, où l’on pétrit du pain à la chaîne, nature ou farci.

Pour les commerçants, c’est le moment le plus intense de l’année : les odeurs de pain grillé et de pâtisseries au miel attirent les passants, souvent sans idée précise de ce qu’ils vont acheter. « On ne sait jamais vraiment ce qu’on vient chercher, mais on trouve toujours ce qui nous plaît », sourit Nahel, venu faire ses courses avec sa fille, dans ses sacs : des feuilles de brick, de la crème et du pain arabe.

À Belleville, la fête déborde largement du cadre culinaire

Le marché est devenu bien plus qu’un lieu d’approvisionnement : c’est un rendez-vous collectif, un moment attendu, une tradition solidement ancrée dans la vie du quartier. À Belleville, la fête déborde largement du cadre culinaire ; même les commerces qui ne vendent habituellement pas de nourriture participent.

Monsef, gérant d’une boutique de téléphonie, a installé devant sa vitrine des cageots de menthe et de fruits. « Ça ne rapporte pas grand-chose, mais on veut faire partie de la fête », explique-t-il.

Pour beaucoup, le ramadan est avant tout un temps de lien social et de générosité : les repas partagés se multiplient, les dons aussi. « On distribue des repas, on aide les plus démunis, on se rend davantage à la mosquée ; le mois sacré reste un moment de spiritualité et de solidarité », indique un restaurateur.

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Mais cette année, la ferveur est traversée par une inquiétude persistante : les conversations glissent régulièrement vers l’actualité internationale marquée, depuis quelques jours, par la guerre au Proche-Orient. Impossible pour certains de ne pas penser à ce qui se passe à Gaza ou, plus largement, dans l’ensemble de la région. « Quand on voit qu’ici on profite du ramadan et qu’ailleurs certains vivent sous les bombes, ça met mal à l’aise », confie Majid, commerçant.

Les télévisions allumées au moment de la rupture du jeûne en témoignent : certains préfèrent les séries traditionnelles du mois sacré, d’autres suivent en continu les chaînes d’information. La fête existe, mais elle est plus grave, plus retenue, comme si la joie devait désormais cohabiter avec l’inquiétude.

À cela s’ajoute une autre préoccupation : le budget. Car le ramadan reste un mois de générosité et d’abondance, mais cette abondance a un prix. Les commerçants constatent que les habitudes changent : les clients comparent davantage, achètent plus prudemment ; l’inflation est dans tous les esprits. « Les prix ont augmenté comme tout le reste, observe un épicier. Même si les gens ne le disent pas toujours, on sent qu’ils sont touchés. »

Pour beaucoup de familles modestes, le mois sacré exige une véritable préparation financière : certains mettent de l’argent de côté toute l’année pour pouvoir garnir la table plus généreusement qu’à l’ordinaire. Car le ramadan est aussi une fête domestique, rythmée par les invitations, les repas partagés et l’abondance symbolique, mais cette générosité pèse.

« On dépense beaucoup. On est obligés de prévoir, sinon on ne s’en sort pas », reconnaît une habituée du quartier, venue acheter des pâtisseries qui lui rappellent son pays d’origine, la Tunisie, et plus précisément Tunis.

belleville

Pour les habitants issus de l’immigration, le ramadan à Belleville est aussi une manière de recréer un peu du pays quitté : les saveurs, les odeurs, les produits traditionnels permettent de maintenir un lien affectif avec les racines. Certains viennent même de loin pour retrouver cette ambiance. Salma, franco-libanaise, a fait le déplacement simplement pour ressentir cette atmosphère familière, qui la rapproche de ses souvenirs malgré la distance et les inquiétudes liées à l’actualité de sa région d’origine.

Entre abondance et retenue, joie et gravité, le ramadan 2026 s’inscrit dans une époque troublée. À Belleville, on continue de célébrer, de partager, mais cela n’atténue pas le ressentiment face aux souffrances du monde et aux difficultés du quotidien.


Frappes iraniennes: la France prête à «participer» à la défense des pays du Golfe et de la Jordanie

 La France est "prête" à "participer" à la défense des pays du Golfe et de la Jordanie, cibles de frappes de l'Iran, "conformément aux accords qui la lie à ses partenaires et au principe de légitime défense collective", a déclaré lundi son ministre des Affaires étrangères. (AFP)
La France est "prête" à "participer" à la défense des pays du Golfe et de la Jordanie, cibles de frappes de l'Iran, "conformément aux accords qui la lie à ses partenaires et au principe de légitime défense collective", a déclaré lundi son ministre des Affaires étrangères. (AFP)
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  • "Près de 400.000 Français sont résidents ou de passage dans la douzaine de pays de la région", a ajouté le ministre. "A notre connaissance, aucune victime française n'est à déplorer à ce stade", a-t-il ajouté
  • "Notre dispositif est déjà organisé localement pour faciliter les sorties par voie terrestre lorsque c'est possible, ce qui n'est pas le cas dans tous les pays concernés", a-t-il détaillé

PARIS: La France est "prête" à "participer" à la défense des pays du Golfe et de la Jordanie, cibles de frappes de l'Iran, "conformément aux accords qui la lie à ses partenaires et au principe de légitime défense collective", a déclaré lundi son ministre des Affaires étrangères.

"Aux pays amis qui ont été ciblés délibérément par les missiles et les drones des Gardiens de la révolution et entraînés dans une guerre qu'ils n'avaient pas choisie -Arabie Saoudite, Émirats arabes unis, Qatar, Irak, Bahreïn, Koweït, Oman et Jordanie- la France exprime son soutien entier et sa pleine solidarité. Elle se tient prête (...) à participer à leur défense", a affirmé Jean-Noël Barrot lors d'une conférence de presse.

"Près de 400.000 Français sont résidents ou de passage dans la douzaine de pays de la région", a ajouté le ministre. "A notre connaissance, aucune victime française n'est à déplorer à ce stade", a-t-il ajouté.

"Notre dispositif est déjà organisé localement pour faciliter les sorties par voie terrestre lorsque c'est possible, ce qui n'est pas le cas dans tous les pays concernés", a-t-il détaillé.

Le ministre a appelé à la "désescalade". "L'escalade militaire doit cesser au plus vite", a-t-il répété. "La prolongation indéfinie des opérations militaires sans but précis emporte le risque d'un engrenage qui entraînerait l'Iran et la région dans une longue période d'instabilité".

"Au Liban, le Hezbollah a commis une lourde faute, dont la population a payé ce matin le prix avec des dizaines de morts et des dizaines de milliers de déplacés, en rejoignant un conflit dans lequel les autorités, comme le peuple libanais, refusent d'être entraînées", a-t-il poursuivi, appelant le Hezbollah à "mettre immédiatement un terme à ces opérations".

 


France - Liban: Report de la conférence de soutien aux forces libanaises

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  • À l’issue de leurs discussions, les deux chefs d’État ont décidé de reporter au mois d’avril la conférence internationale de soutien aux Forces armées libanaises et aux Forces de sécurité intérieure libanaises
  • Les deux dirigeants ont souligné que la gravité de la situation renforce la nécessité de préserver la stabilité libanaise, de soutenir les institutions légitimes du pays et d’assurer le rétablissement complet de sa souveraineté

PARIS: Le président du Liban, Joseph Aoun, et son homologue de la France, Emmanuel Macron, se sont entretenus le 1er mars afin d’examiner les derniers développements affectant la sécurité régionale, y compris celle de pays alliés, selon un communiqué conjoint.

À l’issue de leurs discussions, les deux chefs d’État ont décidé de reporter au mois d’avril la conférence internationale de soutien aux Forces armées libanaises et aux Forces de sécurité intérieure libanaises, initialement prévue le 5 mars à Paris. Les conditions actuelles, marquées par une conjoncture régionale tendue, n’étaient pas réunies pour maintenir l’événement à la date prévue.

Les deux dirigeants ont souligné que la gravité de la situation renforce la nécessité de préserver la stabilité libanaise, de soutenir les institutions légitimes du pays et d’assurer le rétablissement complet de sa souveraineté.

Ils ont également affirmé que Beyrouth, Paris et leurs partenaires internationaux continueront à coordonner leurs efforts afin de soutenir ces objectifs dans un contexte régional jugé particulièrement sensible.