Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


La France et l’Arabie saoudite affichent un rapprochement stratégique croissant, de l’Iran à Gaza

Faisal J. Abbas, rédacteur en chef d’Arab News, et la sénatrice Nathalie Goulet, lors de la discussion spéciale organisée au Sénat français. (Photo: Arab News en français)
Faisal J. Abbas, rédacteur en chef d’Arab News, et la sénatrice Nathalie Goulet, lors de la discussion spéciale organisée au Sénat français. (Photo: Arab News en français)
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  • Une discussion spéciale au Sénat français, animée par la sénatrice Nathalie Goulet, avec une présentation de Faisal J. Abbas, rédacteur en chef d’Arab News

PARIS : Les accords conclus lors de la récente visite d’État en France du prince héritier saoudien Mohammed ben Salmane témoignent d’un approfondissement du partenariat entre Paris et Riyad, qui dépasse désormais largement la coopération économique pour englober certains des enjeux géopolitiques les plus pressants du Moyen-Orient.

Tel était le message central d’une discussion spéciale organisée au Sénat français autour de la visite du prince héritier, ainsi que des accords et déclarations conjointes annoncés avec le président français Emmanuel Macron.

La présentation a été assurée par Faisal J. Abbas, rédacteur en chef d’Arab News, qui faisait partie de la délégation de presse accompagnant la visite, et animée par la sénatrice française Nathalie Goulet. François Gouyette, ancien ambassadeur de France en Arabie saoudite, a également participé aux échanges.

Pour Abbas, les annonces faites lors de la visite constituent une nouvelle preuve de la solidité de la relation saoudo-française.

« Les annonces d’hier sont la preuve de cet alignement », a-t-il déclaré, estimant qu’elles renforcent encore le positionnement stratégique de la France. Il a souligné que les évolutions observées au cours des trois à quatre dernières années démontrent que le partenariat bilatéral continue de prendre de l’ampleur.

Le Conseil de partenariat stratégique saoudo-français est au cœur de cette coopération croissante. Gouyette a identifié trois grands axes : la situation au Moyen-Orient, notamment en Iran ; la guerre à Gaza et la situation en Cisjordanie ; et l’élargissement du partenariat bilatéral, notamment à travers la coopération autour d’AlUla.

Concernant l’Iran, Abbas a insisté sur l’importance de privilégier une solution diplomatique. « La priorité est une solution diplomatique », a-t-il déclaré. « Commencer une guerre est facile, y mettre fin ne l’est pas. »

Selon lui, toute escalade militaire aurait des conséquences qui dépasseraient largement la région immédiate, notamment pour l’économie mondiale. L’objectif, a-t-il ajouté, devrait être de faire en sorte que la diplomatie « ait le dernier mot ».

Sur la question palestinienne, Abbas a réaffirmé que « la solution à deux États est la seule solution », soulignant le rôle de la France et de l’Arabie saoudite dans la promotion de cet objectif.

La Syrie a été présentée comme un autre exemple de coopération croissante. Abbas a évoqué le cadre trilatéral réunissant la France, la Syrie et l’Arabie saoudite, ainsi que la décision de soutenir le président syrien Ahmad Al-Chareh.

« La Syrie mérite une chance », a déclaré Abbas.

Le Liban a également été identifié comme une priorité, la France soutenant la stabilité du pays tout en condamnant les agressions contre les pays du Conseil de coopération du Golfe et les menaces visant la liberté de navigation dans le détroit d’Ormuz.

La dimension économique de la visite a occupé une place importante aux côtés des discussions géopolitiques.

Au total, 22 protocoles d’accord et autres accords ont été signés dans un large éventail de secteurs. Parmi les projets annoncés figure notamment un parc à thème, tandis que le potentiel global d’investissement est estimé à environ 6 milliards d’euros.

Ces projets pourraient créer jusqu’à 22 000 emplois, illustrant davantage l’ampleur des ambitions économiques qui sous-tendent la relation bilatérale.

Pour les participants, ces accords témoignent de la complémentarité croissante entre les deux économies et de la volonté de transformer les liens politiques en opportunités d’investissement et commerciales.

Les échanges ont également porté sur le Yémen et la position de l’Arabie saoudite face au conflit.

Abbas a rappelé que Riyad avait tiré la sonnette d’alarme sur la menace des Houthis il y a environ dix ans, notamment en soulevant la question auprès de l’administration de Barack Obama, alors président des États-Unis.

« Dix ans plus tard, c’est toujours une menace, non seulement pour la région, mais pour le monde », a-t-il déclaré, estimant que les développements intervenus depuis avaient confirmé les avertissements formulés à l’époque par l’Arabie saoudite.

L’Arabie saoudite a également soutenu le Yémen à travers plusieurs initiatives, notamment la formation de l’armée yéménite et le partage de renseignements.

Dans le même temps, Abbas a souligné que la priorité devait désormais être de mettre fin au conflit.

« La priorité aujourd’hui est d’arrêter la guerre », a-t-il déclaré, ajoutant que cela serait « la bonne chose à faire pour vous, et pas seulement pour vos alliés ».

Il a également établi une distinction entre l’importance stratégique du détroit de Bab el-Mandeb et celle du détroit d’Ormuz. Selon lui, son impact sur l’économie mondiale est moins important que celui d’une perturbation de la navigation dans le détroit d’Ormuz.

Gouyette, pour sa part, a insisté sur l’importance de reconnaître la « complémentarité » entre la France et l’Arabie saoudite lorsqu’il s’agit de relever les défis régionaux.

La discussion a également porté sur l’importance de l’évolution de l’image internationale de l’Arabie saoudite, notamment alors que le Royaume cherche à attirer les investissements et à concrétiser les ambitions de Vision 2030.

La sénatrice Goulet a souligné que la confiance des investisseurs est étroitement liée à l’image et à l’environnement général d’un pays.

« L’Arabie saoudite est très bien classée par le Groupe d’action financière. Pour développer les affaires, il faut garantir l’environnement », a-t-elle déclaré. Pour l’Arabie saoudite, renforcer sa réputation internationale constitue donc un élément important de sa transformation économique.

La discussion a notamment abordé l’autonomisation des femmes et les changements sociaux plus larges.

Abbas a estimé que le monde arabe ne devait pas être présenté uniquement à travers des images de conflit.

« Le monde arabe ne doit pas être réduit aux balles et aux bombes », a-t-il déclaré, mettant en avant les opportunités qui émergent dans toute la région ainsi que les transformations en cours en Arabie saoudite.

Ces propos faisaient écho à un argument développé récemment par Goulet dans son article d’opinion, « 2030 est déjà là », consacré à la transformation du Royaume.

Le rôle des médias dans l’évolution de la perception de l’Arabie saoudite et, plus largement, du monde arabe a également constitué un thème majeur.

Abbas a évoqué l’introduction de l’intelligence artificielle et les initiatives de contenus multilingues liées au lancement d’Arab News en français et au 50e anniversaire d’Arab News. L’élargissement des contenus à plusieurs langues vise à rendre la couverture accessible à un public international beaucoup plus large, représentant environ 80 % de la population mondiale.

Mais atteindre un public mondial ne signifie pas nécessairement que celui-ci consultera ou suivra les contenus.

« Vous pouvez amener le cheval à l’eau, mais vous ne pouvez pas le forcer à boire », a déclaré Abbas, utilisant cette expression pour illustrer les limites de l’influence des médias dans un environnement de plus en plus façonné par les réseaux sociaux et l’évolution des habitudes de consommation de l’information.

La discussion a ainsi mis en lumière un défi plus large : faire en sorte que les changements rapides qui se produisent dans le monde arabe soient compris à l’international, plutôt que filtrés à travers des perceptions dépassées de la région.

La réunion s’est conclue par un appel à poursuivre les échanges entre la France et l’Arabie saoudite dans les domaines politique, économique et médiatique.

Goulet a proposé la création d’un Club de la presse franco-saoudien afin d’approfondir les échanges entre journalistes et professionnels des médias des deux régions.

Pour Abbas, les discussions au Sénat ont illustré l’ampleur d’une relation qui a considérablement évolué ces dernières années. La coordination politique sur l’Iran, la Palestine, la Syrie, le Liban et le Yémen s’accompagne de plus en plus d’engagements économiques majeurs et d’un effort plus large visant à faire évoluer la perception du Royaume.

Pour Paris et Riyad, la relation ne se limite plus à la diplomatie bilatérale traditionnelle. Elle se présente de plus en plus comme un partenariat stratégique couvrant la sécurité régionale, l’investissement, la culture et les médias, en phase avec la transformation plus large de l’Arabie saoudite.


Orages : tous les modes de transports fortement perturbés dans le sud de la France

Les orages qui ont frappé lundi soir le sud de la France ont provoqué de très fortes perturbations dans tous les modes de transports, d'ouest en est, que ce soit sur les routes, le rail et dans le ciel, a indiqué le ministère des Transports dans un point de situation. (AFP)
Les orages qui ont frappé lundi soir le sud de la France ont provoqué de très fortes perturbations dans tous les modes de transports, d'ouest en est, que ce soit sur les routes, le rail et dans le ciel, a indiqué le ministère des Transports dans un point de situation. (AFP)
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  • Dans le domaine ferroviaire, "les orages entraînent de nombreuses perturbations sur plusieurs axes", avec notamment une interruption du trafic "entre Narbonne et Sète depuis 18h30"
  • Côté TER, le trafic est "fortement perturbé" en région Nouvelle-Aquitaine, "avec de nombreuses suppressions", selon le ministre qui table sur un retour à la normale pour mardi matin

PARIS: Les orages qui ont frappé lundi soir le sud de la France ont provoqué de très fortes perturbations dans tous les modes de transports, d'ouest en est, que ce soit sur les routes, le rail et dans le ciel, a indiqué le ministère des Transports dans un point de situation.

Dans le domaine ferroviaire, "les orages entraînent de nombreuses perturbations sur plusieurs axes", avec notamment une interruption du trafic "entre Narbonne et Sète depuis 18h30", a indiqué sur X le ministre des Transports, Philippe Tabarot, ajoutant qu'"une vingtaine de trains dont 6 TGV sont retardés jusqu’à 2h".

Côté TER, le trafic est "fortement perturbé" en région Nouvelle-Aquitaine, "avec de nombreuses suppressions", selon le ministre qui table sur un retour à la normale pour mardi matin.

En Indre-et-Loire, à Saint-Pierre-des-Corps, sur la LGV Atlantique, "le trafic est interrompu depuis 19h10 en raison d'une perte d’alimentation électrique", et un TGV, un Ouigo et une dizaine de TER "sont retardés jusqu’à 1 h", indique M. Tabarot, qui exprime son "soutien aux voyageurs dont les déplacements sont perturbés" et aux agents "mobilisés pour rétablir les conditions de circulation".

Sur les routes, "des restrictions de circulation, avec notamment des abaissements de vitesse maximale autorisée, ont été prises sur l’ensemble des autoroutes et routes nationales en zone Sud", a indiqué le ministre, appelant "chacun à faire preuve de la plus grande prudence dans ses déplacements".

Enfin, en raison de la forte activité orageuse, le trafic aérien est également "perturbé" dans les aéroports de Bordeaux, Toulouse, Marseille et Nice, ainsi que sur les aéroports parisiens, a indiqué M. Tabarot, faisant état de "retards et (...) annulations de vols.


L'Arabie saoudite et la France appellent à la diplomatie avec l'Iran, réaffirment leur soutien à un État palestinien 

Le prince héritier saoudien Mohammed ben Salmane et le président français Emmanuel Macron ont abordé plusieurs points chauds de la région dans une déclaration commune publiée lundi à Paris. (SPA)
Le prince héritier saoudien Mohammed ben Salmane et le président français Emmanuel Macron ont abordé plusieurs points chauds de la région dans une déclaration commune publiée lundi à Paris. (SPA)
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  • Riyad et Paris appellent à une navigation sans restriction dans le détroit d'Ormuz et à une solution négociée au conflit nucléaire avec l'Iran
  • Soutien à la création d'un État palestinien, à la souveraineté du Liban, au redressement de la Syrie et au renforcement des liens en matière de défense et d'économie

PARIS : L’Arabie saoudite et la France ont appelé à une solution négociée concernant l’Iran, au rétablissement d’une navigation sans restriction dans le détroit d’Ormuz et à la poursuite des efforts en faveur de la création d’un État palestinien, alors que le prince héritier Mohammed ben Salmane et le président français Emmanuel Macron ont présenté une vision commune globale pour la sécurité au Moyen-Orient et un partenariat stratégique élargi.

Dans une déclaration commune publiée à l’issue de leur rencontre à Paris lundi, les deux dirigeants ont souligné que la stabilité au Moyen-Orient devait reposer sur la souveraineté des États, le respect du droit international et la recherche de solutions politiques et diplomatiques aux conflits et aux menaces pour la sécurité.

L’Iran occupait une place prépondérante dans cette déclaration, Riyad et Paris soulignant la nécessité d’une solution négociée pour éviter toute nouvelle escalade et garantir la sécurité régionale.


Le président français Emmanuel Macron, au centre à droite, et le prince héritier saoudien Mohammed ben Salmane, au centre à gauche, assistent à une réunion au Cercle de l’Union interalliée à Paris, en France, le lundi 24 août 2026. (AP)
Les deux parties ont réaffirmé leur engagement en faveur d’une solution diplomatique garantissant le caractère pacifique du programme nucléaire iranien et ont appelé Téhéran à reprendre une coopération totale avec l’Agence internationale de l’énergie atomique.

Ils ont également condamné les attaques contre des navires dans le détroit d’Ormuz et les menaces pesant sur la sécurité des voies navigables, soulignant la nécessité de rétablir la navigation dans ce passage stratégique dans les conditions qui prévalaient avant le 28 février 2026.

Les deux pays ont spécifiquement appelé à la liberté de navigation, à un trafic maritime régulier et à l’absence de péages ou de restrictions, directs ou indirects, au passage, conformément au droit international.