Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Budget: "Il ne serait pas sérieux de faire tomber le gouvernement" dans ce contexte international, affirme Wauquiez

Le président du groupe parlementaire Droite républicaine, Laurent Wauquiez, s'exprime lors d'un débat parlementaire sur le budget 2026 à l'Assemblée nationale, la chambre basse du Parlement français, à Paris, le 31 octobre 2025. (AFP)
Le président du groupe parlementaire Droite républicaine, Laurent Wauquiez, s'exprime lors d'un débat parlementaire sur le budget 2026 à l'Assemblée nationale, la chambre basse du Parlement français, à Paris, le 31 octobre 2025. (AFP)
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  • Laurent Wauquiez exclut toute censure du gouvernement, estimant qu’elle serait irresponsable dans le contexte international et budgétaire actuel
  • Le chef des députés LR juge le budget imparfait mais non idéologique, tout en critiquant le manque d’économies et la pression sur les grandes entreprises

PARIS: Le patron des députés LR Laurent Wauquiez a affirmé mercredi qu'il "ne serait pas sérieux de faire tomber le gouvernement" dans le contexte international actuel, écartant une censure de l'exécutif de Sébastien Lecornu de la part de la cinquantaine de députés LR.

"Dans le contexte international de danger qui est celui de la France et de menace d'une guerre commerciale, il ne serait pas sérieux de faire tomber le gouvernement et de laisser la France sans budget", a déclaré Laurent Wauquiez devant l'Association des journalistes parlementaires (AJP).

Le patron des députés LR a nié que ce budget soit "socialiste" comme l'a affirmé le patron de son parti Bruno Retailleau.

"Ce n'est pas un budget socialiste, ce n'est pas un budget de droite. C'est un budget qui est le fruit d'une situation politique pleine de tempêtes dans laquelle il n'y a pas de majorité dans notre Assemblée nationale", a-t-il expliqué.

Laurent Wauquiez a estimé que le travail parlementaire de la droite a permis d'éviter "l'hérésie fiscale" du projet de budget initial, tout en reconnaissant que la version adoptée par 49.3 est "imparfaite".

A ses yeux, le "gros point de noir de ce budget" est le manque d'économies sur les dépenses et le "poids mis sur les grandes entreprises".

Laurent Wauquiez a sévèrement taclé David Lisnard, le maire libéral de Cannes, qui a appelé mardi les élus de droite à faire tomber le gouvernement et dont la députée Alexandra Martin, qui porte les couleurs de son parti Nouvelle Energie au sein du groupe LR, a promis de voter la censure.

"Ceux qui veulent censurer ou ne pas censurer, la meilleure façon c'est d'avoir le courage de se présenter aux élections législatives", a affirmé le député de Haute-Loire, en allusion au patron de l'Association des maires de France (AMF). David Lisnard est candidat à sa réélection à Cannes en mars et il a annoncé qu'il se présenterait à la présidentielle l'an prochain, si la primaire à droite qu'il souhaite n'est pas organisée.


La France demande «un exercice de l'Otan» au Groenland, se dit «prête à y contribuer»

Donald Trump, à qui des journalistes demandaient mardi jusqu'où il serait prêt à aller pour acquérir le Groenland, a répondu: "vous le découvrirez". (AFP)
Donald Trump, à qui des journalistes demandaient mardi jusqu'où il serait prêt à aller pour acquérir le Groenland, a répondu: "vous le découvrirez". (AFP)
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  • "La France demande un exercice de l'OTAN au Groenland et est prête à y contribuer", a fait savoir la présidence française
  • Plusieurs pays européens, dont la France, l'Allemagne ou le Royaume-Uni, ont déjà envoyé du personnel militaire sur ce territoire pour une mission de reconnaissance en vue d'un exercice danois organisé avec des alliés de l'Otan

PARIS: La France veut un "exercice de l'Otan" au Groenland et est "prête à y contribuer", a indiqué mercredi l'Elysée, alors que le président américain Donald Trump répète qu'il veut s'emparer de ce territoire autonome danois.

Ses menaces concernant le Groenland ont jeté un froid dans les relations déjà complexes entre le président américain, qui doit s'exprimer mercredi au Forum de Davos, et les puissances européennes.

"La France demande un exercice de l'OTAN au Groenland et est prête à y contribuer", a fait savoir la présidence française.

Plusieurs pays européens, dont la France, l'Allemagne ou le Royaume-Uni, ont déjà envoyé du personnel militaire sur ce territoire pour une mission de reconnaissance en vue d'un exercice danois organisé avec des alliés de l'Otan, mais en dehors du cadre de l'alliance atlantique et donc sans l'implication des Etats-Unis.

Cela avait provoqué la colère de Donald Trump, qui avait menacé ses alliés participant à ces manœuvres d'imposer de nouveaux droits de douane allant jusqu'à 25%.

Le dirigeant martèle que le Groenland, par ailleurs riche en minéraux, est vital pour la sécurité des Etats-Unis et de l'Otan face à la Russie et à la Chine. Un exercice de l'Otan à proprement parler permettrait d'impliquer Washington et d'afficher le fait que la sécurité en Arctique est prise au sérieux par les Européens, juge-t-on à Paris.

Donald Trump, à qui des journalistes demandaient mardi jusqu'où il serait prêt à aller pour acquérir le Groenland, a répondu: "vous le découvrirez".

"Je pense qu'il va se passer quelque chose qui sera très positif pour tout le monde", a-t-il assuré.


G7, Groenland, Russie: Macron face au défi de ne pas rompre le fil avec Trump

Emmanuel Macron tente un coup: il a proposé à Donald Trump un sommet du G7 à Paris avec la présence des Russes, toujours en quête d'un équilibre incertain pour contenir les poussées de fièvre de l'imprévisible diplomatie américaine, entre confrontation et accommodements. (AFP)
Emmanuel Macron tente un coup: il a proposé à Donald Trump un sommet du G7 à Paris avec la présence des Russes, toujours en quête d'un équilibre incertain pour contenir les poussées de fièvre de l'imprévisible diplomatie américaine, entre confrontation et accommodements. (AFP)
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  • "Mon ami", commence le président français dans un message privé qui n'aurait pas dû être publié mais a été révélé mardi par son homologue américain
  • "Nous sommes totalement alignés sur la Syrie. Nous pouvons faire de grandes choses en Iran. Je ne comprends pas ce que tu fais au Groenland", poursuit-il

PARIS: Emmanuel Macron tente un coup: il a proposé à Donald Trump un sommet du G7 à Paris avec la présence des Russes, toujours en quête d'un équilibre incertain pour contenir les poussées de fièvre de l'imprévisible diplomatie américaine, entre confrontation et accommodements.

"Mon ami", commence le président français dans un message privé qui n'aurait pas dû être publié mais a été révélé mardi par son homologue américain.

"Nous sommes totalement alignés sur la Syrie. Nous pouvons faire de grandes choses en Iran. Je ne comprends pas ce que tu fais au Groenland", poursuit-il.

Il propose d'"organiser une réunion du G7 à Paris jeudi après-midi", et se dit prêt, "en marge" de ce sommet, à "inviter les Ukrainiens, les Danois, les Syriens et les Russes".

Une présence officielle de dirigeants russes à Paris serait inédite depuis le début de l'invasion russe de l'Ukraine il y a bientôt quatre ans. La Russie a été expulsée du G8, redevenu G7, à la suite de l'annexion de la Crimée par Moscou en 2014, même si Donald Trump a plusieurs fois exprimé le vœu de la réintégrer.

La réponse du président américain n'a pas été rendue publique, et rien ne dit à ce stade que ce sommet se fera. Le Kremlin a assuré n'avoir reçu aucune invitation.

Emmanuel Macron estime avoir appris à gérer sa relation avec Donald Trump lors du premier mandat à la Maison Blanche et depuis son retour il y a un an.

Face à des tensions à nouveau au plus haut en raison de la volonté américaine de s'emparer du Groenland, territoire autonome danois, et des menaces de taxes douanières accrues contre les Etats européens qui s'y opposent, le président français tente de jouer sur les codes de la diplomatie disruptive de son homologue.

"Le président Trump aime faire des opérations. J'ai un peu le même tempérament, donc je comprends très bien", avait reconnu Emmanuel Macron en octobre au sujet de ses "coups" qui sèment souvent la sidération.

Accusé d'être trop accommodant il y a deux semaines sur le Venezuela, le chef de l'Etat français est monté en première ligne pour défendre la souveraineté du Danemark et du Groenland, en dépêchant des militaires sur l'île arctique aux côtés de l'Allemagne notamment.

Puis il a été le plus ferme des dirigeants de l'UE à s'élever contre les menaces douanières, en demandant d'activer son "instrument anti-coercition", considéré comme le "bazooka" en cas de guerre commerciale.

Parallèlement, Paris a été le premier grand pays à dire clairement "non" à l'invitation américaine à un "Conseil de la paix" qui ressemble à un substitut de l'ONU, mais totalement à la main de Donald Trump.

Fin de mandat 

Ce dernier a réagi à ce refus en moquant son homologue français, dont "personne ne veut car il va bientôt terminer son mandat", et en agitant le spectre de droits de douane de 200% sur les vins et champagnes.

Hasard du calendrier, cette séquence intervient le jour de la diffusion, prévue mardi sur la chaîne France 2, d'un documentaire dans lequel on voit Emmanuel Macron appeler le dirigeant américain en mai depuis Kiev pour lui dire que le président ukrainien Volodymyr Zelensky a accepté sa proposition de cessez-le-feu. "Prix Nobel pour ça!", "tu es le meilleur", répond l'intéressé.

Les deux hommes, qui avaient cassé les codes, chacun à sa manière, pour arriver aux affaires en 2017, avaient d'abord noué une relation particulière, entre séduction et rapport de forces. Mais la vraie-fausse idylle a depuis connu des hauts mais aussi beaucoup de bas.

A tel point qu'Emmanuel Macron est régulièrement accusé, en France et parfois en Europe, d'en faire trop pour plaire à Donald Trump.

L'ex-président François Hollande a estimé que son successeur à l'Elysée avait tort de vouloir ménager l'Américain "pour essayer de l'influencer" et de "tout faire pour garder Donald Trump sur le terrain européen".

C'est bien la stratégie d'Emmanuel Macron: "garder Trump au plus près de nous" lorsque les intérêts européens sont en cause, sur l'Ukraine, le Groenland ou le commerce. "Gérer ses à-coups" et les poussées de tensions, quitte à avaler des couleuvres, quand monter au créneau serait peine perdue.

"Il pense qu'il faut choisir ses batailles", analyse Célia Belin, chercheuse au Conseil européen pour les relations internationales. "C'est un principe de réalité: quand la gesticulation ne sert à rien, ça nous rend à la limite plus faibles", dit-elle à l'AFP.

Selon elle, "l'Europe a besoin que la France", pays doté de l'arme nucléaire et porteuse par tradition gaulliste d'une voix à part, "se mette plus en avant dans la confrontation avec Trump".