Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


France: le gouvernement abat ses dernières cartes pour arracher un budget

Le ministre français de l'Économie et des Finances, Roland Lescure, prononce un discours lors du débat sur le projet de loi de finances pour l'année 2026 à l'Assemblée nationale, la chambre basse du Parlement français, à Paris, le 13 janvier 2026. (AFP)
Le ministre français de l'Économie et des Finances, Roland Lescure, prononce un discours lors du débat sur le projet de loi de finances pour l'année 2026 à l'Assemblée nationale, la chambre basse du Parlement français, à Paris, le 13 janvier 2026. (AFP)
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  • Sébastien Lecornu est engagé dans une phase décisive de négociations avec les socialistes pour faire adopter le budget 2026 et éviter une censure, dans un contexte d’impasse parlementaire
  • Faute d’accord, le gouvernement devra choisir entre le recours au 49.3 ou une ordonnance budgétaire inédite, au risque de provoquer une crise politique et d’éventuelles législatives anticipées

PARIS: Le premier ministre Sébastien Lecornu, nommé en octobre pour sortir de l'impasse budgétaire dans laquelle la France se trouve depuis des mois, entre dans la toute dernière ligne droite pour trouver un accord sur le budget 2026 avec les socialistes qui lui éviterait une censure, se résignant à une adoption sans vote.

Il s'exprimera "en fin de journée depuis Matignon afin de présenter les éléments de fond pour construire le contenu d'un accord sur le projet de loi de finances pour l'année 2026", a fait savoir vendredi matin son entourage.

Le chef du gouvernement s'est donné jusqu'à mardi pour trouver une solution acceptable aux yeux du parti socialiste (PS) qui l'a jusqu'à présent épargné. Sur le fond mais aussi sur la forme, les deux outils constitutionnels à sa disposition - article 49.3 ou ordonnance (article 47) - étant perçus par ses opposants comme des "passages en force".

Le gouvernement a pris jeudi soir la décision de suspendre les interminables débats budgétaires à l'Assemblée nationale. Un coup de théâtre justifié par l'impossibilité d'aller à un vote sur le budget de l'État.

Le Premier ministre, qui s'est rendu vendredi matin à l'Élysée pour rencontrer le président Emmanuel Macron, a averti qu'un renversement de son gouvernement serait quasi automatiquement synonyme d'élections législatives anticipées qui pourraient coïncider avec les municipales (15 et 22 mars).

- "Saboteurs" -

"On a donné toutes ses chances au débat" mais "nous avons des saboteurs à l'Assemblée nationale", la France insoumise (LFI, gauche radicale) et le Rassemblement national (RN, extrême droite), a accusé à la télévision la ministre des Comptes publics Amélie de Montchalin, en première ligne dans les discussions avec les forces politiques qu'elle a déjà réunies à plusieurs reprises.

La ministre a esquissé quelques pistes de propositions du gouvernement, sur les collectivités locales, en attente d'engagements financiers à quelques semaines des élections municipales, ou la fiscalité.

Pour le cadre général, Matignon a prévenu qu'il souhaitait arriver à un déficit de 5% maximum du PIB, déplorant qu'il atteigne "à ce stade" 5,3%.

Une fois les propositions sur la table, le chef du gouvernement va devoir trancher sur la manière de les faire entrer dans la loi.

Les discussions budgétaires sont théoriquement censées reprendre mardi après-midi, et le Premier ministre devrait donc avoir d'ici là choisir de recourir soit à l'article 49.3, soit à une ordonnance budgétaire.

Amélie de Montchalin a dit qu'elle n'avait "pas de préférence" mais qu'elle souhaitait "de la stabilité et un budget".

Un recours à l'article 49.3, auquel Sébastien Lecornu avait solennellement renoncé à la demande du PS pour éviter une censure, permettrait au gouvernement de faire passer un budget sans vote en retenant les amendements de son choix.

- "Heures décisives" -

Mais il devrait l'utiliser potentiellement trois fois (sur les dépenses, les recettes, puis sur l'ensemble du texte), s'exposant à chaque fois à une censure.

L'ordonnance budgétaire, c'est-à-dire la traduction du budget dans un texte qui n'a pas besoin de passer devant le Parlement, serait inédite, et constituerait un précédent potentiellement lourd de conséquences.

Sauf que, contrairement au 49.3, elle permettrait de doter le pays d'un budget même si le gouvernement devait être censuré par la suite.

Le député socialiste Emmanuel Grégoire a jugé à la télévision "inacceptable" le recours à une ordonnance qui voudrait dire "forcément censure, puisque sur les ordonnances il ne peut pas y avoir d'amendements, d'enrichissement" du texte.

Sur le 49.3, "ça dépend évidemment de la copie finale" et des propositions du gouvernement, a-t-il estimé. "Et donc nous allons vivre évidemment des heures décisives".

Pour Sébastien Lecornu, comme pour les socialistes, un recours au 49.3 aurait un goût amer. Son abandon était un marqueur d'action du Premier ministre et, pour le PS, le signe d'un retour au parlementarisme.


Municipales à Paris: Dati promet de simplifier les démarches des entreprises

Rachida Dati, candidate de la droite à la mairie de Paris, a promis jeudi de simplifier les démarches administratives des entreprises et d'oeuvrer à mieux répartir le tourisme dans la capitale afin d'éviter l'effet "Tour Eiffel". (AFP)
Rachida Dati, candidate de la droite à la mairie de Paris, a promis jeudi de simplifier les démarches administratives des entreprises et d'oeuvrer à mieux répartir le tourisme dans la capitale afin d'éviter l'effet "Tour Eiffel". (AFP)
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  • La candidate dresse le constat de "difficultés croissantes pour circuler dans Paris", d'une "dégradation du cadre de vie qui pousse les talents à quitter la capitale", d'une "insécurité en hausse", et d'une "lourdeur administrative pesante"
  • Pour lutter contre la vacance commerciale, Rachida Dati promet d'engager un audit afin d'identifier les zones où le commerce de proximité est en difficulté

PARIS: Rachida Dati, candidate de la droite à la mairie de Paris, a promis jeudi de simplifier les démarches administratives des entreprises et d'oeuvrer à mieux répartir le tourisme dans la capitale afin d'éviter l'effet "Tour Eiffel".

"L’attractivité économique d’une ville est un sujet essentiel. Sans commerces, sans entrepreneurs, sans travailleurs, une ville se meurt", assure la maire du VIIe arrondissement dans une interview au quotidien L'Opinion, jugeant que Paris "n'est plus une ville où les choses se passent".

La candidate dresse le constat de "difficultés croissantes pour circuler dans Paris", d'une "dégradation du cadre de vie qui pousse les talents à quitter la capitale", d'une "insécurité en hausse", et d'une "lourdeur administrative pesante".

Pour lutter contre la vacance commerciale, Rachida Dati promet d'engager un audit afin d'identifier les zones où le commerce de proximité est en difficulté.

A l'image du "choc de simplification" appelé de ses voeux par le gouvernement, elle souhaite instaurer des "guichets uniques" pour les entreprises afin d'alléger les procédures d'implantation, de rénovation mais aussi d'occupation temporaire du domaine public (terrasses, travaux sur rue, étalages, etc).

"J’ai rencontré le cas d’un commerçant qui avait eu douze interlocuteurs pour faire enlever un horodateur mis en plein milieu de sa terrasse. C’est la maison des fous !", s'indigne-t-elle.

Pour mieux concilier travaux de voirie et activité commerciale, Mme Dati promet aussi d'accompagner chaque aménagement d'une étude d'impact et assure qu'une entreprise ne respectant pas les calendriers de travaux écopera de pénalités ainsi que d'un malus pour les prochains appels d'offres.

Prônant un tourisme "qualitatif", la candidate LR dit souhaiter qu'il soit "mieux réparti sur l'ensemble de la capitale", ce qui suppose de "mieux valoriser l'ensemble de nos monuments et quartiers" afin de "sortir de l’effet Tour Eiffel".

Elle propose aussi d'inciter les touristes à dépenser plus en engageant une expérimentation pour abaisser de 100 euros à 50 euros le seuil de détaxe pour les achats réalisés dans les commerces parisiens.

La ministre de la Culture, qui ne se prononce pas sur un éventuel départ du gouvernement, met également en garde contre la multiplication des candidatures à droite et au centre.

"C'est non seulement empêcher l’alternance à Paris, mais aussi prendre le risque que Paris soit dirigé demain par une gauche extrême, encore plus dure et idéologique que la majorité sortante", assure-t-elle.


France: des mobilisations d'agriculteurs se maintiennent malgré les annonces du gouvernement

Des agriculteurs de la Coordination Rurale (CR) conduisent leurs tracteurs sur une route à l'extérieur de Toulouse, dans le sud-ouest de la France, pour protester contre le protocole d'abattage obligatoire du gouvernement pour les troupeaux de bovins touchés par la dermatose nodulaire contagieuse et l'accord commercial entre l'UE et le Mercosur, le 14 janvier 2026. (AFP)
Des agriculteurs de la Coordination Rurale (CR) conduisent leurs tracteurs sur une route à l'extérieur de Toulouse, dans le sud-ouest de la France, pour protester contre le protocole d'abattage obligatoire du gouvernement pour les troupeaux de bovins touchés par la dermatose nodulaire contagieuse et l'accord commercial entre l'UE et le Mercosur, le 14 janvier 2026. (AFP)
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  • Malgré de nouvelles annonces du gouvernement, des actions d’agriculteurs se sont poursuivies mercredi en France
  • Les syndicats Coordination rurale et Confédération paysanne jugent les mesures insuffisantes et trop favorables à la FNSEA, dénonçant l’absence de réponses concrètes et la concentration des aides

PARIS: Quelques actions d'agriculteurs ont eu lieu mercredi dans différentes régions françaises malgré des concessions du gouvernement, répondant notamment aux demandes des syndicats agricoles FNSEA et Jeunes Agriculteurs dont les tracteurs ont quitté Paris à l'aube.

En dépit de l'annonce de nouvelles mesures en faveur des agriculteurs mardi par le Premier ministre, Sébastien Lecornu, des barrages routiers et rassemblements à l'initiative de différents syndicats ont été maintenus, mais l'ampleur de la mobilisation a largement baissé par rapport à ces derniers jours. Quelques actions sporadiques sont néanmoins toujours prévues jeudi.

La Coordination rurale (classée très à droite) et la Confédération paysanne (plutôt à gauche), respectivement deuxième et troisième syndicats agricoles français après l'alliance FNSEA/Jeunes Agriculteurs (au centre-droit), dénoncent des mesures insuffisantes et calquées sur les demandes de cette dernière.

Une centaine d'agriculteurs de la Confédération paysanne sont parvenus à entrer dans une annexe du ministère de l'Agriculture à Paris, qu'ils ont occupée pendant une heure pour dénoncer la politique agricole du gouvernement et l'accaparement selon eux des subventions publiques par un petit nombre d'exploitants et de grands groupes agro-industriels.

Plusieurs dizaines "ont été interpellés, notamment les trois porte-parole nationaux du syndicat", a indiqué la Confédération paysanne en début de soirée. Cinquante personnes ont été placées en garde à vue selon la préfecture de police.

Dans le sud-ouest du pays, des tracteurs de la Coordination rurale ont tenu des barrages sur un rond-point menant à l'aéroport de Toulouse et sur l'A64 (Toulouse-Bayonne), levés dans la journée.

- "Rien ne sort" -

Des barrages ont aussi été installés dans le Var (sud est) et dans le nord de la France sur l'autoroute A1 (Paris-Lille), mais ils ont été levés en début d'après-midi.

Dans la Marne (est), le blocage du dépôt pétrolier de Vatry continuait mercredi soir: au moins 40 agriculteurs et une vingtaine de tracteurs étaient encore présents en fin d'après-midi, selon le patron du site, François Renaud, interrogé par l'AFP.

"Rien ne rentre et rien ne sort" du dépôt, avait déclaré en début de journée à l'AFP Christophe Saint-Juvin, représentant local de la Coordination rurale, estimant que les annonces gouvernementales de ces derniers jours ne comportaient "rien de concret".

Le ministère français de l'Agriculture, qui reconnaît la légitimité de la colère des agriculteurs, a estimé lors d'un point presse que les différentes salves de mesures annoncées depuis décembre étaient "de nature à répondre à différentes demandes".

Il a souligné la baisse de la mobilisation mercredi sans s'avancer sur les suites du mouvement dans les semaines qui précèderont le Salon de l'agriculture, grand rendez-vous du monde agricole, qui se tiendra du 21 février au 1er mars à Paris.

A l'aube, les plus de 350 tracteurs de la FNSEA et des Jeunes Agriculteurs ont quitté la capitale, après avoir passé quelque 24 heures à Paris, principalement devant l'Assemblée nationale, pour réclamer davantage de soutien au secteur.

- Mesures annoncées -

Le Premier ministre Sébastien Lecornu a notamment promis mardi une "loi d'urgence agricole" au Parlement "avant l'été" portant sur "plusieurs priorités: eau, prédation (les attaques de loups, ndlr), moyens de production".

Le chef du gouvernement français a également affirmé qu'un "cap clair" sur la politique de l'eau serait "fixé d'ici le salon" de l'Agriculture. Il a demandé, avant la présentation du projet de loi, un "moratoire sur toutes les décisions relatives" à cette question et la suspension des "textes fixant les volumes d'eau prélevables (...) jusqu'à septembre".

Ses annonces s'ajoutent aux mesures déjà promises pour endiguer la crise agricole et répondent quasiment point par point à des demandes de la FNSEA et des Jeunes Agriculteurs, alliance qui domine le syndicalisme agricole.

Depuis début décembre, les manifestations d'agriculteurs se multiplient et les précédentes annonces du gouvernement vendredi, après des défilés de tracteurs de la Coordination rurale puis de la Confédération paysanne à Paris, n'avaient pas suffi à calmer la colère contre la gestion de la dermatose bovine, l'accord UE-Mercosur et la précarité d'une profession qui se dit "à bout".