Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Décès de Lionel Jospin à l'âge de 88 ans

L'ancien Premier ministre socialiste Lionel Jospin est décédé dimanche à l'âge de 88 ans, a annoncé lundi sa famille à l'AFP.(AFP)
L'ancien Premier ministre socialiste Lionel Jospin est décédé dimanche à l'âge de 88 ans, a annoncé lundi sa famille à l'AFP.(AFP)
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  • Figure reconnue et rassembleuse de la gauche jusqu'au bout, il avait créé le principe de la "gauche plurielle", réunissant dans ses gouvernements des ministres socialistes mais aussi écologistes et communistes
  • Porté par une conjoncture économique favorable, il avait alors mis en place la réduction du temps de travail à 35 heures hebdomadaires, la couverture maladie universelle et un contrat d'union civile: le Pacs

PARIS: L'ancien Premier ministre socialiste Lionel Jospin est décédé dimanche à l'âge de 88 ans, a annoncé lundi sa famille à l'AFP.

M. Jospin avait indiqué en janvier avoir subi "une opération sérieuse", sans divulguer de détails.

Chef du gouvernement de 1997 à 2002, premier secrétaire du PS de 1981 à 1988 puis de 1995 à 1997, M. Jospin s'était aussi présenté sans succès aux élections présidentielles de 1995 et 2002.

Figure reconnue et rassembleuse de la gauche jusqu'au bout, il avait créé le principe de la "gauche plurielle", réunissant dans ses gouvernements des ministres socialistes mais aussi écologistes et communistes.

Porté par une conjoncture économique favorable, il avait alors mis en place la réduction du temps de travail à 35 heures hebdomadaires, la couverture maladie universelle et un contrat d'union civile: le Pacs.

La surprise avait été totale lorsqu'en 2002, il n'était pas parvenu à se qualifier pour le second tour de la présidentielle, laissant Jean-Marie Le Pen en duel avec Jacques Chirac.

Dispersion de la gauche, campagne ratée, montée de l'extrême droite, Lionel Jospin s'était alors retiré de la vie politique, n'intervenant plus pendant des années dans le débat public.

Pendant le quinquennat de François Hollande, il avait présidé une commission sur la moralisation de la politique puis était au Conseil constitutionnel en 2014.

Le leader Insoumis Jean-Luc Mélenchon, qui fut ministre de M. Jospin de 2000 à 2002, a rendu hommage à "un modèle d'exigence et de travail" et salué la mémoire d'une "présence intellectuelle dans un univers qui partait à la dérive", dans un message publié sur X.


Grégoire gagne Paris haut la main, défaite cuisante pour Dati

Emmanuel Grégoire, candidat de la gauche unie hors LFI à Paris, a été largement élu dimanche face à sa rivale de droite Rachida Dati. (AFP)
Emmanuel Grégoire, candidat de la gauche unie hors LFI à Paris, a été largement élu dimanche face à sa rivale de droite Rachida Dati. (AFP)
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  • Le successeur d'Anne Hidalgo, 48 ans, a totalisé 50,52% des suffrages, neuf points devant la candidate de la droite et du centre Rachida Dati, qui a échoué une deuxième fois à ravir la capitale à la gauche
  • L'Insoumise Sophia Chikirou est arrivée troisième, avec 7,96 des voix

PARIS: Emmanuel Grégoire, candidat de la gauche unie hors LFI à Paris, a été largement élu dimanche face à sa rivale de droite Rachida Dati. Enfourchant un Vélib, il s'est rendu à l'Hôtel de Ville où Anne Hidalgo lui a donné une chaleureuse accolade avant de lui remettre la clé de la ville.

Le successeur d'Anne Hidalgo, 48 ans, a totalisé 50,52% des suffrages, neuf points devant la candidate de la droite et du centre Rachida Dati, qui a échoué une deuxième fois à ravir la capitale à la gauche, aux commandes depuis 25 ans.

L'Insoumise Sophia Chikirou est arrivée troisième, avec 7,96 des voix.

"Paris a décidé de rester fidèle à son histoire", s'est félicité Emmanuel Grégoire depuis la Rotonde de Stalingrad (nord-est), acclamé par les militants.

Le député PS et ex-premier adjoint de la maire sortante voit dans son succès "une promesse exigeante" et "la victoire d'une certaine idée de Paris, un Paris vivant, progressiste, populaire".

"Ce n'est pas la victoire d'un Paris contre un autre", a ajouté M. Grégoire, dont les sondages prédisaient une victoire sur le fil du rasoir.

Sitôt sa victoire annoncée, le nouvel édile de la capitale, 48 ans, s'est rendu à Vélib à l'Hôtel de ville, où l'attendaient Anne Hidalgo mais aussi l'ex-maire socialiste Bertrand Delanoë, symbole de la "prise" de Paris par la gauche en 2001.

"Je suis très heureuse, c'est un bonheur immense", a déclaré Anne Hidalgo à son arrivée, lui donnant une longue et chaleureuse accolade, avant de lui remettre la clé de la ville.

"Mes premiers mots vont à Anne Hidalgo pour ses mots chaleureux", a répondu Emmanuel Grégoire, passant l'éponge sur leurs dernières années de brouille.

"Je pense à ceux qui dorment ce soir dans les rues, à ceux qui souffrent, à tous les plus vulnérables qui ont besoin de la gauche", a-t-il ajouté, avant de prendre le métro en direction de la Rotonde Stalingrad.

Douche froide chez Dati 

A l'annonce des résultats, plusieurs centaines de sympathisants ont explosé de joie, scandant "Paris reste à gauche !".

"Je suis soulagée! Je m'attendais à un petit écart mais là c'est impressionnant", a réagi Nolween Caruso, 27 ans.

Bière à la main et sourire aux lèves, Léo est allé célébrer la victoire sur le parvis de l'Hôtel de ville. "On eu un peu peur que Rachida Dati puisse être élue avec le soutien de l'extrême droite. Dans une ville comme Paris ça aurait fait mal", confie ce militant PS de 26 ans.

Rachida Dati, déjà battue en 2020 par Anne Hidalgo, a reconnu dans un message lapidaire qu'elle n'avait "pas réussi à convaincre suffisamment" que le changement "était non seulement possible, mais surtout qu'il était nécessaire".

Devant son QG, c'est la douche froide pour les militants. "Je suis extrêmement déçue, j'y croyais fort, Paris méritait l'alternance", se désole Eva Sultan, 57 ans, cadre de banque et militante.

Autre salle, autre ambiance près du QG de campagne de Sophia Chikirou, où une quarantaine de personnes ont explosé de joie à l'annonce de la victoire du député PS.

La candidate insoumise a vu dans cette victoire l'expression du "rejet fort de la droite" et s'est félicitée que des élus LFI entrent pour la première fois au Conseil de Paris.

De son côté, l'ex-candidat Horizons et Renaissance Pierre-Yves Bournazel a dit sur X former "le vœu que Paris réussisse" et "demeure, enfin, la capitale de la lutte contre tous les extrémismes politiques". L'ancien chef de file du centre-droit a fusionné ses listes avec Rachida Dati mais s'est retiré personnellement de la course, un geste perçu comme un désaveu vis-à-vis de l'ex-garde des Sceaux de Nicolas Sarkozy.

Equilibre inchangé dans les arrondissements 

"Je suis très triste pour les Parisiens", a déclaré Sarah Knafo, l'ex-candidate d'extrême droite, qui s'était désistée pour "faire battre la gauche".

"Paris est une ville définitivement de gauche", analyse Frédéric Dabi, directeur général de l'Ifop. Selon lui, l'électorat de Pierre-Yves Bournazel "s'est très mal reporté sur Rachida Dati, dont le score est une addition de celui du premier tour, et sans doute de 90% à 95% de Sarah Knafo".

Dans les arrondissements, l'équilibre des forces politiques reste inchangé, avec neuf arrondissements restant à gauche et huit demeurant à droite.

Lucie Castets, ex-candidate de la gauche pour Matignon, a été élue maire du XIIe arrondissement, où elle avait remplacé au pied levé la maire écologiste sortante Emmanuelle Pierre-Marie, épinglée pour son management jugé toxique.

Le chef de file des écologistes parisiens David Belliard, ex-adjoint aux transports d'Anne Hidalgo, a remporté le XIe arrondissement. Il avait obtenu la tête de liste aux termes de l'accord d'union négocié avec les socialistes d'Emmanuel Grégoire, qui ont accepté de céder leur bastion, terre d'élection d'Anne Hidalgo.

L'élection du maire aura formellement lieu dimanche prochain.

 


Macron condamne les attaques iraniennes contre l'Arabie saoudite lors d'un appel avec le prince héritier

 Le prince héritier saoudien Mohammed ben Salmane a reçu un appel téléphonique du président français Emmanuel Macron, au cours duquel les deux dirigeants ont passé en revue les derniers développements régionaux et leurs répercussions, a rapporté lundi l'Agence de presse saoudienne. (SPA)
Le prince héritier saoudien Mohammed ben Salmane a reçu un appel téléphonique du président français Emmanuel Macron, au cours duquel les deux dirigeants ont passé en revue les derniers développements régionaux et leurs répercussions, a rapporté lundi l'Agence de presse saoudienne. (SPA)
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  • Le président français réaffirme le soutien de Paris aux mesures prises par Riyad pour "sauvegarder sa souveraineté"
  • Il a réaffirmé le soutien de Paris à toutes les mesures prises par Riyad pour sauvegarder sa souveraineté, sa sécurité et son intégrité territoriale

RIYAD: Le prince héritier saoudien Mohammed ben Salmane a reçu un appel téléphonique du président français Emmanuel Macron, au cours duquel les deux dirigeants ont passé en revue les derniers développements régionaux et leurs répercussions, a rapporté lundi l'Agence de presse saoudienne (SPA).

Lors de l'appel, Macron a exprimé la solidarité de la France avec l'Arabie saoudite, condamnant fermement les attaques iraniennes répétées visant le Royaume.

Il a réaffirmé le soutien de Paris à toutes les mesures prises par Riyad pour sauvegarder sa souveraineté, sa sécurité et son intégrité territoriale.

Cet appel est intervenu alors que les tensions régionales continuent de s'intensifier. Un jour plus tôt, M. Macron avait appelé toutes les parties au conflit à imposer un moratoire sur les frappes visant les installations énergétiques et d'autres infrastructures civiles.

Il a également exhorté l'Iran à permettre la libre circulation dans le détroit d'Ormuz, mettant en garde sur le média social X contre le "risque d'une escalade incontrôlable".

La France a vivement critiqué l'Iran ces derniers jours. Lors d'une visite en Israël vendredi, le ministre des affaires étrangères, Jean-Noël Barrot, a déclaré que toute résolution durable du conflit au Moyen-Orient devait être étayée par un règlement politique, ce qui suppose que Téhéran change radicalement de cap.

"Quelle que soit l'issue des opérations militaires en cours, elle doit être complétée par une solution politique qui produise des résultats durables", a déclaré M. Barrot aux journalistes à Tel-Aviv, ajoutant que "le régime iranien doit être prêt à faire des concessions majeures - à changer radicalement de position".

M. Barrot s'est également fait l'écho des appels européens en faveur d'un arrêt des frappes sur les infrastructures énergétiques, à la suite d'un bombardement israélien sur le principal champ gazier iranien qui a entraîné une hausse des prix de l'énergie.