Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Short Url
Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


Présidentielle : Attal lance sa campagne estivale «accélérée» en Bretagne

 Gabriel Attal ne relâche pas le rythme de sa campagne présidentielle pendant l'été. Il a entamé jeudi un déplacement de trois jours en Bretagne où il entend montrer son "envie" d'aller à l'Elysée, qu'il juge plus forte que celle de son concurrent Edouard Philippe. (AFP)
Gabriel Attal ne relâche pas le rythme de sa campagne présidentielle pendant l'été. Il a entamé jeudi un déplacement de trois jours en Bretagne où il entend montrer son "envie" d'aller à l'Elysée, qu'il juge plus forte que celle de son concurrent Edouard Philippe. (AFP)
Short Url
  • Venu en avion de Paris, l'ancien Premier ministre a été accueilli par une poignée de militants et d'élus à la criée de Brest, où il a déambulé au milieu des bacs de lotte, de langoustes et de raies
  • Jeudi, M. Attal devait déjeuner avec le patron des supermarchés Michel-Edouard Leclerc, avant de poursuivre la journée aux fêtes maritimes de Douarnenez

BREST: Gabriel Attal ne relâche pas le rythme de sa campagne présidentielle pendant l'été. Il a entamé jeudi un déplacement de trois jours en Bretagne où il entend montrer son "envie" d'aller à l'Elysée, qu'il juge plus forte que celle de son concurrent Edouard Philippe.

"Gabriel (Attal) continue à accélérer, il en a plus envie que les autres. Il trace sa route, fort et vite", résume son entourage.

Venu en avion de Paris, l'ancien Premier ministre a été accueilli par une poignée de militants et d'élus à la criée de Brest, où il a déambulé au milieu des bacs de lotte, de langoustes et de raies.

"Qu'est-ce qu'on peut faire pour aider la filière?", a interrogé le candidat.

Un représentant des goémoniers bretons, Yvon Troadec, l'a interpellé sur les difficultés de la profession, confrontée aux effets du réchauffement climatique, qui plombe la récolte d'algues.

"Je n'ai aucune illusion" d'avoir été entendu, a confié le pêcheur à l'AFP.

Sur les quais du port breton, M. Attal a vanté "l'identité extrêmement forte", "heureuse" et "conquérante" de la Bretagne. "C'était important pour moi d'être ici (...) pour aller aussi à la rencontre des Français qui travaillent, y compris en plein été, c'est le sens de mes déplacements tout au long de cet été et je vais continuer à le faire", a-t-il ajouté.

Jeudi, M. Attal devait déjeuner avec le patron des supermarchés Michel-Edouard Leclerc, avant de poursuivre la journée aux fêtes maritimes de Douarnenez.

Vendredi, il doit tenir une réunion publique à Lorient et pour finir un passage samedi sur l'île aux Moines, où il passait ses vacances en famille.

Distancé par le candidat d'Horizons dans les sondages, le patron du parti Renaissance veut "convaincre les Français un par un sur le terrain", notamment ceux "qui travaillent".

Edouard Philippe s'est aussi rendu dans l'ouest de la France samedi dernier, du marché de Guérande à la plage de La Baule en Loire-Atlantique, pour évoquer l'érosion côtière ou la question du tourisme.

Alors que les candidatures des deux anciens Premiers ministres d'Emmanuel Macron font craindre un effacement du centre et de la droite au second tour de la présidentielle, Gabriel Attal estime dans un entretien au quotidien régional Le Télégramme qu'il "faut d'abord une campagne et, ensuite, un vrai rassemblement", promis pour "début 2027".

En Bretagne, il entend développer la thématique des salaires, qu'il refuse de laisser à la gauche.

Désireux de réduire l'écart entre les salaires bruts et nets, il promet l'équivalent d'un treizième mois pour les Français "de la classe moyenne qui travaillent", soit 250 euros de plus par mois pour un salarié qui touche 2.200 euros net par mois.

 Pas de "facilité" 

Celui qui a pris ses distances avec Emmanuel Macron se défend d'aller "à la facilité" en Bretagne, terre macroniste.

Il défend son "ADN singulier" et considère au passage qu'"on n'a pas été assez loin" sur l'adaptation au changement climatique.

"Si on reprend les 10 dernières années, il y a eu un certain nombre de progrès" mais "on n'a pas été assez loin, notamment sur l'adaptation de notre pays. Les épisodes de canicule l'ont démontré", dit-il.

Alors qu'une partie des députés Renaissance sont très remontés après la réintroduction à titre dérogatoire de deux pesticides dans la loi d'urgence agricole, M. Attal reconnaît "un trouble" parmi les troupes du bloc central qui restent "en soutien" des agriculteurs.

Il entend plus largement pendant l'été s'arrêter sur le "quotidien" des Français et des thèmes parfois inhabituels dans une campagne présidentielle.

Il évoquera ainsi fin juillet la gestion de l'eau à Annecy, alors que la sécheresse s'étend après plusieurs épisodes de canicule, les gens du voyage en Vendée, ou encore l'abandon des animaux de compagnie, avant de visiter en août un quartier prioritaire et une colonie de vacances, puis de rencontrer des "mamans solo".

Fin août, il entrera dans une "nouvelle phase", avec la présentation de son quatrième et dernier chantier dédié à l'éducation et de son équipe de campagne.

Avant d'entamer une série de meetings régionaux, dont le premier se tiendra le 10 octobre à Lyon.


Les deux diplomates français agressés en Iran sont rentrés à Paris

Les deux diplomates français agressés à Téhéran sont rentrés mercredi à Paris, a indiqué jeudi le ministre des Affaires étrangères Jean-Noël Barrot, assurant qu'ils avaient été pris à partie en raison de leur mission de soutien à la société civile iranienne. (AFP)
Les deux diplomates français agressés à Téhéran sont rentrés mercredi à Paris, a indiqué jeudi le ministre des Affaires étrangères Jean-Noël Barrot, assurant qu'ils avaient été pris à partie en raison de leur mission de soutien à la société civile iranienne. (AFP)
Short Url
  • Les deux diplomates "sous le choc" ne souhaitent pas retourner à Téhéran, a-t-il ajouté. "Ils continueront d'exercer leur mission jusqu'à son terme, mais depuis Paris"
  • Leur mission consistait notamment à "développer des programmes de soutien à la société civile iranienne, aux étudiants, aux artistes, pour leur permettre de venir en mobilité dans des universités ou dans des résidences d'artistes"

PARIS: Les deux diplomates français agressés à Téhéran sont rentrés mercredi à Paris, a indiqué jeudi le ministre des Affaires étrangères Jean-Noël Barrot, assurant qu'ils avaient été pris à partie en raison de leur mission de soutien à la société civile iranienne.

"Ils sont rentrés à Paris hier et sont entourés de tout le soutien nécessaire après cette agression extrêmement grave et préméditée", a déclaré le ministre français, interrogé sur la radio France Inter.

Les deux diplomates "sous le choc" ne souhaitent pas retourner à Téhéran, a-t-il ajouté. "Ils continueront d'exercer leur mission jusqu'à son terme, mais depuis Paris".

Ces deux diplomates étaient en poste à Téhéran. Leur mission consistait notamment à "développer des programmes de soutien à la société civile iranienne, aux étudiants, aux artistes, pour leur permettre de venir en mobilité dans des universités ou dans des résidences d'artistes", a expliqué le ministre.

"C'est l'action de la France en soutien à la société civile iranienne", qui était visée à travers cette agression, a-t-il encore dit.

Le "régime tente, par tous moyens, de décourager la France, de continuer à soutenir le peuple iranien, mais évidemment nous continuerons", a-t-il poursuivi.

Dimanche, les deux diplomates,  ont été "brutalement interpellés dans un lieu privé par des officiers de sécurité du régime", a détaillé M. Barrot.

Ils ont été "détenus pendant près de quatre heures, sans accès à leurs moyens de communication". Ils ont été "intimidés", et l'un d'eux pour l'un d'eux "violemment pris à partie, frappé".

Les autorités iraniennes ont de leur côté démenti cette agression, affirmant que les diplomates n'avaient été que "brièvement interrogés" par les services de sécurité, après avoir participé à une "réunion avec plusieurs personnes recherchées par les autorités", selon une déclaration mercredi de Mohammad Tanhaei, du ministère iranien des Affaires étrangères, relatée par le média officiel Irib.

Le pays est en guerre depuis l'offensive déclenchée fin février par des frappes israélo-américaines.


Budget: Lecornu ne veut pas attendre la présidentielle

Le Premier ministre français Sébastien Lecornu fait un geste alors qu’il s’exprime lors d’une séance de questions au gouvernement à l’Assemblée nationale, la chambre basse du Parlement français, à Paris, le 21 juillet 2026. (AFP)
Le Premier ministre français Sébastien Lecornu fait un geste alors qu’il s’exprime lors d’une séance de questions au gouvernement à l’Assemblée nationale, la chambre basse du Parlement français, à Paris, le 21 juillet 2026. (AFP)
Short Url
  • Sébastien Lecornu veut faire adopter un budget cet hiver avec des « réformes structurelles, même modestes », afin de réduire un déficit jugé préoccupant et préparer l’avenir avant la présidentielle de 2027
  • Le Premier ministre appelle au compromis politique, propose des économies ciblées et des investissements dans le numérique, l’IA et la transition écologique malgré un contexte parlementaire difficile

PARIS: Sébastien Lecornu ne veut pas attendre la présidentielle pour engager des "réformes structurelles, même modestes" dans le prochain budget qu'il espère faire adopter "dans l'hiver", pour réduire un déficit "préoccupant" mais aussi pour distinguer les candidats aptes, selon lui, à "gouverner".

"Nous ne pouvons pas suspendre toutes les décisions jusqu'en 2027", prévient le Premier ministre dans un long entretien à Paris Match réalisé vendredi et mis en ligne mercredi, où il tient à "rendre des comptes" après dix mois à Matignon.

Il juge "préoccupant, grave même" le niveau de la dette et du déficit du pays "parce qu'il limite notre liberté d'action et nous place en situation de vulnérabilité".

Et il n'est "pas très optimiste" sur le respect des objectifs en matière de déficit public pour 2026 et 2027. La cible de 5% du Produit intérieur brut en 2026 sera "difficile à atteindre", avait déjà reconnu le ministre de l'Economie Roland Lescure début juillet.

"La guerre en Iran et ses conséquences sur les prix de l'énergie (...) pèsent considérablement sur 2026. Sans oublier le surcoût de l'activité de nos forces armées dans le Golfe", explique le chef du gouvernement.

Pour 2027, "beaucoup dépendra de notre capacité à mettre en œuvre" des réformes, selon lui.

- "Verdir" -

Malgré l'absence de majorité parlementaire et le contexte pré-électoral qui rendent l'équation quasi-impossible, Sébastien Lecornu redit vouloir qu'un budget soit adopté "dans l'hiver" pour ne pas entraver le futur président qui sera élu en mai.

"Les candidats qui chercheraient à empêcher tout budget à l'automne prendraient la responsabilité de condamner leur propre première année de quinquennat", met-il en garde.

Le Premier ministre esquisse des premières pistes pour le projet de loi de finances.

Il prône "la stabilité fiscale" mais n'exclut pas "d'interroger l'efficacité de certaines niches fiscales et de lutter contre la fraude".

Côté dépenses, il propose de "diminuer" le remboursement des médicaments qui n'apportent qu'un "bénéfice thérapeutique faible". Et envisage de "demander un effort à ceux qui achètent plus de 50 boîtes de médicaments par an ou vont plus de 25 fois chez le médecin par an, tout en protégeant les plus fragiles socialement".

Il entend en outre "créer un bonus-malus budgétaire entre les ministères pour les inciter à investir dans le numérique et l'intelligence artificielle".

Alors que la politique macroniste d'adaptation au changement climatique a été critiquée par les oppositions lors de la dernière canicule historique, Sébastien Lecornu propose de "verdir" le fonds de compensation de la TVA destiné aux collectivités (FCTVA), afin de valoriser les dépenses consacrées à cette adaptation.

- Une montre -

Il faut "cesser de considérer chaque compromis comme une trahison", insiste M. Lecornu, estimant que rien ne dit que le futur président disposera d'une majorité claire.

A cette aune, le débat budgétaire sera "un moment de vérité pour les candidats", permettant "de distinguer ceux qui veulent réellement gouverner de ceux qui veulent simplement faire campagne", soutient le chef du gouvernement.

Lui-même ne "se mêle pas" de l'élection reine, assure-t-il, mais demande aux prétendants à l'Elysée "de ne pas entraver l'action du gouvernement".

Photographié par l'hebdomadaire dans les jardins de Matignon avec sa chienne Tiga, ou sur le marché de sa ville de Vernon, dans l'Eure, Sébastien Lecornu veut rester "pudique" sans être "austère".

Ce "militant" de la discrétion dévoile tout juste une montre Lip à son poignet, modèle "général de Gaulle", son modèle, et indique qu'il écrira de nouveau après son bail rue de Varenne "sur les questions militaires", sa passion.