Quand l'intelligence artificielle sert à fabriquer des médicaments

Le robot humanoïde Engineered Arts Ameca doté d'une intelligence artificielle est présenté lors du Consumer Electronics Show (CES), le 5 janvier 2022 à Las Vegas, dans le Nevada. (Photo de Patrick T. FALLON / AFP)
Le robot humanoïde Engineered Arts Ameca doté d'une intelligence artificielle est présenté lors du Consumer Electronics Show (CES), le 5 janvier 2022 à Las Vegas, dans le Nevada. (Photo de Patrick T. FALLON / AFP)
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Publié le Lundi 06 juin 2022

Quand l'intelligence artificielle sert à fabriquer des médicaments

  • On pourrait penser que l'IA est désormais mise à toutes les sauces. Mais dans le secteur du médicament, le changement est plus que cosmétique
  • Une visite dans les locaux parisiens de la start-up française Iktos, fondée en 2016, fait comprendre le changement d'ère

PARIS : Trouver un médicament contre la dengue grâce à l'intelligence artificielle (IA)? Ce n'est pas de la science-fiction mais le projet lancé récemment par une ONG européenne, nouveau signe que l'IA a désormais sa place dans le médicament.

L'ONG Drugs for Neglected Diseases Initiative, qui cherche des cures contre des maladies négligées, a lancé en avril un partenariat avec BenevolentAI, une société britannique qui travaille à développer de nouvelles molécules grâce à l'IA. BenevolentAI n'en est pas à son coup d'essai. Elle a notamment mis au jour, durant la pandémie, le rôle que peut jouer dans le traitement des malades du Covid-19 une molécule, baricitinib, développée par le laboratoire Eli Lilly pour une autre maladie.

On pourrait penser que l'IA est désormais mise à toutes les sauces. Mais dans le secteur du médicament, le changement est plus que cosmétique. Début 2020, Exscientia, start-up écossaise, a mis au point avec le laboratoire pharmaceutique japonais Sumitomo Dainippon une première molécule "construite" par l'IA, entrée en essai clinique.

"Ca n'est pas futuriste: l'intelligence artificielle est une approche méthodologique du traitement de la donnée, qui peut servir dans plusieurs étapes du processus de développement de l'industrie du médicament", estime le docteur Thomas Borel, directeur des affaires scientifiques de la fédération des entreprises du médicament (Leem).

Une visite dans les locaux parisiens de la start-up française Iktos, fondée en 2016, fait comprendre le changement d'ère. Ici, on ne trouve aucun microscope ni appareil de biologie, aucun laborantin en blouse blanche. Mais des écrans d'ordinateurs à foison, qui vont croiser des masses de données de santé à une vitesse qu'aucun cerveau humain ne pourrait atteindre.

"L'idée est d'exploiter les données déjà existantes pour obtenir de nouvelles molécules intéressantes, plus rapidement", explique Yann Gaston-Mathé, le dirigeant de la start-up, qu'il a cofondée en 2016.

Son équipe a pour cela utilisé une base mondiale contenant les données de 100 millions de molécules. A partir de celle-ci, "nous avons entraîné un modèle qui va générer automatiquement de nouvelles molécules, et identifier celles qui seront actives sur des cibles biologiques d'intérêt", dépeint Yann Gaston-Mathé.

Iktos a même mis en place une plateforme de recherche de molécules par intelligence artificielle, qu'elle fournit sur abonnement aux sociétés pharmaceutiques.

Intérêt des grands labos

Aqemia, start-up issue de l'École nationale supérieure-PSL, créée en 2019, développe de son côté une plateforme de découverte de médicaments grâce à la physique statistique inspirée du quantique.

"Nous utilisons une intelligence artificielle que l'on dit générative", souligne le fondateur, le chercheur Maximilien Levesque. "On invente des molécules qui vont se coller sur une cible biologique spécifique responsable d'une maladie. L'intelligence artificielle est nourrie par la physique: on a juste besoin de connaître la nature physique de la molécule et de la cible pour calculer leur affinité", décrit-il.

Si les start-up sont à la pointe, les grands laboratoires se penchent de plus en plus sur la question, et y mettent le prix. Le géant américain Bristol-Myers Squibb a ainsi passé un accord avec Exscientia l'an dernier, à qui il pourrait verser plus d'un milliard de dollars. Les Gafam sont aussi de la partie: en 2019, le laboratoire suisse Novartis et le géant Microsoft ont annoncé leur collaboration sur le sujet.

Est-ce pour autant la fin du chimiste dans son laboratoire? Il existe des difficultés majeures, dont l'accès à des données exploitables. Sans oublier la nécessité de trouver les futurs spécialistes des données, experts à la fois en intelligence artificielle et en questions de pharmacologie.

Il y a en outre un aspect réglementaire important, juge Thomas Borel, du Leem. "On utilise par exemple l'IA pour réaliser un bras virtuel de patients lors d'un essai clinique. Mais pour qu'ensuite ce médicament soit accepté, il faut que les systèmes réglementaires reconnaissent la valeur de l'algorithme", dit-il.

"Cela fait des années que les médicaments sont conçus avec l'aide d'ordinateurs", commente de son côté Yann Gaston-Mathé, qui dit vouloir apporter "des outils supplémentaires aux chimistes, sans vouloir remplacer l'homme par la machine".

L'intelligence artificielle en santé, un grand besoin de formation

L'intelligence artificielle dans la santé peut prendre diverses formes: aide au diagnostic, au développement de médicaments... Dans tous les cas, elle nécessite de nouvelles compétences, dit le professeur Xavier Tannier, chercheur au laboratoire d'informatique médicale et d'ingénierie des connaissances en e-Santé à l'université de Paris, la Sorbonne.

De quoi parle-t-on quand on évoque l'intelligence artificielle (IA) en santé?

L'IA, de façon générale, c'est essayer de mettre en œuvre des systèmes qui simulent le raisonnement humain. C'est un terme chapeau, sous lequel il y a différentes disciplines scientifiques, qui ont souvent pour projet d'assister l'intelligence humaine plutôt que de la remplacer par une intelligence artificielle.

Prenons le cas du +machine learning+: c'est un système d'apprentissage, l'une des branches de l'IA. L'idée est de partir de données de santé annotées par des humains. Par exemple, un ensemble d'images avec une indication faite par le médecin: est-ce que telle mammographie indique un cancer, et à quel stade de développement ? Est-ce que le compte rendu médical parle de tumeur métastasée? Il y a donc ce jeu de données annotées par l'humain, qui a donné la bonne réponse. Le système va apprendre à reproduire cette réponse. S'il arrive à généraliser ce qu'il a appris sur ce jeu de données d'entraînement, il va être capable de l'appliquer à un jeu de données qu'il n'a jamais vu.

Cela peut par exemple aider au diagnostic, ou aussi aider au traitement: si des données montrent que des patients avec des profils similaires ont mal réagi à telle ou telle ligne de traitement, cela peut donner des indications sur la thérapie à suivre.

Quelles sont les limites de cette IA?

Il y a des limites techniques assez importantes, spécifiques aux données de santé. Il faut montrer que l'on peut reproduire un modèle appris à partir des données de tel service ou de tel hôpital pour un autre hôpital, voire un autre pays. C'est notamment compliqué car ce sont des données confidentielles, donc pas faciles à partager. Dans d'autres domaines que la santé, il existe de grands jeux de données qui sont partagées dans le monde, cela va donc beaucoup plus vite. Ca n'est pas le cas ici. Nous avons une réglementation qui est peut-être plus restrictive en Europe, en tant que chercheur je m'arrache les cheveux, mais en tant que citoyen je suis satisfait, c'est un environnement plus sain.

Il y a une autre question, celle de l'acceptabilité par les praticiens. Les patients et les médecins n'accepteront telle ou telle aide au diagnostic que s'ils font confiance à cet outil.

Est-ce que la France est bien placée par rapport notamment aux Gafam américains?

La France et plus largement l'Europe ont une recherche de qualité, avec la possibilité de mettre en œuvre les infrastructures qu'il faut. Il y a peut-être un retard du point de vue technique par rapport aux États-Unis, mais nous avons une carte à jouer.

Il faut encourager des parcours multidisciplinaires: il faut former les profils ingénierie et maths informatiques aux enjeux de la santé: pas seulement aux aspects techniques, mais aussi aux questions de données en vie réelle, de réglementation.

C'est déjà le cas, mais par rapport aux besoins, on est loin du compte. Toutefois, les choses sont en train d'évoluer, de grands plans sont mis en place. De nouvelles formations et de nouveaux métiers vont émerger, ce sont des profils précieux.


Un nouveau directeur pour le British Museum, secoué par une affaire de vols

Des visiteurs admirent les marbres du Parthénon, également connus sous le nom de marbres d'Elgin, au British Museum de Londres le 9 janvier 2023. (AFP)
Des visiteurs admirent les marbres du Parthénon, également connus sous le nom de marbres d'Elgin, au British Museum de Londres le 9 janvier 2023. (AFP)
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  • Nicholas Cullinan, 46 ans, a été nommé après l'approbation unanime des administrateurs du musée et l'accord du Premier ministre Rishi Sunak
  • Nicholas Cullinan a salué l'«honneur» que représente la direction de «l'un des plus grands musées du monde»

LONDRES: L'actuel directeur de la National Portrait Gallery de Londres, Nicholas Cullinan, a été nommé directeur du British Museum, a annoncé jeudi l'institution secouée par le scandale du vol de 2 000 pièces et le feuilleton au long cours des marbres du Parthénon.

Le précédent directeur Hartwig Fischer, de nationalité allemande et premier non Britannique à diriger le musée, avait démissionné fin août 2023 après la révélation des vols.

L'intérim était depuis assuré par l'ex-directeur du Victoria & Albert Museum Mark Jones.

Nicholas Cullinan, 46 ans, a été nommé après l'approbation unanime des administrateurs du musée et l'accord du Premier ministre Rishi Sunak.

A la tête de la National Portrait Gallery depuis 2015, il a mené à bien un réaménagement complet des collections et du musée, dont l'espace ouvert au public a augmenté d'un cinquième, selon le communiqué annonçant sa nomination.

L'historien de l'art a notamment été commissaire au Metropolitan Museum of Art de New York et à la Tate Modern de Londres. Il prendra ses fonctions au British Museum cet été.

Nicholas Cullinan a salué l'"honneur" que représente la direction de "l'un des plus grands musées du monde".

Il a évoqué "un nouveau chapitre" qui "englobera les transformations les plus importantes, architecturales et intellectuelles, qui se déroulent dans tout musée dans le monde, pour continuer à faire en sorte que le British Museum soit aussi engagé et collaboratif que possible".

Fondé en 1753, le British Museum abrite une collection de huit millions d'objets, parmi lesquels la pierre de Rosette ou les frises du Parthénon, acquises à l'époque coloniale et revendiquées par la Grèce.

L'institution, dont la visite est gratuite, représente l'attraction touristique la plus prisée du Royaume-Uni, avec 5,8 millions de visiteurs en 2023, en augmentation de 42% par rapport à l'année précédent, selon l'association du secteur.

La révélation du scandale de vols à grande échelle a conduit au renvoi d'un employé, qui a été arrêté par la police sans qu'aucune poursuite ne soit engagée contre lui à ce stade.

Depuis leur découverte, le British Museum a indiqué avoir récupéré un peu plus de 350 objets.

Le nouveau patron du musée devra également mettre en oeuvre une rénovation majeure, estimée à plus d'un milliard d'euros, rendue nécessaire par l'état vétuste de certaines galeries.


Sénégal: la prise du pouvoir approche pour l'opposant antisystème Diomaye Faye

Le candidat de l'opposition sénégalaise à la présidentielle, Bassirou Diomaye Faye (Photo, AFP).
Le candidat de l'opposition sénégalaise à la présidentielle, Bassirou Diomaye Faye (Photo, AFP).
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  • L'opposant antisystème, M. Faye, qui était encore en prison il y a deux semaines, l'a emporté dès le premier tour dimanche avec 54,28% des voix, loin devant le candidat du pouvoir Amadou Ba (35,79%)
  • Au tour du Conseil constitutionnel maintenant d'examiner d'éventuels recours de candidats et de déclarer M. Faye définitivement vainqueur, ou d'annuler l'élection, hypothèse hautement invraisemblable

DAKAR: L'opposant sénégalais Bassirou Diomaye Faye pourrait être proclamé définitivement vainqueur de la présidentielle d'ici à la fin de la semaine, parachevant une ascension extraordinaire et express jusqu'au sommet de l'Etat.

Après des semaines de crise qui ont fait craindre un report de l'élection jusqu'à décembre ou une vacance du pouvoir, l'appareil s'emploie à rétablir à marche forcée la norme de transition réglée qui caractérise le pays et à rendre possible une passation conforme à la tradition entre le sortant Macky Sall et son successeur d'ici à la semaine prochaine.

L'organe chargé de proclamer les résultats finaux provisoires les a rendus publics mercredi alors qu'il avait jusqu'à vendredi pour le faire. L'opposant antisystème, M. Faye, qui était encore en prison il y a deux semaines, l'a emporté dès le premier tour dimanche avec 54,28% des voix, loin devant le candidat du pouvoir Amadou Ba (35,79%).

Au tour du Conseil constitutionnel maintenant d'examiner d'éventuels recours de candidats et de déclarer M. Faye définitivement vainqueur, ou d'annuler l'élection, hypothèse hautement invraisemblable.

Les candidats ont 72 heures pour saisir le Conseil, dit la Constitution. Mais le Conseil a décidé lui aussi de réduire les délais, probablement pour faire en sorte qu'une passation ait lieu avant le 2 avril, date officielle de fin du mandat de M. Sall.

Le Conseil a donné à tout contestataire jusqu'à jeudi minuit (vendredi 00H00 GMT) pour se manifester.

Il a invoqué "les circonstances exceptionnelles" ayant entraîné "la compression de tous les délais". Il fait référence au report de la présidentielle, initialement prévue le 25 février et finalement fixée au 24 mars.

L'ajournement décrété à la dernière minute par le président Sall a causé une grave crise et semé le doute sur la possibilité d'une passation avant l'expiration de son mandat.

Un transfert dans les temps importe dans un pays qui s'enorgueillit de ses pratiques démocratiques et qui est considéré comme l'un des plus stables en Afrique de l'Ouest secouée par les coups d'Etat.

En l'absence de contestation, "le Conseil proclame immédiatement les résultats définitifs du scrutin", dit la Constitution. En cas de recours, le Conseil a, théoriquement, cinq jours pour statuer.

Les adversaires de M. Faye ont reconnu sa victoire et aucun n'a jusqu'alors exprimé publiquement l'intention de soulever d'objection. Les résultats provisoires paraissent rendre la victoire de M. Faye irréfutable tout en confirmant la magnitude de ce qui s'apparente à un séisme politique.

«Dernier» Conseil 

Bassirou Diomaye Faye est le premier opposant à l'emporter dès le premier tour depuis l'Indépendance en 1960.

Jamais porté à une fonction élective nationale auparavant, il devrait devenir à 44 ans le cinquième et plus jeune président du pays de 18 millions d'habitants.

Son avènement pourrait annoncer une profonde remise en cause systémique. Il se présente comme l'homme de la "rupture" avec douze années de présidence Sall, du rétablissement d'une "souveraineté" bradée selon lui à l'étranger, et d'un "panafricanisme de gauche". Il fait voeu de combattre la corruption et l'injustice.

Face à l'éventualité d'une vacance de pouvoir, le président Sall a dit plusieurs fois qu'il serait parti le 2 avril, même si le Conseil constitutionnel a laissé la porte ouverte à une prolongation si nécessaire.

Le Conseil des ministres qu'il a présidé mercredi était le "dernier", selon le communiqué de ses services. Il a demandé au gouvernement de "prendre toutes les dispositions requises" pour préparer les dossiers de passation, en vue de "l’installation dans les meilleures conditions" du nouveau président, dit le communiqué.

Les trois dernières années de la présidence Sall ont été marquées par les retombées des crises globales, un farouche bras de fer avec l'opposition antisystème et les troubles intérieurs.

Le Sénégal a connu un nouvel accès de fièvre en février quand M. Sall a décrété l'ajournement de l'élection. Des dizaines de personnes ont été tuées et des centaines arrêtées depuis 2021, et les lettres de créance démocratiques du Sénégal ont été examinées sous un autre jour.

M. Faye a lui-même été détenu des mois avant sa libération en pleine campagne électorale mi-mars.

Il a énoncé "la réconciliation nationale", la "refondation" des institutions et "l'allègement sensible du coût de la vie" comme ses "chantiers prioritaires". Il a pris soin de rassurer à l'étranger, attentif à ses promesses de reconsidérer ou renégocier les partenariats existants. Le Sénégal "restera le pays ami et l'allié sûr et fiable de tout partenaire qui s'engagera avec nous dans une coopération vertueuse, respectueuse et mutuellement productive", a-t-il dit.


Pont effondré à Baltimore: les corps de deux des six ouvriers retrouvés

Le pont Francis Scott Key, effondré, se trouve au sommet du porte-conteneurs Dali à Baltimore, dans le Maryland, le 27 mars 2024. (AFP)
Le pont Francis Scott Key, effondré, se trouve au sommet du porte-conteneurs Dali à Baltimore, dans le Maryland, le 27 mars 2024. (AFP)
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  • Les corps repêchés ont été identifiés comme ceux de deux hommes âgés de 35 et 26 ans, originaires du Mexique et du Guatemala
  • En raison de la quantité de béton et de débris, «les plongeurs ne sont plus en mesure de se frayer un chemin en sécurité» vers «ce que nous pensons être les véhicules piégés», dit la police

BALTIMORE: Les corps sans vie de deux des six ouvriers recherchés ont été repêchés mercredi des eaux glacées du port de Baltimore, sur la côte Est américaine, ont annoncé les autorités, au lendemain de l'effondrement spectaculaire d'un pont percuté par un porte-conteneurs.

"Des plongeurs ont localisé un pick-up rouge à environ 7.6 mètres de profondeur", a annoncé lors d'un point presse, la police du Maryland, l'Etat où se situe Baltimore. "Deux victimes du drame étaient prisonnières du véhicule".

Les corps repêchés ont été identifiés comme ceux de deux hommes âgés de 35 et 26 ans, originaires du Mexique et du Guatemala, qui faisaient partie de l'équipe d'ouvriers présente sur la chaussée du pont Francis Scott Key au moment de l'accident.

Les corps de quatre de leurs collègues, tous présumés morts, n'ont eux pas encore été retrouvés, ont ajouté les autorités.

Mais, en raison notamment de la quantité de béton et de débris, "les plongeurs ne sont plus en mesure de se frayer un chemin en sécurité" vers "ce que nous pensons être les véhicules piégés", a déclaré Roland Butler, de la police du Maryland.

Les secours vont donc chercher à retirer la structure de l'eau pour faciliter l'accès aux plongeurs, a-t-il précisé.

Les autorités avaient averti mardi soir qu'elles ne pensaient pas pouvoir "retrouver ces individus encore en vie", alors que deux membres de leur équipe avaient été secourus peu après le drame.

Les victimes, originaires d'Amérique latine selon la presse américaine, réparaient des nids de poule sur le pont lorsqu'il s'est écroulé dans le fleuve Patapsco.

«Pas conçu pour résister»

L'agence américaine de sécurité des transports (NTSB) a fourni mercredi une chronologie détaillée de la tragédie, basée sur l'analyse préliminaire de l'enregistreur de données du porte-conteneurs.

Long de 300 mètres pour 48 mètres de largeur, le Dali, battant pavillon singapourien, a quitté le quai du port de Baltimore mardi à 0H39 (04H39 GMT) à destination de l'Asie, a indiqué Marcel Muise, enquêteur du NTSB, lors d'une conférence de presse.

À 1H24 locales, des alarmes ont commencé à retentir à bord du navire, signalant des problèmes de propulsion. Le pilote a rapidement informé les autorités portuaires par radio que le navire se dirigeait vers le pont, et a demandé l'intervention de remorqueurs.

L'appel à l'aide a été également reçu par deux équipes de l'autorité locale des transports qui se trouvaient sur le pont en raison des travaux. Ces dernières ont alors fermé toutes les voies de circulation, sauvant ainsi probablement des vies.

Puis, à 1H29, l'enregistreur du navire a enregistré des "sons correspondant à la collision".

Le pont, emprunté chaque jour par des dizaines de milliers de véhicules, s'est alors effondré tel un château de cartes, des pans entiers de la structure se retrouvant sur le bateau.

Des images impressionnantes de vidéosurveillance montrent le porte-conteneurs dévier de son cap, heurter une pile du pont inauguré en 1977 puis s'écrouler.

Pour le ministre américain des Transports Pete Buttigieg, "ce type de pont (...) n'a tout simplement pas été conçu pour résister à un choc direct contre pilier de soutien essentiel".

L'équipage avait tenté en vain de ralentir la course du navire en jetant l'ancre.

L'enquête préliminaire montre qu'il s'agit d'un accident, selon les autorités.

«Coût de la reconstruction»

Le président Joe Biden s'est engagé à ce que "l'Etat fédéral paie la totalité du coût de la reconstruction" du pont, qui porte le nom de l'auteur des paroles de l'hymne national américain, en admettant que cela prendrait du temps.

"Nous serons aux côtés des habitants de Baltimore aussi longtemps qu'il le faudra", a-t-il encore assuré mercredi soir sur le réseau social X.

Car l'enjeu est aussi économique: ce pont à quatre voies, long de 2,6 km, est situé sur un axe nord-sud crucial pour l'économie de la côte Est des Etats-Unis.

Pour l'heure, le transport maritime y est "suspendu jusqu'à nouvel ordre", selon les autorités. Le port de Baltimore est le neuvième du pays en termes d'activité et génère plus de 15.000 emplois.

Le Dali est "stable" et ne représente pas de danger pour l'environnement et le public, en dépit de la présence à bord de 5,6 milliards de litres de diesel et de quelques conteneurs de matières dangereuses, a assuré mercredi Peter Gautier, responsable des gardes-côtes.

Deux conteneurs, sur un total de 4,700, sont tombés à l'eau.

Le navire est exploité par la société maritime Synergy Group et affrété par le géant danois du transport maritime Maersk.

Les autorités portuaires de Singapour ont déclaré mercredi qu'il avait passé avec succès deux inspections en 2023 et qu'une jauge de contrôle de la pression du carburant défectueuse avait été réparée en juin.

Les autorités chiliennes avaient signalé en 2023 un défaut dans les machines du navire, une anomalie rapidement réparée selon elles.