Un outil d'IA de Google prédit le potentiel danger de millions de mutations génétiques

La base de données a été rendue publique et mise à disposition de tous les scientifiques (Photo, Google DeepMind).
La base de données a été rendue publique et mise à disposition de tous les scientifiques (Photo, Google DeepMind).
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Publié le Mercredi 20 septembre 2023

Un outil d'IA de Google prédit le potentiel danger de millions de mutations génétiques

  • L'outil s'est penché sur des mutations dites «faux-sens», où une seule lettre du code génétique est affectée
  • Un individu compte environ 9.000 de ces mutations, pour la plupart bénignes, selon l'entreprise

WASHINGTON: Des chercheurs de Google DeepMind, entreprise du géant américain spécialisée dans l'intelligence artificielle, ont présenté mardi un outil prédisant si des mutations génétiques sont potentiellement pathogènes ou non, une avancée qui pourrait notamment aider la recherche sur les maladies rares.

Il s'agit d'un "nouveau pas dans la reconnaissance de l'impact que l'intelligence artificielle a dans les sciences naturelles", a déclaré lors d'une conférence de presse Pushmeet Kohli, vice-président pour la recherche chez Google DeepMind.

L'outil s'est penché sur des mutations dites "faux-sens", où une seule lettre du code génétique est affectée, avec pour conséquence de pouvoir changer la fonction des protéines. Or chaque cellule exécute sa fonction à l'aide de protéines, qui livrent en permanence leurs instructions.

Un individu compte environ 9.000 de ces mutations, pour la plupart bénignes, selon l'entreprise, mais certaines peuvent entraîner des maladies, par exemple la mucoviscidose.

A ce jour, quatre millions de ces mutations ont déjà été observées chez les humains, mais seulement 2% d'entre elles ont été classées comme pathogènes ou comme bénignes.

Et au total, il existe 71 millions de ce type de mutations possibles. Elles ont été passées en revue par l'outil de Google DeepMind, appelé AlphaMissense, qui a pu se prononcer sur 89% d'entre elles.

Il a attribué à chaque mutation un score entre 0 et 1 indiquant le risque qu'elle soit pathogène, c'est-à-dire à l'origine d'une maladie. Résultat: 57% ont été classées comme probablement bénignes et 32% comme probablement pathogènes, le reste restant incertain.

La base de données a été rendue publique et mise à disposition de tous les scientifiques. Une étude pour la présenter a été publiée mardi dans la prestigieuse revue Science.

«Performances supérieures»

AlphaMissense affiche des "performances supérieures" aux outils existants, ont écrit les experts Joseph Marsh et Sarah Teichmann dans un article également publié dans Science.

L'outil "ne dit pas quelle maladie cela va causer", a précisé durant la conférence de presse Jun Cheng, scientifique chez Google DeepMind. "Mais nous pensons que nos prédictions peuvent être utiles pour augmenter le taux de diagnostic de maladies rares, et aussi potentiellement nous aider à trouver de nouveaux gènes en cause dans des maladies."

Indirectement, cela pourrait mener au développement de nouveaux traitements, estiment les chercheurs, qui préviennent toutefois qu'AlphaMissense ne doit pas être utilisé seul pour poser un diagnostic.

L'outil a été entraîné à partir d'une base de données d'ADN humain et de primates, lui permettant de reconnaître quelles mutations génétiques sont répandues.

"Il apprend à quoi ressemble habituellement une séquence de protéines, et lorsqu'il est mis en présence d'une séquence avec une mutation, il peut dire si cela a l'air inquiétant ou non", a expliqué Jun Cheng.

"C'est un peu comme avec le langage humain: si on remplace un mot dans une phrase en anglais, une personne qui connaît l'anglais verra immédiatement si ce changement affecte la signification de la phrase ou non", a-t-il comparé.

AlphaMissense s'est appuyé sur AlphaFold, un autre programme d'apprentissage automatique présenté il y a plus de deux ans par Google DeepMind, qui avait permis de publier la plus grande base de données de protéines.


Trump dit qu'il va déclarer que le détroit d'Ormuz est "un territoire des Etats-Unis"

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  • Donald Trump affirme que le détroit d’Ormuz pourrait devenir un « territoire américain » après la défaite de l’Iran, une déclaration que la Maison Blanche présente comme une plaisanterie
  • Trump assume la guerre contre l’Iran malgré la hausse de plus de 35 % du prix de l’essence aux États-Unis, tandis que Téhéran affirme qu’Ormuz « restera iranien »

Garden City, États-Unis: Donald Trump a dit vendredi qu'une fois l'Iran battu, il déclarerait le très stratégique détroit d'Ormuz comme un "territoire des Etats-Unis", sur un ton laissant penser qu'il plaisantait.

Il a aussi défendu sa décision d'entrer en guerre pour empêcher l'Iran de se doter de l'arme nucléaire, disant qu'il ne s'"excuserait jamais" pour cela en dépit de la hausse du prix du carburant subie par les Américains.

"Une fois que nous aurons fini de battre l'Iran (...), bientôt je déclarerai le détroit d'Ormuz comme étant un territoire des Etats-Unis", a dit le président américain, avec un petit sourire, pendant un meeting à Garden City, près de New York.

Donald Trump répète que les Etats-Unis ont le "contrôle" du détroit d'Ormuz, une affirmation que Téhéran a qualifiée de "mensonge".

Selon Brian Schwartz, un journaliste du Wall Street Journal qui cite sur X un haut responsable de la Maison Blanche, le président "plaisantait" en disant qu'Ormuz deviendrait un "territoire américain".

Samedi matin, le vice-ministre iranien des Affaires étrangères, Kazem Gharibabadi, a réagi à la déclaration du président américain en assurant sur X que le détroit d'Ormuz "restera iranien".

"Le détroit d'Ormuz a été iranien, est iranien et restera iranien. Ce détroit ne sera ouvert et fermé que sur ordre de l'Iran. Tant que vous refuserez d'accepter la réalité de votre défaite et que vous continuerez à vous bercer d'illusions, l'Iran continuera à imposer un blocus", a déclaré M. Gharibabadi.

"Le détroit d'Ormuz ne peut pas être pris d'assaut avec un tweet ou un porte-avions, ni par un décret présidentiel, ni par un discours de campagne électorale", a également martelé le responsable iranien.

Dans les faits, ce passage stratégique pour le commerce mondial de pétrole est verrouillé par l'Iran depuis le début de la guerre, alors que les Etats-Unis imposent de leur côté un blocus aux ports iraniens.

L'Iran n'aura "jamais l'arme nucléaire", a aussi affirmé Donald Trump.

"Si vous devez payer un peu plus" pour l'essence, "c'est ok. (...) Je ne m'excuserai jamais. J'ai pris la bonne décision", a-t-il déclaré.

Par rapport au niveau d'avant la guerre, le prix de l'essence aux Etats-Unis s'affichait vendredi en hausse de plus de 35%.

Le conflit est impopulaire et le mécontentement des ménages face au coût de la vie vaut à la cote de popularité de Donald Trump d'avoir fortement baissé.

Cette défense du conflit en Iran vient juste après que le vice-président JD Vance a tenu un discours un peu différent sur les objectifs poursuivis.

"Le pétrole a baissé et il est beaucoup plus bas que les sommets atteints au début du conflit. Voilà l'objectif numéro un, faire en sorte que le pétrole et l'essence restent bon marché pour les Américains", a-t-il dit sur la chaîne Fox News.

"Et ensuite l'objectif numéro deux est évidemment d'assurer que l'Iran ne se dote jamais de l'arme nucléaire", a ajouté JD Vance, en déclarant: "Je pense que nous sommes en train de réaliser ces deux objectifs."


Washington menace l'Iran d'un isolement «jamais vu», loin des promesses d'accord sur Ormuz

Une photo d'archive non datée, diffusée le 11 novembre 2020 par KNPC, une filiale de la Kuwait Petroleum Corporation, montre l'unité de distillation du brut de la raffinerie de Mina Abdullah, située dans le quartier de Fahaheel, à environ 35 kilomètres au sud de Koweït City. (AFP)
Une photo d'archive non datée, diffusée le 11 novembre 2020 par KNPC, une filiale de la Kuwait Petroleum Corporation, montre l'unité de distillation du brut de la raffinerie de Mina Abdullah, située dans le quartier de Fahaheel, à environ 35 kilomètres au sud de Koweït City. (AFP)
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  • Le ton a changé en quelques jours: le 4 août, le même Scott Bessent évoquait un accord possible avec Téhéran "aujourd'hui ou demain" pour rouvrir ce passage stratégique du commerce mondial d'hydrocarbures
  • Ces propos rassurants avaient fait grimper Wall Street et chuter les cours du pétrole

WASHINGTON: Le secrétaire américain au Trésor Scott Bessent a menacé jeudi l'Iran d'un isolement économique "comme le monde n'en a jamais vu", nouveau signe d'un durcissement de Washington, qui promettait pourtant début août un accord imminent pour rouvrir le détroit d'Ormuz.

"Ce sera une combinaison d'un isolement économique comme le monde n'en a jamais vu et de la poursuite du blocus dans le détroit d'Ormuz, qui empêchera quoi que ce soit d'entrer ou de sortir des ports iraniens", a déclaré M. Bessent sur la chaîne conservatrice Newsmax, en promettant de nouvelles mesures, sans en préciser la nature: "Restez à l'écoute, d'autres annonces arrivent la semaine prochaine."

Le ton a changé en quelques jours: le 4 août, le même Scott Bessent évoquait un accord possible avec Téhéran "aujourd'hui ou demain" pour rouvrir ce passage stratégique du commerce mondial d'hydrocarbures. "Nous avons de très bonnes discussions", avait déclaré le même jour Donald Trump, assurant que l'Iran voulait passer un accord.

Ces propos rassurants avaient fait grimper Wall Street et chuter les cours du pétrole.

Cette nouvelle escalade verbale intervient alors que la guerre, déclenchée fin février par l'offensive américano-israélienne contre l'Iran, approche de son sixième mois: le protocole d'accord conclu en juin pour y mettre durablement fin a volé en éclats début juillet, avant que Donald Trump ne suspende les frappes à la fin du mois, en conditionnant cette pause à la conclusion rapide d'un accord.

Tout accord devait inclure l'ouverture "complète et totale" du détroit d'Ormuz et "la fin de la menace nucléaire iranienne", avait-il affirmé le 1er août.

Le président américain semble depuis privilégier une approche plus attentiste, fondée sur la pression économique.

"Actes de piraterie" 

Sur le terrain, le détroit d'Ormuz, par lequel transitait avant la guerre un cinquième du pétrole mondial, reste le point de friction le plus brûlant.

Les Emirats arabes unis ont dénoncé une attaque iranienne menée jeudi soir contre deux navires affiliés à la compagnie pétrolière publique ADNOC qui franchissaient le détroit. Abou Dhabi a condamné les "actes de piraterie" des Gardiens de la Révolution qui constituent "une menace directe" pour "la sécurité énergétique mondiale".

Les Emirats ont demandé à l'Iran de "rouvrir complètement et sans condition" ce passage.

Téhéran a de son côté fustigé jeudi les "mensonges" de Donald Trump, qui avait assuré la veille, sur son réseau Truth Social, que les Etats-Unis avaient un contrôle "total" du détroit.

Ormuz reste "sous la gestion et le contrôle total de la République islamique", a martelé Ebrahim Zolfaghari, porte-parole du commandement central Khatam al-Anbiya.

Dans les faits, le détroit est verrouillé par l'Iran depuis le début de la guerre, tandis que les Etats-Unis imposent un blocus aux ports iraniens. Téhéran exige des navires une autorisation et veut imposer à terme des frais de service, ce que Washington refuse.

Avant Scott Bessent, le vice-président JD Vance avait affiché jeudi sur Fox News la priorité donnée à l'arme économique: "l'objectif numéro un" des Etats-Unis est de "faire en sorte que le pétrole et l'essence restent bon marché pour les Américains", "l'objectif numéro deux" étant "d'assurer que l'Iran ne se dote jamais de l'arme nucléaire".

M. Bessent a, lui, présenté sa stratégie comme la combinaison de deux leviers, l'asphyxie financière et le blocus physique, citant Cuba et le Venezuela en comparaison: "Le Venezuela s'est immédiatement effondré quand nous avons imposé le blocus", s'est-il félicité.

Le chef de la diplomatie iranienne Abbas Araghchi a accusé jeudi les Etats-Unis de "mauvais calculs" liés à des défaillances du renseignement. "Un exemple: la guerre contre l'Iran. Maintenant, un mauvais calcul encore plus important sur le détroit d'Ormuz", a-t-il écrit sur X.


Poutine en visite pour la première fois aux îles Kouriles, disputées avec le Japon

Le président russe Vladimir Poutine s'est rendu pour la première fois jeudi dans les îles Kouriles, en Extrême-Orient, une visite provoquant une vive protestation du Japon qui revendique également cet archipel. (AFP)
Le président russe Vladimir Poutine s'est rendu pour la première fois jeudi dans les îles Kouriles, en Extrême-Orient, une visite provoquant une vive protestation du Japon qui revendique également cet archipel. (AFP)
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  • Au lendemain d'une visite à Ioujno-Sakhalinsk, sur l'île de Sakhaline, mercredi où il a visité un hôpital, le président russe s'est rendu à Itouroup, l'une des îles de l'archipel des Kouriles, selon une vidéo publiée par Moscou
  • Selon les médias russes, il y a notamment visité une usine de transformation de poisson, où on lui a offert du caviar, et une école

MOSCOU: Le président russe Vladimir Poutine s'est rendu pour la première fois jeudi dans les îles Kouriles, en Extrême-Orient, une visite provoquant une vive protestation du Japon qui revendique également cet archipel.

Les relations russo-japonaises sont marquées par des tensions autour de ces îles, considérées par Tokyo comme occupées par l'Union soviétique depuis 1945.

Au lendemain d'une visite à Ioujno-Sakhalinsk, sur l'île de Sakhaline, mercredi où il a visité un hôpital, le président russe s'est rendu à Itouroup, l'une des îles de l'archipel des Kouriles, selon une vidéo publiée par Moscou.

Selon les médias russes, il y a notamment visité une usine de transformation de poisson, où on lui a offert du caviar, et une école.

A Sakhaline, Vladimir Poutine avait présidé une réunion "sur la garantie de la sécurité des frontières orientales de la Russie", selon l'agence de presse RIA Novosti.

Tokyo n'a pas tardé à réagir à ce déplacement par l'intermédiaire du ministre des Affaires étrangères Toshimitsu Motegi.

"Les Territoires du Nord constituent une partie inhérente du territoire du Japon, tant sur le plan historique qu'au regard du droit international, et le gouvernement du Japon proteste vigoureusement contre cette visite", a déclaré M. Motegi dans un communiqué, utilisant l'appellation japonaise de ces îles.

Après l'offensive russe en Ukraine en février 2022, le Japon avait durci le ton et considéré, pour la première fois depuis 2003, que les îles Kouriles, au nord de l'archipel, étaient "occupées illégalement" par la Russie. Depuis 2003, la diplomatie nippone évitait de parler d'occupation.

"Le Japon a identifié la Russie comme l'une des principales sources de menace. Je tiens à souligner que nous ne menaçons pas le Japon (...) Au contraire, c'est lui qui a des revendications territoriales contre notre pays", a déclaré M. Poutine mercredi.

La Russie et la Chine se sont récemment rapprochées, leurs marines et leurs forces aériennes menant des exercices conjoints dans des zones proches du Japon, ce qui conduit les avions japonais à décoller en alerte des centaines de fois par an.

De son côté, la Corée du Nord, qui a qualifié ce mois-ci le renforcement militaire du Japon de "transformation en État de guerre", a également envoyé des troupes et des obus d'artillerie pour soutenir l'effort de guerre russe en Ukraine.

Début août, le Japon a souligné à nouveau les risques croissants représentés par ces trois pays dans son dernier livre blanc de la défense.

Le New York Times a également rapporté en juillet que la Russie avait fait du Japon un "nid d'espions" et une source clé de technologies à double usage nécessaires à son effort de guerre en Ukraine.

L'Union soviétique avait pris possession de l'archipel volcanique stratégique des Kouriles situé au nord de l'île nippone d'Hokkaido dans les derniers jours de la Seconde Guerre mondiale et y maintient depuis lors une présence militaire.

En 2010, le président russe de l'époque, Dmitri Medvedev, était devenu le premier dirigeant russe à se rendre sur ce territoire, suscitant la colère de Tokyo. Il y est également retourné en 2019 en tant que Premier ministre.

L'Union soviétique n'avait déclaré la guerre au Japon que le 8 août 1945, après le largage de la bombe atomique sur Hiroshima et six jours avant la fin du conflit.

Les noms des îles concernées sont similaires dans les deux pays : Kounachir, Habomai, Chikotan et Itouroup en russe ; en japonais, elles sont connues sous les noms de Kunashiri, Habomai, Shikotan et Etorofu.

Leur population, composée d'environ 20.000 citoyens russes, vit dans un climat rigoureux, mais les îles possèdent des gisements minéraux, notamment d'or et d'argent, ainsi que des zones de pêche riches.

Après l'occupation des îles en 1945, Moscou a expulsé leur population japonaise d'environ 17.000 personnes.

Par la suite, les îles ont acquis une importance stratégique, servant de bases aériennes et navales durant la Guerre froide, lorsque l'Union soviétique était confrontée aux Etats-Unis et à leur plus proche allié dans le Pacifique, le Japon.