Un outil d'IA de Google prédit le potentiel danger de millions de mutations génétiques

La base de données a été rendue publique et mise à disposition de tous les scientifiques (Photo, Google DeepMind).
La base de données a été rendue publique et mise à disposition de tous les scientifiques (Photo, Google DeepMind).
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Publié le Mercredi 20 septembre 2023

Un outil d'IA de Google prédit le potentiel danger de millions de mutations génétiques

  • L'outil s'est penché sur des mutations dites «faux-sens», où une seule lettre du code génétique est affectée
  • Un individu compte environ 9.000 de ces mutations, pour la plupart bénignes, selon l'entreprise

WASHINGTON: Des chercheurs de Google DeepMind, entreprise du géant américain spécialisée dans l'intelligence artificielle, ont présenté mardi un outil prédisant si des mutations génétiques sont potentiellement pathogènes ou non, une avancée qui pourrait notamment aider la recherche sur les maladies rares.

Il s'agit d'un "nouveau pas dans la reconnaissance de l'impact que l'intelligence artificielle a dans les sciences naturelles", a déclaré lors d'une conférence de presse Pushmeet Kohli, vice-président pour la recherche chez Google DeepMind.

L'outil s'est penché sur des mutations dites "faux-sens", où une seule lettre du code génétique est affectée, avec pour conséquence de pouvoir changer la fonction des protéines. Or chaque cellule exécute sa fonction à l'aide de protéines, qui livrent en permanence leurs instructions.

Un individu compte environ 9.000 de ces mutations, pour la plupart bénignes, selon l'entreprise, mais certaines peuvent entraîner des maladies, par exemple la mucoviscidose.

A ce jour, quatre millions de ces mutations ont déjà été observées chez les humains, mais seulement 2% d'entre elles ont été classées comme pathogènes ou comme bénignes.

Et au total, il existe 71 millions de ce type de mutations possibles. Elles ont été passées en revue par l'outil de Google DeepMind, appelé AlphaMissense, qui a pu se prononcer sur 89% d'entre elles.

Il a attribué à chaque mutation un score entre 0 et 1 indiquant le risque qu'elle soit pathogène, c'est-à-dire à l'origine d'une maladie. Résultat: 57% ont été classées comme probablement bénignes et 32% comme probablement pathogènes, le reste restant incertain.

La base de données a été rendue publique et mise à disposition de tous les scientifiques. Une étude pour la présenter a été publiée mardi dans la prestigieuse revue Science.

«Performances supérieures»

AlphaMissense affiche des "performances supérieures" aux outils existants, ont écrit les experts Joseph Marsh et Sarah Teichmann dans un article également publié dans Science.

L'outil "ne dit pas quelle maladie cela va causer", a précisé durant la conférence de presse Jun Cheng, scientifique chez Google DeepMind. "Mais nous pensons que nos prédictions peuvent être utiles pour augmenter le taux de diagnostic de maladies rares, et aussi potentiellement nous aider à trouver de nouveaux gènes en cause dans des maladies."

Indirectement, cela pourrait mener au développement de nouveaux traitements, estiment les chercheurs, qui préviennent toutefois qu'AlphaMissense ne doit pas être utilisé seul pour poser un diagnostic.

L'outil a été entraîné à partir d'une base de données d'ADN humain et de primates, lui permettant de reconnaître quelles mutations génétiques sont répandues.

"Il apprend à quoi ressemble habituellement une séquence de protéines, et lorsqu'il est mis en présence d'une séquence avec une mutation, il peut dire si cela a l'air inquiétant ou non", a expliqué Jun Cheng.

"C'est un peu comme avec le langage humain: si on remplace un mot dans une phrase en anglais, une personne qui connaît l'anglais verra immédiatement si ce changement affecte la signification de la phrase ou non", a-t-il comparé.

AlphaMissense s'est appuyé sur AlphaFold, un autre programme d'apprentissage automatique présenté il y a plus de deux ans par Google DeepMind, qui avait permis de publier la plus grande base de données de protéines.


La Norvège est prête à reconnaître un Etat palestinien

Le Premier ministre norvégien Jonas Gahr Store s'adresse à la presse alors qu'il arrive pour assister à un sommet du Conseil européen au cours de la deuxième et dernière journée au siège de l'UE, à Bruxelles, le 22 mars 2024. (AFP)
Le Premier ministre norvégien Jonas Gahr Store s'adresse à la presse alors qu'il arrive pour assister à un sommet du Conseil européen au cours de la deuxième et dernière journée au siège de l'UE, à Bruxelles, le 22 mars 2024. (AFP)
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  • "Cette décision doit être prise en fonction du moment et du contexte, en étroite coordination avec les pays partageant les mêmes idées. Nous n'avons pas fixé de calendrier précis", a dit Støre
  • Le Parlement norvégien avait adopté en novembre une proposition, déposée par les partis au pouvoir, demandant au gouvernement d'être prêt à reconnaître un Etat palestinien indépendant

OSLO: La Norvège est prête à reconnaître un Etat palestinien, en lien avec d'autres pays, a déclaré vendredi le Premier ministre norvégien, en présence de son homologue espagnol Pedro Sánchez qui plaide pour une telle reconnaissance.

"La Norvège est prête à prendre une décision sur la reconnaissance d'un Etat palestinien", a dit Jonas Gahr Støre lors d'une conférence de presse conjointe avec M. Sánchez.

"Cette décision doit être prise en fonction du moment et du contexte, en étroite coordination avec les pays partageant les mêmes idées. Nous n'avons pas fixé de calendrier précis", a-t-il ajouté.

Le Parlement norvégien avait adopté en novembre une proposition, déposée par les partis au pouvoir, demandant au gouvernement d'être prêt à reconnaître un Etat palestinien indépendant.

La Norvège a par ailleurs abrité au début des années 1990 les premiers pourparlers de paix israélo-palestiniens qui ont débouché sur les accords d'Oslo --moribonds-- dans lesquels les deux parties acceptaient la coexistence pacifique entre deux Etats indépendants.

Le Premier ministre espagnol a de son côté entrepris cette semaine une tournée en Pologne, en Norvège et en Irlande pour parler de la "nécessité d'avancer vers la reconnaissance de la Palestine", selon un porte-parole du gouvernement espagnol.

"L'Espagne s'est engagée publiquement à reconnaître un Etat palestinien, au plus tôt, quand les conditions seront appropriées et de façon à avoir l'impact positif le plus fort possible sur le processus de paix", a souligné M. Sánchez depuis Oslo.

Selon des médias l'ayant accompagné lors d'une tournée la semaine dernière en Jordanie, en Arabie saoudite et au Qatar, le dirigeant espagnol avait alors évoqué la fin du mois de juin comme horizon pour une telle reconnaissance par le gouvernement espagnol.

"Je salue l'initiative du Premier ministre Sánchez de consulter les pays qui partagent les mêmes idées afin de renforcer la coordination, et nous intensifierons cette coordination dans les semaines à venir", a dit le dirigeant norvégien.

M. Sánchez est par ailleurs très critique vis-à-vis de l'attitude du gouvernement israélien dirigé par Benjamin Netanyahu depuis le début du conflit à Gaza.

L'attaque du Hamas le 7 octobre a causé la mort de 1.170 personnes, en majorité des civils, selon un bilan établi par l'AFP à partir des données officielles israéliennes.

L'offensive lancée en représailles par Israël a fait jusqu'à présent 33.634 morts à Gaza, en majorité des civils, selon le ministère de la Santé du Hamas.


La Maison Blanche a «  mis en garde » l'Iran à propos d'une attaque contre Israël

La Maison Blanche a "mis en garde" l'Iran, a fait savoir sa porte-parole jeudi, alors que Téhéran menace d'attaquer Israël, en représailles après une frappe mortelle contre un bâtiment consulaire iranien à Damas en Syrie. (AFP).
La Maison Blanche a "mis en garde" l'Iran, a fait savoir sa porte-parole jeudi, alors que Téhéran menace d'attaquer Israël, en représailles après une frappe mortelle contre un bâtiment consulaire iranien à Damas en Syrie. (AFP).
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  • La Maison Blanche a "mis en garde" l'Iran, a fait savoir sa porte-parole jeudi
  • Par ailleurs, le secrétaire d'Etat américain Antony Blinken s'est entretenu par téléphone avec ses homologues chinois, turc et saoudien, les appelant à faire pression sur l'Iran

WASHINGTON: La Maison Blanche a "mis en garde" l'Iran, a fait savoir sa porte-parole jeudi, alors que Téhéran menace d'attaquer Israël, en représailles après une frappe mortelle contre un bâtiment consulaire iranien à Damas en Syrie.

"Nous avons mis l'Iran en garde", a dit Karine Jean-Pierre lors de son point-presse de routine, en répétant que le soutien des Etats-Unis à la sécurité d'Israël était "à toute épreuve".

Blinken appelle la Chine à dissuader l'Iran de toute attaque contre Israël

Par ailleurs, le secrétaire d'Etat américain Antony Blinken s'est entretenu par téléphone avec ses homologues chinois, turc et saoudien, les appelant à faire pression sur l'Iran contre toute attaque visant Israël, a indiqué jeudi le département d'Etat.

"Personne n'a intérêt à une escalade" dans la région et "tous les pays devraient inciter l'Iran à ne pas entreprendre une escalade", a dit à la presse le porte-parole du département d'Etat, Matthew Miller.

M. Blinken s'est également entretenu par téléphone avec le ministre israélien de la Défense, Yoav Gallant, "afin de réitérer notre ferme soutien à Israël face à ces menaces", a déclaré M. Miller.

La porte-parole de la Maison Blanche, Karine Jean-Pierre, a indiqué de son côté que Washington avait "mis en garde" l'Iran à propos de potentielles attaques contre Israël.

Le président américain Joe Biden a affirmé mercredi que son soutien à Israël était "inébranlable" face aux menaces de représailles de l'Iran après une frappe meurtrière contre le consulat iranien à Damas, en Syrie.

L'Iran "menace de lancer une attaque importante contre Israël", avait dit le président américain lors d'une conférence de presse commune à la Maison Blanche avec le Premier ministre japonais Fumio Kishida.

Le guide suprême iranien, l'ayatollah Ali Khamenei, avait assuré mercredi qu'Israël serait "puni" après cette attaque le 1er avril en Syrie lui ayant été imputée.

La frappe a détruit le consulat iranien à Damas et fait 16 morts, dont sept membres du corps des Gardiens de la Révolution, l'armée idéologique de la République islamique, selon une ONG.

L'Iran avait déjà promis de riposter à cette frappe qui a encore exacerbé les tensions régionales sur fond de guerre dans la bande de Gaza entre Israël et le mouvement palestinien Hamas, soutenu par l'Iran.


Suède: émotion après la mort d'un père de famille tué par balle par un gang

La Suède était sous le choc jeudi après la mort par balle d'un père de famille en plein jour en présence de son fils dans une banlieue de Stockholm, des médias assurant qu'il avait affronté un gang de jeunes. (AFP)
La Suède était sous le choc jeudi après la mort par balle d'un père de famille en plein jour en présence de son fils dans une banlieue de Stockholm, des médias assurant qu'il avait affronté un gang de jeunes. (AFP)
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  • Le pays nordique est aux prises avec une guerre des gangs qui a atteint un niveau sans précédent fin 2023
  • Ces bandes recrutent des jeunes qui ne sont pas responsables pénalement pour mettre à exécution des actes criminels, certains des auteurs étant âgés de 12 ans

STOCKHOLM: La Suède était sous le choc jeudi après la mort par balle d'un père de famille en plein jour en présence de son fils dans une banlieue de Stockholm, des médias assurant qu'il avait affronté un gang de jeunes.

Le pays nordique est aux prises avec une guerre des gangs qui a atteint un niveau sans précédent fin 2023 avec un nombre record de fusillades sur fond de lutte pour le contrôle du trafic de drogue.

Ces bandes recrutent des jeunes qui ne sont pas responsables pénalement pour mettre à exécution des actes criminels, certains des auteurs étant âgés de 12 ans.

Le Premier ministre Ulf Kristersson et la cheffe de l'opposition Magdalena Andersson ont annoncé se rendre jeudi soir à Skärholmen, dans le sud de la capitale, où le père de famille a été tué.

Plusieurs fusillades ont été enregistrées dans ce quartier au cours des derniers mois.

"Le système criminel auquel est confronté notre pays a des conséquences brutales pour l'ensemble de notre société libre et ouverte", a dit le Premier ministre dans un message sur Instagram.

"Des personnes si violentes ne devraient pas pouvoir intimider les honnêtes citoyens pour qu'ils se taisent", a-t-il ajouté.

"Les gangs, totalement impitoyables, ne s'arrêteront pas tant que nous ne les arrêterons pas", a ajouté le dirigeant.

Le chef du parti anti-immigration Démocrates de Suède, Jimmie Åkesson, a estimé qu'il "ne suffit pas d'éructer des platitudes, il est temps que la Suède déclare une guerre totale à tous les membres de ces gangs criminels".

Le père de famille de 39 ans, identifié par son prénom Mikael dans les médias, a été tué d'une balle dans le front devant son fils mercredi en début de soirée alors qu'ils se rendaient à vélo à la piscine.

Il est décédé jeudi, selon la police.

Plusieurs médias, dont la chaine de télévision TV4 et les tabloïds Aftonbladet et Expressen, affirment qu'il a été tué parce qu'il s'est confronté à une bande criminelle.

La police, qui n'a procédé à aucune arrestation, n'a pas confirmé ce fait.

"Il détestait l'injustice. Cela lui a coûté la vie", a dit sa soeur, sous couvert d'anonymat, à Expressen. "Il était sensible, il n'aimait pas lire tout ce qui concernait les fusillades".

Ce meurtre intervient alors que le Parlement suédois a adopté mercredi une loi autorisant la police à créer des zones temporaires pour mener des fouilles au corps sans suspicion de crime, pour tenter d'endiguer la violence des bandes criminelles.