Un outil d'IA de Google prédit le potentiel danger de millions de mutations génétiques

La base de données a été rendue publique et mise à disposition de tous les scientifiques (Photo, Google DeepMind).
La base de données a été rendue publique et mise à disposition de tous les scientifiques (Photo, Google DeepMind).
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Publié le Mercredi 20 septembre 2023

Un outil d'IA de Google prédit le potentiel danger de millions de mutations génétiques

  • L'outil s'est penché sur des mutations dites «faux-sens», où une seule lettre du code génétique est affectée
  • Un individu compte environ 9.000 de ces mutations, pour la plupart bénignes, selon l'entreprise

WASHINGTON: Des chercheurs de Google DeepMind, entreprise du géant américain spécialisée dans l'intelligence artificielle, ont présenté mardi un outil prédisant si des mutations génétiques sont potentiellement pathogènes ou non, une avancée qui pourrait notamment aider la recherche sur les maladies rares.

Il s'agit d'un "nouveau pas dans la reconnaissance de l'impact que l'intelligence artificielle a dans les sciences naturelles", a déclaré lors d'une conférence de presse Pushmeet Kohli, vice-président pour la recherche chez Google DeepMind.

L'outil s'est penché sur des mutations dites "faux-sens", où une seule lettre du code génétique est affectée, avec pour conséquence de pouvoir changer la fonction des protéines. Or chaque cellule exécute sa fonction à l'aide de protéines, qui livrent en permanence leurs instructions.

Un individu compte environ 9.000 de ces mutations, pour la plupart bénignes, selon l'entreprise, mais certaines peuvent entraîner des maladies, par exemple la mucoviscidose.

A ce jour, quatre millions de ces mutations ont déjà été observées chez les humains, mais seulement 2% d'entre elles ont été classées comme pathogènes ou comme bénignes.

Et au total, il existe 71 millions de ce type de mutations possibles. Elles ont été passées en revue par l'outil de Google DeepMind, appelé AlphaMissense, qui a pu se prononcer sur 89% d'entre elles.

Il a attribué à chaque mutation un score entre 0 et 1 indiquant le risque qu'elle soit pathogène, c'est-à-dire à l'origine d'une maladie. Résultat: 57% ont été classées comme probablement bénignes et 32% comme probablement pathogènes, le reste restant incertain.

La base de données a été rendue publique et mise à disposition de tous les scientifiques. Une étude pour la présenter a été publiée mardi dans la prestigieuse revue Science.

«Performances supérieures»

AlphaMissense affiche des "performances supérieures" aux outils existants, ont écrit les experts Joseph Marsh et Sarah Teichmann dans un article également publié dans Science.

L'outil "ne dit pas quelle maladie cela va causer", a précisé durant la conférence de presse Jun Cheng, scientifique chez Google DeepMind. "Mais nous pensons que nos prédictions peuvent être utiles pour augmenter le taux de diagnostic de maladies rares, et aussi potentiellement nous aider à trouver de nouveaux gènes en cause dans des maladies."

Indirectement, cela pourrait mener au développement de nouveaux traitements, estiment les chercheurs, qui préviennent toutefois qu'AlphaMissense ne doit pas être utilisé seul pour poser un diagnostic.

L'outil a été entraîné à partir d'une base de données d'ADN humain et de primates, lui permettant de reconnaître quelles mutations génétiques sont répandues.

"Il apprend à quoi ressemble habituellement une séquence de protéines, et lorsqu'il est mis en présence d'une séquence avec une mutation, il peut dire si cela a l'air inquiétant ou non", a expliqué Jun Cheng.

"C'est un peu comme avec le langage humain: si on remplace un mot dans une phrase en anglais, une personne qui connaît l'anglais verra immédiatement si ce changement affecte la signification de la phrase ou non", a-t-il comparé.

AlphaMissense s'est appuyé sur AlphaFold, un autre programme d'apprentissage automatique présenté il y a plus de deux ans par Google DeepMind, qui avait permis de publier la plus grande base de données de protéines.


L'Iran met en garde contre des conséquences «imprévisibles» après l'attaque ukrainienne contre un de ses navires

Le président ukrainien Volodymyr "Zelensky a attaqué un navire marchand iranien, tuant un marin", a écrit dimanche sur X Abbas Araghchi. "Les agissements de ce parasite de Kiev ne PEUVENT RESTER SANS REPONSE". (AFP)
Le président ukrainien Volodymyr "Zelensky a attaqué un navire marchand iranien, tuant un marin", a écrit dimanche sur X Abbas Araghchi. "Les agissements de ce parasite de Kiev ne PEUVENT RESTER SANS REPONSE". (AFP)
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  • L'Iran menace de riposter à l'attaque ukrainienne contre son navire en mer Caspienne
  • Samedi, le ministère des Affaires étrangères a rapporté qu'un navire marchand iranien avait été attaqué par l'Ukraine, provoquant une explosion

TEHERAN: Le ministre iranien des Affaires étrangères a averti dimanche que son pays ne laisserait pas impunie l'attaque meurtrière perpétrée par l'Ukraine contre un navire iranien en mer Caspienne.

Le président ukrainien Volodymyr "Zelensky a attaqué un navire marchand iranien, tuant un marin", a écrit dimanche sur X Abbas Araghchi. "Les agissements de ce parasite de Kiev ne PEUVENT RESTER SANS REPONSE".

Samedi, le ministère des Affaires étrangères a rapporté qu'un navire marchand iranien avait été attaqué par l'Ukraine, provoquant une explosion.

Et le même jour, M. Zelensky avait affirmé sur les réseaux sociaux avoir obtenu "des résultats très solides avec des frappes à longue portée en mer Caspienne, visant notamment des navires utilisés pour le transport de cargaisons militaires impliquant l'Iran, ainsi qu'un navire de guerre".

"L'attaque menée par le régime ukrainien contre un navire marchand iranien en mer Caspienne, explicitement revendiquée par le chef de ce régime, témoigne de la persistance de l'attitude irrationnelle et hostile du régime ukrainien", a protesté le ministère dans un communiqué de presse.

La République islamique "n'est jamais intervenue dans le conflit entre la Russie et l'Ukraine", a-t-il affirmé.

Les services de renseignement ukrainiens (SBU) ont pour leur part fait état sur Telegram d'attaques de drones contre "des cargos sous sanctions internationales qui étaient utilisés pour transporter des cargaisons militaires entre l'Iran et la Russie".

Selon la télévision d'Etat iranienne, le chargé d'affaires ukrainien à Téhéran a été convoqué samedi au ministère des Affaires étrangères afin d'y être sermonné par un haut-fonctionnaire pour cet "acte hostile et criminel".

Abbas Araghchi a également indiqué s'être entretenu avec la cheffe de la diplomatie de l'Union européenne Kaja Kallas et le ministre des Affaires étrangères russe Sergueï Lavrov à ce sujet.

L'Iran a aussi mis en garde contre des conséquences "imprévisibles" après l'attaque ukrainienne contre un de ses navires

 


Troisième nuit sans frappes au Moyen-Orient pour laisser «de la place» à la diplomatie

Le Moyen-Orient sort d'une troisième nuit consécutive sans frappes après que l'ambassadeur américain à l'ONU a assuré que Donald Trump voulait laisser une chance à diplomatie, faisant chuter les prix du pétrole lundi. (Photo d'archives ISNA via AP)
Le Moyen-Orient sort d'une troisième nuit consécutive sans frappes après que l'ambassadeur américain à l'ONU a assuré que Donald Trump voulait laisser une chance à diplomatie, faisant chuter les prix du pétrole lundi. (Photo d'archives ISNA via AP)
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  • Aucun bombardement américain n'a été signalé en Iran depuis vendredi soir, marquant une pause dans les hostilités après deux semaines de frappes sans précédent depuis le cessez-le-feu d'avril
  • De son côté, l'Iran n'a revendiqué aucune attaque contre ses voisins du Golfe alliés de Washington, et ces derniers n'ont fait état d'aucune alerte nocturne

TEHERAN: Le Moyen-Orient sort d'une troisième nuit consécutive sans frappes après que l'ambassadeur américain à l'ONU a assuré que Donald Trump voulait laisser une chance à diplomatie, faisant chuter les prix du pétrole lundi.

"Ce que fait le président en ce moment, (...) c'est laisser de la place aux négociations. Les négociations se poursuivent", a assuré dimanche Mike Waltz dans des médias américains, tout en soulignant que M. Trump n'avait pas renoncé à la nouvelle escalade dont il a menacé la République islamique: il "garde toutes les options sur la table".

Aucun bombardement américain n'a été signalé en Iran depuis vendredi soir, marquant une pause dans les hostilités après deux semaines de frappes sans précédent depuis le cessez-le-feu d'avril.

De son côté, l'Iran n'a revendiqué aucune attaque contre ses voisins du Golfe alliés de Washington, et ces derniers n'ont fait état d'aucune alerte nocturne. "Comme notre stratégie est essentiellement basée sur la riposte, nous avons également interrompu nos opérations", a commenté le porte-parole de l'armée iranienne Mohammad Akraminia.

Signe de soulagement, les cours du pétrole s'affichent en forte baisse lundi: vers 04H40 GMT, le Brent de la mer du Nord, référence internationale, cédait près de 5%, autour de 92 dollars le baril, après être même passé brièvement sous la barre des 90 dollars.

Son équivalent américain, le baril de West Texas Intermediate (WTI), reculait d'autant, à environ 84 dollars.

Alors que la guerre dure depuis bientôt cinq mois, la presse américaine fait état d'un possible manque de munitions.

Selon le New York Times, qui cite deux sources proches du dossier, le gouvernement s'inquiète de l'affaiblissement du stock de systèmes d'interception de missiles Patriot et d'autres équipements défensifs protégeant les pays de la région.

L'armée américaine dispose "de tout ce dont elle a besoin pour mener cette campagne avec toute l'efficacité requise", a rétorqué Mike Waltz, annonçant le déploiement au Moyen-Orient de "davantage de ressources".

Et Donald Trump d'insister auprès du Wall Street Journal: "Nous avons bien plus de munitions que quiconque dans le monde, et bien plus que ce dont nous avons besoin".

Soutien de Netanyahu 

Pour Téhéran, les Etats-Unis sont dans une situation "difficile et instable" et cherchent probablement "une nouvelle stratégie", a estimé Mohammad Akraminia.

En amont de la visite mardi du Premier ministre israélien Benjamin Netanyahu, partisan d'une ligne dure, M. Akraminia a mis en garde les Américains: s'ils "se laissent à nouveau tromper" par Israël et "insistent pour continuer la guerre, particulièrement par des frappes aériennes, elle s'étendra géographiquement".

Benjamin Netanyahu a dit "soutenir pleinement les efforts" de Donald Trump pour parvenir à mettre fin aux ambitions nucléaires de Téhéran. "S'il peut y arriver sans revenir à des combats de haute intensité, c'est très bien", a-t-il déclaré dimanche sur Fox News.

Dans la capitale, Téhéran, épargnée par les bombardements depuis la reprise des hostilités début juillet, la vie suit son cours normal, entre embouteillages habituels et vague de chaleur, selon l'équipe de l'AFP sur place.

La guerre au Moyen-Orient a débuté le 28 février avec une campagne de bombardements israélo-américains contre l'Iran, et fait des milliers de morts dans la région. Elle a aussi ébranlé l'économie mondiale en bloquant le trafic dans le détroit d'Ormuz, entre l'Iran et la péninsule arabique, par lequel transitait avant-guerre un cinquième du commerce mondial des hydrocarbures.

La République islamique, qui verrouille cette stratégique voie maritime et veut faire payer le passage, a annoncé avoir tenu vendredi et samedi de nouvelles discussions avec Oman, dont les côtes bordent également le détroit, sur sa future gestion.

Les Etats-Unis ont repris en représailles leur blocus des ports iraniens.

Front yéménite 

Un protocole d'accord signé le 17 juin par Washington et Téhéran, prévoyant un cycle de négociations de paix de 60 jours, a volé en éclats moins d'un mois après son entrée en vigueur.

Sur le nouveau front de la guerre, opposant l'Arabie saoudite aux rebelles Houthis du Yémen, soutenus par Téhéran, les hostilités se sont intensifiées.

C'est le contrôle du ciel du pays qui a réveillé la discorde le 13 juillet: l'Iran avait envoyé à Sanaa un avion transportant une délégation rebelle sans solliciter d'autorisation auprès de Ryad, contrairement à l'usage depuis dix ans, déclenchant des frappes attribuées au royaume sur l'aéroport de Sanaa.

En retour, les Houthis ont attaqué le territoire saoudien pour la première fois depuis 2022. Ils ont notamment visé samedi des sites pétroliers.

 


Andy Burnham inaugure son Downing Street "du Nord" à Manchester

Le Premier ministre britannique Andy Burnham (au centre) pose pour une photo avec la ministre d'État au Cabinet Office, Louise Haigh (à gauche), et le chancelier de l'Échiquier, John Healey (à droite), lors d'une visite pour l'inauguration officielle du No. 10 North à Manchester, dans le nord-ouest de l'Angleterre, le 24 juillet 2026. (AFP)
Le Premier ministre britannique Andy Burnham (au centre) pose pour une photo avec la ministre d'État au Cabinet Office, Louise Haigh (à gauche), et le chancelier de l'Échiquier, John Healey (à droite), lors d'une visite pour l'inauguration officielle du No. 10 North à Manchester, dans le nord-ouest de l'Angleterre, le 24 juillet 2026. (AFP)
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  • Andy Burnham inaugure un bureau gouvernemental à Manchester pour renforcer la décentralisation et rapprocher l'État des régions
  • Des experts estiment toutefois que cette initiative reste surtout symbolique, sans réel transfert de pouvoirs

LONDRES: Le Premier ministre britannique Andy Burnham a inauguré vendredi ses nouveaux bureaux situés à Manchester, où il travaillera au moins une fois par semaine, symbole de sa promesse aux contours encore flous d'accentuer la décentralisation en Angleterre.

Le travailliste de 56 ans, qui a pris ses fonctions lundi et a succédé à Keir Starmer, a promis de redonner du pouvoir et d'apporter "la croissance économique à chaque région" pendant son mandat.

Sa première mesure est la création de ce bureau baptisé "No. 10 North" ("N°10 du Nord") dans cette ville du nord-ouest de l'Angleterre, dont il était maire il y a encore quelques semaines. Une référence au 10, Downing Street à Londres, lieu de travail et résidence officielle du Premier ministre.

S'adressant au personnel de cette nouvelle entité, installée dans un immeuble du centre de Manchester, Andy Burnham a évoqué la création d'un "pôle Nord qui fera contrepoids au pôle Sud", et permettra de "donner le sentiment d'un pays plus équilibré".

Il prévoit de travailler au moins une fois par semaine dans les bâtiments du "No. 10 North", où l'agence britannique du cyber-renseignement GCHQ était déjà installée, et d'y être régulièrement rejoint par ses ministres, répétant qu'il ne s'agit pas d'une mesure "gadget".

"Ce n'est pas juste un nouveau bureau (...) c'est une façon différente de gouverner" le Royaume-Uni, a insisté le dirigeant travailliste, en présence notamment du ministre des Finances, John Healey.

Andy Burnham a présidé dans l'après-midi la première réunion du Conseil économique national, une instance créée en 2008 pour soutenir la relance après la crise financière, et qu'il a décidé de réactiver, rassemblant plusieurs ministres et les maires à la tête de grandes agglomérations ou régions d'Angleterre.

Il a promis aux édiles que le gouvernement serait "entièrement mobilisé" derrière eux "car c'est sur le terrain que la croissance se concrétise".

Le nouveau chef de l'exécutif soutient que l'agglomération de Manchester, dont les performances économiques dépassent la moyenne nationale et où le maire est élu depuis 2017, constitue un modèle pour les autres régions d'Angleterre.

- Signal positif -

Les experts interrogés par l'AFP se montrent plus sceptiques et notent que la création d'une annexe du gouvernement central ne relève pas en soi d'une véritable politique de décentralisation.

"C'est ce qu'on appelle la +déconcentration+, très courante même dans des États très centralisés, et qui ne signifie pas en elle-même un transfert de pouvoir", explique Alan Trench, universitaire et conseiller en politiques publiques.

Le Royaume-Uni - composé de l'Angleterre, de l'Écosse, du pays de Galles et de l'Irlande du Nord - a connu à la fin des années 1990 d'importantes réformes constitutionnelles - baptisées "dévolution" - qui ont permis la création de parlements à Édimbourg, Cardiff et Belfast.

Andy Burnham, qui a rencontré jeudi les Premiers ministres indépendantistes écossais et gallois, s'est dit favorable à accentuer la décentralisation, sans donner davantage de détails, mais en excluant tout soutien à des référendums d'indépendance.

En Angleterre, malgré la création de mairies régionales et d'autres structures locales ces dix dernières années, le territoire reste l'un des plus centralisés d'Europe.

"Il n'existe aucun pouvoir législatif décentralisé en Angleterre", souligne Alan Trench.

Andy Burnham a lui-même été confronté aux limites du système : à Manchester, ses responsabilités étaient cantonnées à quelques domaines de compétence, comme les transports, en plus d'être partagées avec dix autres responsables locaux élus.

- Contrepoids au Trésor -

Désormais à la tête du gouvernement, il a demandé à plusieurs ministères, dont le puissant Trésor, de "transférer certaines fonctions stratégiques" au "No. 10 North".

Un signal "positif", indique Nicola McEwen, professeure à l'université de Glasgow. Pour réussir, avance-t-elle, cette structure devra être capable de "dialoguer avec les institutions décentralisées, de favoriser leur développement", mais également d'exercer une influence sur le pouvoir central à Londres, afin que celui-ci "s'adapte à cette vision" nouvelle.

L'idée n'est pas inédite, notent aussi ces experts: des fonctionnaires travaillent déjà dans des pôles administratifs délocalisés à Glasgow (Écosse), Sheffield (nord de l'Angleterre), ou à Darlington (nord-est).

Michael Keating, professeur de sciences politiques à l'université d'Aberdeen, en Ecosse, doute surtout de la capacité de cette structure à créer un véritable "contrepoids" au puissant ministère des Finances.

"Cela a déjà été tenté et le Trésor finit toujours par l'emporter. Il ne renoncera pas au contrôle des finances publiques", affirme-t-il à l'AFP.