Un outil d'IA de Google prédit le potentiel danger de millions de mutations génétiques

La base de données a été rendue publique et mise à disposition de tous les scientifiques (Photo, Google DeepMind).
La base de données a été rendue publique et mise à disposition de tous les scientifiques (Photo, Google DeepMind).
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Publié le Mercredi 20 septembre 2023

Un outil d'IA de Google prédit le potentiel danger de millions de mutations génétiques

  • L'outil s'est penché sur des mutations dites «faux-sens», où une seule lettre du code génétique est affectée
  • Un individu compte environ 9.000 de ces mutations, pour la plupart bénignes, selon l'entreprise

WASHINGTON: Des chercheurs de Google DeepMind, entreprise du géant américain spécialisée dans l'intelligence artificielle, ont présenté mardi un outil prédisant si des mutations génétiques sont potentiellement pathogènes ou non, une avancée qui pourrait notamment aider la recherche sur les maladies rares.

Il s'agit d'un "nouveau pas dans la reconnaissance de l'impact que l'intelligence artificielle a dans les sciences naturelles", a déclaré lors d'une conférence de presse Pushmeet Kohli, vice-président pour la recherche chez Google DeepMind.

L'outil s'est penché sur des mutations dites "faux-sens", où une seule lettre du code génétique est affectée, avec pour conséquence de pouvoir changer la fonction des protéines. Or chaque cellule exécute sa fonction à l'aide de protéines, qui livrent en permanence leurs instructions.

Un individu compte environ 9.000 de ces mutations, pour la plupart bénignes, selon l'entreprise, mais certaines peuvent entraîner des maladies, par exemple la mucoviscidose.

A ce jour, quatre millions de ces mutations ont déjà été observées chez les humains, mais seulement 2% d'entre elles ont été classées comme pathogènes ou comme bénignes.

Et au total, il existe 71 millions de ce type de mutations possibles. Elles ont été passées en revue par l'outil de Google DeepMind, appelé AlphaMissense, qui a pu se prononcer sur 89% d'entre elles.

Il a attribué à chaque mutation un score entre 0 et 1 indiquant le risque qu'elle soit pathogène, c'est-à-dire à l'origine d'une maladie. Résultat: 57% ont été classées comme probablement bénignes et 32% comme probablement pathogènes, le reste restant incertain.

La base de données a été rendue publique et mise à disposition de tous les scientifiques. Une étude pour la présenter a été publiée mardi dans la prestigieuse revue Science.

«Performances supérieures»

AlphaMissense affiche des "performances supérieures" aux outils existants, ont écrit les experts Joseph Marsh et Sarah Teichmann dans un article également publié dans Science.

L'outil "ne dit pas quelle maladie cela va causer", a précisé durant la conférence de presse Jun Cheng, scientifique chez Google DeepMind. "Mais nous pensons que nos prédictions peuvent être utiles pour augmenter le taux de diagnostic de maladies rares, et aussi potentiellement nous aider à trouver de nouveaux gènes en cause dans des maladies."

Indirectement, cela pourrait mener au développement de nouveaux traitements, estiment les chercheurs, qui préviennent toutefois qu'AlphaMissense ne doit pas être utilisé seul pour poser un diagnostic.

L'outil a été entraîné à partir d'une base de données d'ADN humain et de primates, lui permettant de reconnaître quelles mutations génétiques sont répandues.

"Il apprend à quoi ressemble habituellement une séquence de protéines, et lorsqu'il est mis en présence d'une séquence avec une mutation, il peut dire si cela a l'air inquiétant ou non", a expliqué Jun Cheng.

"C'est un peu comme avec le langage humain: si on remplace un mot dans une phrase en anglais, une personne qui connaît l'anglais verra immédiatement si ce changement affecte la signification de la phrase ou non", a-t-il comparé.

AlphaMissense s'est appuyé sur AlphaFold, un autre programme d'apprentissage automatique présenté il y a plus de deux ans par Google DeepMind, qui avait permis de publier la plus grande base de données de protéines.


Près de 150 disparus dans le naufrage d'une frégate iranienne au large du Sri Lanka

Près de 150 personnes sont portées disparues et plusieurs corps ont été repêchés après le naufrage d'un navire de guerre iranien mercredi au large du Sri Lanka, à la suite de ce que des membres d'équipage ont décrit comme une explosion, ont indiqué les autorités du pays. (AFP)
Près de 150 personnes sont portées disparues et plusieurs corps ont été repêchés après le naufrage d'un navire de guerre iranien mercredi au large du Sri Lanka, à la suite de ce que des membres d'équipage ont décrit comme une explosion, ont indiqué les autorités du pays. (AFP)
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  • La cause de ce qui pourrait être une explosion survenue à bord de la frégate, qui aurait auparavant participé à un exercice militaire dans le port indien de Visakhapatnam, n'est pas encore déterminée
  • Ce naufrage survient en pleine guerre au Moyen-Orient, après le lancement de frappes contre l'Iran par Israël et les Etats-Unis

COLOMBO: Près de 150 personnes sont portées disparues et plusieurs corps ont été repêchés après le naufrage d'un navire de guerre iranien mercredi au large du Sri Lanka, à la suite de ce que des membres d'équipage ont décrit comme une explosion, ont indiqué les autorités du pays.

La marine sri‑lankaise a secouru 32 marins de la frégate IRIS  Dena, mais l'espoir s'amenuise pour les 148 autres membres d'équipage, a indiqué le ministre des Affaires étrangères de l'île et des responsables de l'armée.

La cause de ce qui pourrait être une explosion survenue à bord de la frégate, qui aurait auparavant participé à un exercice militaire dans le port indien de Visakhapatnam, n'est pas encore déterminée.

Ce naufrage survient en pleine guerre au Moyen-Orient, après le lancement de frappes contre l'Iran par Israël et les Etats-Unis.

Le ministre des Affaires étrangères, Vijitha Herath, a indiqué au parlement que les 32 Iraniens secourus, "grièvement blessés", avaient été transportés vers un hôpital situé au sud de l'île.

Deux navires de la marine et un avion ont été déployés pour rechercher d'éventuels survivants.

Un appel de détresse a été lancé mercredi à l'aube depuis la frégate et, moins d'une heure plus tard, un navire est arrivé sur la zone, à environ 40 kilomètres au sud du port méridional de Galle, a précisé le ministre.

La frégate avait complètement coulé et il ne restait plus qu'une nappe d'hydrocarbure lorsque les bateaux de la marine sri-lankaise sont arrivés sur place.

Les recherches se poursuivent 

"Nous poursuivons les recherches, mais nous ne savons pas encore ce qu'il est advenu du reste de l'équipage", a déclaré à l’AFP un responsable de l'armée.

Le directeur de l'hôpital de Karapitiya, à Galle, S. D. Ranga, a indiqué qu'on lui avait signalé qu'il pourrait y avoir des morts, mais que seuls 32 marins blessés avaient été amenés.

Un député de l'opposition a demandé si le navire avait subi un bombardement dans le cadre de la guerre au Moyen-Orient mais il n'y a pas eu de réaction immédiate du gouvernement.

Contacté par l'AFP, l'ambassadeur iranien à Colombo, Alireza Delkhosh, n'était pas immédiatement joignable.

"Nous avons répondu à un appel de détresse conformément à nos obligations internationales étant donné que c'est dans notre zone de recherches et de sauvetage de l'océan Indien", a précisé à l'AFP un porte-parole de la marine sri-lankaise Buddhika Sampath.

"Nous avons retrouvé quelques corps dans la zone où le navire a sombré", a-t-il annoncé un peu plus tard.

Le Sri Lanka est resté neutre depuis le début de la guerre au Moyen-Orient, appelant au dialogue.

Un peu plus d'un million de Sri-Lankais travaillent au Moyen-Orient, représentant une source cruciale de devises pour ce pays qui se relève à peine de sa pire crise économique survenue en 2022.

La marine et l'armée de l'air sri-lankaises ont toutes deux indiqué qu'elles ne diffuseraient pas d'images des opérations de secours car elles concernaient l'armée d'un autre pays.

 


L'attaque américaine «totalement stupide» en pleine négociation 

Ali Bahreini, chef de la mission diplomatique d'Iran à Genève, a assuré que Téhéran n'avait aucun problème avec ses voisins, mais qu'il ne pouvait tolérer que les bases américaines dans le Golfe servent à des attaques contre l'Iran.  "La guerre n'était pas notre option. La guerre a été imposée à l'Iran", a déclaré M. Bahreini devant l'Association des correspondants de l'ONU (Acanu). (AFP)
Ali Bahreini, chef de la mission diplomatique d'Iran à Genève, a assuré que Téhéran n'avait aucun problème avec ses voisins, mais qu'il ne pouvait tolérer que les bases américaines dans le Golfe servent à des attaques contre l'Iran. "La guerre n'était pas notre option. La guerre a été imposée à l'Iran", a déclaré M. Bahreini devant l'Association des correspondants de l'ONU (Acanu). (AFP)
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  • Le 26 février, Washington et Téhéran ont tenu des négociations indirectes à Genève sur le programme nucléaire iranien. Les médiateurs omanais avaient alors fait état de "progrès significatifs"
  • M. Bahreini, qui a assisté à une partie de ces négociations, a rappelé que "tout le monde était optimiste" et que les États-Unis "avaient accepté de poursuivre les négociations" à Vienne cette semaine

GENEVE: Les États-Unis ont pris une décision "totalement stupide" en attaquant l'Iran, alors que les deux pays menaient des pourparlers, a estimé mardi l'ambassadeur iranien auprès des Nations unies.

Ali Bahreini, chef de la mission diplomatique d'Iran à Genève, a assuré que Téhéran n'avait aucun problème avec ses voisins, mais qu'il ne pouvait tolérer que les bases américaines dans le Golfe servent à des attaques contre l'Iran.

"La guerre n'était pas notre option. La guerre a été imposée à l'Iran", a déclaré M. Bahreini devant l'Association des correspondants de l'ONU (Acanu).

"Personne ne doit s'attendre à ce que l'Iran fasse preuve de retenue face à une agression. Nous poursuivrons notre défense jusqu'à ce que cette agression cesse", a-t-il ajouté.

Le 26 février, Washington et Téhéran ont tenu des négociations indirectes à Genève sur le programme nucléaire iranien. Les médiateurs omanais avaient alors fait état de "progrès significatifs".

M. Bahreini, qui a assisté à une partie de ces négociations, a rappelé que "tout le monde était optimiste" et que les États-Unis "avaient accepté de poursuivre les négociations" à Vienne cette semaine.

Mais selon M. Bahreini, le Premier ministre israélien Benjamin Netanyahu a convaincu le président américain Donald Trump de sacrifier la diplomatie et d'attaquer l'Iran.

"C'était une décision totalement stupide. Ils comprendront plus tard à quel point cette décision était stupide. Ils le comprendront tous les deux, car l'Iran déterminera fermement le cours et l'issue de cette guerre", a-t-il soutenu.

"Tous nos voisins sont aujourd'hui déçus par la trahison des États-Unis, car tout le monde œuvrait pour la voie diplomatique, en particulier Oman. Les États-Unis ont trahi tout le monde", a encore insisté M. Bahreini.

Quand aux frappes de Téhéran contre des pays de la région abritant des bases américaines, il ne s'agit pas selon lui de représailles. "C'est un acte de légitime défense", a-t-il assuré.

"Nous ne pouvons en aucun cas permettre que ces bases soient utilisées pour mener des opérations militaires contre l'Iran", a ajouté M. Bahreini, assurant que les opérations iraniennes visaient "exclusivement "les installations militaires américaines.

Mardi, Trump a affirmé que les dirigeants iraniens "veulent discuter", mais M. Bahreini a affirmé qu'aucune démarche n'avait été entreprise auprès de Washington : "Il n'y a eu aucun contact de notre côté" depuis le début du conflit, a assuré le diplomate iranien.


L'Iran sous le feu israélo-américain, «trop tard» pour discuter selon Trump

De nouvelles puissantes explosions résonnent à Téhéran mardi au quatrième jour de la guerre lancée par Israël et les Etats-Unis, Donald Trump avertissant qu'il est "trop tard" pour discuter. (AFP)
De nouvelles puissantes explosions résonnent à Téhéran mardi au quatrième jour de la guerre lancée par Israël et les Etats-Unis, Donald Trump avertissant qu'il est "trop tard" pour discuter. (AFP)
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  • Radio-télévision publique, sites de production de missiles balistiques, aéroport Mehrabad de la capitale: Israël "continue à frapper l'Iran avec force", a lancé son Premier ministre Benjamin Netanyahu
  • En représailles, l'Iran multiplie de son côté ses attaques contre ses voisins du Golfe, visant des sites clefs, diplomatiques, militaires ou économiques, souvent liés aux intérêts américains

TEHERAN: De nouvelles puissantes explosions résonnent à Téhéran mardi au quatrième jour de la guerre lancée par Israël et les Etats-Unis, Donald Trump avertissant qu'il est "trop tard" pour discuter.

"Leur défense aérienne, leur armée de l'air, leur marine et leur commandement sont anéantis. Ils veulent discuter. J'ai dit: Trop tard !" a écrit le président américain sur son réseau Truth Social.

A Téhéran, ville fantôme désertée par ses habitants,  les frappes de mardi ont selon les médias iraniens notamment touché l'institution chargée d'élire un nouveau guide suprême pour succéder à Ali Khamenei, tué samedi au début de ce conflit sans précédent.

Une vidéo diffusée par l'agence de presse Tasnim montre un nuage de fumée s'élever dans le ciel dans le centre de Téhéran, où se trouvent de nombreux bâtiments gouvernementaux.

"J'ai peur de marcher dans les rues désertes car les bombes continuent de tomber du ciel", témoigne Samireh, une infirmière de 33 ans.

Radio-télévision publique, sites de production de missiles balistiques, aéroport Mehrabad de la capitale: Israël "continue à frapper l'Iran avec force", a lancé son Premier ministre Benjamin Netanyahu.

Le Golfe cible de nouvelles attaques 

En représailles, l'Iran multiplie de son côté ses attaques contre ses voisins du Golfe, visant des sites clefs, diplomatiques, militaires ou économiques, souvent liés aux intérêts américains.

Dans la capitale saoudienne où plusieurs détonations ont été entendues par un journaliste de l'AFP et des témoins, l'ambassade américaine a fermé ses portes après une attaque de drone ayant provoqué un incendie.

A Bahreïn, une base aérienne américaine a été visé par des drones et de missiles, et à Oman et aux Emirats arabes unis, ce sont des installations pétrôlières qui ont été visées.

Comme à Ryad, l'ambassade américaine au Koweït et à Bahrein ont fermé par précaution jusqu'à nouvel ordre, et Washington a ordonné le départ de tout son personnel diplomatique non essentiel d'Irak, de Jordanie et du Bahreïn.

Embrasement 

Depuis le début de la guerre, six militaires américains ont été tués, selon le Pentagone. En Israël d'après les services de secours, dix personnes ont été tuées dans des frappes iraniennes.

Côté iranien, le Croissant-Rouge a annoncé un bilan de plus de 780 personnes tuées depuis le début de l'attaque samedi, un chiffre que l'AFP n'a pu vérifier.

Le Moyen-Orient dans son ensemble s'embrase: au Liban en une journée, le Hezbollah pro-iranien a annoncé des attaques de roquettes contre quatre bases militaires israéliennes de l'autre côté de la frontière.

Une "réponse", a-t-il dit, aux frappes israéliennes qui ont fait 52 morts selon les autorités, et qui faisaient suite à des tirs du Hezbollah.

Selon l'ONU, quelques 30.000 personnes ont été déplacées au Liban, où les ordres d'évacuation israéliens se succèdent.

Et l'agence de l'Union européenne pour l'asile redoute un scénario de "flux de réfugiés d'une ampleur sans précédent" en provenance d'Iran, qui compte près de 90 millions d'habitants.

"Le déplacement de ne serait-ce que 10% de la population iranienne suffirait à rivaliser avec les plus importants flux de réfugiés de ces dernières décennies", a-t-elle averti.

"Viser l'Amérique" 

Au début de l'attaque, qui s'est soldée par la mort de plusieurs hauts responsables iraniens, Donald Trump avait appelé le peuple à renverser la République islamique en place depuis 1979.

Si les Etats-Unis souhaitent la chute du pouvoir actuel, le secrétaire d'Etat américain, Marco Rubio, a assuré que ce n'était pas "l'objectif" de la guerre, qui pourrait durer des semaines, voire "beaucoup plus", selon Washington.

Il s'agit avant tout d'empêcher l'Iran de se doter de la bombe atomique - intention que Téhéran dement - et de détruire ses capacités balistiques, selon Israël.

Après la guerre de douze jours en juin 2025, les Iraniens "ont commencé à construire de nouveaux sites, des bunkers souterrains qui auraient rendu leurs programmes de missiles balistiques et leurs programmes d'arme atomique intouchables d'ici quelques mois", a assuré le Premier ministre Benjamin Netanyahu.

"Et alors ils auraient pu viser l'Amérique", a-t-il ajouté.

"M. Rubio a admis ce que nous savions tous: les Etats-Unis sont entrés dans une guerre choisie par et au nom d'Israël. Il n'y a jamais eu de soi-disant +menace+ iranienne", lui a répondu sur X son homologue iranien, Abbas Araghchi.

Inquiétude des marchés 

Face à l'extension de ce conflit protéiforme, l'inquiétude gagne les marchés: les Bourses mondiales creusent leurs pertes, lestées par la flambée des prix du pétrole. Les prix du gaz européen s'envolent aussi, affectés par l'arrêt de la production de gaz naturel liquéfié (GNL) au Qatar et la paralysie du détroit d'Ormuz.

Les Gardiens de la révolution ont revendiqué lundi l'attaque d'un pétrolier, présenté comme lié aux Etats-Unis, dans ce stratégique détroit qui sépare l'Iran de la Péninsule arabique.

Et un général a menacé de "brûler tout navire" qui tenterait de franchir le détroit, par où transitent 20% du pétrole et du GNL mondiaux.

Quant aux touristes bloqués au Moyen-Orient, certains ont commencé à rentrer dès que l'espace aérien a rouvert.

Tout juste arrivé à l'aéroport de Roissy lundi soir, Aurélien, cadre bancaire de 43 ans, raconte comment l'escale d'une heure à Abou Dhabi que devait faire sa famille après un séjour en Thaïlande "s'est transformée en séjour de trois jours".

"On a entendu beaucoup d'avions de chasse passer... Le bruit des interceptions de missiles iraniens, des débris...", explique-t-il, alors que la France se prépare à affréter des vols pour rapatrier des ressortissants vulnérables.