Des virus proches du SARS-CoV-2 découverts chez des chauves-souris

Qui a bien pu transmettre le virus SARS-CoV-2 à l’humanité ? (Photo, WWF/GABOR CSORBA/AFP).
Qui a bien pu transmettre le virus SARS-CoV-2 à l’humanité ? (Photo, WWF/GABOR CSORBA/AFP).
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Publié le Mercredi 22 septembre 2021

Des virus proches du SARS-CoV-2 découverts chez des chauves-souris

  • Des chercheurs ont mené fin 2020 et début 2021 une mission de terrain au nord du Laos auprès de différentes espèces de chauves-souris vivant dans des grottes calcaires
  • Les analyses montrent la capacité des séquences des chauve-souris observées à permettre aux virus de rentrer dans les cellules humaines

PARIS: Ce pourrait être une "avancée majeure" dans la recherche des origines de la Covid-19: des chercheurs de l'Institut Pasteur ont identifié dans le nord du Laos des virus proches du SARS-CoV‑2 chez des chauves-souris, capables d'infecter l'homme.

Les conclusions de ces travaux, en libre accès depuis mercredi sur la plateforme scientifique "Research Square", doivent encore faire l'objet d'une évaluation par les pairs en vue d'une publication dans une revue scientifique.

Afin de mieux comprendre l'évolution de SARS-CoV-2 et ses origines, qui font l'objet depuis des mois d'intenses spéculations, des chercheurs de l'Institut Pasteur à Paris, de l'Institut Pasteur du Laos et de l'Université Nationale du Laos ont mené fin 2020 et début 2021 une mission de terrain au nord du pays auprès de différentes espèces de chauves-souris vivant dans des grottes calcaires.

"L'idée de départ était d'essayer d'identifier l'origine de cette épidémie", explique à l'AFP Marc Eloit, responsable du laboratoire "découverte de pathogènes" à l'Institut Pasteur à Paris, dont les équipes ont analysé les différents prélèvements collectés. "Pour différentes raisons qui s'accumulent, on suspecte que certaines chauves-souris insectivores pourraient être le réservoir du virus".

Les prélèvements ont eu lieu dans une région faisant partie d'un immense relief karstique, des formations géologiques principalement constituées de calcaire, qui englobe aussi le nord du Vietnam et le sud de la Chine.

"Le Laos partage ce territoire commun avec le sud de la Chine, rempli de cavités où vivent des chauves-souris, d'où l'idée d'aller là-bas", poursuit Marc Eloit. Car ce qui s'y passe est représentatif de cet écosystème.

Conclusions des analyses de l'Institut Pasteur: les séquences de virus trouvées chez les chauves-souris sont quasi-identiques à celles du SARS-CoV-2 et les chercheurs ont pu démontrer leur capacité à permettre aux virus de rentrer dans les cellules humaines.

Pour autant, les virus étudiés étaient dépourvus du "site furine" présent dans le SARS-CoV-2, une fonction qui rend active la protéine dite Spike en permettant au virus de mieux entrer dans les cellules humaines et dont l'existence conditionne le pouvoir pathogène du virus.

Pas d'intermédiaire ?

Plusieurs hypothèses pourraient expliquer ce lien manquant, avance Marc Eloit. "Peut-être qu'un virus non pathogène a d'abord circulé chez l'homme avant de muter", souligne-t-il par exemple. "Ou bien un virus très proche des virus identifiés possède ce site furine, mais nous ne l'avons pas encore trouvé".

Autre interrogation: "comment le virus de chauve-souris trouvé dans des grottes est-il arrivé jusqu'à Wuhan", en Chine, le point de départ connu de la pandémie, à 2.000 kms de là ? Pas de réponse pour le moment.

Quoi qu'il en soit, cette étude "est une avancée majeure dans l'identification de l'origine du SARS-CoV-2", estime M. Eloit.

Dont la principale conclusion serait qu'il existe des virus très proches de SARS-CoV-2 chez les chauves-souris capables d'infecter l'homme sans animal intermédiaire, comme le pangolin.

Fin août, les experts de l'OMS, auteur d'un rapport sur l'origine de la Covid, avertissaient que la recherche était "au point mort" sur ce sujet.

Ils faisaient partie d'une équipe de 17 experts internationaux mandatés par l'OMS et 17 experts chinois, dont le rapport avait été publié le 29 mars, après une enquête menée en janvier à Wuhan.

Sans apporter de réponse tranchée, ce rapport listait quatre scénarios plus ou moins probables. Celui qui était jugé le plus vraisemblable était la transmission du virus à l'homme par l'intermédiaire d'un animal infecté par une chauve-souris.

Venaient ensuite les hypothèses d'une transmission directe sans animal intermédiaire, d'une transmission par la nourriture, notamment la viande surgelée, et enfin d'une fuite accidentelle de laboratoire, toutefois jugée "extrêmement improbable".


Après l'afflux migratoire à Ceuta, mesures sécuritaires en France et Italie

Des migrants marchent le long du littoral de Ceuta après avoir franchi la frontière vers l'enclave espagnole, vus depuis les abords de la ville marocaine de Fnideq, à la frontière entre le Maroc et l'Espagne, le 31 juillet 2026. (AFP)
Des migrants marchent le long du littoral de Ceuta après avoir franchi la frontière vers l'enclave espagnole, vus depuis les abords de la ville marocaine de Fnideq, à la frontière entre le Maroc et l'Espagne, le 31 juillet 2026. (AFP)
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  • L'Italie et la France renforcent leurs contrôles aux frontières avec l'Espagne après l'entrée illégale d'environ 60.000 migrants à Ceuta
  • Cette crise ravive les tensions au sein de l'UE, tandis que Madrid appelle à l'unité et renforce les moyens de sécurité à Ceuta

CEUTA: L'Italie et la France durcissent samedi leurs contrôles frontaliers avec l'Espagne après l'entrée illégale cette semaine de quelque 60.000 migrants en provenance du Maroc dans l'enclave espagnole de Ceuta, ouvrant une crise au sein de l'Union européenne.

Dès jeudi, l'Italie avait annoncé vouloir suspendre l'Espagne de l'espace Schengen, une mesure pour laquelle Rome a obtenu le soutien de la Finlande et du Danemark. Mais la proposition a été qualifiée de "démagogique" par l'Espagne.

La portée de cette proposition reste incertaine, des juristes consultés par l'AFP assurant qu'il est impossible de l'appliquer dans le cadre légal actuel.

Par ailleurs, à compter de samedi selon le ministère italien de l'Intérieur, des contrôles aux frontières aériennes et maritimes avec l'Espagne sont établis sur les ressortissants non européens arrivant d'Espagne.

En France, le nombre de policiers et gendarmes déployés en renfort à la frontière franco-espagnole est multiplié par cinq à compter de samedi, a annoncé vendredi le ministre de l'Intérieur Laurent Nuñez.

Cette annonce faisait suite à la demande du président Emmanuel Macron de "renforcer les contrôles à la frontière avec l'Espagne".

De son côté, le Premier ministre espagnol Pedro Sanchez a déclaré sur X: "ce n'est pas le moment de se diviser. C'est le moment de continuer à construire une Union européenne forte et unie".

Les images de cette crise ont déclenché une montée au créneau de la droite et de l'extrême droite européenne autour des contrôles aux frontières de l'espace Schengen.

- "Pas de futur" -

"Environ 60.000 personnes sont entrées dans notre ville", a déclaré le président du gouvernement local de Ceuta, Juan Vivas lors d'une conférence de presse vendredi, soit "70% de la population de Ceuta", et déplorant la mort de 34 migrants, dont beaucoup par noyades.

La plupart de ces migrants - en très grande majorité des Marocains, et principalement des jeunes hommes et des adolescents - seraient cependant retournés au Maroc, selon les autorités espagnoles.

Ceuta, petit territoire de 84.000 habitants situé à la pointe nord du Maroc, bordant le Détroit de Gibraltar, forme l'une des deux frontières terrestres entre l'Afrique et l'Europe (avec l'autre enclave espagnole de Melilla).

Dans la nuit de vendredi à samedi, des groupes de jeunes erraient dans les rues et le long de la plage de Ceuta, où sont déployés de nombreux militaires, notamment autour du port d'où partent les ferries pour le continent européen.

Vendredi soir, de nombreux policiers patrouillaient dans les rues de la ville, certains à moto poursuivant des groupes de jeunes hommes pour les disperser, ont constaté des journalistes de l'AFP.

Sur une plage, des dizaines d'hommes dormaient dans le sable, et certains ont allumé des feux, à quelques mètres d'un véhicule de police.

"Ils viennent car ils n'ont pas de futur au Maroc, ils tentent le rêve européen", selon Mohamed, 35 ans chauffeur de taxi à Ceuta qui n'a pas souhaité donner son nom de famille.

Au poste-frontière aux alentours de minuit, devant un important déploiement policier et militaire, de nombreux jeunes rebroussaient chemin. Certains saluent les militaires qui leur indiquent la porte d'un "adiós!", ou "good bye!" avant de retraverser la frontière.

"La prochaine fois, je viens avec le passeport!", lance Oussam aux militaires, en se dirigeant vers la frontière. Le jeune homme de 25 ans, qui tient un salon de coiffure, dit avoir voulu quitter son pays car "c'est la misère au Maroc, on n'a pas de futur". Il est venu en nageant "trois kilomètres" : il rêve lui aussi de l'Europe mais en attendant, il rentre chez lui "pour prendre une douche et manger", car comme beaucoup, il n'a rien avalé depuis deux jours.

- Crise migratoire -

Arrivé vendredi matin avec son ministre de l'Intérieur, Pedro Sánchez a évoqué "une attaque, une violation de l'intégrité territoriale de l'Espagne" et accusé des "mafias" d'être à l'origine de la rumeur d'ouverture de la frontière.

Le ministère espagnol de l'Intérieur a annoncé l'envoi immédiat de plusieurs dizaines de membres de la Garde civile et policiers, parmi lesquels huit plongeurs, ainsi qu'un bateau et des drones.

A Washington, le président américain Donald Trump, qui a fait de la lutte contre l'immigration illégale une de ses priorités, a jugé que les images de l'enclave espagnole de Ceuta ressemblaient à "l'invasion d'un pays", accusant sur X l'Espagne de mener des "efforts délibérés" ayant favorisé cette immigration clandestine.

Cette crise migratoire à Ceuta rappelle la précédente de 2021, lorsque des milliers de personnes avaient traversé la frontière à la faveur d'un assouplissement des contrôles par Rabat lors d’un différend diplomatique avec l'Espagne.

Plus de 10.000 migrants avaient alors atteint Ceuta depuis le Maroc en deux jours.


Le Pakistan fait état de négociations entre Washington et Téhéran

Cette photo de presse, prise le 29 juillet 2026 et diffusée par le ministère pakistanais des Affaires étrangères, montre le ministre pakistanais des Affaires étrangères, Ishaq Dar (à droite), s'entretenant avec son homologue koweïtien, le cheikh Jarrah Jaber al-Ahmad al-Sabah, lors d'une réunion au ministère des Affaires étrangères à Islamabad. (AFP)
Cette photo de presse, prise le 29 juillet 2026 et diffusée par le ministère pakistanais des Affaires étrangères, montre le ministre pakistanais des Affaires étrangères, Ishaq Dar (à droite), s'entretenant avec son homologue koweïtien, le cheikh Jarrah Jaber al-Ahmad al-Sabah, lors d'une réunion au ministère des Affaires étrangères à Islamabad. (AFP)
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  • La diplomatie pakistanaise a assuré jeudi que des négociations étaient "en cours" afin de "parvenir à une désescalade", en particulier concernant le détroit d'Ormuz, passage stratégique verrouillé par Téhéran,au coeur des tensions
  • Elle a indiqué faire "tout (son) possible pour ramener toutes les parties au protocole d'accord d'Islamabad" signé à la mi-juin et censé ouvrir la voie à des pourparlers de paix

TEHERAN: Le Pakistan, médiateur dans le conflit entre Washington et Téhéran, a affirmé jeudi que les belligérants négociaient en vue d'une désescalade après une nouvelle série de bombardements américains sur l'Iran dans la nuit, et des tirs de représailles iraniens.

En attendant une éventuelle percée dans ces discussions, le conflit au Moyen-Orient s'étend à de nouveaux pays: après l'Irak, où des groupes pro-iraniens ont été ciblés par des frappes conjointes américaines et saoudiennes, l'Egypte a fait état d'une attaque de drone dans le port de Damiette (nord).

La diplomatie pakistanaise a assuré jeudi que des négociations étaient "en cours" afin de "parvenir à une désescalade", en particulier concernant le détroit d'Ormuz, passage stratégique verrouillé par Téhéran,au coeur des tensions.

Elle a indiqué faire "tout (son) possible pour ramener toutes les parties au protocole d'accord d'Islamabad" signé à la mi-juin et censé ouvrir la voie à des pourparlers de paix.

Ce processus a déraillé depuis début juillet avec une reprise des frappes menées par les Etats-Unis et l'Iran, Téhéran visant des bases américaines et des pays alliés de Washington au Moyen-Orient.

Plus tôt jeudi, le Commandement américain pour le Moyen-Orient (Centcom) a annoncé avoir "frappé des dizaines de cibles" des Gardiens de la Révolution en Iran.

Mettre fin à "l'escalade" 

Les Etats-Unis ont affirmé avoir riposté au lancement, mardi par cette puissante force armée de la République islamique, de "multiples missiles balistiques" contre "les forces américaines basées au Moyen-Orient", précisant que ces missiles avaient été interceptés.

Les Gardiens ont, eux, annoncé jeudi que trois de leurs membres avaient été tués dans une attaque américaine  dans le nord-ouest du pays, tandis que les médias officiels iraniens ont fait état d'attaques dans des provinces méridionales.

Trois membres d'une même famille ont été tués dans une frappe contre une maison sur l'île de Qeshm, selon l'agence Fars.

Alors que l'Egypte a fait état d'une frappe de drone qui a touché deux navires, dont un américain, dans le port de Damiette mercredi, le président Abdel Fattah al-Sissi a appelé la communauté internationale à mettre fin à "l'escalade" dans la région.

Il s'agit de la première attaque en Egypte depuis le début de la guerre. M. Sissi a précisé qu'une enquête se poursuivait sur les circonstances de l'attaque qui n'a pas été revendiquée.

Les rebelles Houthis au Yémen, alliés de Téhéran et qui contrôlent une partie des rives de la mer Rouge, ont dit ne pas être derrière cette frappe.

Des pays de la région accueillant des forces américaines ont été visés de nouveau jeudi.

Le Koweït a rapporté qu'une personne avait été tuée par un bombardement iranien sur une entreprise chinoise.

La Jordanie a de son côté annoncé avoir intercepté cinq missiles tirés depuis l'Iran. Les Gardiens ont revendiqué avoir ciblé, en représailles à la frappe à Qeshm, des avions américains stationnés sur la base aérienne d'Al-Azraq.

"Notre tour" 

"On va les frapper très fort, parce que c'est à notre tour", avait menacé mercredi le président américain Donald Trump.

Dans la nuit de mardi à mercredi, les Etats-Unis et l'Arabie saoudite avaient annoncé avoir mené des frappes conjointes contre des groupes armés pro-iraniens en Irak, accusés d'avoir attaqué des installations pétrolières saoudiennes, ce qu'ils ont démenti.

Ces attaques à travers l'Irak ont fait 20 morts - dont cinq Iraniens - et 32 blessés dans les rangs du Hachd al-Chaabi, a indiqué cette alliance de groupes armés irakiens qui inclut des factions pro-iraniennes.

Avant les dernières frappes, le conflit entre l'Iran et les Etats-Unis s'était étendu à un autre front, opposant les Houthis à l'Arabie saoudite, qui soutient le gouvernement yéménite.

"La guerre par procuration est la poursuite de la guerre directe par d'autres moyens, et elle est menée avec une cohérence stratégique considérable", a commenté pour l'AFP Hesham Alghannam, analyste et chercheur saoudien spécialisé dans les questions de sécurité.

L'Arabie saoudite compte sur la mer Rouge pour poursuivre ses exportations, alors que l'Iran verrouille de nouveau le détroit d'Ormuz, de l'autre côté de la péninsule, par lequel transitait un cinquième du pétrole et du gaz naturel liquéfié mondial avant la guerre, lancée le 28 février par des frappes américano-israéliennes sur l'Iran.

Jeudi matin, les Gardiens de la Révolution ont affirmé que deux pétroliers avaient tenté la veille au soir "de quitter le couloir maritime sûr" désigné par l'Iran, et que l'un d'entre eux avait "pris feu", sans autre précision.


Les Etats-Unis reprennent leurs bombardements sur l'Iran

Les Etats-Unis ont annoncé jeudi avoir achevé une "lourde série" de bombardements sur l'Iran en représailles à des attaques contre leurs forces au Moyen-Orient, les médias iraniens faisant état de trois morts et d'explosions dans deux provinces du pays. (AFP)
Les Etats-Unis ont annoncé jeudi avoir achevé une "lourde série" de bombardements sur l'Iran en représailles à des attaques contre leurs forces au Moyen-Orient, les médias iraniens faisant état de trois morts et d'explosions dans deux provinces du pays. (AFP)
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  • L'armée américaine a "frappé des dizaines de cibles du Corps des Gardiens de la Révolution islamique (CGRI) en Iran, notamment des centres de commandement militaires, des installations de missiles et de drones"
  • Les Etats-Unis ont affirmé avoir riposté au lancement, mardi par les Gardiens de la Révolution, de "multiples missiles balistiques"

TEHERAN: Les Etats-Unis ont annoncé jeudi avoir achevé une "lourde série" de bombardements sur l'Iran en représailles à des attaques contre leurs forces au Moyen-Orient, les médias iraniens faisant état de trois morts et d'explosions dans deux provinces du pays.

L'armée américaine a "frappé des dizaines de cibles du Corps des Gardiens de la Révolution islamique (CGRI) en Iran, notamment des centres de commandement militaires, des installations de missiles et de drones, des sites de surveillance et de défense côtières, ainsi que des capacités maritimes", a écrit le Commandement américain pour le Moyen-Orient (Centcom) sur X.

Les Etats-Unis ont affirmé avoir riposté au lancement, mardi par les Gardiens de la Révolution, de "multiples missiles balistiques" lors d'une "tentative d'attaque surprise contre les forces américaines basées au Moyen-Orient", précisant que tous ces missiles avaient été interceptés.

La Jordanie, qui héberge des forces américaines sur ses bases, a de son côté annoncé jeudi matin avoir intercepté cinq missiles tirés depuis l'Iran, qui n'ont pas fait de victime.

"Nous allons les frapper fort, ils vont prendre une raclée", avait prévenu mercredi le président américain Donald Trump dans des propos rapportés par un journaliste de la chaîne Fox News.

"On va les frapper très fort, parce que c'est à notre tour", avait-il insisté plus tard devant la presse à la Maison Blanche.

Les médias officiels iraniens ont fait état d'attaques dans les provinces méridionales du Khuzestan et d'Hormozgan.

"Une attaque américaine contre une maison d'habitation dans le quartier de Chah Tangu, à Qeshm, a tué trois membres d'une même famille: le père, la mère et leur enfant de deux ans", a écrit l'agence Fars sur Telegram, en citant l'Université des sciences médicales d'Hormozgan, ajoutant que deux autres enfants âgés de sept et neuf ans, blessés, avaient été hospitalisés.

Dans la nuit de mardi à mercredi, les Etats-Unis et l'Arabie saoudite avaient annoncé avoir mené des frappes conjointes contre des groupes armés pro-iraniens en Irak, accusés d'avoir attaqué des installations pétrolières saoudiennes (ce qu'ils ont démenti).

Riposte inévitable 

Ces attaques dans plusieurs villes d'Irak ont fait 20 morts - dont cinq Iraniens - et 32 blessés dans les rangs du Hachd al-Chaabi, a indiqué ce réseau de factions à majorité chiite, intégré aux forces armées irakiennes et englobant des groupes armés pro-Iran.

"Notre riposte contre l'ennemi américain est inévitable, et pourrait frapper ses instruments en Arabie saoudite", a soutenu mercredi dans un communiqué la Résistance islamique en Irak, une puissante alliance armée irakienne pro-Iran.

Téhéran a condamné les frappes chez son voisin.

Dans la capitale iranienne, des habitants expriment leur lassitude.

"On ne sait pas vraiment si nous sommes en guerre ou en paix (...) Ce que je vois, c'est une population profondément découragée et déprimée", déclare à l'AFP Golrokh, une retraitée de 60 ans.

Avant les dernières frappes, le conflit entre l'Iran et les Etats-Unis s'était étendu à un autre front, opposant les rebelles yéménites houthis pro-iraniens à l'Arabie saoudite.

Les rebelles ont affirmé mardi avoir visé avec des missiles un pétrolier saoudien en mer Rouge, l'accusant d'avoir "violé le blocus naval" dont ils menacent le royaume, premier exportateur de brut au monde.

"Téhéran utilise désormais son réseau de proxys (...). La guerre par procuration est la poursuite de la guerre directe par d'autres moyens, et elle est menée avec une cohérence stratégique considérable", a déclaré à l'AFP Hesham Alghannam, analyste et chercheur saoudien spécialisé dans les questions de sécurité.

L'Arabie saoudite compte sur la mer Rouge pour poursuivre ses exportations, alors que l'Iran verrouille de nouveau le stratégique détroit d'Ormuz, de l'autre côté de la péninsule, par lequel transitait un cinquième du pétrole et du gaz naturel liquéfié mondial avant la guerre, lancée le 28 février par des frappes américano-israéliennes sur l'Iran.

Jeudi matin, les Gardiens de la Révolution ont affirmé que deux pétroliers avaient tenté la veille au soir "de quitter le couloir maritime sûr" désigné par l'Iran, et que l'un d'entre eux avait "pris feu", sans autre précision. "Les deux bâtiments ont fait demi-tour à grande vitesse", selon la même source.

Ces nouvelles violences ont fait brièvement monter les cours du pétrole, avant qu'ils ne repartent à la baisse jeudi matin. "On craint que la guerre soit en train de s'étendre", a commenté auprès de l'AFP Andy Lipow, analyste chez Lipow Oil Associates. "Ce qui n'aiderait en rien à rétablir les flux pétroliers" dans la région.